genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9429886--9429933	23	2.1	22	88	3	69	39	4	6	50	1.47
9431158--9431326	86	2.0	86	95	0	302	26	27	19	26	1.99
9431946--9431971	6	4.3	6	100	0	52	15	15	0	69	1.20
9431954--9432070	51	2.3	51	88	7	184	25	20	7	46	1.77
9437217--9437262	22	2.1	22	91	0	74	32	6	30	30	1.83
9442135--9442190	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
9444469--9444621	71	2.2	71	81	6	170	50	7	9	32	1.63
9450192--9450272	35	2.3	35	100	0	162	20	24	18	35	1.95
9454845--9454937	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
9454845--9454937	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
9460025--9460099	30	2.5	30	80	0	87	32	21	14	32	1.93
9460454--9460482	13	2.3	13	94	5	51	86	0	0	13	0.58
9461060--9461099	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
9461045--9461111	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
9461965--9462020	27	2.2	25	83	6	67	25	7	0	67	1.15
9462432--9462477	24	1.9	24	86	0	65	41	4	6	47	1.49
9465048--9465078	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
9466591--9466743	40	3.8	39	87	7	225	22	20	26	30	1.98
9466581--9466748	82	2.0	83	94	1	293	21	19	25	33	1.96
9466592--9466963	40	8.8	43	69	19	171	23	21	23	31	1.98
9467009--9467461	132	3.4	131	89	1	595	27	23	19	29	1.98
9467089--9467393	44	6.9	44	65	10	149	27	23	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9467458--9467832	100	3.8	99	84	2	520	25	22	22	30	1.99
9467458--9467810	50	7.1	50	66	4	194	25	21	21	31	1.98
9467844--9468111	44	6.2	43	75	6	236	29	27	16	26	1.97
9467844--9468111	132	2.1	129	91	2	428	29	27	16	26	1.97
9469125--9469189	20	3.2	20	81	12	71	6	10	3	80	1.01
9469616--9469670	15	3.4	17	76	16	55	0	1	16	81	0.77
9470931--9471114	62	3.0	62	95	0	323	34	6	19	40	1.77
9473461--9473491	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
9475241--9475286	14	3.3	14	78	0	56	47	2	0	50	1.13
9475396--9475498	10	10.5	10	71	17	56	33	6	1	57	1.36
9475404--9475497	20	4.8	20	72	11	70	32	7	1	58	1.33
9475416--9475497	9	8.6	9	73	17	58	34	4	1	59	1.26
9475404--9475500	40	2.5	37	85	6	113	35	7	1	56	1.34
9479835--9479875	19	2.2	19	86	8	57	48	0	2	48	1.14
9479934--9479967	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
9480113--9480218	44	2.5	40	77	16	115	34	28	3	33	1.75
9480130--9480220	46	2.0	46	91	4	150	37	28	4	29	1.77
9480201--9480236	16	2.2	16	95	0	63	19	33	5	41	1.75
9482950--9483003	27	2.0	27	96	0	99	24	0	35	40	1.55
9482973--9483069	21	4.6	21	90	2	149	25	0	32	41	1.56
9482940--9482999	15	4.2	15	72	20	56	23	0	30	46	1.52
9482973--9483069	43	2.3	42	89	3	149	25	0	32	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9485475--9485572	51	1.9	51	87	4	144	47	1	25	25	1.58
9496835--9497040	107	1.9	107	90	0	331	30	19	17	32	1.95
9505919--9505957	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
9509460--9509495	18	2.0	18	100	0	72	16	33	16	33	1.92
9514130--9514194	27	2.4	27	84	5	87	33	0	3	63	1.10
9514148--9514287	10	14.6	10	68	21	68	27	2	2	67	1.19
9514125--9514163	21	1.9	21	85	15	55	30	0	5	64	1.15
9514213--9514287	19	3.8	20	82	5	73	24	0	1	74	0.89
9514208--9514287	29	2.9	27	79	15	76	23	0	1	75	0.88
9516221--9516457	118	2.0	118	100	0	474	45	18	10	25	1.82
9529563--9529609	21	2.2	21	81	7	60	25	10	34	29	1.90
9532860--9532894	16	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
9532912--9532951	20	2.0	20	100	0	80	45	15	5	35	1.68
9536344--9536379	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
9536360--9536473	45	2.6	45	80	10	114	31	5	27	35	1.79
9536615--9536649	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9536630--9536817	61	3.1	61	70	14	199	49	6	1	42	1.36
9536598--9536890	120	2.4	121	94	1	509	50	5	2	42	1.36
9536714--9536765	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
9536831--9537113	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
9536931--9536991	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
9536938--9537081	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9536906--9537113	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
9536931--9537073	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
9536956--9537094	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
9553776--9553849	29	2.5	30	75	2	78	24	18	24	32	1.97
9557231--9557276	24	1.9	24	90	0	74	36	15	21	26	1.93
9560266--9560394	64	2.0	64	80	0	141	23	19	21	35	1.96
9565037--9565065	15	1.9	15	100	0	58	55	6	13	24	1.63
9568324--9568352	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
9568912--9568959	24	2.0	24	87	0	69	16	25	25	33	1.96
9570562--9570621	21	3.0	21	82	4	79	15	23	18	43	1.87
9591778--9591817	20	2.0	21	90	5	64	60	2	10	27	1.42
9592687--9592792	44	2.4	44	76	16	105	24	17	29	28	1.98
9614585--9614627	21	2.0	22	91	8	72	39	2	0	58	1.11
9617291--9617494	42	4.8	42	87	4	261	33	21	22	22	1.97
9617291--9617494	85	2.4	82	85	8	259	33	21	22	22	1.97
9617291--9617533	85	2.9	82	81	10	253	31	21	22	24	1.98
9617858--9617906	21	2.3	21	96	0	89	4	36	18	40	1.70
9623465--9623672	9	23.8	9	69	13	130	31	1	21	45	1.63
9623465--9623628	25	6.7	25	70	15	101	30	1	21	46	1.59
9623713--9623755	16	2.7	16	92	0	68	32	2	16	48	1.58
9623950--9624072	42	3.1	42	70	17	145	46	4	8	40	1.55
9623843--9624072	76	3.1	76	96	1	421	46	4	7	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9624328--9624363	16	2.2	16	95	0	63	52	8	11	27	1.65
9626344--9626429	44	2.0	44	81	4	102	34	20	18	25	1.96
9626976--9627023	7	6.9	7	81	9	62	43	41	0	14	1.45
9628098--9628519	114	3.7	114	96	0	772	28	22	18	30	1.98
9628088--9628802	114	6.3	114	84	5	722	27	23	18	30	1.97
9629198--9629261	30	2.2	27	81	13	74	31	9	12	46	1.73
9629894--9629975	43	2.0	42	85	4	112	48	4	12	34	1.62
9632360--9632551	75	2.6	73	85	6	242	45	6	2	45	1.41
9638837--9638902	31	2.1	31	100	0	132	18	34	9	37	1.82
9640460--9640515	25	2.2	26	90	6	96	28	26	8	35	1.87
9648635--9649203	126	4.5	126	83	2	669	31	16	21	30	1.96
9648635--9649203	252	2.3	249	85	3	746	31	16	21	30	1.96
9652212--9652704	113	4.4	113	90	5	808	41	8	8	40	1.66
9652704--9653180	43	11.0	43	82	7	542	25	0	28	45	1.56
9652704--9653180	130	3.7	127	85	5	600	25	0	28	45	1.56
9652704--9653180	22	22.0	22	82	4	553	25	0	28	45	1.56
9653726--9653768	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
9654390--9654417	7	4.0	7	100	0	56	57	14	0	28	1.38
9654587--9654624	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
9655551--9655648	51	1.9	51	87	4	144	45	3	24	26	1.67
9655610--9655686	11	6.9	11	74	21	72	45	1	27	25	1.61
9655610--9655686	33	2.3	33	82	10	102	45	1	27	25	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9658532--9658618	38	2.3	39	87	2	131	36	2	28	32	1.70
9659201--9659608	204	2.0	204	100	0	816	29	15	23	31	1.95
9664672--9664830	81	2.0	81	96	1	293	46	11	4	37	1.61
9664672--9664850	81	2.3	80	88	3	238	46	11	4	37	1.60
9665365--9665497	27	4.9	27	90	0	185	30	21	28	19	1.98
9669832--9669892	30	2.0	30	100	0	122	44	16	19	19	1.87
9675409--9675505	49	2.0	48	87	2	140	42	21	14	21	1.88
9675699--9675769	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
9675716--9675769	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
9675698--9675761	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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