genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26328132--26328265	17	8.0	17	69	20	86	55	2	1	41	1.21
26327763--26328166	145	2.8	145	98	0	763	47	2	2	47	1.32
26335764--26335818	13	4.2	13	75	15	51	78	7	1	12	1.04
26335783--26335854	27	2.6	27	86	4	90	70	11	8	9	1.33
26336233--26336280	15	3.3	15	77	14	55	75	0	12	12	1.06
26337462--26337814	87	4.1	87	89	0	517	29	23	22	24	1.99
26341860--26341920	30	2.0	31	90	6	99	34	9	9	45	1.70
26344960--26344989	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
26345741--26345770	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
26351865--26351909	21	2.1	21	91	0	72	17	26	37	17	1.93
26352007--26352091	21	4.0	21	90	0	134	24	31	28	15	1.95
26351969--26352091	63	2.0	63	85	6	169	26	30	27	16	1.97
26354631--26354700	35	2.0	35	82	2	86	30	10	20	40	1.85
26357417--26357445	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
26357692--26357745	20	2.7	20	77	11	65	33	0	3	62	1.12
26357688--26357752	10	6.5	10	71	13	53	32	0	3	64	1.09
26358160--26358198	18	2.2	17	86	8	60	30	0	7	61	1.24
26361995--26362025	15	2.1	15	100	0	62	54	12	19	12	1.70
26367350--26367415	25	2.5	26	77	20	75	43	3	3	50	1.33
26367352--26367403	25	2.1	25	89	7	79	46	3	3	46	1.39
26369367--26369410	23	1.9	23	86	9	63	22	9	6	61	1.50
26376488--26376536	17	2.9	17	84	0	62	24	18	8	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26378383--26378442	3	20.0	3	92	0	102	66	3	0	30	1.07
26378619--26378661	22	2.0	22	86	9	61	58	2	6	32	1.38
26378623--26378680	26	2.3	25	82	14	66	58	1	8	31	1.38
26386109--26386253	29	5.0	29	77	7	141	24	23	11	40	1.88
26387264--26387317	16	3.4	16	72	27	60	27	0	20	51	1.47
26387256--26387318	32	2.0	32	100	0	126	26	0	22	50	1.49
26388251--26388290	9	4.7	9	79	20	50	47	10	0	42	1.37
26388245--26388300	20	2.8	21	78	10	64	44	10	0	44	1.38
26389278--26389461	40	4.3	43	83	4	216	33	21	17	26	1.96
26389845--26389898	21	2.6	21	88	5	74	5	42	18	33	1.73
26389855--26389913	21	2.8	21	87	5	75	5	42	18	33	1.72
26395420--26395720	9	34.3	9	73	14	247	32	0	20	45	1.58
26395409--26395513	25	4.2	25	78	11	115	33	1	19	45	1.61
26395409--26395482	16	4.4	16	79	15	69	35	2	17	44	1.63
26395528--26395566	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
26397235--26397315	39	2.1	37	84	8	101	43	22	13	20	1.87
26397213--26397506	115	2.6	114	79	3	313	42	21	15	20	1.89
26397666--26397878	103	2.1	103	97	0	399	39	30	2	26	1.71
26397866--26398067	7	29.0	7	69	10	74	46	32	2	18	1.62
26397666--26397907	103	2.3	103	92	2	362	42	30	2	25	1.68
26397870--26397947	41	1.9	41	86	0	111	52	33	0	14	1.41
26397984--26398067	29	2.9	28	75	10	80	44	33	3	19	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26398114--26398182	22	3.2	21	82	10	77	37	42	5	14	1.70
26398391--26398726	113	2.9	115	87	3	498	29	25	20	24	1.99
26398627--26398798	72	2.4	72	93	0	299	26	25	22	26	2.00
26398701--26398911	113	1.9	113	86	2	307	27	24	20	27	1.99
26398812--26398976	72	2.3	71	82	1	204	24	25	21	29	1.99
26398516--26399097	185	3.1	184	86	3	837	27	25	21	26	1.99
26398702--26399266	299	1.9	300	93	0	970	25	24	22	28	1.99
26398887--26399181	113	2.6	111	87	4	401	26	24	21	27	1.99
26398887--26399211	114	2.8	115	86	3	433	26	24	21	28	1.99
26399111--26399254	73	2.0	73	87	2	209	24	21	23	30	1.99
26402935--26402976	18	2.3	18	87	0	57	4	47	4	42	1.45
26408495--26408536	20	2.1	20	100	0	84	59	14	14	11	1.61
26413631--26413661	16	1.9	16	100	0	62	25	0	9	64	1.24
26414224--26414270	3	15.7	3	95	0	85	68	2	0	29	1.02
26414456--26414513	3	18.7	3	80	19	66	65	1	3	29	1.19
26414456--26414514	24	2.5	24	89	8	86	64	1	5	28	1.24
26416216--26417148	44	20.3	43	66	15	164	29	19	16	34	1.93
26416386--26416735	189	1.8	190	82	3	454	29	20	16	33	1.95
26416642--26417109	96	5.0	95	75	9	451	30	18	15	35	1.92
26416679--26417109	185	2.3	185	88	0	648	30	18	15	35	1.92
26416679--26417097	89	4.6	89	76	9	358	30	18	15	34	1.92
26423830--26423916	3	28.7	3	79	6	86	59	4	1	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26423985--26424021	4	9.2	4	87	0	56	70	2	0	27	1.01
26424089--26424137	24	2.1	23	85	11	64	65	2	4	28	1.22
26424091--26424138	15	3.0	15	88	11	69	64	2	6	27	1.28
26424091--26424137	18	2.8	18	78	21	57	65	2	4	27	1.22
26430912--26430965	23	2.4	21	77	17	54	51	7	1	38	1.41
26431085--26431145	30	1.9	33	87	9	92	55	0	1	42	1.09
26431115--26431158	22	2.0	21	87	12	63	56	0	2	40	1.11
26431131--26431204	33	2.2	35	95	4	134	51	0	4	44	1.20
26431092--26431207	47	2.5	46	78	10	121	54	0	3	42	1.17
26431097--26431192	8	12.1	8	67	22	51	56	0	2	41	1.11
26433285--26433353	3	23.3	3	89	2	68	62	0	37	0	0.96
26438448--26438551	50	2.1	50	100	0	208	36	25	17	21	1.94
26438778--26438908	39	3.4	39	84	4	174	47	19	2	30	1.62
26442599--26442657	30	2.0	30	93	0	100	50	22	8	18	1.73
26442940--26442983	14	3.1	14	80	6	52	54	11	2	31	1.48
26443214--26443256	16	2.6	16	88	3	59	55	25	0	18	1.42
26447694--26447772	37	2.1	37	83	0	95	26	29	17	26	1.98
26447891--26448305	47	8.7	47	93	1	661	28	30	8	32	1.87
26455800--26455898	48	2.1	48	98	0	189	48	4	19	28	1.67
26457177--26457249	26	2.8	26	86	10	105	34	15	8	42	1.76
26457393--26457417	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
26459966--26460050	26	3.2	26	80	6	89	28	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26467126--26467169	17	2.6	17	82	7	54	20	6	0	72	1.07
26469014--26469116	30	3.4	30	81	11	104	23	24	29	23	1.99
26469044--26469131	30	3.0	30	83	6	117	27	20	29	22	1.99
26469037--26469131	28	3.4	28	80	7	111	28	21	28	22	1.99
26469238--26469308	26	2.7	26	84	0	97	40	21	21	16	1.91
26469504--26469818	27	11.7	27	84	2	346	17	18	18	44	1.87
26474266--26474357	27	3.4	27	80	8	116	17	17	19	45	1.85
26474270--26474480	80	2.6	80	81	3	228	18	17	20	43	1.89
26474252--26474476	53	4.2	53	78	5	195	20	16	21	41	1.90
26474282--26474476	27	7.3	27	80	6	182	18	16	21	43	1.88
26480186--26480220	17	2.1	17	94	0	61	62	0	14	22	1.31
26486116--26486155	21	1.9	21	84	0	53	7	10	37	45	1.66
26500049--26500099	26	2.0	26	92	0	84	41	11	7	39	1.71
26506063--26506260	102	1.9	102	86	4	283	39	28	9	23	1.85
26509408--26509523	29	4.0	29	83	4	153	18	33	22	25	1.97
26510696--26510742	19	2.6	18	76	10	51	38	0	10	51	1.37
26510775--26510859	30	2.8	30	80	3	100	25	18	24	30	1.98
26518231--26518267	13	2.8	14	80	12	51	35	5	0	59	1.20
26528397--26528497	50	2.0	51	94	1	177	40	11	22	24	1.88
26528623--26528849	49	4.6	50	79	6	255	22	15	23	38	1.92
26528623--26528849	99	2.3	99	83	1	294	22	15	23	38	1.92
26535234--26535282	20	2.5	20	89	0	71	30	10	18	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26535528--26535557	13	2.2	14	94	5	53	43	0	3	53	1.17
26537049--26537105	23	2.6	22	81	13	64	38	8	14	38	1.77
26537056--26537115	23	2.7	23	79	7	61	38	5	15	41	1.68
26537276--26537314	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
26537536--26537578	3	14.3	3	80	9	52	30	0	0	69	0.88
26537821--26537966	12	14.4	10	73	19	58	34	2	0	63	1.09
26537789--26537982	40	4.8	39	89	7	273	36	3	0	59	1.15
26537839--26537982	11	13.9	11	72	19	80	38	2	0	58	1.13
26537919--26537962	12	3.8	12	93	3	63	38	4	0	56	1.20
26539940--26539972	16	2.1	16	88	5	50	27	12	9	51	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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