genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28508810--28509043	101	2.3	101	79	6	251	25	15	27	31	1.96
28508707--28509052	152	2.3	152	89	0	539	25	16	27	30	1.97
28508967--28509047	26	3.2	26	63	16	69	25	13	27	33	1.94
28511155--28511220	29	2.3	29	97	0	123	42	15	15	27	1.86
28512113--28512149	19	1.9	19	89	10	58	24	0	2	72	0.97
28512375--28512405	11	2.8	11	100	0	62	41	0	0	58	0.98
28512387--28512441	24	2.3	24	87	6	76	30	0	0	69	0.89
28512356--28512442	31	2.8	32	80	16	101	33	0	1	65	1.00
28512456--28512499	22	2.0	23	86	4	63	47	0	2	50	1.13
28515550--28515842	122	2.4	122	95	1	518	43	0	3	52	1.24
28515550--28515901	122	2.9	115	81	10	361	44	1	3	50	1.28
28516088--28516129	20	2.1	20	95	0	75	45	19	11	23	1.83
28523792--28523841	22	2.3	22	96	0	91	28	34	0	38	1.57
28523813--28523869	30	1.9	30	96	0	105	26	36	0	36	1.57
28523843--28523893	22	2.3	22	86	6	77	27	35	1	35	1.68
28523792--28523894	52	2.0	52	96	0	188	29	33	0	35	1.64
28523927--28523993	31	2.2	31	97	0	125	35	0	0	64	0.94
28526305--28526754	30	14.8	30	88	7	658	45	25	0	28	1.57
28526305--28526756	59	7.4	59	87	8	647	45	25	0	28	1.57
28526303--28526756	95	4.9	94	82	12	593	45	25	0	28	1.57
28526606--28526756	29	5.4	24	80	18	88	45	27	0	27	1.54
28534943--28534974	15	2.1	15	100	0	64	46	12	6	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28537403--28537448	22	2.1	22	87	0	65	10	17	26	45	1.81
28537427--28537613	41	4.6	41	87	3	270	20	19	31	28	1.97
28537427--28537682	82	3.1	82	83	2	266	22	18	28	30	1.97
28538656--28538693	7	5.3	7	90	3	58	15	0	57	26	1.38
28539497--28539531	14	2.4	15	95	4	63	40	0	51	8	1.33
28540753--28540817	32	2.0	33	93	3	114	12	3	15	69	1.31
28542039--28542065	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
28542927--28543071	43	3.4	43	85	0	191	27	31	20	20	1.98
28543830--28543930	39	2.6	40	79	7	118	39	21	17	20	1.92
28543959--28544201	41	5.9	41	90	0	378	19	22	28	29	1.98
28544566--28544602	14	2.6	14	91	0	65	24	0	29	45	1.53
28544660--28544691	14	2.3	14	100	0	64	25	6	31	37	1.81
28544901--28544945	7	6.4	7	84	0	63	20	0	46	33	1.51
28544914--28544953	14	2.9	14	92	0	62	22	0	47	30	1.52
28545444--28545470	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
28549168--28549258	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
28549532--28549757	42	5.3	42	82	7	235	22	17	30	29	1.96
28549527--28549693	86	2.0	84	86	5	237	24	16	29	29	1.97
28552693--28552871	95	1.9	95	82	0	223	32	16	23	27	1.96
28555014--28555144	50	2.6	51	78	14	146	23	18	25	32	1.97
28556803--28556848	23	2.0	23	95	0	83	80	2	0	17	0.81
28556803--28556845	11	3.8	11	96	3	77	83	2	0	13	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28556886--28556940	14	3.9	14	92	0	92	61	0	12	25	1.31
28561054--28561142	45	2.0	45	93	0	151	24	16	24	33	1.96
28566113--28566259	65	2.3	65	91	2	242	42	28	10	18	1.83
28568476--28568508	4	8.2	4	100	0	66	75	24	0	0	0.80
28570579--28570627	22	2.2	22	78	7	55	36	4	16	42	1.67
28572278--28572335	27	2.1	27	96	0	107	20	37	3	37	1.70
28574062--28574096	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
28578681--28578775	28	3.4	28	72	10	79	65	1	5	28	1.21
28578689--28578740	18	2.8	19	75	16	54	69	1	3	25	1.16
28578689--28578781	37	2.5	38	79	10	102	65	1	6	26	1.23
28578707--28578809	53	1.9	54	88	4	154	63	0	6	29	1.27
28579047--28579108	26	2.4	27	81	5	65	25	1	3	69	1.13
28579112--28579166	28	2.0	28	85	7	76	38	1	1	58	1.20
28594055--28594105	21	2.4	21	80	0	66	74	0	1	23	0.92
28595090--28595136	25	1.9	24	82	4	58	38	0	34	27	1.57
28598010--28598041	7	4.6	7	100	0	64	28	12	43	15	1.83
28598001--28598041	21	2.0	21	90	0	64	29	9	43	17	1.80
28601747--28601788	21	2.0	21	81	9	50	73	2	16	7	1.15
28604506--28604537	14	2.4	14	90	10	50	65	0	6	28	1.16
28605314--28605375	31	2.0	31	83	0	79	24	12	29	33	1.92
28605413--28605512	41	2.5	41	81	1	112	21	13	31	35	1.91
28605927--28606022	7	13.7	7	73	7	70	23	1	26	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28605863--28606031	14	11.9	14	73	9	92	27	1	24	46	1.60
28606016--28606075	21	2.9	21	75	9	61	21	0	43	35	1.53
28606188--28606242	16	3.5	16	80	14	69	47	0	0	52	1.00
28606195--28606251	16	3.5	16	92	7	89	50	1	0	47	1.11
28606195--28606258	16	3.9	15	78	15	56	50	1	1	46	1.20
28605770--28606677	502	1.8	480	84	7	1207	34	1	17	46	1.60
28610012--28610072	27	2.3	27	100	0	122	26	31	22	19	1.98
28612092--28612140	21	2.3	22	82	10	57	38	6	14	40	1.71
28613554--28613624	21	3.5	21	77	11	76	64	1	1	32	1.11
28613577--28613704	11	13.0	10	69	18	72	62	0	0	35	1.06
28613580--28613636	30	1.9	30	88	0	87	63	1	1	33	1.15
28613553--28613704	40	3.8	39	83	7	191	62	0	1	35	1.08
28613669--28613713	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
28615721--28615748	10	2.8	10	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28617294--28617334	20	2.0	20	85	0	55	39	14	12	34	1.84
28618718--28618789	12	6.3	11	75	10	56	62	2	5	29	1.32
28618997--28619035	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
28619229--28619303	19	3.8	19	87	6	105	37	16	9	37	1.80
28619240--28619302	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
28619232--28619313	19	4.3	18	86	8	67	37	15	10	35	1.83
28623456--28623681	43	5.3	43	87	6	305	25	30	16	27	1.97
28628143--28628197	24	2.3	23	87	3	83	60	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28628317--28628357	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
28628296--28628373	22	3.6	22	72	8	72	38	34	0	26	1.57
28628730--28628866	41	3.3	41	86	4	179	30	31	19	18	1.96
28629650--28629748	39	2.5	39	80	3	110	44	23	6	26	1.76
28642886--28642933	6	8.5	6	77	13	57	29	0	2	68	1.01
28642888--28642930	21	2.0	21	90	0	68	32	0	2	65	1.06
28644587--28644623	16	2.3	16	95	0	65	40	5	8	45	1.56
28652125--28652215	16	5.5	16	75	10	85	15	4	3	76	1.07
28652130--28652218	6	15.7	6	74	15	64	15	4	3	76	1.08
28655114--28655158	20	2.2	20	84	7	56	68	11	0	20	1.19
28661928--28661958	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
28662012--28662057	19	2.3	20	85	10	60	58	0	0	41	0.98
28662898--28662942	23	2.0	23	100	0	90	57	17	0	24	1.40
28667648--28667687	14	2.9	14	96	0	71	60	2	0	37	1.11
28668630--28668710	25	3.3	25	67	19	80	44	9	8	37	1.69
28668619--28668716	48	2.0	48	100	0	196	41	10	10	37	1.73
28669229--28669276	20	2.5	19	86	6	62	45	2	0	52	1.12
28669548--28669582	16	2.2	17	90	10	56	71	0	0	28	0.86
28674163--28674196	13	2.5	13	85	4	50	17	8	2	70	1.25
28675154--28675218	22	2.8	22	86	6	85	72	9	1	16	1.18
28675174--28675239	28	2.2	29	78	7	71	68	10	4	16	1.35
28678017--28678096	3	26.7	3	71	9	56	30	5	5	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28682059--28682125	17	3.7	17	74	22	57	17	5	5	70	1.29
28682051--28682092	22	2.0	21	85	4	57	19	2	4	73	1.12
28688430--28688480	15	3.4	15	83	0	57	31	3	1	62	1.24
28688443--28688539	3	32.3	3	70	8	63	29	5	4	60	1.37
28688914--28688979	17	3.6	17	73	22	55	18	6	6	69	1.30
28689897--28689997	30	3.4	30	80	10	100	59	6	5	27	1.47
28689981--28690010	6	5.0	6	95	0	51	50	0	13	36	1.42
28696688--28696952	43	6.2	43	81	5	277	32	24	16	27	1.96
28696676--28696952	129	2.2	128	83	5	328	32	23	16	27	1.96
28702820--28703050	9	24.0	9	68	16	90	33	2	17	46	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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