genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18297024--18297082	20	3.1	19	77	20	61	1	30	0	67	1.00
18297074--18297120	19	2.5	19	85	0	58	6	40	10	42	1.65
18297112--18297186	3	25.0	3	100	0	150	0	33	0	66	0.92
18297185--18297219	3	11.7	3	100	0	70	31	34	0	34	1.58
18299508--18299533	8	3.2	8	100	0	52	34	0	11	53	1.37
18301743--18301767	8	3.1	8	100	0	50	36	36	0	28	1.58
18302629--18302677	18	3.1	15	78	18	55	26	4	2	67	1.19
18303703--18303744	19	2.3	19	84	16	61	26	16	11	45	1.82
18319923--18319948	8	3.2	8	100	0	52	0	34	0	65	0.93
18325452--18325476	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
18327404--18327457	9	5.9	9	77	12	56	22	11	27	38	1.88
18329262--18329293	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
18335187--18335347	43	3.7	43	88	0	232	21	19	28	30	1.97
18358990--18359049	24	2.4	25	81	18	72	23	8	0	68	1.16
18363316--18363346	15	2.0	16	93	6	55	0	38	0	61	0.96
18368005--18368066	26	2.4	26	86	2	81	32	19	6	41	1.77
18368222--18368272	6	8.5	6	95	0	93	15	29	0	54	1.41
18370337--18370588	103	2.5	103	88	2	373	18	21	28	30	1.97
18377980--18378090	33	3.3	32	73	14	89	29	24	15	30	1.95
18381898--18381979	27	3.0	27	72	0	74	26	29	12	31	1.92
18384462--18384506	24	1.9	23	86	4	63	53	8	6	31	1.58
18384560--18384586	13	2.1	13	100	0	54	55	0	14	29	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18391993--18392029	18	2.1	18	90	10	58	59	0	5	35	1.20
18393237--18393350	25	4.4	27	72	14	71	53	0	3	42	1.24
18399968--18400013	16	2.9	16	90	0	65	36	2	32	28	1.69
18407717--18408102	193	2.0	192	96	0	718	29	20	9	40	1.84
18408865--18408907	18	2.4	18	88	0	59	39	23	9	27	1.85
18411579--18411632	21	2.7	20	80	8	74	59	12	18	9	1.60
18411562--18411649	20	4.1	21	79	8	81	55	11	20	12	1.67
18422316--18422378	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
18429547--18429591	22	2.0	22	91	0	72	42	17	11	28	1.84
18431140--18431187	14	3.6	13	81	18	55	8	8	0	83	0.82
18432148--18432186	16	2.5	15	87	4	51	46	10	5	38	1.60
18434962--18435154	49	4.0	49	89	5	277	31	9	31	28	1.88
18434962--18435154	47	4.0	48	91	2	264	31	9	31	28	1.88
18435275--18435353	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18436715--18437068	111	3.2	111	88	4	502	31	16	17	34	1.92
18457000--18457037	15	2.6	15	84	16	53	81	0	0	18	0.69
18457000--18457037	8	5.1	8	90	9	55	81	0	0	18	0.69
18457004--18457037	12	2.8	13	86	13	54	82	0	0	17	0.67
18468518--18468579	27	2.3	27	91	5	99	17	14	22	45	1.85
18469812--18469902	47	1.9	47	97	0	173	38	32	4	24	1.75
18476507--18476585	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
18476704--18477038	47	7.1	47	92	1	535	28	30	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18485240--18485298	31	1.9	31	85	0	82	42	10	16	30	1.82
18486728--18486761	17	1.9	18	88	5	52	11	5	29	52	1.61
18501174--18501210	7	5.3	7	100	0	74	0	43	13	43	1.44
18504550--18504785	72	3.3	72	90	2	350	24	5	13	56	1.57
18511605--18511665	29	2.1	28	82	8	70	27	8	11	52	1.66
18517979--18518221	130	1.9	130	91	0	396	24	13	15	46	1.82
18518154--18518297	75	1.9	75	97	0	270	21	13	15	50	1.78
18519065--18519111	15	3.3	15	88	8	71	40	31	0	27	1.57
18518890--18519484	300	2.0	297	88	4	876	41	27	2	29	1.69
18519630--18519795	72	2.3	72	91	2	271	27	25	21	25	1.99
18519696--18520024	115	2.9	114	92	2	536	25	26	22	25	2.00
18519930--18520097	73	2.3	73	89	2	257	25	25	22	27	2.00
18519815--18520211	187	2.1	188	91	1	654	25	25	22	26	2.00
18519997--18520212	114	1.9	114	94	0	378	25	26	22	24	2.00
18521095--18521155	31	2.0	31	93	0	104	44	11	8	36	1.71
18521594--18521625	15	2.1	16	94	5	57	37	3	0	59	1.13
18522948--18523005	26	2.2	28	82	14	79	48	5	1	44	1.35
18525796--18525856	26	2.3	26	91	0	95	32	18	6	42	1.76
18525796--18525869	26	2.8	26	85	4	87	35	16	6	41	1.74
18533492--18533566	30	2.5	30	91	0	123	45	9	20	25	1.80
18535467--18535562	25	3.7	26	71	13	90	34	7	0	58	1.26
18535478--18535559	17	4.6	17	70	14	67	36	7	0	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18535478--18535587	54	2.0	57	96	3	192	35	9	0	55	1.32
18535673--18535728	20	2.8	21	73	10	55	26	5	0	67	1.11
18543497--18543551	27	2.0	27	82	6	67	43	3	1	50	1.30
18546589--18546632	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
18548107--18548143	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
18549013--18549039	5	5.4	5	100	0	54	22	18	22	37	1.95
18549950--18549995	24	1.9	24	82	8	58	41	19	19	19	1.91
18553766--18553838	9	8.3	9	72	6	51	1	19	1	78	0.91
18555089--18555159	24	3.2	21	77	15	63	40	1	0	57	1.07
18555099--18555163	21	2.9	22	82	11	71	38	1	0	60	1.07
18555108--18555171	22	3.0	22	77	9	69	34	3	0	62	1.11
18556635--18556664	15	1.9	15	93	6	51	66	20	6	6	1.38
18556665--18556727	27	2.3	27	88	0	99	30	22	33	14	1.93
18557195--18557257	19	3.3	19	68	0	63	41	9	3	46	1.52
18557292--18557326	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
18558657--18558718	27	2.3	27	94	0	106	12	35	22	29	1.91
18560823--18560860	20	2.0	20	89	5	60	57	5	0	36	1.21
18560828--18560870	20	2.2	20	83	8	52	62	6	0	30	1.21
18566449--18566490	20	2.1	20	86	0	57	19	16	35	28	1.93
18578338--18578378	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
18585559--18585607	26	1.9	26	88	12	75	44	8	28	18	1.78
18585557--18585613	26	2.2	25	78	9	71	52	7	24	15	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18590136--18590192	24	2.4	24	79	5	71	14	21	10	54	1.69
18590132--18590206	24	3.2	24	77	9	66	14	20	12	53	1.72
18590172--18590268	36	2.6	36	81	6	113	21	25	7	45	1.77
18590172--18590266	40	2.5	37	83	6	111	22	26	7	44	1.79
18599235--18599290	3	18.7	3	96	0	103	32	0	33	33	1.58
18602796--18602828	11	3.0	11	95	0	57	54	9	6	30	1.56
18605243--18605272	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
18609197--18609320	66	1.9	66	80	6	144	30	8	6	54	1.55
18609924--18609986	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
18616564--18616601	18	2.1	18	85	9	51	36	2	0	60	1.11
18620652--18620766	25	4.6	25	76	2	115	28	20	26	24	1.99
18628257--18628315	21	2.8	21	78	0	73	20	38	20	20	1.93
18635635--18635682	20	2.3	20	79	10	53	33	0	8	58	1.28
18637193--18637218	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
18641305--18641364	26	2.3	26	91	2	95	41	23	20	15	1.89
18644269--18644306	20	1.9	20	88	0	58	50	10	5	34	1.59
18648552--18648739	23	8.2	23	88	3	272	31	25	19	23	1.98
18658495--18658534	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
18660591--18660634	19	2.3	19	88	0	70	31	2	15	50	1.57
18664466--18664524	19	3.2	19	97	2	111	38	3	15	42	1.63
18671975--18672035	31	2.0	31	90	0	95	26	19	4	49	1.69
18682474--18682515	18	2.4	17	88	11	66	33	9	33	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18683660--18683704	9	5.1	9	82	15	58	44	0	2	53	1.13
18683859--18683898	4	10.0	4	88	0	62	47	2	2	47	1.29
18701177--18701236	2	30.0	2	100	0	120	0	50	0	50	1.00
18702162--18702206	15	2.9	16	75	21	51	35	4	0	60	1.17
18702907--18702934	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
18706057--18706274	97	2.2	97	88	3	314	30	22	23	23	1.99
18706004--18706274	47	5.3	50	83	10	288	32	22	22	22	1.98
18707203--18707274	31	2.3	31	80	4	92	65	5	6	22	1.38
18707203--18707283	31	2.6	31	76	7	85	65	4	6	23	1.35
18709454--18709581	40	3.2	39	91	5	204	21	17	7	53	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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