genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56114752--56114786	19	1.9	18	88	11	54	65	11	20	2	1.37
56116379--56116428	9	5.7	9	77	17	52	32	2	2	64	1.16
56116381--56116421	17	2.5	16	88	4	55	34	2	2	60	1.23
56116381--56116437	16	3.6	16	84	11	64	33	1	1	63	1.15
56128951--56129016	32	2.1	32	100	0	132	24	28	9	37	1.86
56145826--56145920	50	1.9	50	89	4	147	35	7	9	47	1.64
56146700--56146767	27	2.6	27	76	23	81	42	1	1	54	1.18
56146874--56147420	19	27.3	19	67	23	179	30	0	12	56	1.40
56146899--56147481	80	7.3	80	85	8	635	30	0	12	57	1.38
56146877--56147265	181	2.1	181	94	0	670	30	0	11	57	1.38
56147176--56147281	34	3.3	34	68	17	109	31	0	10	57	1.39
56147098--56147541	141	3.2	139	87	6	596	30	0	12	56	1.41
56147178--56147541	61	6.3	60	79	12	369	30	0	12	56	1.42
56147075--56147581	221	2.3	221	96	1	933	30	0	12	56	1.40
56147397--56147502	34	3.3	33	68	17	98	31	0	11	56	1.41
56147517--56147570	23	2.4	21	82	14	72	31	1	12	53	1.50
56147399--56147567	61	2.8	60	82	8	198	30	1	13	55	1.46
56147558--56147675	56	2.0	59	87	6	170	32	0	13	53	1.46
56147792--56147828	16	2.4	16	90	4	58	32	2	5	59	1.34
56150814--56150840	13	2.1	13	100	0	54	29	37	0	33	1.58
56152385--56152434	23	2.1	24	82	10	59	8	10	4	78	1.09
56153094--56153174	26	3.2	24	76	15	74	32	3	3	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56153101--56153189	25	3.5	26	83	7	96	34	3	4	57	1.36
56153378--56153470	19	4.8	19	70	10	62	33	4	6	55	1.45
56155737--56155789	24	2.2	25	82	3	63	28	22	3	45	1.70
56158672--56158944	137	2.0	137	98	1	530	35	16	25	22	1.95
56160021--56160593	50	11.5	50	71	2	373	30	21	22	25	1.99
56160024--56160593	100	5.7	99	85	4	718	30	21	22	25	1.99
56160642--56160825	44	4.3	44	70	13	141	32	22	19	26	1.98
56160642--56160957	128	2.4	128	83	5	332	31	22	21	24	1.98
56162276--56162364	25	3.5	26	83	7	96	34	3	4	57	1.36
56162553--56162645	19	4.8	19	70	10	62	33	4	6	55	1.45
56165159--56165509	147	2.3	149	86	4	485	30	11	7	51	1.65
56166606--56166715	22	5.0	22	87	4	168	30	29	0	40	1.57
56166752--56166808	28	2.0	30	89	6	91	38	0	1	59	1.08
56166907--56166940	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
56168567--56168601	18	1.9	18	88	0	52	28	34	8	28	1.87
56169084--56169752	126	5.3	125	82	12	682	48	23	0	28	1.54
56169096--56169699	149	4.1	147	89	6	814	48	23	0	27	1.52
56169096--56169682	23	23.9	23	78	15	552	48	23	0	28	1.53
56169681--56169892	58	3.6	58	83	9	236	38	25	1	34	1.67
56173113--56173378	124	2.1	125	87	2	383	31	23	15	29	1.95
56173661--56173743	33	2.5	32	72	14	78	61	6	18	14	1.53
56174419--56174455	18	2.1	18	89	0	56	32	8	2	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56180052--56180226	3	58.0	3	73	14	78	29	5	2	62	1.31
56180272--56180312	18	2.3	18	83	4	57	41	9	0	48	1.36
56184566--56184684	6	19.8	6	77	14	59	69	6	9	14	1.34
56184582--56184683	33	2.9	32	71	20	87	70	5	9	13	1.32
56184616--56184665	17	3.0	16	77	8	55	76	6	8	10	1.17
56185621--56185680	6	9.0	7	85	10	65	66	0	15	18	1.25
56185626--56185676	26	2.0	26	88	7	77	64	0	15	19	1.29
56185621--56185680	14	4.5	13	83	8	77	66	0	15	18	1.25
56185726--56185759	7	5.0	7	85	7	52	67	0	17	14	1.23
56185726--56185761	14	2.6	14	95	4	65	66	0	19	13	1.24
56186975--56187583	46	13.8	45	74	10	395	29	19	23	27	1.98
56187016--56187343	174	1.9	172	79	6	367	28	19	24	28	1.98
56186971--56187573	218	2.8	218	88	3	854	28	19	23	27	1.98
56187193--56187640	87	5.1	87	74	7	332	29	19	22	27	1.98
56187501--56187616	43	2.7	43	83	2	117	26	24	24	25	2.00
56187615--56187666	26	2.0	26	96	0	95	40	11	19	28	1.86
56187792--56188290	44	11.4	45	70	11	218	29	19	23	27	1.98
56187845--56188257	129	3.2	129	84	5	426	29	19	23	27	1.98
56187974--56188290	129	2.4	128	86	4	429	29	20	22	28	1.99
56188295--56188429	45	3.1	43	66	16	107	31	22	20	24	1.98
56188409--56188545	43	3.2	43	64	13	109	29	24	21	24	1.99
56188296--56188661	87	4.2	87	91	1	583	30	22	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56188670--56188993	167	1.9	166	91	2	533	32	19	21	26	1.97
56188672--56188945	84	3.3	84	67	10	236	32	19	21	25	1.97
56188923--56189078	43	3.6	42	73	10	145	29	17	25	27	1.97
56188752--56189100	86	4.1	85	71	10	284	31	18	22	27	1.97
56190528--56190708	3	61.0	3	73	14	110	29	6	2	61	1.32
56190753--56190793	18	2.3	18	83	4	57	41	9	0	48	1.36
56191003--56191033	15	2.1	15	93	0	53	22	0	6	70	1.09
56191387--56191684	112	2.7	109	90	3	449	30	16	18	34	1.93
56193022--56193083	30	2.1	30	100	0	124	19	33	24	22	1.97
56193022--56193104	30	2.8	30	88	3	87	19	33	22	24	1.97
56198896--56198958	28	2.2	28	100	0	126	33	22	22	22	1.97
56201905--56201955	26	1.9	27	96	4	95	41	1	0	56	1.10
56202023--56202074	18	2.8	19	79	5	70	36	13	0	50	1.42
56202081--56202173	25	3.5	26	91	5	143	58	0	2	39	1.10
56202081--56202173	26	3.5	26	89	5	134	58	0	2	39	1.10
56206441--56206477	5	7.4	5	93	0	65	59	0	2	37	1.12
56206441--56206484	15	2.9	15	86	0	52	56	4	2	36	1.32
56212240--56212267	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30
56213855--56213906	24	2.1	25	82	7	61	30	9	7	51	1.62
56234274--56234318	14	3.3	13	78	9	54	80	6	13	0	0.91
56237032--56237070	21	1.9	20	84	5	51	17	15	23	43	1.87
56240515--56240570	17	3.3	16	80	9	58	48	0	8	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56241771--56241798	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
56252785--56252845	9	6.8	9	96	0	104	22	9	29	37	1.87
56253005--56253029	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
56253789--56253838	19	2.9	19	77	19	56	28	0	0	72	0.86
56257469--56257543	39	1.9	38	89	2	114	32	21	12	34	1.90
56262203--56262270	33	2.1	33	83	5	84	45	14	11	27	1.80
56263376--56263436	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
56263276--56263556	101	3.0	94	80	12	294	48	3	3	44	1.36
56263342--56263556	90	2.4	90	87	4	308	47	4	3	45	1.38
56263472--56263502	16	2.0	15	93	6	53	58	0	0	41	0.98
56263383--56263537	46	3.4	46	68	12	122	50	3	1	43	1.31
56266487--56266558	33	2.2	33	97	0	135	34	5	16	43	1.72
56266625--56266697	33	2.2	33	95	0	128	35	6	16	41	1.75
56266481--56266766	138	2.1	138	97	1	547	36	8	12	42	1.73
56266743--56266829	37	2.4	37	92	0	138	34	8	14	42	1.76
56268000--56268139	69	2.0	69	84	5	185	41	25	9	23	1.84
56269162--56269268	38	2.9	37	86	5	137	54	12	28	5	1.60
56269162--56269280	36	3.2	36	84	5	132	54	11	27	5	1.59
56269547--56269601	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
56269814--56269848	16	2.2	16	89	0	52	34	37	0	28	1.58
56271162--56271248	38	2.3	38	83	0	102	32	16	18	33	1.93
56273522--56273580	30	1.9	31	89	3	93	59	11	8	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56282315--56282393	27	2.9	27	83	7	81	22	20	20	36	1.95
56282348--56282407	27	2.2	27	93	0	102	16	20	23	40	1.91
56282450--56282600	27	5.3	27	74	18	128	19	16	20	43	1.88
56282314--56282493	99	1.8	100	90	1	290	24	19	18	37	1.94
56290792--56290936	53	2.7	52	80	4	173	37	13	20	28	1.90
56291067--56291270	28	7.3	27	68	18	96	30	13	25	29	1.94
56291167--56291271	27	3.8	28	71	7	79	27	19	26	26	1.99
56291064--56291270	56	3.7	55	79	8	204	30	14	25	29	1.94
56291226--56291302	28	2.7	27	80	11	82	27	16	31	24	1.97
56299949--56299992	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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