genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11509958--11509999	9	4.7	9	88	11	59	66	0	0	33	0.92
11512742--11512884	59	2.4	58	86	4	207	23	17	21	37	1.94
11514050--11514277	121	1.9	120	96	0	420	43	1	4	50	1.30
11514222--11514255	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
11514318--11514346	6	4.8	6	100	0	58	68	13	0	17	1.20
11514495--11514579	16	5.3	16	92	0	143	20	32	5	41	1.76
11516845--11517188	102	3.4	102	89	3	489	29	15	26	29	1.96
11516845--11517182	51	6.7	50	81	5	374	28	15	26	29	1.96
11517380--11517452	37	1.9	38	86	2	103	45	1	21	31	1.61
11519160--11519778	310	2.0	310	90	2	967	43	10	17	28	1.82
11521760--11521889	55	2.5	51	84	9	179	44	13	15	26	1.84
11521773--11521883	55	2.0	55	92	0	186	42	14	16	27	1.86
11530988--11531030	9	4.8	9	88	0	68	53	4	0	41	1.21
11530988--11531030	18	2.4	18	100	0	86	53	4	0	41	1.21
11531248--11531307	29	2.1	29	100	0	120	51	23	0	25	1.48
11532255--11532315	30	2.0	30	84	6	79	27	4	24	42	1.75
11545900--11546084	41	4.5	41	89	4	243	31	19	25	22	1.98
11545900--11546084	81	2.3	82	86	5	259	31	19	25	22	1.98
11553080--11553227	73	2.0	73	98	0	287	22	18	16	42	1.89
11558383--11558555	84	2.1	84	97	0	328	28	10	16	44	1.80
11565295--11565321	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
11580399--11580449	21	2.5	20	81	15	59	58	0	7	33	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11582252--11582286	12	2.9	12	91	0	52	54	2	0	42	1.15
11582400--11582467	28	2.5	27	83	4	84	52	0	7	39	1.29
11582658--11582712	21	2.8	19	86	10	83	34	12	16	36	1.87
11582658--11582715	19	2.9	19	87	9	89	34	12	18	34	1.88
11582986--11583058	9	7.4	9	76	21	51	71	0	1	27	0.95
11582947--11583083	28	4.9	28	77	19	137	67	0	2	30	1.03
11582965--11583074	52	2.1	52	88	8	161	67	0	2	30	1.05
11582958--11583078	27	4.6	27	75	18	78	66	0	2	30	1.04
11582992--11583039	11	4.3	11	82	12	62	70	0	2	27	0.98
11582965--11583089	52	2.4	50	82	12	155	67	0	2	30	1.04
11583872--11583924	28	1.9	27	85	11	72	28	9	7	54	1.59
11590075--11591099	88	11.6	88	89	1	1394	25	22	26	25	2.00
11590078--11591008	44	21.2	44	65	8	363	25	22	26	25	2.00
11590075--11591281	88	13.7	88	88	0	1023	26	21	26	25	2.00
11591022--11591275	132	1.9	132	83	3	332	28	16	25	29	1.97
11591064--11591436	44	8.5	44	84	2	444	29	15	26	28	1.96
11591062--11591436	177	2.1	176	91	2	608	29	15	26	29	1.96
11591067--11591434	131	2.8	130	86	4	472	29	15	26	28	1.96
11591779--11591850	19	3.7	19	87	7	108	34	9	16	38	1.82
11591781--11591881	19	4.9	21	80	14	104	34	7	17	39	1.79
11599109--11599155	16	3.0	16	78	3	51	34	0	17	48	1.47
11601202--11601254	19	3.0	17	86	10	79	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11602377--11602426	23	2.3	20	87	12	73	38	0	0	62	0.96
11602354--11602447	31	3.0	30	77	13	82	39	0	1	59	1.04
11602383--11602464	33	2.5	32	84	4	101	41	0	0	58	0.98
11602551--11602593	16	2.8	15	86	6	59	32	2	0	65	1.06
11604235--11604298	27	2.4	27	82	7	78	68	0	23	7	1.15
11604161--11604284	44	2.8	45	82	6	144	62	2	27	8	1.36
11605389--11605423	17	2.1	17	88	0	52	34	8	5	51	1.56
11609522--11609591	22	3.1	21	72	20	61	65	4	2	27	1.25
11609523--11609616	25	4.0	23	77	14	77	68	3	2	26	1.16
11609557--11609729	25	7.0	25	71	12	119	76	1	2	19	0.95
11609557--11609636	23	3.3	24	80	13	92	75	1	0	23	0.88
11609704--11609738	17	1.9	17	88	11	52	74	0	0	25	0.82
11609669--11609715	1	47.0	1	95	0	85	97	0	0	2	0.15
11613115--11613154	19	2.0	19	85	9	53	0	25	2	72	0.97
11627798--11627879	26	3.1	25	87	8	119	71	2	0	25	0.98
11627795--11627879	25	3.2	26	82	14	111	71	2	0	25	0.98
11627795--11627850	19	2.8	19	76	17	51	75	1	0	23	0.90
11627934--11627980	24	2.0	24	86	0	67	78	0	2	19	0.85
11630052--11630215	44	3.9	44	84	6	180	27	23	20	28	1.99
11631593--11631632	19	2.0	19	85	9	53	0	25	2	72	0.97
11638533--11638593	24	2.6	24	79	5	72	63	3	1	31	1.20
11638648--11638695	16	3.0	15	79	11	51	77	0	2	20	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11638650--11638695	23	2.0	24	86	4	67	78	0	2	19	0.86
11641750--11641931	43	4.2	43	96	0	337	30	29	19	19	1.97
11645216--11645296	24	3.4	23	72	16	67	35	20	27	16	1.94
11653417--11653460	22	2.0	22	82	8	54	45	2	2	50	1.27
11654001--11654047	18	2.6	18	77	16	53	55	2	4	38	1.31
11657918--11657945	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
11668709--11668758	14	3.5	14	75	20	50	40	0	0	60	0.97
11675425--11675456	10	3.1	10	95	4	55	43	18	9	28	1.81
11683899--11683930	5	6.4	5	100	0	64	0	37	0	62	0.95
11684684--11684757	29	2.5	30	78	14	82	45	13	13	27	1.81
11697562--11697619	22	2.7	21	72	20	57	58	5	0	36	1.20
11698175--11698237	32	1.9	33	90	3	101	65	6	7	20	1.42
11701747--11701792	19	2.3	21	78	14	53	32	0	2	65	1.05
11711742--11711782	12	3.2	13	77	16	50	46	0	0	53	1.00
11711741--11711781	20	2.0	20	86	9	57	46	0	0	53	1.00
11711741--11711840	24	4.2	24	77	12	109	51	0	2	47	1.12
11711769--11711809	17	2.3	18	84	12	50	53	0	2	43	1.13
11711786--11711857	27	2.7	26	81	12	83	51	0	2	45	1.15
11713101--11713151	23	2.2	23	86	6	68	60	1	0	37	1.08
11730565--11730609	16	2.8	16	82	3	54	75	0	6	17	1.01
11731713--11731748	18	2.1	17	89	5	54	77	2	0	19	0.88
11732662--11732763	25	4.3	24	79	13	97	38	19	24	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11733750--11733796	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
11739026--11739074	24	2.0	24	100	0	98	38	4	20	36	1.72
11755272--11755304	16	2.1	16	100	0	66	51	6	12	30	1.63
11757489--11757581	18	5.2	18	84	0	123	29	22	15	33	1.94
11757489--11757581	36	2.6	36	89	0	141	29	22	15	33	1.94
11762664--11762693	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
11763290--11763328	17	2.3	17	90	0	60	17	15	0	66	1.25
11764403--11764430	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
11765808--11765867	29	2.1	28	81	6	68	23	11	18	46	1.81
11766081--11766131	22	2.3	22	89	0	84	27	29	0	43	1.55
11769691--11770040	123	2.8	125	92	2	607	32	21	16	30	1.95
11770236--11770301	29	2.3	28	82	7	78	40	18	16	24	1.90
11770741--11770770	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
11776575--11776621	22	2.1	22	100	0	94	57	4	8	29	1.48
11778171--11778293	18	6.8	18	86	0	174	29	23	14	32	1.94
11778169--11778293	36	3.5	36	92	0	205	28	23	15	32	1.95
11780106--11780251	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
11780215--11780581	46	7.6	46	82	10	437	28	22	14	34	1.93
11780258--11780575	52	6.3	52	82	9	399	28	22	14	34	1.93
11780226--11780581	98	3.6	98	96	0	640	28	21	14	34	1.94
11786141--11786183	15	2.9	14	83	12	52	72	4	2	20	1.14
11786969--11787063	32	3.0	32	98	1	183	43	15	9	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11788426--11788462	12	3.2	12	88	7	58	75	0	5	18	0.99
11788438--11788491	20	2.6	20	83	16	74	70	0	5	24	1.08
11788426--11788509	11	8.2	11	72	20	58	71	0	4	23	1.05
11788450--11788510	28	2.2	28	91	5	97	68	0	3	27	1.05
11788707--11788777	36	2.0	36	86	5	99	29	2	4	63	1.27
11794639--11794790	64	2.4	64	86	3	209	28	17	30	23	1.97
11797057--11797114	30	1.9	30	85	0	80	43	1	24	31	1.64
11797091--11797263	85	2.0	85	100	0	346	36	5	18	39	1.73
11797411--11797442	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
11797537--11797778	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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