genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22277533--22277569	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
22278118--22278156	14	2.8	13	92	7	60	33	15	7	43	1.75
22281397--22281434	17	2.2	17	90	9	60	28	0	2	68	1.03
22284657--22284693	14	2.6	14	91	0	65	45	43	0	10	1.39
22305406--22305458	23	2.3	23	93	0	88	26	28	9	35	1.87
22305572--22305603	17	1.9	16	93	6	55	43	9	0	46	1.35
22305844--22305884	20	2.2	20	86	8	59	31	9	9	48	1.69
22307571--22307777	43	4.8	43	84	5	267	22	17	27	32	1.97
22309463--22309493	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
22320108--22320174	28	2.3	28	79	7	71	22	14	7	55	1.65
22321824--22321873	23	2.2	22	78	3	55	6	22	2	70	1.20
22330203--22330228	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
22330889--22330937	18	2.7	18	93	0	80	36	0	8	55	1.30
22330891--22330938	3	16.0	3	82	0	60	35	0	6	58	1.23
22330891--22330938	12	4.0	12	91	0	69	35	0	6	58	1.23
22331079--22331150	24	2.9	24	78	15	67	44	0	22	33	1.53
22331294--22331389	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
22333176--22333213	17	2.2	17	90	0	58	76	2	7	13	1.11
22346621--22346670	17	2.8	18	90	6	75	42	46	0	12	1.41
22346652--22346768	39	3.0	38	90	6	182	48	29	4	17	1.66
22346894--22346968	37	2.0	37	89	0	114	36	8	12	44	1.71
22354776--22355006	50	4.6	50	91	2	367	25	23	31	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22357064--22357129	30	2.2	30	89	5	98	34	13	21	30	1.92
22361782--22362012	50	4.6	50	89	2	349	25	24	31	19	1.98
22364882--22364937	24	2.1	28	78	18	75	46	3	3	46	1.37
22364884--22364948	26	2.6	26	90	4	98	47	4	3	44	1.39
22369229--22369253	9	2.8	9	100	0	50	20	0	44	36	1.52
22373197--22373261	31	2.1	31	100	0	130	16	3	27	52	1.59
22373957--22374062	25	4.2	25	72	12	92	48	5	7	38	1.55
22374699--22374907	92	2.3	91	85	5	269	46	3	3	45	1.37
22374961--22375171	66	3.4	64	68	21	194	42	3	5	47	1.45
22374930--22375212	120	2.4	119	89	4	453	43	3	4	48	1.38
22375048--22375088	15	2.9	15	82	10	50	48	0	0	51	1.00
22375022--22375209	59	3.1	60	68	14	188	45	1	4	47	1.33
22375177--22375218	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22375168--22375209	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22375152--22375467	156	2.0	157	95	0	571	47	5	3	43	1.42
22375320--22375354	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22375805--22375840	19	1.9	19	88	5	56	5	0	27	66	1.13
22377241--22377288	22	2.1	21	85	11	60	37	10	2	50	1.49
22385112--22385212	42	2.3	42	84	5	121	20	8	13	56	1.64
22385230--22385315	21	4.2	20	76	10	75	20	8	12	58	1.60
22388581--22388611	15	2.0	16	93	6	55	64	6	16	12	1.47
22393817--22393889	36	2.0	36	86	0	101	38	13	23	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22449458--22449577	43	2.8	43	84	0	150	26	23	16	33	1.96
22451449--22451483	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
22456337--22456383	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
22458713--22458743	9	3.4	9	100	0	62	22	9	12	54	1.67
22460307--22460351	6	7.0	6	85	14	63	20	0	2	77	0.87
22463862--22464091	33	6.6	33	72	19	157	30	27	22	20	1.98
22463818--22464066	75	3.3	75	91	0	417	30	27	20	20	1.98
22476048--22476094	21	2.2	21	77	7	51	21	17	19	42	1.89
22481439--22481470	6	5.3	6	92	0	55	15	0	3	81	0.82
22481431--22481483	18	3.1	18	76	7	58	18	0	3	77	0.92
22482666--22482717	24	2.2	24	96	0	95	26	13	9	50	1.72
22487658--22487695	16	2.5	15	84	12	51	26	2	31	39	1.70
22488633--22488990	147	2.4	146	79	3	360	27	13	21	36	1.92
22488766--22489101	146	2.3	146	81	4	354	27	15	20	36	1.93
22491602--22491713	36	3.4	36	70	25	127	42	8	7	41	1.61
22491547--22491731	63	2.9	63	93	4	300	42	8	7	41	1.64
22491730--22491773	23	1.9	23	95	0	79	43	18	0	38	1.50
22491753--22491848	38	2.5	38	91	3	147	48	12	0	38	1.41
22491829--22492150	9	36.0	9	86	2	461	46	19	0	33	1.55
22492125--22492201	33	2.3	33	100	0	154	36	20	2	40	1.67
22497697--22497744	21	2.3	21	92	0	78	33	20	45	0	1.52
22498036--22498060	12	2.1	12	100	0	50	16	0	24	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22498175--22498267	42	2.2	43	86	1	125	25	19	24	30	1.98
22498192--22498355	43	3.9	42	79	10	142	25	23	20	31	1.98
22498700--22498742	19	2.2	20	80	12	54	32	16	0	51	1.45
22498824--22498958	45	3.0	44	83	5	171	35	25	15	23	1.94
22498957--22499160	51	4.0	51	76	8	209	27	28	18	25	1.98
22498965--22499151	101	1.8	101	88	3	286	28	27	19	24	1.98
22499938--22500013	25	3.2	24	78	15	86	39	15	23	21	1.92
22512905--22512948	23	1.9	23	90	0	70	65	0	2	31	1.05
22512894--22512953	31	2.0	30	84	12	79	65	1	1	31	1.13
22513522--22513560	20	1.9	21	84	5	53	61	2	5	30	1.31
22521350--22521382	7	4.7	7	100	0	66	30	0	0	69	0.88
22524201--22524236	18	2.0	18	100	0	72	27	16	5	50	1.68
22525899--22525930	12	2.7	12	95	0	55	31	15	3	50	1.60
22530831--22531027	98	2.0	98	93	0	340	38	23	9	28	1.85
22532444--22532543	21	4.7	21	80	12	64	40	17	6	37	1.74
22532444--22532501	22	2.6	22	81	7	64	41	18	3	36	1.68
22532491--22532555	21	3.1	21	97	0	121	38	12	9	40	1.75
22532480--22532556	21	3.8	20	91	6	113	37	14	9	38	1.78
22533426--22533457	8	4.0	8	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22534020--22534083	10	6.1	10	75	13	58	18	4	4	71	1.21
22534046--22534076	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
22538629--22538710	30	2.7	31	79	5	87	36	8	18	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22539086--22539135	23	2.3	21	79	6	55	46	0	4	50	1.20
22539548--22539640	44	2.1	44	86	9	127	35	27	4	32	1.77
22539633--22539677	21	2.1	21	95	0	81	26	33	0	40	1.57
22539622--22539680	16	3.4	16	72	20	55	27	33	1	37	1.67
22547214--22547546	51	6.6	51	78	5	318	25	18	26	30	1.98
22547212--22547546	152	2.2	152	81	5	383	25	18	26	30	1.98
22559097--22559149	26	2.0	26	96	0	97	37	9	26	26	1.87
22561388--22561422	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
22564537--22564561	11	2.3	11	100	0	50	56	16	12	16	1.68
22567746--22567804	21	2.8	21	79	7	57	52	0	1	45	1.10
22567872--22567907	16	2.2	17	90	5	56	61	0	5	33	1.19
22568085--22568148	31	2.1	30	85	2	83	32	7	10	48	1.67
22577074--22577190	51	2.3	51	96	0	216	29	23	14	32	1.94
22585781--22585842	21	3.0	21	75	0	70	16	20	17	45	1.86
22585732--22585842	42	2.7	42	82	9	113	15	20	17	46	1.83
22596380--22596418	18	2.2	18	90	0	60	74	0	0	25	0.82
22599050--22599171	36	3.4	35	84	6	147	42	30	11	15	1.82
22600405--22600431	13	2.1	13	100	0	54	48	7	7	37	1.59
22603444--22603484	20	2.0	20	85	0	55	14	14	24	46	1.82
22604407--22604449	20	2.2	20	95	0	77	30	11	34	23	1.90
22608728--22609202	236	2.0	236	94	0	833	33	16	18	31	1.93
22609487--22609640	61	2.6	59	81	10	170	41	0	3	53	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22609828--22609876	16	3.1	16	87	0	71	30	32	0	36	1.58
22612328--22612361	6	5.7	6	96	0	59	38	11	0	50	1.39
22617935--22618316	49	7.8	49	82	2	392	24	25	16	33	1.96
22617935--22618316	147	2.6	147	82	1	444	24	25	16	33	1.96
22617935--22618289	98	3.6	98	87	0	476	23	26	15	33	1.95
22620309--22620351	21	2.0	21	100	0	86	39	27	9	23	1.85
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22625473--22625547	20	3.7	20	79	10	89	16	18	13	52	1.75
22625473--22625522	21	2.5	20	93	3	82	18	16	14	52	1.76
22630251--22630283	17	2.0	17	88	5	50	30	6	0	63	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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