genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19694383--19694440	6	9.8	6	96	3	109	84	0	15	0	0.62
19695412--19695455	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
19695411--19695466	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
19695455--19695502	23	2.2	23	88	7	73	33	4	14	47	1.63
19702803--19702831	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
19708166--19708483	159	2.0	159	91	1	521	38	19	12	30	1.88
19711784--19711845	21	3.0	21	80	0	79	16	20	17	45	1.86
19719122--19719146	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19720445--19720476	16	1.9	17	93	6	57	12	6	18	62	1.50
19720873--19720942	27	2.7	26	76	12	88	44	5	12	37	1.67
19724564--19724592	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
19729118--19729236	9	12.6	9	79	10	130	39	27	8	24	1.84
19729116--19729224	20	5.6	21	76	16	85	41	27	8	22	1.82
19729116--19729233	29	4.1	29	93	0	191	40	27	8	22	1.83
19729118--19729236	38	3.1	36	82	9	139	39	27	8	24	1.84
19729243--19729340	17	5.4	17	65	13	61	51	13	3	32	1.56
19729237--19729361	37	3.4	37	91	3	191	49	14	4	32	1.62
19729390--19729448	24	2.5	24	91	0	100	30	27	0	42	1.56
19736628--19736878	24	10.8	24	70	14	150	55	4	5	34	1.44
19736628--19736920	70	4.2	68	74	10	222	54	5	5	34	1.47
19737866--19738032	83	2.0	84	81	8	196	28	20	19	31	1.97
19738415--19738465	21	2.4	21	100	0	102	0	47	17	35	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19743122--19743168	16	2.8	17	83	3	60	34	42	0	23	1.54
19743425--19743871	114	4.0	114	80	10	557	27	25	20	26	1.99
19743520--19743834	100	3.0	100	80	11	387	28	27	19	23	1.98
19743425--19743834	214	1.9	214	88	2	617	27	26	20	25	1.99
19743770--19743908	74	1.9	74	90	0	224	25	24	24	25	2.00
19743669--19744058	188	2.1	187	85	1	512	28	23	21	26	1.99
19743864--19744164	114	2.6	112	85	4	406	26	23	24	25	2.00
19744085--19744315	72	3.2	72	80	6	279	26	22	24	25	2.00
19745383--19745440	30	1.9	30	82	6	73	25	13	17	43	1.86
19754080--19754113	18	2.0	18	88	11	54	23	20	11	44	1.84
19762614--19762658	17	2.5	18	82	17	58	28	2	2	66	1.15
19763308--19763335	12	2.3	12	100	0	56	0	46	25	28	1.53
19764475--19764536	25	2.5	25	89	2	99	32	16	27	24	1.96
19767720--19767821	46	2.3	46	86	5	138	31	22	13	32	1.93
19767756--19767945	62	3.0	62	90	1	299	30	24	10	35	1.89
19767882--19767999	45	2.6	46	88	4	170	30	23	12	33	1.92
19768068--19768114	19	2.3	21	85	7	62	42	12	0	44	1.42
19774976--19775018	21	2.0	21	90	0	68	48	18	13	18	1.80
19775288--19775400	43	2.6	43	84	8	147	23	23	17	35	1.95
19782397--19782503	46	2.4	46	89	4	157	29	23	13	33	1.92
19782438--19782627	62	3.0	62	94	3	328	28	25	11	33	1.91
19782564--19782681	45	2.6	46	92	6	190	28	22	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19782750--19782796	19	2.3	21	85	7	62	42	12	0	44	1.42
19784872--19784934	27	2.4	26	82	12	83	52	3	7	36	1.47
19789372--19789422	21	2.4	21	86	0	66	35	15	43	5	1.71
19789383--19789423	21	2.0	21	95	0	73	34	14	43	7	1.73
19789321--19789503	87	2.1	87	86	8	248	37	18	33	11	1.86
19789470--19789515	21	2.2	21	88	0	65	28	19	45	6	1.75
19789736--19789765	14	2.1	14	93	0	51	10	0	36	53	1.35
19789830--19790396	43	13.1	43	88	1	832	23	20	26	29	1.99
19790279--19790409	42	3.1	42	80	4	181	29	23	26	20	1.99
19790235--19790461	86	2.6	86	89	0	256	27	20	26	25	1.99
19792648--19792726	28	2.9	28	76	17	76	34	32	10	22	1.88
19792713--19792759	7	6.6	7	82	7	51	31	36	12	19	1.89
19793669--19793716	23	2.1	23	100	0	96	31	20	18	29	1.97
19809720--19809763	17	2.5	18	85	7	63	77	4	4	13	1.08
19809720--19809768	18	2.8	18	78	12	57	75	6	4	14	1.14
19809722--19809777	17	3.5	16	78	14	62	73	5	5	16	1.21
19815134--19815173	11	3.5	11	83	12	53	17	17	30	35	1.93
19815139--19815181	13	3.4	13	90	9	63	16	16	32	34	1.91
19828168--19828192	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19832961--19832995	18	1.9	18	88	0	52	48	11	14	25	1.77
19833151--19833184	18	1.9	18	88	5	52	14	17	8	58	1.61
19838062--19839036	486	2.0	486	97	0	1842	27	22	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19839764--19839815	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
19844652--19844695	18	2.4	18	85	11	63	27	0	2	70	0.99
19847116--19847416	44	6.7	44	69	16	136	29	22	17	30	1.97
19847311--19847455	44	3.2	45	77	14	129	31	26	15	26	1.96
19854674--19854718	25	1.9	23	82	13	56	64	4	4	26	1.32
19854753--19854796	22	2.0	23	86	4	63	50	0	11	38	1.39
19854764--19854881	55	2.2	54	84	7	150	54	2	6	36	1.41
19856596--19856635	21	1.9	21	85	10	55	57	2	0	40	1.12
19861705--19861756	25	2.1	25	100	0	104	46	11	15	26	1.80
19862792--19862832	20	1.9	23	85	14	61	48	14	9	26	1.75
19864855--19865005	26	5.8	26	85	1	153	30	16	23	29	1.96
19864854--19865005	52	2.9	52	88	1	189	30	16	24	28	1.96
19864855--19865015	78	2.1	79	81	5	184	31	16	22	29	1.96
19868850--19868880	7	4.4	7	100	0	62	29	12	25	32	1.93
19869159--19869243	4	21.2	4	97	0	161	24	1	24	49	1.57
19870065--19870134	27	2.6	27	90	0	113	30	21	20	28	1.98
19871858--19871908	22	2.3	22	86	3	66	52	3	9	33	1.53
19881718--19881773	28	1.9	29	82	13	71	37	0	0	62	0.95
19881741--19881784	21	2.0	22	83	12	56	38	2	0	59	1.10
19894875--19894901	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
19918717--19918768	25	2.1	25	100	0	104	46	11	15	26	1.80
19919803--19919843	20	1.9	23	85	14	61	48	14	9	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19921868--19922018	26	5.8	26	85	1	153	30	16	23	29	1.96
19921867--19922018	52	2.9	52	88	1	189	30	16	24	28	1.96
19921868--19922028	78	2.1	79	81	5	184	31	16	22	29	1.96
19925865--19925895	7	4.4	7	100	0	62	29	12	25	32	1.93
19926174--19926258	4	21.2	4	97	0	161	24	1	24	49	1.57
19927081--19927150	27	2.6	27	90	0	113	30	21	20	28	1.98
19939150--19939198	15	3.3	15	76	20	50	28	2	0	69	1.00
19939226--19939258	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
19943573--19943634	27	2.3	27	91	0	97	25	25	30	17	1.97
19943769--19943817	3	17.3	3	76	19	52	67	0	32	0	0.91
19943767--19943813	8	6.4	8	83	16	66	65	0	34	0	0.93
19943963--19944144	21	9.0	21	76	12	175	29	1	13	55	1.46
19943962--19944144	40	4.5	39	72	16	151	30	1	13	55	1.46
19943942--19944128	101	1.9	101	95	2	340	27	1	14	56	1.45
19944113--19944173	29	2.1	28	96	0	95	34	0	11	54	1.37
19944167--19944288	60	2.0	60	89	6	185	31	0	12	55	1.42
19949612--19949686	27	2.8	27	81	4	71	24	33	22	20	1.97
19953258--19953284	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
19956798--19956955	29	5.2	29	66	15	88	27	26	18	27	1.99
19956601--19957135	61	8.8	61	84	0	640	28	25	15	30	1.96
19957446--19957483	15	2.5	16	83	8	53	31	28	15	23	1.96
19989712--19989756	23	2.0	23	100	0	90	22	8	22	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20008053--20008087	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
20041273--20041311	10	3.9	10	82	0	51	25	2	23	48	1.63
20043085--20043225	69	2.0	69	97	0	264	35	9	14	40	1.78
20050071--20050121	23	2.2	23	89	0	75	41	19	9	29	1.84
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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