genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   

This is table  97  of  228  ( 27298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28308759--28308800	22	1.9	22	90	0	66	23	0	28	47	1.52
28308764--28308846	14	5.9	14	73	12	53	24	0	32	43	1.54
28308810--28308855	22	2.1	21	88	4	65	26	0	39	34	1.57
28313071--28313321	43	6.1	43	72	12	186	24	19	29	27	1.98
28314257--28314606	71	5.0	71	85	4	428	26	9	19	44	1.81
28314259--28314609	139	2.5	140	83	1	436	26	9	19	44	1.81
28314354--28314624	23	11.6	24	68	17	135	26	8	19	44	1.79
28314581--28314633	23	2.3	23	80	0	61	32	5	16	45	1.71
28318765--28319877	45	25.0	44	70	12	530	22	22	25	29	1.99
28318573--28319877	89	14.7	89	84	4	1415	22	22	25	29	1.99
28322900--28323083	51	3.6	50	75	9	178	26	17	24	31	1.97
28330171--28330282	3	37.3	3	85	0	89	55	0	10	33	1.41
28331311--28331345	15	2.3	15	90	0	52	14	5	37	42	1.69
28334381--28334567	50	3.8	49	85	4	238	17	31	21	28	1.96
28334381--28334563	97	1.9	99	88	5	282	17	31	21	29	1.96
28334588--28334682	44	2.2	44	86	0	127	24	20	11	44	1.84
28336521--28336558	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
28346423--28346460	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
28347901--28347966	33	2.0	33	90	0	105	53	7	18	21	1.69
28354140--28354179	15	2.6	14	85	14	53	40	12	12	35	1.81
28355579--28355665	39	2.2	39	85	4	113	43	18	5	32	1.73
28355711--28355748	15	2.4	16	86	4	51	44	28	2	23	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28357519--28357554	18	1.9	19	88	5	56	11	8	2	77	1.08
28357898--28357939	21	2.0	21	86	9	59	30	2	4	61	1.29
28362773--28362905	50	2.7	50	78	9	137	21	28	23	27	1.99
28364363--28364407	23	2.0	23	100	0	90	57	26	2	13	1.48
28368767--28368846	4	19.5	4	75	20	60	21	2	0	76	0.91
28368768--28368849	17	5.3	17	69	27	67	21	2	0	75	0.92
28368772--28368846	13	5.4	14	80	19	79	21	2	0	76	0.92
28368785--28368858	36	2.0	37	87	7	107	20	5	0	74	1.01
28368774--28368858	43	1.9	45	86	13	124	21	4	0	74	1.00
28368775--28368875	43	2.3	44	80	16	104	23	3	0	71	1.09
28368957--28368999	11	4.2	11	77	17	56	13	0	2	83	0.74
28368957--28369032	28	2.6	30	79	10	95	14	1	5	78	0.98
28368957--28369010	23	2.4	22	84	6	63	14	0	3	81	0.82
28368964--28369010	22	2.2	21	81	11	51	12	0	4	82	0.80
28369049--28369263	80	2.7	79	96	2	394	27	9	9	52	1.66
28370466--28370519	23	2.3	23	75	12	56	48	14	27	9	1.75
28375237--28375282	24	2.0	23	84	16	60	4	34	8	52	1.52
28376032--28376071	21	1.9	21	89	0	62	17	25	30	27	1.97
28382692--28382722	16	1.9	16	100	0	62	32	0	35	32	1.58
28382701--28382791	45	2.0	44	82	2	110	31	5	27	35	1.80
28382937--28382978	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28382946--28382987	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28383056--28383114	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
28382940--28383421	120	4.0	120	95	0	752	51	4	1	42	1.32
28383033--28383117	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
28383214--28383397	37	4.7	37	70	17	140	51	3	1	44	1.27
28383197--28383350	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
28388477--28388796	47	6.7	47	92	2	482	28	30	8	32	1.87
28388477--28388796	96	3.4	94	90	4	482	28	30	8	32	1.87
28393625--28393978	126	2.8	125	90	2	548	30	16	22	31	1.96
28396994--28397233	116	2.1	116	97	0	453	43	9	8	38	1.68
28397238--28398100	23	35.5	23	71	23	365	27	0	26	45	1.57
28397259--28397316	22	2.6	22	82	15	75	27	0	29	43	1.55
28397259--28397320	21	3.0	21	84	13	67	29	0	27	43	1.55
28397301--28397562	29	9.2	29	73	18	203	27	0	27	44	1.60
28397460--28397519	21	2.9	21	95	5	104	26	0	25	48	1.52
28397568--28397612	22	2.2	20	88	11	65	28	0	24	46	1.53
28397435--28398080	221	3.0	218	79	14	766	26	0	27	45	1.57
28397681--28397735	21	2.6	21	97	2	101	23	0	27	49	1.51
28397745--28397846	35	3.1	35	83	10	128	25	0	30	43	1.61
28397608--28397932	181	1.8	176	87	8	485	27	0	27	45	1.57
28397592--28397847	29	8.3	29	72	14	174	26	0	27	45	1.57
28397715--28398069	86	4.0	86	76	18	288	27	0	27	45	1.56
28397875--28397918	19	2.3	19	96	0	79	27	0	27	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28397813--28398100	109	2.5	115	88	7	446	27	0	27	45	1.54
28397495--28398086	290	2.0	301	87	10	881	27	0	27	45	1.58
28398006--28398080	29	2.5	30	93	4	134	25	0	29	45	1.54
28398096--28398188	25	3.7	25	97	0	177	41	15	0	43	1.46
28398106--28398242	44	3.0	45	83	10	127	47	13	0	38	1.44
28399342--28399375	7	4.9	7	86	13	52	58	11	0	29	1.33
28400484--28400508	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28400524--28400565	11	3.8	11	87	0	66	54	7	19	19	1.66
28400569--28400602	11	3.2	11	95	4	61	44	0	32	23	1.54
28401027--28401253	43	5.4	42	76	11	205	22	16	25	34	1.95
28401062--28401258	85	2.3	84	92	0	322	24	16	25	33	1.96
28406649--28406832	79	2.3	79	83	9	225	27	27	20	23	1.99
28406651--28406780	40	3.3	40	86	4	192	28	27	20	23	1.99
28414511--28414696	80	2.3	80	83	9	220	28	27	20	23	1.99
28414476--28414696	40	5.6	40	80	9	195	27	27	20	24	1.99
28427686--28427760	31	2.6	29	83	10	93	28	25	24	22	2.00
28427918--28427981	27	2.4	27	85	10	80	35	23	21	18	1.95
28428135--28428244	26	4.3	26	88	7	145	24	14	21	39	1.91
28430688--28430880	39	4.9	39	83	5	205	24	25	22	26	2.00
28435552--28435619	35	1.9	35	96	0	127	33	5	11	48	1.64
28435740--28436365	59	10.8	59	87	4	776	43	4	6	45	1.48
28435848--28435888	19	2.2	19	86	8	57	46	4	0	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28435740--28436365	117	5.4	116	84	5	791	43	4	6	45	1.48
28435964--28436001	19	2.0	20	89	5	60	52	5	0	42	1.24
28435740--28436365	176	3.6	174	82	5	777	43	4	6	45	1.48
28438581--28438632	23	2.2	22	80	16	59	1	15	19	63	1.40
28438588--28438645	24	2.4	24	91	8	91	0	12	22	65	1.25
28438761--28438888	25	5.1	25	81	3	150	27	17	35	19	1.94
28439407--28439433	7	3.9	7	100	0	54	11	14	14	59	1.62
28443732--28443777	24	1.9	24	82	8	58	58	4	2	34	1.30
28460345--28460476	40	3.3	40	85	4	185	28	28	19	23	1.98
28460343--28460529	81	2.3	80	82	10	213	27	27	20	23	1.99
28468241--28468426	80	2.3	80	83	9	220	27	27	20	23	1.99
28468243--28468373	40	3.3	40	86	2	192	29	27	19	23	1.99
28471860--28471909	26	1.9	26	87	0	73	18	22	34	26	1.96
28471924--28472115	43	4.5	42	74	11	142	23	13	25	36	1.92
28471923--28472123	85	2.4	84	87	1	285	23	14	24	36	1.93
28471886--28472085	42	4.7	42	77	11	158	22	13	26	38	1.91
28475739--28475778	21	1.9	21	85	10	55	75	0	12	12	1.06
28481040--28481079	7	6.0	7	91	2	57	12	0	17	70	1.18
28484702--28484751	21	2.3	21	83	10	57	50	4	4	42	1.40
28485173--28485234	25	2.4	27	76	13	67	50	0	3	46	1.17
28488298--28488331	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
28492059--28492722	174	3.8	176	95	1	1158	29	18	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28493209--28493248	20	2.0	20	100	0	80	35	5	25	35	1.78
28494370--28494401	11	2.9	11	100	0	64	28	0	0	71	0.86
28494370--28494402	6	5.8	6	86	13	52	30	0	0	69	0.88
28501099--28501151	23	2.2	24	87	9	74	58	0	3	37	1.16
28501100--28501159	24	2.5	24	84	10	70	60	0	3	36	1.14
28501893--28501954	31	2.0	31	96	0	115	54	11	9	24	1.65
28502174--28502198	8	3.1	8	100	0	50	48	0	12	40	1.40
28503541--28503573	17	1.9	17	93	0	57	45	12	3	39	1.57
28508518--28508549	16	2.0	16	93	0	55	40	6	15	37	1.73
28508709--28509045	51	6.6	51	72	9	172	25	16	26	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228