genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   

This is table  93  of  228  ( 27298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26992844--26992899	26	2.2	26	83	6	69	33	25	5	35	1.79
26994447--26994548	42	2.4	42	90	0	150	18	37	26	17	1.93
26994342--26994673	146	2.3	146	83	2	398	20	31	24	23	1.98
27017385--27017409	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
27017396--27017475	40	2.0	40	100	0	160	35	2	17	45	1.62
27019252--27019310	29	2.0	30	83	3	75	38	10	3	47	1.54
27019691--27019721	16	1.9	16	93	0	53	58	3	6	32	1.40
27024947--27025085	44	3.2	44	65	11	104	27	27	24	20	1.99
27024924--27025285	88	4.1	88	87	2	521	29	27	23	19	1.98
27025301--27026350	44	24.7	44	78	9	1018	29	17	24	27	1.98
27025301--27026353	126	8.3	127	82	7	1028	29	17	24	27	1.98
27025430--27026343	82	10.8	82	73	15	535	29	18	24	27	1.98
27025301--27026343	170	6.1	168	79	10	977	29	18	24	27	1.98
27026717--27026826	40	2.6	41	75	7	105	28	21	21	28	1.99
27026797--27026913	44	2.6	46	76	6	116	31	19	22	26	1.98
27028662--27028720	29	2.0	30	83	3	75	38	10	3	47	1.54
27029101--27029131	16	1.9	16	93	0	53	58	3	6	32	1.40
27030904--27030929	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
27032596--27032631	13	2.8	12	91	8	54	66	5	0	27	1.13
27032596--27032631	6	5.7	6	90	9	54	66	5	0	27	1.13
27043196--27043397	105	1.9	105	86	4	291	32	12	25	28	1.93
27043196--27043437	105	2.3	105	81	4	238	34	13	23	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27047758--27047782	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
27049314--27049357	19	2.3	19	84	11	54	59	4	0	36	1.18
27049327--27049388	18	3.4	17	72	12	52	54	4	3	37	1.38
27056102--27056279	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27056103--27056258	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27056099--27056279	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27063402--27063579	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
27063403--27063558	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
27063399--27063579	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
27081143--27081320	27	6.6	27	81	3	187	28	15	27	29	1.96
27081144--27081299	82	1.9	81	85	6	217	28	15	27	28	1.96
27081140--27081320	82	2.2	81	80	2	211	28	15	27	29	1.96
27088446--27088623	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
27088447--27088602	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
27088443--27088623	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
27092156--27092194	20	1.9	21	89	5	62	17	17	2	61	1.46
27103401--27103445	23	2.0	23	86	4	65	42	4	17	35	1.70
27103973--27104047	37	2.1	37	80	12	84	36	9	2	52	1.48
27106273--27106298	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
27107857--27108087	105	2.2	105	86	1	311	32	12	23	30	1.93
27111563--27111768	105	2.0	105	81	3	245	35	14	22	27	1.92
27118314--27118555	102	2.4	99	83	6	317	31	11	26	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27131737--27132398	221	3.0	220	96	0	1184	45	6	21	27	1.76
27132799--27132847	22	2.4	22	80	10	59	46	10	20	22	1.80
27132998--27133022	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
27139322--27139346	13	1.9	13	100	0	50	32	24	4	40	1.73
27143421--27143510	25	3.6	25	80	5	94	34	20	22	23	1.97
27152357--27152595	54	4.4	54	83	4	288	43	19	15	21	1.88
27152357--27152595	107	2.2	108	87	3	331	43	19	15	21	1.88
27152357--27152596	27	8.9	27	80	6	254	42	19	15	21	1.88
27155054--27155087	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
27155153--27155212	30	2.0	31	83	9	79	50	11	6	31	1.65
27163456--27163482	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
27164063--27164105	15	2.9	15	79	3	52	32	9	18	39	1.83
27164364--27164399	17	2.1	18	89	5	56	38	2	0	58	1.13
27166947--27166991	10	4.6	9	86	13	54	53	0	2	44	1.13
27168446--27168495	25	2.0	25	100	0	100	36	16	12	36	1.85
27171460--27171505	22	2.1	22	88	8	67	56	0	2	41	1.11
27172540--27172657	21	5.7	20	71	13	87	32	17	32	17	1.94
27172673--27172732	20	2.9	21	69	11	52	33	13	26	26	1.93
27172537--27172808	123	2.2	123	84	2	368	33	18	29	18	1.95
27172537--27172808	41	6.6	41	83	1	330	33	18	29	18	1.95
27202770--27202810	20	2.0	20	100	0	82	53	19	9	17	1.70
27203682--27203718	5	7.6	5	82	17	51	16	0	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27203682--27203719	14	2.6	14	84	16	51	15	0	0	84	0.63
27204353--27204428	32	2.3	32	86	2	98	18	26	34	21	1.96
27206068--27206133	27	2.4	27	94	0	114	6	28	4	60	1.40
27210884--27210921	7	5.4	7	87	0	58	26	13	28	31	1.93
27210884--27210941	21	2.8	20	84	10	64	25	13	29	31	1.94
27211326--27211359	2	17.0	2	93	0	59	50	0	2	47	1.16
27213433--27213470	20	1.9	19	85	15	51	42	2	7	47	1.46
27215938--27215963	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
27218215--27218380	41	4.1	40	81	3	170	34	16	29	19	1.94
27218216--27218371	82	1.9	82	82	2	197	34	15	30	19	1.93
27226135--27226264	66	2.0	66	85	0	179	30	22	23	23	1.99
27226631--27226745	41	2.8	41	85	2	142	38	14	25	21	1.92
27232900--27232934	17	2.1	17	100	0	70	28	37	11	22	1.89
27235021--27235048	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
27237595--27237621	12	2.2	12	100	0	54	55	0	0	44	0.99
27237640--27237674	17	2.1	17	88	0	52	65	2	0	31	1.07
27237721--27237765	15	2.8	17	80	19	60	68	4	0	26	1.08
27242740--27242768	15	2.0	15	93	6	51	37	6	13	41	1.72
27243952--27244163	64	3.3	64	69	13	180	33	13	13	39	1.84
27243863--27244163	131	2.3	131	89	0	449	33	14	13	37	1.86
27244088--27244291	95	2.1	95	85	1	275	30	13	16	39	1.87
27243955--27244485	226	2.3	226	85	1	704	32	14	15	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27245181--27245212	12	2.7	12	95	0	55	12	31	6	50	1.65
27248569--27248594	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
27250907--27251114	91	2.3	91	88	2	292	45	3	3	47	1.39
27251256--27251297	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
27251265--27251663	61	6.7	58	65	18	201	42	2	6	49	1.40
27251324--27251631	61	5.1	61	67	13	251	43	2	6	48	1.41
27251372--27251406	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27251130--27251663	120	4.4	120	95	1	930	42	2	5	49	1.40
27251625--27251666	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
27251616--27251657	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
27251600--27251916	157	2.0	157	95	0	562	47	4	3	45	1.38
27251769--27251803	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27251601--27251839	75	3.1	75	64	16	189	46	3	3	46	1.35
27258448--27258489	20	2.2	19	87	12	59	61	7	2	28	1.35
27265530--27265592	25	2.5	26	74	20	64	19	25	20	34	1.96
27265596--27265647	24	2.1	25	89	3	79	9	28	23	38	1.86
27268284--27268407	27	4.6	27	80	6	135	46	16	18	18	1.84
27268816--27268878	28	2.2	28	86	5	83	23	23	25	26	2.00
27275710--27275871	25	6.5	26	70	14	99	20	25	21	32	1.97
27276321--27276363	17	2.5	17	96	0	77	25	11	32	30	1.91
27283136--27283186	5	10.2	5	76	6	50	19	1	5	72	1.15
27283136--27283180	10	4.6	10	94	2	74	17	2	6	73	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27285558--27285665	33	3.2	33	88	3	146	14	9	37	38	1.79
27286241--27286276	15	2.4	15	90	0	54	33	19	16	30	1.94
27287546--27287590	24	1.9	23	82	13	56	17	11	15	55	1.68
27289027--27289139	47	2.4	47	81	14	135	21	13	20	45	1.85
27310575--27310625	5	10.2	5	76	6	50	19	1	5	72	1.15
27310575--27310619	10	4.6	10	94	2	74	17	2	6	73	1.15
27312992--27313099	33	3.2	33	88	3	146	14	9	37	38	1.79
27313675--27313710	15	2.4	15	90	0	54	33	19	16	30	1.94
27316463--27316575	47	2.4	47	81	14	135	21	13	20	45	1.85
27324588--27324649	26	2.4	26	91	0	97	40	14	11	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228