genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18970748--18970782	18	1.9	18	94	0	61	14	20	0	65	1.26
18971760--18971848	13	6.9	13	69	12	67	57	7	5	29	1.50
18973493--18973688	102	1.9	102	88	2	295	27	21	19	31	1.98
18973587--18973937	143	2.5	143	85	0	472	26	23	19	29	1.98
18973349--18973831	245	2.0	245	88	2	720	26	22	20	30	1.98
18973871--18973985	44	2.7	43	82	4	133	29	24	20	26	1.99
18983949--18984037	13	6.9	13	66	12	58	57	6	6	29	1.50
18985286--18985326	12	3.2	12	83	10	55	7	0	12	80	0.90
18991417--18991447	14	2.2	14	100	0	62	22	12	29	35	1.91
18995976--18996026	13	4.1	13	78	19	63	54	0	0	45	0.99
18995981--18996067	23	3.7	24	75	10	81	54	3	0	42	1.17
18995979--18996044	24	2.8	22	80	13	78	51	1	0	46	1.10
18995986--18996057	24	3.1	23	86	6	74	56	1	0	41	1.07
18996111--18996177	22	3.0	23	78	6	66	56	1	0	41	1.08
18996124--18996181	19	2.8	22	80	16	63	60	3	0	36	1.14
18996124--18996170	23	2.2	20	85	11	58	61	2	0	36	1.08
18996175--18996228	24	2.2	24	83	6	65	72	11	3	12	1.25
18996191--18996237	24	2.0	23	91	4	67	74	6	6	12	1.20
18996189--18996253	13	5.2	12	71	17	53	78	6	4	10	1.07
18996210--18996281	22	2.9	26	72	21	73	75	4	12	8	1.18
18996242--18996313	32	2.4	30	77	20	78	75	4	13	6	1.17
19000523--19000566	23	2.0	23	81	4	54	36	9	2	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19016689--19016740	27	1.9	28	81	14	65	48	3	9	38	1.54
19018278--19018768	50	9.8	49	68	10	260	26	21	20	31	1.98
19018289--19018795	100	5.1	100	91	0	780	26	21	20	31	1.98
19018789--19019684	262	3.4	262	92	1	1384	26	24	19	29	1.99
19018789--19019687	394	2.3	394	87	2	1297	26	24	19	29	1.99
19018789--19019687	132	6.8	131	88	2	1259	26	24	19	29	1.99
19021004--19021036	7	4.7	7	92	0	57	12	15	0	72	1.12
19021002--19021039	14	2.6	15	87	8	60	15	15	0	68	1.22
19026302--19026353	27	1.9	28	81	14	65	48	3	9	38	1.54
19031566--19031604	19	2.1	19	85	0	51	69	2	15	12	1.30
19031853--19031925	26	2.8	26	81	4	94	42	9	16	31	1.80
19032391--19032556	43	3.9	43	83	0	197	37	23	10	28	1.87
19032393--19032556	86	1.9	86	87	0	238	38	23	10	28	1.87
19035638--19035679	21	2.0	21	85	0	57	26	16	7	50	1.71
19042529--19042621	47	2.0	46	82	2	114	37	23	6	32	1.80
19046668--19046742	37	2.0	37	100	0	150	38	10	16	34	1.83
19046958--19046982	8	3.1	8	100	0	50	52	12	12	24	1.72
19057561--19057631	35	2.0	36	89	8	110	47	5	2	43	1.41
19060939--19060988	17	2.9	17	75	16	50	2	30	8	60	1.37
19063664--19063721	25	2.4	25	91	2	91	46	8	13	31	1.74
19064291--19064330	19	2.1	19	85	0	53	60	15	15	10	1.60
19072053--19072091	18	2.2	18	86	9	53	25	20	12	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19074948--19074985	5	7.6	5	82	11	51	15	0	2	81	0.80
19083104--19083245	31	4.5	32	71	15	107	35	9	3	51	1.51
19086038--19086096	27	2.2	27	81	0	64	28	11	27	32	1.92
19089399--19089430	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
19089591--19089753	43	3.8	43	76	8	145	32	24	17	25	1.97
19089583--19089695	41	2.7	42	83	2	138	31	26	15	25	1.96
19089583--19089737	84	1.8	84	82	5	197	31	25	17	25	1.97
19089692--19090182	244	2.0	244	100	0	982	35	22	13	29	1.92
19095949--19096009	12	5.2	12	72	9	54	70	1	4	22	1.15
19097101--19097200	49	2.0	49	100	0	200	32	20	25	23	1.98
19109399--19109442	2	22.0	2	90	0	61	45	47	4	2	1.35
19109826--19109856	16	1.9	16	93	0	53	32	29	0	38	1.57
19118148--19118364	105	2.1	101	83	5	265	32	16	23	27	1.96
19119488--19119543	23	2.6	21	75	8	58	33	0	1	64	1.04
19119559--19119608	20	2.4	21	80	3	57	36	2	2	60	1.20
19149420--19149500	37	2.2	37	82	4	92	41	6	16	35	1.73
19149491--19149529	7	5.9	7	91	8	64	58	0	25	15	1.37
19156638--19156693	23	2.5	23	80	8	62	35	23	23	17	1.95
19156683--19156727	22	2.0	22	95	0	81	37	22	22	17	1.94
19182739--19182765	7	3.9	7	100	0	54	29	0	29	40	1.57
19183972--19184041	20	3.7	19	84	9	90	60	8	0	31	1.27
19183973--19184056	39	2.2	38	83	12	100	54	7	0	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19192198--19192253	5	10.3	6	78	18	52	62	0	37	0	0.95
19194817--19194880	25	2.6	25	97	0	119	45	14	17	23	1.84
19194817--19194888	25	2.9	25	93	0	117	47	15	16	20	1.83
19200530--19200590	31	2.0	31	86	0	86	42	18	13	26	1.86
19223411--19223447	3	12.3	3	94	0	65	64	2	0	32	1.07
19224338--19224367	12	2.5	12	100	0	60	20	23	33	23	1.97
19230948--19231042	25	3.8	24	81	4	91	34	22	20	23	1.96
19235573--19235630	22	2.6	22	81	7	64	39	17	6	36	1.76
19235609--19235681	19	3.8	19	92	0	128	35	16	10	36	1.84
19236193--19236434	45	5.5	44	74	11	169	26	21	21	31	1.98
19236372--19236482	44	2.5	43	81	4	141	31	17	19	31	1.95
19236592--19236700	44	2.5	44	78	3	112	30	18	19	32	1.95
19236893--19236996	50	2.1	50	87	0	145	24	25	23	26	2.00
19236893--19237010	50	2.4	50	83	0	137	26	24	23	25	2.00
19237064--19237185	44	2.8	43	88	5	165	27	23	19	29	1.98
19237196--19237762	88	6.4	88	90	0	875	20	23	27	27	1.99
19237218--19237361	44	3.3	44	64	7	112	22	24	28	25	1.99
19239951--19240017	26	2.6	25	83	7	80	59	4	13	22	1.52
19241005--19241169	47	3.5	46	80	4	152	43	15	11	30	1.82
19241095--19241167	22	3.1	23	76	18	87	47	13	9	28	1.74
19241086--19241152	22	2.8	24	74	19	68	47	14	8	28	1.75
19242105--19242201	28	3.5	28	77	2	97	29	26	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19246994--19247023	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
19246991--19247022	13	2.4	13	94	5	55	68	0	0	31	0.90
19247495--19247548	19	2.8	19	85	0	81	37	16	9	37	1.81
19247650--19247687	19	2.0	19	85	10	51	21	0	13	65	1.26
19248835--19248875	19	2.2	19	86	8	57	4	12	14	68	1.36
19251548--19251584	13	2.7	14	88	12	51	24	0	0	75	0.80
19251555--19251583	12	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
19251553--19251585	12	2.8	12	82	17	50	24	0	0	75	0.80
19252510--19252619	58	1.9	58	83	3	141	24	13	11	50	1.75
19261814--19261854	18	2.3	18	86	0	64	17	36	4	41	1.71
19264078--19264134	27	2.2	26	84	12	73	56	24	0	19	1.42
19265389--19265428	19	2.1	20	90	9	66	30	0	0	70	0.88
19265389--19265433	19	2.3	19	85	14	65	28	0	0	71	0.87
19265389--19265447	19	3.1	18	79	15	64	32	0	0	67	0.91
19265393--19265447	20	2.8	18	82	17	58	30	0	0	69	0.89
19275854--19275879	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
19275828--19275879	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
19276524--19276583	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
19276795--19276831	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19276875--19276917	9	4.7	9	82	2	50	34	18	13	32	1.90
19276875--19276917	18	2.3	18	92	4	68	34	18	13	32	1.90
19278809--19278894	37	2.3	37	86	6	111	37	13	27	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19281757--19282635	37	23.9	36	78	10	716	37	14	21	26	1.92
19281757--19282635	73	11.9	71	77	10	745	37	14	21	26	1.92
19281894--19282635	35	20.3	37	79	9	631	37	14	22	26	1.92
19282825--19282975	75	2.0	75	85	0	203	41	20	12	25	1.88
19283936--19283961	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
19286524--19286564	18	2.2	19	95	4	75	56	12	21	9	1.65
19287133--19287200	8	8.5	8	71	12	59	57	1	2	38	1.23
19287136--19287201	18	3.4	18	77	8	51	57	1	3	37	1.23
19287206--19287253	21	2.2	22	85	7	62	58	2	4	35	1.29
19287188--19287253	23	3.0	23	80	8	66	56	1	3	39	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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