genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24611421--24611456	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
24611694--24611729	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
24612254--24612286	17	1.9	17	93	0	57	30	12	15	42	1.83
24613470--24613522	20	2.7	20	82	2	72	33	16	13	35	1.88
24615045--24615075	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39
24616669--24616741	37	2.0	36	84	10	96	36	0	4	58	1.17
24616728--24616781	20	2.9	18	77	22	58	38	0	5	55	1.23
24616882--24616994	29	3.9	29	79	4	120	34	19	5	40	1.74
24616881--24617003	58	2.1	59	83	4	151	35	19	4	39	1.73
24617347--24617416	3	23.0	3	77	13	56	67	0	32	0	0.91
24617643--24617678	15	2.4	15	90	0	63	25	52	19	2	1.59
24617676--24617720	14	3.1	15	84	12	58	37	31	28	2	1.69
24617722--24617790	9	7.8	9	75	12	63	79	0	20	0	0.73
24617720--24617790	32	2.2	33	82	12	94	80	0	19	0	0.72
24617717--24617790	26	2.9	26	81	16	84	81	0	18	0	0.70
24618111--24618145	16	2.2	16	89	0	52	31	11	5	51	1.61
24618266--24618561	17	16.2	18	70	16	148	33	13	9	43	1.77
24618314--24618419	56	1.9	55	90	1	167	34	14	9	41	1.78
24618378--24618606	37	6.1	38	75	11	188	37	13	8	41	1.75
24618416--24618621	72	2.8	72	81	13	219	36	12	9	41	1.76
24618591--24618623	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
24632654--24632683	12	2.5	12	100	0	60	6	16	13	63	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24633995--24634049	23	2.4	23	81	0	65	25	30	16	27	1.96
24634028--24634101	27	2.7	27	87	4	105	22	27	14	35	1.94
24639365--24639394	15	2.0	15	100	0	60	66	6	20	6	1.38
24650693--24650724	12	2.6	13	90	9	50	21	15	12	50	1.77
24652013--24652052	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
24652223--24652273	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
24661411--24661443	4	8.8	4	93	6	52	78	0	0	21	0.75
24665776--24665851	23	3.3	23	88	0	116	21	19	27	31	1.97
24674301--24674632	27	12.6	27	80	6	292	43	20	14	21	1.87
24674358--24674647	104	2.8	103	82	10	358	41	20	15	22	1.90
24674308--24674632	130	2.5	126	83	7	375	43	20	14	21	1.87
24674364--24674632	77	3.4	76	81	11	260	42	20	15	21	1.88
24681814--24682047	40	5.9	40	77	2	211	40	24	19	15	1.90
24688351--24688544	51	3.8	50	79	3	219	30	28	16	23	1.96
24688358--24688542	101	1.8	101	89	3	291	31	28	16	23	1.96
24691029--24691063	18	1.9	18	88	11	54	25	14	14	45	1.82
24699161--24699191	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
24707815--24707875	30	2.0	30	100	0	122	47	6	16	29	1.72
24720809--24720852	18	2.4	18	85	7	54	29	0	2	68	1.02
24720983--24721017	15	2.2	16	90	5	54	34	2	0	62	1.10
24721419--24721476	19	3.0	20	73	19	59	36	5	1	56	1.32
24727503--24728288	44	18.1	45	67	18	210	27	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24727618--24728288	44	15.5	44	69	16	289	27	22	21	28	1.99
24727569--24727851	128	2.2	128	94	0	494	26	22	22	27	1.99
24727694--24728290	217	2.7	217	94	0	1050	27	23	21	28	1.99
24739594--24739727	66	2.0	66	100	0	268	44	16	16	22	1.86
24747602--24748166	50	11.3	50	72	4	404	24	19	21	35	1.96
24747587--24748184	100	6.0	100	88	0	820	24	20	21	34	1.96
24748379--24748502	43	2.9	43	82	1	167	29	26	16	28	1.97
24748379--24748500	44	2.8	44	85	3	167	29	27	16	27	1.97
24748502--24748692	88	2.2	88	83	1	222	23	24	24	28	2.00
24748699--24749141	44	10.1	43	64	19	130	25	23	20	30	1.98
24748683--24749160	131	3.6	131	91	2	753	25	23	20	30	1.99
24751484--24751513	7	4.4	7	95	4	53	0	13	0	86	0.57
24751526--24751581	22	2.5	22	83	11	62	10	5	7	76	1.14
24752621--24752671	25	2.0	25	85	7	68	64	0	15	19	1.29
24755866--24755918	11	4.6	11	76	15	54	60	5	5	28	1.42
24759762--24759807	20	2.4	18	82	10	56	2	21	0	76	0.90
24762747--24762821	18	4.2	17	75	17	55	64	2	1	32	1.16
24762760--24762816	20	2.9	19	75	10	53	63	1	1	33	1.15
24762788--24762853	28	2.4	28	97	2	125	62	3	0	34	1.11
24762880--24762960	33	2.4	32	78	13	74	61	0	6	32	1.20
24763056--24763110	18	2.9	19	76	10	60	65	0	3	30	1.10
24765319--24765366	14	3.4	14	79	0	51	20	4	31	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24770456--24770490	18	1.9	18	100	0	70	31	5	22	40	1.78
24780499--24780530	16	2.0	16	93	0	55	18	0	34	46	1.49
24787004--24787127	45	2.8	45	83	0	158	37	16	22	22	1.93
24792317--24792370	28	1.9	28	84	0	72	29	22	18	29	1.97
24792330--24792370	14	2.9	14	81	0	55	24	21	24	29	1.99
24805766--24805795	11	2.7	11	94	0	51	33	0	3	63	1.11
24805788--24805874	20	4.2	20	78	11	88	41	2	3	52	1.31
24808607--24808678	10	7.3	10	73	19	53	27	4	4	63	1.31
24809520--24809552	16	2.1	16	94	0	57	48	6	0	45	1.27
24815233--24815287	23	2.3	24	81	3	67	49	1	1	47	1.23
24816051--24816089	19	2.2	17	90	9	60	71	0	10	17	1.12
24816039--24816089	17	2.8	18	85	8	68	66	0	9	23	1.21
24816758--24816786	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
24817414--24817557	78	1.9	74	82	13	177	25	0	24	50	1.49
24817545--24817612	28	2.5	27	81	6	84	41	2	25	30	1.70
24833672--24833702	16	1.9	16	100	0	62	29	12	19	38	1.89
24836628--24836792	43	3.9	43	71	12	133	31	26	17	24	1.97
24850331--24850376	3	15.7	3	82	13	60	30	2	0	67	1.03
24850397--24850465	23	3.0	23	76	12	70	36	7	5	50	1.54
24850948--24851017	35	2.0	35	97	0	131	52	8	1	37	1.41
24857948--24858011	27	2.4	26	76	5	65	17	14	9	59	1.60
24862873--24862990	50	2.4	50	77	5	112	23	22	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24863059--24863343	50	5.7	50	70	0	219	28	20	24	25	1.99
24863065--24863376	100	3.1	100	93	0	507	29	20	23	25	1.99
24863115--24863376	50	5.2	50	69	5	197	30	20	22	26	1.98
24863501--24863607	42	2.6	41	82	5	126	28	21	19	29	1.98
24863367--24863700	127	2.7	121	83	5	397	33	16	19	29	1.94
24865001--24865049	3	16.3	3	79	8	55	30	4	0	65	1.11
24865062--24865126	21	3.0	21	70	20	53	35	7	6	50	1.56
24865066--24865112	25	1.9	24	86	4	67	36	8	6	48	1.59
24865110--24865143	11	2.8	12	91	8	52	32	0	0	67	0.91
24865433--24865472	21	1.9	21	89	0	62	7	10	5	77	1.11
24866011--24866050	20	2.0	20	85	0	53	30	10	2	57	1.45
24866096--24866186	3	30.3	3	91	4	148	31	1	0	67	0.98
24869490--24869548	24	2.4	25	80	8	68	69	3	5	22	1.23
24877725--24877819	3	30.7	3	75	14	77	27	6	1	65	1.23
24877827--24877860	16	2.2	16	89	5	52	29	0	5	64	1.17
24880503--24880546	20	2.2	20	87	0	61	15	25	34	25	1.95
24893746--24893814	26	2.6	27	83	6	95	27	1	1	69	1.05
24893732--24893764	7	4.7	7	96	0	57	15	0	0	84	0.61
24895301--24895347	19	2.4	19	85	3	58	31	0	6	61	1.21
24895292--24895343	9	5.7	9	75	4	50	28	0	5	65	1.16
24898803--24898865	4	15.8	4	100	0	126	50	0	25	23	1.49
24898863--24898917	2	28.0	2	96	3	103	50	0	49	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24901966--24902029	21	3.3	21	66	20	66	37	0	18	43	1.51
24901945--24902027	37	2.2	37	95	0	148	39	1	18	40	1.58
24904504--24904551	24	2.0	24	88	8	71	37	12	2	47	1.53
24904518--24904551	12	2.8	13	86	13	54	38	11	0	50	1.39
24905872--24906080	108	1.9	108	98	0	400	40	12	15	31	1.85
24910907--24910938	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
24912484--24912512	12	2.3	13	94	5	51	72	0	3	24	1.00
24912573--24912624	16	3.4	16	81	5	54	76	9	1	11	1.09
24912825--24912871	20	2.3	20	85	0	67	55	0	8	36	1.31
24912720--24912933	102	2.0	106	88	4	319	52	4	8	34	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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