genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28929925--28930021	48	2.0	48	82	7	117	49	19	4	26	1.66
28929934--28930023	24	3.8	24	79	8	94	47	21	4	26	1.69
28930041--28930449	27	15.2	27	79	0	379	25	19	18	36	1.94
28930041--28930449	81	5.1	81	82	3	457	25	19	18	36	1.94
28932616--28932902	27	10.7	27	82	2	292	43	18	14	23	1.87
28933084--28933187	26	4.0	26	83	3	138	18	23	22	36	1.95
28933084--28933187	52	2.0	52	88	3	156	18	23	22	36	1.95
28933296--28933382	28	2.9	30	84	8	124	21	25	22	29	1.99
28933301--28933394	30	3.2	30	86	8	124	21	25	22	30	1.98
28934550--28934593	21	2.1	21	100	0	88	43	6	13	36	1.71
28942162--28942452	161	1.8	160	86	4	426	43	4	9	42	1.57
28952380--28952410	14	2.2	14	100	0	62	80	12	6	0	0.89
28952360--28952418	14	4.2	14	78	8	57	81	8	8	1	0.95
28952823--28953251	42	10.2	42	85	0	525	22	17	22	37	1.93
28954083--28954380	156	1.9	155	88	3	447	43	4	9	41	1.58
28955510--28955585	32	2.4	32	93	2	127	31	14	7	46	1.73
28957379--28957637	47	5.6	47	91	0	396	32	8	30	28	1.87
28963505--28963602	42	2.3	42	82	0	115	23	27	22	26	1.99
28963528--28963607	42	1.9	42	92	0	133	22	30	21	26	1.99
28975530--28975636	53	2.0	53	98	0	205	26	11	18	43	1.83
28992427--28992504	38	2.1	38	92	0	129	29	23	6	41	1.79
28992630--28993217	207	2.8	207	81	2	685	28	23	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28992630--28993501	210	4.2	210	80	3	747	27	22	15	34	1.94
29005861--29005931	20	4.2	18	77	17	64	42	2	0	54	1.14
29007401--29007430	15	2.0	15	93	0	51	36	3	0	60	1.14
29010336--29011274	464	2.0	464	99	0	1853	32	15	25	26	1.96
29022704--29022854	28	5.4	28	90	1	205	33	27	11	27	1.92
29038632--29038673	22	1.9	22	90	0	66	23	26	16	33	1.96
29039696--29039733	20	1.9	20	84	10	51	50	5	0	44	1.24
29044197--29044252	28	2.0	28	96	0	103	10	26	0	62	1.28
29046537--29046566	14	2.1	14	93	0	51	76	0	10	13	1.01
29047345--29047380	18	2.0	18	100	0	72	44	38	0	16	1.48
29051993--29052215	79	2.8	77	82	9	254	24	27	22	25	2.00
29051993--29052215	39	5.7	40	85	8	257	24	27	22	25	2.00
29057801--29057825	9	2.8	9	100	0	50	56	8	0	36	1.29
29064000--29064048	25	1.9	26	84	12	66	53	6	14	26	1.64
29064169--29064317	76	1.9	77	89	1	228	41	6	4	48	1.46
29066060--29066088	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
29074866--29074907	14	3.0	14	85	0	57	21	0	4	73	1.01
29075662--29075707	21	2.2	21	84	7	58	19	34	26	19	1.96
29083895--29083948	18	3.0	18	86	0	81	35	14	20	29	1.93
29088672--29088931	29	9.1	29	77	11	259	25	16	21	36	1.94
29088676--29088931	87	3.0	85	83	8	288	25	16	21	36	1.94
29089724--29089755	15	2.1	15	94	0	55	28	18	9	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29104861--29104934	11	6.2	12	75	20	59	71	0	28	0	0.86
29104877--29104947	5	13.8	5	73	8	54	66	0	33	0	0.92
29104880--29104990	25	4.3	26	74	20	85	66	0	33	0	0.92
29104861--29104969	46	2.4	47	90	6	172	69	0	30	0	0.88
29105698--29105752	27	2.0	27	96	0	101	43	14	34	7	1.73
29108238--29108290	14	3.7	14	92	2	79	35	7	1	54	1.40
29111604--29111658	22	2.5	23	80	14	62	69	12	0	18	1.19
29111823--29111900	27	2.9	27	88	0	111	17	34	23	24	1.96
29112811--29112852	20	2.1	20	86	0	57	30	4	0	64	1.14
29112979--29113149	90	1.9	92	83	3	229	36	7	15	39	1.76
29114501--29114530	15	2.0	15	100	0	60	33	40	13	13	1.83
29123574--29123599	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
29123596--29123659	9	6.4	10	76	16	53	29	1	1	67	1.09
29123598--29123632	18	1.9	18	100	0	70	34	0	2	62	1.10
29123564--29123691	41	3.1	41	81	9	163	33	3	0	62	1.16
29123597--29123632	9	4.0	9	92	0	63	33	0	2	63	1.08
29123734--29123809	30	2.5	30	95	0	134	7	30	38	23	1.83
29130835--29130920	38	2.3	38	90	4	131	36	23	11	29	1.90
29141278--29141358	42	1.9	42	92	0	135	49	14	6	29	1.68
29142277--29142871	295	2.0	295	100	0	1190	33	19	15	32	1.92
29145453--29145533	41	2.0	41	90	0	126	48	12	8	30	1.71
29145466--29145547	41	2.0	41	88	4	121	48	14	6	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29156200--29156695	165	3.0	165	95	0	920	40	14	20	23	1.90
29163719--29163753	18	1.9	18	94	0	61	51	2	2	42	1.31
29163929--29163982	24	2.2	26	83	6	67	18	0	22	59	1.38
29176626--29176834	40	5.2	40	84	2	267	33	17	25	22	1.96
29176636--29176696	20	3.0	20	68	0	59	37	18	26	18	1.93
29178179--29178228	25	2.0	25	88	7	75	36	24	18	22	1.95
29182339--29182816	27	17.8	27	79	9	356	20	16	20	42	1.90
29182339--29182816	54	8.9	54	77	8	395	20	16	20	42	1.90
29182348--29182803	107	4.3	105	79	6	366	20	16	20	42	1.89
29182351--29182819	134	3.5	133	81	4	550	20	16	19	42	1.89
29191157--29191188	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
29197160--29197210	23	2.3	23	93	3	86	49	17	0	33	1.47
29207822--29207870	14	3.3	14	73	15	53	26	40	6	26	1.79
29207833--29207884	17	3.2	17	73	15	56	26	40	5	26	1.79
29207822--29207884	31	2.0	31	96	0	117	26	39	6	26	1.80
29208336--29208408	36	2.0	36	89	0	110	32	8	15	43	1.76
29215059--29215100	21	2.0	21	90	0	66	21	33	7	38	1.81
29221154--29221196	21	2.0	21	82	8	52	13	4	27	53	1.60
29229580--29229826	101	2.5	101	84	2	318	29	26	17	26	1.97
29235425--29235489	27	2.4	27	79	2	78	44	10	0	44	1.39
29235373--29235802	53	8.3	53	67	18	160	42	13	0	43	1.50
29235364--29235802	105	4.2	103	77	10	428	42	13	1	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29235723--29235824	26	3.9	25	72	13	80	40	14	0	44	1.52
29235389--29235805	204	2.0	203	86	2	568	41	13	0	43	1.50
29237476--29237563	29	3.0	29	83	1	86	43	20	11	25	1.85
29237508--29237573	29	2.2	29	89	2	96	42	19	12	25	1.86
29240517--29240559	16	2.7	16	85	0	50	32	30	11	25	1.91
29242194--29242252	25	2.4	24	91	8	100	27	22	23	27	1.99
29249848--29249896	25	2.0	25	87	0	71	30	16	18	34	1.93
29251180--29251234	27	2.0	27	100	0	110	41	14	18	25	1.88
29266972--29267164	38	5.1	38	85	0	235	34	30	18	16	1.93
29266972--29267164	76	2.6	76	88	2	273	34	30	18	16	1.93
29269567--29269625	28	2.1	28	100	0	118	40	3	15	40	1.64
29269993--29270032	16	2.3	17	83	16	55	65	0	2	32	1.06
29269993--29270037	17	2.6	17	82	10	56	62	0	6	31	1.21
29270017--29270060	19	2.2	21	84	8	56	65	0	4	29	1.12
29281358--29281457	49	2.0	49	82	3	121	31	16	11	42	1.82
29282499--29282571	31	2.3	32	86	4	105	30	8	13	47	1.72
29283394--29283434	19	2.0	20	86	13	57	36	0	2	60	1.10
29285425--29285454	3	10.0	3	100	0	60	0	33	33	33	1.58
29292958--29293020	22	2.7	22	73	22	58	44	3	3	49	1.34
29294215--29294264	20	2.5	20	83	0	55	32	8	6	54	1.54
29295028--29295069	21	2.0	21	86	9	59	50	2	0	47	1.14
29295058--29295113	24	2.4	24	85	8	71	48	5	0	46	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29303138--29303182	22	2.0	22	87	8	65	71	4	2	22	1.15
29304322--29304363	10	3.7	12	81	18	54	69	2	16	11	1.29
29304406--29304481	12	6.3	12	68	17	50	61	1	25	11	1.38
29304429--29304462	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
29306806--29306873	34	2.0	34	85	0	91	22	17	20	39	1.92
29306932--29307121	72	2.6	72	90	0	290	25	16	28	29	1.97
29307869--29308079	43	4.8	42	73	13	133	35	27	12	24	1.91
29307872--29308009	45	3.1	45	74	15	169	38	26	10	25	1.87
29307869--29308063	88	2.2	88	93	0	327	35	26	12	25	1.92
29307870--29308171	88	3.4	88	85	3	279	34	28	12	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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