genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7679958--7679997	15	2.7	14	85	11	53	47	2	2	47	1.29
7680302--7682066	881	2.0	881	99	0	3494	35	21	14	29	1.92
7683190--7683308	53	2.3	53	95	1	213	41	33	10	15	1.80
7689218--7689246	13	2.1	14	93	6	51	62	3	0	34	1.12
7692339--7692389	25	2.0	25	100	0	102	19	13	19	47	1.83
7695573--7695674	21	4.9	21	67	0	60	42	18	22	16	1.89
7695573--7695674	42	2.4	42	86	0	132	42	18	22	16	1.89
7695599--7695719	21	5.8	21	72	1	91	44	17	19	19	1.87
7704047--7704094	24	2.1	23	92	7	80	45	10	14	29	1.78
7707466--7707495	14	2.1	14	93	0	51	30	13	33	23	1.93
7713645--7713741	47	2.1	47	100	0	194	61	18	7	12	1.53
7721385--7721423	17	2.2	18	86	4	53	48	2	2	46	1.29
7740017--7740105	11	9.3	10	70	18	57	68	1	3	26	1.12
7740016--7740105	19	4.8	18	78	8	90	67	1	3	27	1.13
7740017--7740073	30	1.9	30	85	7	80	70	1	1	26	1.07
7740049--7740133	27	3.1	26	76	15	82	61	2	5	30	1.32
7740344--7740383	21	1.9	21	85	10	55	27	5	5	62	1.37
7741004--7741044	19	2.2	19	86	4	57	51	7	2	39	1.43
7742833--7743009	77	2.4	76	79	12	165	43	4	1	50	1.32
7749782--7750137	178	2.0	178	98	0	685	31	11	12	44	1.78
7750758--7750822	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
7751358--7751408	10	5.1	10	76	9	50	76	9	11	1	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7751366--7751455	20	4.9	18	71	16	69	75	11	13	0	1.05
7758703--7758748	19	2.4	19	82	7	58	47	4	0	47	1.21
7762251--7762291	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
7776922--7776947	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7776922--7776971	25	2.0	24	81	11	57	76	0	4	20	0.95
7777896--7777940	18	2.6	17	82	6	54	13	6	2	77	1.05
7778572--7778628	3	18.7	3	78	3	60	31	5	3	59	1.36
7790879--7791897	134	7.6	134	90	1	1549	30	17	23	28	1.97
7790879--7791904	45	22.9	45	78	6	947	30	17	23	28	1.97
7793369--7793422	3	17.7	3	80	3	63	31	3	3	61	1.31
7798960--7799007	25	2.0	24	91	4	78	64	8	8	18	1.46
7801277--7801317	20	2.0	20	90	0	64	41	7	7	43	1.60
7803879--7803929	13	3.9	13	75	7	50	47	5	0	47	1.26
7809108--7809145	12	2.9	13	77	14	51	36	23	5	34	1.78
7812474--7812508	12	2.9	12	91	0	52	68	0	0	31	0.90
7812822--7812858	7	4.9	8	93	6	60	86	0	0	13	0.57
7812852--7812877	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
7813981--7814036	27	2.1	27	100	0	112	25	7	32	35	1.83
7842636--7842944	113	2.7	114	86	4	401	24	22	25	27	2.00
7843510--7843551	15	2.9	15	92	3	68	30	0	30	38	1.58
7843553--7843641	14	6.1	15	75	13	62	23	0	39	37	1.55
7843553--7843641	15	6.1	15	74	18	64	23	0	39	37	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7844312--7844528	109	2.0	107	90	2	346	47	12	11	28	1.76
7844573--7844788	107	2.0	108	86	1	301	49	10	11	29	1.72
7844196--7844829	261	2.4	258	92	2	1056	44	13	12	28	1.81
7844830--7845038	95	2.2	95	84	2	276	53	13	8	24	1.67
7849150--7849263	43	2.7	43	80	1	131	25	16	32	25	1.96
7849164--7849328	42	3.9	43	76	7	149	25	19	27	27	1.99
7854858--7854905	7	6.9	7	77	17	55	0	16	0	83	0.65
7854855--7854907	15	3.6	15	82	2	72	0	16	0	83	0.66
7855026--7855050	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
7855284--7855353	6	10.8	6	72	17	52	1	20	1	77	0.93
7855271--7855313	19	2.2	20	83	4	52	2	16	2	79	0.95
7855962--7856080	29	4.0	30	79	8	118	45	4	15	34	1.66
7881593--7881631	20	2.0	20	85	10	53	38	12	10	38	1.78
7888548--7888598	6	8.7	6	78	18	54	1	13	0	84	0.71
7888553--7888589	19	1.9	19	94	0	65	2	18	0	78	0.87
7888952--7889029	11	7.5	10	74	13	52	2	17	0	79	0.84
7888960--7889029	11	6.4	11	74	9	63	1	20	0	78	0.83
7888951--7889000	23	2.2	22	86	10	66	2	14	0	84	0.72
7898124--7898231	54	2.0	54	83	7	139	42	9	8	39	1.67
7900007--7900040	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
7906243--7906295	6	9.2	6	73	22	51	0	16	0	83	0.66
7906242--7906293	7	7.6	7	78	18	56	0	15	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7906241--7906291	15	3.5	15	81	2	68	0	15	0	84	0.63
7906412--7906436	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
7906470--7906508	19	2.0	21	85	10	55	2	25	41	30	1.69
7906670--7906743	6	11.7	6	73	17	53	1	18	1	78	0.90
7906657--7906699	19	2.2	20	83	4	52	2	16	2	79	0.95
7907346--7907464	29	4.0	30	79	8	118	45	4	15	34	1.66
7917551--7917611	8	6.9	8	75	17	50	77	0	21	1	0.86
7917581--7917614	17	2.1	17	89	10	54	82	0	17	0	0.67
7917552--7917632	28	2.9	27	81	9	83	79	0	18	2	0.85
7917552--7917631	20	4.2	19	76	12	67	78	0	18	2	0.86
7917560--7917632	21	3.6	21	73	21	57	78	0	19	2	0.88
7917988--7918028	21	1.9	22	90	5	66	78	0	19	2	0.87
7925596--7925630	18	1.9	18	94	0	61	31	14	28	25	1.95
7936349--7936456	54	2.0	54	85	3	146	42	10	7	39	1.67
7938232--7938265	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
7942640--7942690	13	3.6	14	81	7	68	0	17	0	82	0.67
7942643--7942689	7	6.9	7	76	13	53	0	17	0	82	0.66
7942649--7942687	20	1.9	20	94	5	69	0	20	0	79	0.73
7942810--7942834	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
7954391--7954425	18	1.9	18	88	0	52	25	25	14	34	1.94
7962363--7962434	12	6.4	11	70	20	51	1	20	0	77	0.84
7962355--7962396	20	2.2	19	91	4	66	2	14	0	83	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7962375--7962435	8	6.9	8	72	20	50	1	21	0	77	0.86
7962354--7962434	28	2.9	28	81	9	85	2	18	0	79	0.85
7962381--7962414	17	2.0	17	88	0	50	2	23	0	73	0.97
7962362--7962435	38	1.9	37	81	10	87	1	21	0	77	0.85
7988669--7988712	22	1.9	22	86	9	61	29	11	4	54	1.56
7991197--7991278	31	2.5	32	81	16	98	32	0	17	50	1.46
7992262--7992300	20	2.0	20	89	0	60	76	0	0	23	0.78
8002181--8002215	18	1.9	18	94	0	61	25	28	14	31	1.95
8003779--8003829	13	3.9	13	75	7	50	47	5	0	47	1.26
8006128--8006209	43	1.9	43	84	0	110	23	20	29	26	1.99
8006214--8006485	43	6.3	43	76	4	226	30	30	16	22	1.96
8006214--8006466	86	2.9	86	82	2	258	28	30	16	24	1.96
8006793--8006852	21	2.9	21	76	0	57	3	41	18	36	1.67
8006834--8006999	66	2.5	66	85	3	210	12	27	18	40	1.87
8012391--8012752	9	43.0	9	66	17	170	31	2	19	46	1.63
8012413--8012692	16	17.8	16	66	18	99	32	2	18	46	1.62
8012451--8012679	25	9.1	25	76	9	189	34	2	19	44	1.63
8012471--8012710	50	4.9	50	72	15	171	33	2	18	45	1.63
8012449--8012636	75	2.5	74	94	3	306	34	2	17	45	1.60
8012508--8012752	25	9.7	25	70	11	85	32	2	18	46	1.62
8012809--8012864	27	2.1	27	96	0	103	46	3	7	42	1.48
8012836--8013060	121	1.9	121	95	1	407	44	7	7	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8013092--8013180	18	4.8	18	79	14	101	41	0	12	46	1.41
8013096--8013329	39	6.0	37	75	13	177	41	2	11	44	1.52
8013094--8013198	31	3.5	31	71	21	100	42	0	13	43	1.43
8013221--8013312	13	6.9	13	71	18	73	42	3	8	45	1.51
8013206--8013329	40	3.1	39	85	5	151	40	3	10	45	1.54
8013347--8013379	10	3.1	11	86	8	50	36	21	9	33	1.85
8016304--8016338	8	4.4	8	96	0	52	20	0	0	80	0.72
8016934--8017028	15	6.4	15	79	7	113	30	43	1	25	1.62
8016942--8017035	14	6.4	14	79	7	98	29	44	1	24	1.61
8016934--8017028	45	2.1	44	92	1	154	30	43	1	25	1.62

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