genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8634741--8634797	18	3.1	18	80	12	62	57	1	0	40	1.09
8635966--8636032	22	3.0	22	84	0	89	40	20	23	14	1.90
8637141--8637180	5	7.6	5	83	10	53	60	0	0	40	0.97
8637141--8637181	16	2.6	16	92	0	73	60	0	0	39	0.96
8637146--8637175	8	3.8	8	90	0	51	60	0	0	40	0.97
8643173--8643239	22	3.0	22	82	0	71	41	17	22	17	1.90
8644348--8644387	5	7.6	5	83	10	53	60	0	0	40	0.97
8644348--8644388	16	2.6	16	92	0	73	60	0	0	39	0.96
8644353--8644382	8	3.8	8	90	0	51	60	0	0	40	0.97
8645871--8645910	7	6.1	7	88	11	59	10	47	0	42	1.37
8645874--8645910	18	2.0	19	94	5	67	8	48	0	43	1.32
8645970--8646019	22	2.3	22	86	6	66	24	50	10	16	1.75
8645988--8646019	8	4.2	8	84	15	50	25	50	12	12	1.75
8647339--8647490	76	2.0	77	96	1	279	30	4	9	54	1.53
8647562--8647595	16	2.1	16	94	0	59	50	5	2	41	1.42
8652320--8652353	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
8653851--8654005	84	1.8	85	90	1	249	30	21	18	29	1.97
8653845--8654218	44	8.7	44	70	8	230	28	25	17	28	1.98
8654290--8655439	128	9.0	128	90	0	1732	25	24	19	30	1.98
8657594--8657636	12	3.6	12	80	0	50	13	11	6	67	1.41
8669369--8669407	17	2.4	16	87	8	60	23	0	7	69	1.14
8671994--8672061	32	2.2	31	94	2	118	23	30	2	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8673106--8673155	5	10.0	5	100	0	100	40	0	0	60	0.97
8673951--8674031	40	2.0	40	80	4	92	29	6	19	44	1.75
8674238--8674333	45	2.3	40	75	15	95	23	16	17	41	1.89
8686299--8686344	19	2.4	19	85	7	58	45	0	13	41	1.43
8686416--8686472	28	2.0	28	100	0	114	40	14	17	28	1.88
8686985--8687014	16	1.9	15	93	6	51	13	20	3	63	1.43
8689529--8689556	14	2.0	14	100	0	56	42	42	0	14	1.45
8691103--8691127	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
8693374--8693636	74	3.6	74	86	2	350	25	20	21	31	1.98
8693398--8693593	35	5.4	35	71	9	149	26	20	22	29	1.99
8700341--8700374	7	4.9	7	100	0	68	29	0	0	70	0.87
8704369--8704407	21	2.0	21	85	10	55	33	0	5	61	1.18
8707045--8707288	46	5.6	45	85	10	312	27	22	15	34	1.94
8707177--8707252	36	2.1	36	100	0	152	27	19	14	38	1.91
8707134--8707288	82	1.9	82	91	0	256	27	21	14	36	1.92
8708670--8708702	18	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
8709316--8709357	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
8710276--8710316	19	2.1	20	86	4	57	34	9	0	56	1.32
8723117--8723202	24	3.4	24	66	25	68	39	6	24	29	1.81
8723103--8723218	53	2.2	54	90	4	200	33	11	25	29	1.91
8724762--8724911	73	2.1	73	97	0	282	47	9	19	24	1.78
8732490--8732525	17	2.1	17	89	5	54	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8737816--8738242	104	4.0	106	80	10	496	30	15	13	40	1.86
8757919--8757964	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
8758233--8758287	25	2.1	25	86	6	74	58	5	5	30	1.44
8773449--8773517	32	2.1	33	81	7	79	49	0	1	49	1.09
8773602--8773640	20	2.0	20	90	10	62	56	2	10	30	1.46
8775892--8775966	29	2.5	31	82	4	91	25	12	14	48	1.78
8775895--8775966	31	2.4	29	81	4	81	26	12	13	47	1.79
8777212--8777249	13	2.9	13	88	7	51	71	0	0	28	0.87
8790081--8790121	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8794652--8794707	23	2.4	23	77	8	60	25	0	10	64	1.26
8802690--8802730	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
8802876--8802904	13	2.2	13	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8803044--8803075	16	2.0	16	93	0	55	28	6	0	65	1.16
8813115--8813255	44	3.2	44	86	3	194	31	4	22	41	1.73
8814749--8814784	18	2.0	18	94	0	63	47	0	5	47	1.25
8817437--8817652	51	4.3	51	92	1	346	28	24	15	32	1.95
8821232--8821273	20	2.2	20	79	16	52	54	2	0	42	1.13
8821215--8821283	23	3.0	23	73	10	61	56	1	0	42	1.08
8823614--8824008	108	3.7	105	84	7	533	32	19	17	30	1.95
8823613--8824008	215	1.8	215	95	0	720	32	19	17	30	1.95
8826843--8826902	27	2.3	25	80	5	66	38	11	16	33	1.85
8827632--8827686	11	4.8	11	78	12	58	32	0	3	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8829126--8829161	18	2.1	19	85	15	51	41	5	11	41	1.64
8833376--8833829	46	10.6	45	80	14	507	35	14	21	28	1.93
8833458--8833694	36	6.0	36	77	18	240	37	14	20	28	1.91
8833412--8833829	82	5.0	82	90	4	608	34	14	21	28	1.93
8833494--8833829	128	2.6	126	76	17	395	34	15	21	28	1.94
8845191--8845289	42	2.3	43	88	6	141	21	27	12	39	1.88
8861185--8861220	17	2.0	17	89	10	54	55	0	27	16	1.42
8863282--8863310	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
8864834--8864900	21	3.3	21	66	16	59	34	8	19	37	1.83
8865104--8865295	45	4.3	45	87	1	260	20	18	19	41	1.91
8865100--8865295	90	2.2	90	89	1	295	20	18	19	41	1.91
8868310--8868387	41	1.9	42	84	7	108	60	0	1	38	1.05
8875299--8875339	10	4.3	10	77	22	52	39	2	0	58	1.11
8875302--8875348	18	2.7	17	87	12	69	38	2	0	59	1.09
8878900--8878968	11	6.4	11	73	9	52	52	2	0	44	1.16
8878928--8878976	21	2.3	22	86	10	66	44	4	0	51	1.20
8878979--8879030	25	2.1	25	88	0	77	40	0	3	55	1.18
8879371--8879415	19	2.3	20	85	7	58	68	2	2	26	1.12
8896216--8896376	58	2.8	57	77	11	141	43	1	4	50	1.32
8896249--8896298	20	2.4	21	93	6	84	48	0	2	50	1.12
8896249--8896299	10	4.9	10	80	4	57	47	0	1	50	1.12
8896472--8896564	44	2.1	44	88	6	134	36	27	4	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8896546--8896584	16	2.4	16	95	0	69	28	30	7	33	1.85
8897149--8897239	34	2.7	34	77	5	87	39	16	8	35	1.80
8899772--8899970	99	2.0	99	98	0	380	28	18	15	38	1.91
8902893--8903091	99	2.0	99	98	0	380	28	18	15	38	1.91
8907154--8907190	15	2.5	15	95	0	65	29	13	10	45	1.77
8909636--8909669	15	2.2	16	89	5	52	76	0	23	0	0.79
8911773--8912138	131	2.8	131	94	0	624	30	21	24	23	1.99
8912227--8912679	44	9.8	44	68	18	226	31	19	20	28	1.97
8912256--8912578	142	2.3	142	97	0	601	32	19	20	27	1.97
8912300--8912481	98	1.9	97	81	6	224	31	19	20	28	1.97
8912556--8912722	44	3.7	45	77	6	135	31	17	20	29	1.96
8913712--8913737	8	3.2	8	100	0	52	11	11	0	76	1.01
8914967--8915018	24	2.2	24	82	6	61	26	1	5	65	1.26
8915155--8915205	27	1.9	27	84	11	70	23	9	11	54	1.66
8917638--8917699	31	1.9	33	83	6	83	54	4	0	40	1.22
8917829--8917867	17	2.3	17	86	8	53	61	2	2	33	1.23
8917733--8918544	242	3.4	237	75	13	737	44	8	10	37	1.68
8917845--8918736	227	4.0	224	76	13	722	43	8	10	37	1.69
8917733--8918772	469	2.3	436	80	9	1070	44	7	10	37	1.69
8936139--8936193	24	2.3	24	96	0	101	45	10	7	36	1.67
8938865--8938904	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
8938888--8938927	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8940481--8940614	9	14.7	9	65	25	50	25	5	16	52	1.66
8940515--8940606	17	5.4	17	72	21	50	25	6	17	51	1.69
8940471--8940585	51	2.3	51	90	0	176	23	6	17	52	1.69
8940476--8940713	13	18.8	13	66	24	100	26	5	15	52	1.63
8940600--8940654	24	2.4	24	80	14	62	25	0	16	58	1.38
8952258--8952297	16	2.3	18	87	8	57	27	2	2	67	1.16
8955135--8955159	13	1.9	13	100	0	50	12	24	32	32	1.91
8956701--8956759	9	6.4	9	77	11	66	22	8	27	42	1.82
8957481--8957515	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8957678--8957775	45	2.2	45	85	5	128	34	27	5	32	1.79

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