genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1642660--1642700	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1652490--1652522	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
1655458--1655507	22	2.3	22	82	0	64	26	4	0	70	1.05
1655470--1655511	12	3.4	12	87	6	57	28	0	0	71	0.86
1655471--1655511	19	2.2	18	91	4	64	26	0	0	73	0.84
1656273--1656469	98	2.0	98	92	0	331	29	8	23	38	1.84
1660498--1660533	12	2.9	12	87	4	54	88	11	0	0	0.50
1660496--1660534	14	3.0	14	82	17	57	87	12	0	0	0.55
1660496--1660534	20	2.0	19	95	5	69	87	12	0	0	0.55
1660860--1660972	54	2.1	54	100	0	226	28	19	7	45	1.76
1662038--1662276	84	2.8	86	78	11	247	27	21	25	24	1.99
1661988--1662280	44	6.7	43	76	13	221	27	21	25	25	2.00
1663687--1663748	3	20.3	3	86	3	88	30	1	1	66	1.11
1663967--1664027	26	2.2	27	80	11	70	27	4	6	60	1.42
1664200--1664232	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
1664506--1664699	98	2.0	98	93	0	334	29	9	23	37	1.86
1669717--1669744	11	2.5	11	100	0	56	14	28	0	57	1.38
1671374--1671412	20	1.9	21	85	15	55	46	0	7	46	1.31
1672642--1672716	37	2.0	37	97	0	141	58	5	16	20	1.56
1675312--1675391	40	2.0	40	100	0	160	27	15	10	47	1.77
1696219--1696243	13	1.9	13	100	0	50	32	24	8	36	1.84
1696720--1696768	18	2.7	17	78	12	53	38	22	0	38	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1700529--1700575	17	2.8	16	79	17	51	14	8	2	74	1.15
1700529--1700575	16	2.9	16	84	6	58	14	8	2	74	1.15
1706949--1706973	12	2.1	12	100	0	50	0	16	16	68	1.22
1717281--1717321	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1739904--1739936	14	2.4	14	85	14	50	0	12	0	87	0.53
1742187--1742236	22	2.3	21	80	10	55	52	8	0	40	1.31
1752493--1752584	32	2.6	35	81	13	118	29	14	17	39	1.89
1752987--1753054	20	3.1	22	70	18	61	38	20	5	35	1.77
1754948--1754991	21	2.1	21	82	0	52	34	31	6	27	1.83
1756657--1756704	23	2.1	23	100	0	96	29	12	20	37	1.90
1757475--1757509	15	2.3	15	100	0	70	14	14	31	40	1.86
1756962--1758020	535	2.0	535	96	0	1969	29	19	18	32	1.95
1765205--1765252	11	4.4	11	76	7	53	64	0	0	35	0.94
1776994--1777027	13	2.6	13	85	0	50	23	11	11	52	1.70
1778435--1778494	31	1.9	32	83	10	79	48	18	8	25	1.75
1780140--1780212	31	2.5	30	80	10	80	47	10	8	32	1.68
1780159--1780221	31	2.0	31	87	0	90	42	11	11	34	1.76
1781163--1781280	40	2.9	39	81	13	109	19	32	27	21	1.97
1790788--1790819	15	2.1	15	100	0	64	25	0	21	53	1.46
1792393--1792418	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
1794185--1794227	17	2.5	17	82	10	52	39	9	4	46	1.57
1814871--1814935	23	2.8	23	92	0	112	49	10	1	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1814871--1814934	13	5.4	13	69	27	61	48	10	1	39	1.48
1822051--1822084	18	1.9	18	88	5	52	70	5	5	17	1.28
1825376--1825434	31	1.9	31	92	0	100	32	13	13	40	1.84
1829314--1829346	15	2.2	15	89	10	50	33	3	0	63	1.10
1838614--1838660	24	2.0	24	91	0	76	29	0	4	65	1.11
1848133--1848185	26	2.0	26	85	3	70	56	7	7	28	1.54
1848231--1848255	13	1.9	13	100	0	50	20	8	0	72	1.10
1857304--1857343	20	2.0	20	85	14	55	27	17	10	45	1.80
1861377--1861527	54	2.8	54	84	7	189	26	16	29	27	1.97
1861373--1861555	82	2.2	82	80	4	210	26	15	29	27	1.96
1861376--1861555	27	6.6	27	80	7	159	26	15	30	27	1.96
1869115--1869265	54	2.8	54	84	7	189	26	16	29	27	1.97
1869111--1869293	82	2.2	82	80	4	210	26	15	29	27	1.96
1869114--1869293	27	6.6	27	80	7	159	26	15	30	27	1.96
1874323--1874369	22	2.1	23	88	4	69	63	6	2	27	1.30
1874521--1874572	19	2.7	19	75	3	59	28	7	0	63	1.22
1876623--1876655	15	2.1	16	88	5	50	33	0	15	51	1.43
1878344--1878408	20	3.4	20	66	12	64	46	9	7	36	1.65
1878340--1878413	37	2.0	37	100	0	148	45	10	8	35	1.69
1879735--1879776	23	1.9	21	85	9	57	45	0	2	52	1.13
1879839--1879878	19	2.0	20	85	4	55	35	5	0	60	1.19
1886191--1886224	16	2.1	17	88	5	52	26	2	17	52	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1886497--1886571	21	3.4	21	76	14	62	30	1	4	64	1.20
1907147--1907195	24	2.0	24	100	0	98	16	28	8	46	1.75
1913864--1914056	96	2.0	96	97	0	368	45	17	13	23	1.84
1919074--1919248	87	2.0	88	85	1	235	31	12	14	41	1.84
1921105--1921133	12	2.4	12	100	0	58	51	13	0	34	1.42
1921103--1921153	10	4.9	10	76	9	57	47	11	1	39	1.52
1932134--1932182	3	16.3	3	100	0	98	67	0	32	0	0.91
1936410--1936466	19	3.1	19	71	14	57	35	5	5	54	1.46
1938312--1938338	9	3.0	9	100	0	54	22	11	11	55	1.66
1943634--1943658	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1944384--1944424	20	2.0	20	85	0	55	51	0	4	43	1.23
1966758--1966799	18	2.3	18	87	0	57	45	30	21	2	1.65
1966888--1966929	3	14.0	3	100	0	84	33	33	0	33	1.58
1968837--1968910	33	2.2	33	95	0	130	37	31	5	25	1.79
1970768--1970807	21	1.9	21	85	10	55	32	5	0	62	1.17
1972805--1972857	26	2.0	28	88	7	83	26	11	13	49	1.75
1973687--1974153	213	2.2	215	87	2	688	18	12	20	47	1.81
1979375--1979431	28	2.0	28	100	0	114	50	17	17	14	1.77
1982470--1982521	27	2.0	27	88	3	79	48	1	1	48	1.24
1982640--1982703	26	2.5	25	73	14	58	48	7	3	40	1.48
1991220--1991565	186	1.9	183	83	4	444	36	20	16	25	1.93
1991433--1991720	155	1.9	155	85	2	400	36	20	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1994287--1994337	27	2.0	27	88	7	79	39	3	11	45	1.59
1996971--1997111	54	2.7	53	80	9	155	26	16	20	36	1.93
1997130--1997363	108	2.2	107	90	1	308	25	20	23	30	1.99
1997157--1997328	54	3.2	52	70	15	143	26	20	23	28	1.99
1997195--1997361	54	3.1	53	71	13	160	25	21	25	27	1.99
2004704--2004749	22	2.0	22	83	8	56	63	0	2	34	1.07
2012931--2013452	276	1.9	276	91	2	859	38	19	9	32	1.85
2024004--2024386	44	8.8	43	74	10	208	26	20	20	32	1.97
2024570--2024998	88	4.9	88	88	2	480	24	23	22	29	1.99
2024766--2024992	44	5.2	44	67	16	146	25	23	22	28	1.99
2026231--2026274	21	2.0	21	82	4	52	13	20	0	65	1.26
2040843--2040884	14	3.1	13	78	21	50	38	2	2	57	1.25
2047825--2047924	48	2.1	48	100	0	200	33	22	16	29	1.95
2050567--2050634	29	2.3	29	85	7	84	44	11	19	25	1.84
2053263--2053327	31	2.1	30	86	8	87	46	13	12	27	1.79
2061946--2061994	13	3.9	13	74	17	50	36	20	8	34	1.82
2068822--2068865	18	2.4	18	80	3	52	63	15	6	13	1.49
2072929--2072959	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
2075203--2075229	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
2076625--2076819	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
2076852--2076885	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
2076852--2076890	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076856--2076895	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
2076851--2077069	120	1.8	119	88	8	338	39	3	5	50	1.44
2077077--2077118	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
2077068--2077365	154	1.9	156	95	2	546	47	5	3	44	1.41
2077218--2077252	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2077497--2077570	16	4.6	16	96	0	112	31	36	0	32	1.58
2078879--2078935	28	2.0	29	93	3	98	31	21	5	42	1.75
2080511--2080542	15	2.1	16	94	5	57	37	0	0	62	0.95
2080532--2080594	21	2.9	21	77	13	65	53	1	0	44	1.10
2084057--2084639	197	2.9	196	83	6	737	34	21	15	27	1.94

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