genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24912862--24912905	16	2.6	18	78	10	56	52	4	6	36	1.49
24914174--24914206	15	2.1	16	88	5	50	18	3	3	75	1.06
24914409--24915348	44	21.7	45	69	15	325	27	24	19	27	1.99
24914398--24915348	216	4.4	216	92	0	1589	27	24	19	28	1.99
24914398--24915344	89	10.9	87	66	16	323	27	24	19	27	1.99
24927131--24927199	16	4.3	16	71	12	61	73	10	2	13	1.19
24927303--24927356	21	2.6	21	79	2	65	55	1	9	33	1.42
24927449--24927495	18	2.6	19	83	6	62	53	4	6	36	1.46
24927305--24927522	102	2.1	104	81	9	246	52	4	8	33	1.53
24928782--24928814	15	2.1	16	88	5	50	18	3	3	75	1.06
24932005--24932038	15	2.3	15	89	0	50	55	0	11	32	1.36
24933798--24933837	21	1.9	21	84	0	53	30	27	12	30	1.93
24937607--24937682	39	1.9	39	83	0	98	39	7	17	35	1.78
24950217--24950254	19	1.9	19	94	5	67	28	5	2	63	1.30
24950153--24950259	12	8.8	12	74	13	60	23	3	4	68	1.25
24950167--24950259	25	3.9	24	76	13	77	20	4	5	69	1.25
24961964--24962000	17	2.1	19	85	10	51	32	8	24	35	1.85
24963596--24963689	43	2.2	43	86	0	125	23	20	24	31	1.98
24975585--24975699	35	3.2	35	69	9	104	27	25	20	26	1.99
24975588--24975731	74	1.9	74	87	0	207	29	21	20	27	1.98
24978064--24978260	98	2.0	98	95	0	358	37	24	9	27	1.87
24979567--24979698	19	6.8	19	90	3	210	36	15	9	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24979560--24979697	59	2.4	59	90	4	212	36	14	9	39	1.79
24988274--24988311	17	2.4	17	86	8	53	52	0	0	47	1.00
24988560--24988842	158	1.8	154	90	4	460	27	8	9	53	1.63
24988840--24989646	152	5.3	152	90	4	1191	50	8	11	29	1.67
24992135--24992168	13	2.5	13	90	4	50	64	2	0	32	1.08
24992176--24992256	42	1.9	43	80	12	96	48	3	1	46	1.27
24996726--24996754	15	1.9	15	100	0	58	0	17	0	82	0.66
24996726--24996763	12	3.3	12	85	7	53	0	15	0	84	0.63
24996726--24996756	7	4.3	7	92	8	53	0	16	0	83	0.64
24997637--24998147	87	5.9	87	93	0	842	24	24	22	28	1.99
24997640--24998235	174	3.5	173	89	4	871	24	23	22	28	1.99
24997637--24998235	261	2.4	249	89	4	882	24	24	22	28	1.99
24998077--24998218	71	2.0	71	95	0	257	25	27	22	24	2.00
24999863--24999958	29	3.1	29	74	14	86	9	10	8	71	1.30
24999906--24999982	35	2.2	35	88	4	111	5	9	9	76	1.14
25002753--25003285	265	2.0	265	95	0	960	20	18	39	22	1.93
25007291--25007532	50	4.8	50	84	1	315	21	30	21	26	1.99
25007291--25007533	99	2.4	100	89	1	353	21	30	21	26	1.99
25013441--25013633	50	3.8	50	81	2	217	23	29	20	26	1.99
25018276--25018314	18	2.2	18	85	0	51	20	2	20	56	1.54
25018308--25018363	27	2.0	28	93	3	96	26	0	3	69	1.04
25018308--25018373	27	2.4	27	87	7	89	25	1	3	69	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25025082--25025120	19	2.1	19	90	0	60	28	5	15	51	1.64
25028859--25028889	15	2.1	15	93	0	53	32	0	6	61	1.21
25035451--25035575	63	2.0	63	85	0	169	38	15	22	24	1.92
25039619--25039648	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
25049931--25049970	21	2.0	20	86	13	57	22	25	0	52	1.47
25055081--25055226	54	2.7	54	81	0	157	21	27	25	25	2.00
25058214--25058238	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
25068660--25068689	16	1.9	16	93	6	53	13	30	13	43	1.82
25070584--25070661	25	3.1	25	79	3	102	26	16	21	34	1.95
25070583--25070658	26	3.0	25	78	3	89	26	17	22	34	1.96
25071161--25071277	55	2.1	55	82	4	137	43	0	3	52	1.24
25071196--25071231	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
25084509--25084554	23	2.0	23	91	0	74	41	19	15	23	1.89
25084954--25084983	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
25085495--25085556	9	6.9	9	80	10	65	9	12	3	74	1.19
25085499--25085553	18	3.0	18	86	2	74	10	14	3	70	1.28
25085775--25085836	24	2.6	24	97	0	115	35	19	4	40	1.73
25087654--25087729	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
25087859--25087931	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
25088754--25088783	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
25092399--25092444	13	3.5	13	72	21	51	36	2	4	56	1.31
25093707--25093832	61	2.1	61	80	7	141	43	15	4	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25095166--25095205	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
25101371--25101980	33	18.8	33	75	6	280	29	32	19	18	1.96
25101377--25101696	66	4.8	66	92	1	498	26	33	22	17	1.96
25102790--25103015	18	13.8	17	65	18	104	31	15	35	16	1.91
25102788--25103049	33	8.0	33	89	3	352	32	15	35	16	1.90
25102791--25103046	129	2.0	130	88	3	381	31	15	36	16	1.90
25104920--25104945	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
25110156--25110191	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
25110634--25110691	11	5.5	11	79	10	59	0	12	18	68	1.19
25110633--25110701	30	2.3	30	97	2	129	0	11	17	71	1.15
25117297--25117404	46	2.3	46	82	0	126	20	10	26	42	1.84
25117408--25117450	20	2.2	20	86	0	59	41	13	25	18	1.88
25117606--25117905	132	2.3	131	81	2	332	33	17	13	36	1.88
25117725--25117975	131	1.9	132	83	2	326	33	16	14	35	1.89
25122270--25122516	50	4.8	50	80	5	246	27	20	27	23	1.99
25123407--25123892	242	2.0	240	94	1	857	36	9	19	34	1.84
25132260--25132319	26	2.4	25	83	10	77	41	10	16	31	1.81
25136209--25136341	49	2.7	50	82	2	162	39	21	18	21	1.93
25136635--25136688	26	2.1	26	82	6	65	50	16	3	29	1.63
25139695--25140383	342	2.0	342	92	1	1157	25	13	23	37	1.92
25140629--25141167	105	5.1	104	75	4	404	30	14	25	29	1.95
25140629--25141167	210	2.6	210	80	4	541	30	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25142070--25142113	22	2.0	21	87	12	63	31	25	18	25	1.97
25144181--25144349	33	5.2	32	78	7	142	33	31	15	18	1.92
25148079--25148116	17	2.2	18	85	4	51	15	5	13	65	1.43
25153581--25153900	105	3.0	105	86	0	442	31	12	25	30	1.92
25162639--25162680	19	2.2	19	91	0	66	26	14	9	50	1.73
25163363--25163398	13	2.8	13	95	0	63	33	11	36	19	1.87
25173638--25173677	20	1.9	21	85	10	55	57	7	17	17	1.62
25175451--25175574	49	2.5	49	82	2	142	25	17	29	27	1.98
25179300--25179394	17	5.6	17	67	20	65	51	5	3	40	1.40
25179300--25179351	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
25190508--25190576	27	2.5	27	85	2	84	40	37	0	21	1.54
25190580--25190612	15	2.3	15	89	5	50	42	30	0	27	1.56
25190997--25191109	41	2.8	41	86	2	156	30	28	20	21	1.98
25191145--25191280	40	3.4	40	81	5	159	24	19	19	36	1.95
25192514--25192590	29	2.7	29	81	0	91	33	22	20	23	1.97
25202633--25202693	30	2.1	30	87	3	88	49	4	8	37	1.54
25204628--25204677	11	4.7	10	85	11	64	8	12	12	68	1.40
25204628--25204694	33	2.1	32	82	2	80	13	14	8	62	1.53
25206129--25206194	10	6.9	10	73	20	61	37	1	1	59	1.16
25206113--25206193	30	2.7	32	75	12	91	38	1	1	59	1.13
25206172--25206208	15	2.6	14	87	8	56	40	0	0	59	0.97
25206351--25206389	21	1.9	21	89	5	62	33	25	7	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25206994--25207170	93	1.9	93	95	0	318	28	19	16	35	1.94
25209584--25209624	8	5.1	8	93	0	73	39	0	0	60	0.96
25214559--25214600	22	1.9	22	85	0	57	40	0	47	11	1.40
25216866--25216903	16	2.4	17	86	13	62	23	23	2	50	1.62
25220246--25220515	46	5.9	45	82	2	297	30	20	21	27	1.98
25220246--25220517	92	3.0	91	86	2	357	30	20	21	27	1.98
25220246--25220517	138	2.0	138	84	0	355	30	20	21	27	1.98
25227449--25227474	12	2.2	12	100	0	52	19	15	50	15	1.79
25233471--25233501	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
25233554--25233590	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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