genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21708752--21708786	13	2.7	13	100	0	70	40	0	5	54	1.24
21708708--21708899	57	3.3	56	66	23	142	33	3	5	57	1.38
21708781--21708823	10	4.3	10	82	8	52	18	0	2	79	0.85
21708781--21708825	9	4.7	9	83	10	54	22	0	2	75	0.91
21708781--21708826	19	2.3	20	88	3	67	23	0	2	73	0.94
21708797--21708836	20	2.1	19	85	4	53	35	0	0	65	0.93
21708706--21708934	120	1.9	119	85	4	311	35	2	4	57	1.34
21712792--21713788	256	3.9	254	78	7	919	35	16	17	29	1.93
21713687--21713886	102	2.0	102	84	2	267	40	16	14	29	1.87
21713787--21714542	258	2.9	257	80	7	813	35	16	17	30	1.92
21715835--21715878	22	2.0	22	100	0	88	27	4	13	54	1.58
21717710--21718593	258	3.4	254	78	6	793	35	17	16	31	1.92
21718683--21719215	258	2.1	258	82	5	641	33	15	18	33	1.92
21719680--21719809	3	43.7	3	82	1	118	6	33	0	60	1.22
21722417--21722455	20	1.9	21	84	5	53	46	0	12	41	1.42
21726583--21726635	22	2.4	22	83	3	79	35	7	13	43	1.72
21730848--21732447	528	3.0	525	88	3	2206	29	15	18	35	1.92
21732033--21732074	21	2.0	21	100	0	84	38	19	4	38	1.73
21733973--21734010	17	2.2	17	86	9	51	63	2	0	34	1.09
21734764--21734830	29	2.4	28	85	9	84	49	17	10	22	1.77
21735425--21735479	19	2.9	19	86	0	74	38	23	7	30	1.82
21736603--21736646	20	2.2	20	84	8	54	20	36	0	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21736758--21736804	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
21737239--21737264	10	2.6	10	100	0	52	26	19	11	42	1.85
21738245--21738281	15	2.3	17	81	13	51	62	5	0	32	1.18
21738247--21738282	16	2.3	16	90	4	56	61	5	0	33	1.19
21755056--21755385	46	7.6	44	73	12	204	31	21	20	25	1.98
21756986--21757032	3	15.7	3	81	16	53	25	2	2	70	1.10
21769906--21770059	76	2.0	76	93	0	263	40	9	9	40	1.70
21770653--21770686	16	2.1	17	94	5	61	23	17	0	58	1.38
21777833--21777875	22	1.9	23	85	4	61	11	6	11	69	1.35
21778455--21778515	20	2.8	23	80	9	67	32	9	0	57	1.32
21778462--21778515	23	2.5	23	85	8	69	27	11	0	61	1.30
21796609--21796674	23	2.8	23	80	8	71	43	3	0	53	1.16
21796725--21796755	15	2.0	15	93	6	53	32	0	3	64	1.09
21798458--21798520	23	2.8	24	76	11	62	74	7	6	11	1.21
21800084--21800135	25	2.1	25	100	0	104	15	19	17	48	1.82
21810664--21810816	46	3.2	46	83	12	157	37	14	20	28	1.91
21810612--21810803	52	3.8	51	85	8	268	34	14	21	29	1.93
21810598--21810821	98	2.3	98	90	0	349	34	14	22	28	1.93
21814694--21814856	82	2.0	82	98	0	317	50	15	6	27	1.68
21817322--21817348	5	5.4	5	100	0	54	44	18	0	37	1.50
21817639--21817669	16	1.9	16	93	0	53	58	3	0	38	1.15
21819155--21819187	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21832089--21832144	28	2.0	28	96	0	103	32	14	19	33	1.92
21836405--21836453	22	2.3	21	90	10	82	38	8	12	40	1.72
21836409--21836452	22	2.0	22	100	0	88	36	9	13	40	1.76
21842264--21842298	17	2.1	17	89	5	54	34	14	8	42	1.76
21845859--21845888	14	2.1	14	93	0	51	30	6	20	43	1.77
21846078--21846113	19	1.9	19	94	5	65	47	5	0	47	1.25
21846088--21846136	24	2.0	24	84	7	64	46	2	0	51	1.12
21848941--21849008	36	1.9	36	87	3	102	41	5	1	51	1.35
21849222--21849261	21	1.9	21	85	10	55	17	5	10	67	1.37
21873394--21873427	10	3.1	11	87	12	52	88	2	8	0	0.62
21873683--21873735	20	2.7	20	90	0	88	37	0	50	11	1.38
21874185--21874350	3	55.3	3	73	4	120	31	6	4	58	1.41
21876429--21876461	16	2.1	16	100	0	66	36	6	33	24	1.80
21876450--21876541	44	2.1	44	89	6	141	31	3	30	34	1.74
21876655--21876842	24	6.9	28	65	25	77	53	3	1	42	1.24
21876681--21877182	120	4.3	120	92	3	816	51	4	1	42	1.30
21876981--21877027	23	2.0	24	84	15	64	53	4	2	40	1.32
21877013--21877054	13	3.2	13	83	12	59	57	0	0	42	0.99
21877008--21877057	26	2.0	25	92	4	82	58	0	0	42	0.98
21877048--21877093	18	2.6	18	86	6	58	52	2	2	43	1.25
21878444--21878489	23	2.0	23	83	8	58	58	2	4	34	1.30
21879634--21879660	6	4.5	6	100	0	54	37	0	29	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21879864--21879903	18	2.2	18	95	0	71	30	12	5	52	1.60
21892187--21892224	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
21892203--21892293	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
21892458--21892492	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21892352--21892657	157	1.9	157	97	0	576	44	3	5	47	1.42
21892595--21892636	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
21892604--21892645	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
21892593--21892890	120	2.5	121	91	4	487	49	5	3	42	1.40
21892931--21892978	26	1.9	26	87	8	73	54	2	0	43	1.12
21892886--21893114	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.40
21896709--21896891	48	3.8	47	95	0	303	36	7	6	49	1.56
21896721--21896891	25	7.1	25	70	17	146	35	7	7	49	1.58
21896726--21896858	23	5.6	23	73	13	126	34	8	6	50	1.59
21896709--21896891	96	1.9	96	96	0	339	36	7	6	49	1.56
21898078--21898150	23	3.2	23	84	7	87	49	23	6	20	1.73
21898893--21898928	17	2.1	17	100	0	72	66	11	11	11	1.45
21899154--21899179	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
21901288--21901333	19	2.3	20	85	7	67	56	4	0	39	1.19
21901347--21901391	10	4.5	10	86	5	56	68	2	0	28	1.01
21901347--21901411	10	7.0	9	71	13	51	61	1	1	35	1.15
21902198--21902238	6	6.8	6	97	0	64	78	17	4	0	0.93
21913633--21913676	18	2.6	18	85	7	56	56	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21913643--21913682	18	2.2	18	90	0	62	57	0	0	42	0.98
21915598--21915665	32	2.1	32	88	0	100	20	23	10	45	1.81
21928139--21928178	20	2.0	20	95	0	71	25	32	5	37	1.77
21932814--21932876	26	2.4	26	86	5	83	47	0	1	50	1.10
21932857--21932900	18	2.5	18	85	10	56	40	0	4	54	1.21
21932862--21932933	20	3.7	20	85	7	94	38	0	4	56	1.18
21936782--21936824	19	2.3	19	84	15	54	65	0	4	30	1.13
21936782--21936841	10	6.3	9	76	16	59	63	0	5	31	1.16
21936782--21936838	29	2.0	29	86	6	80	61	0	5	33	1.18
21936801--21936847	18	2.5	19	75	6	51	61	0	4	34	1.15
21936981--21937047	30	2.3	28	78	14	73	59	0	5	34	1.22
21937001--21937076	10	8.1	9	72	22	59	60	0	2	36	1.11
21937000--21937037	19	2.0	20	94	5	69	63	0	5	31	1.17
21937001--21937085	11	7.5	11	70	25	54	61	0	2	36	1.09
21937008--21937098	37	2.4	36	76	16	89	62	1	2	34	1.14
21937185--21937263	41	2.0	38	82	7	95	41	5	1	51	1.31
21957231--21957283	29	1.9	26	85	11	70	24	0	1	73	0.93
21958976--21959030	13	4.2	13	85	0	65	29	12	23	34	1.92
21961878--21961916	20	2.0	20	84	0	51	38	2	15	43	1.60
21963844--21964064	45	4.9	45	89	1	309	50	9	18	21	1.74
21966084--21966148	21	3.1	20	74	22	62	23	1	7	67	1.25
21987440--21987499	24	2.6	22	77	15	59	58	3	5	33	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21995078--21995130	14	3.8	14	78	9	63	28	60	3	7	1.41
21995066--21995130	28	2.3	28	100	0	130	27	58	6	7	1.50
21996681--21996707	14	1.9	14	100	0	54	25	0	14	59	1.36
21997957--21998045	45	2.0	45	97	0	169	35	10	13	40	1.78
21998922--21998951	14	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
22000099--22000201	41	2.5	41	87	0	134	26	26	20	27	1.99
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22002912--22002949	17	2.2	19	86	13	55	36	10	0	52	1.36
22007501--22007543	21	2.0	21	86	0	59	30	0	16	53	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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