genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790770--2790800	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2791699--2791736	19	2.0	19	94	0	67	21	13	21	44	1.85
2798666--2798704	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2803682--2803722	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2804094--2804152	31	1.9	31	93	6	102	33	13	8	44	1.74
2806321--2806359	11	3.7	11	80	13	55	66	5	7	20	1.36
2812975--2813046	33	2.2	32	92	4	126	40	6	12	40	1.70
2831648--2831791	74	1.9	74	97	0	270	31	22	22	22	1.98
2837123--2837152	10	3.0	10	95	0	51	50	6	43	0	1.28
2837631--2837671	22	1.9	21	85	5	55	63	7	0	29	1.21
2840354--2840402	25	2.0	25	88	8	73	46	8	24	20	1.77
2842102--2842145	21	2.1	21	83	8	54	34	0	18	47	1.49
2842604--2842654	26	1.9	27	84	4	68	19	25	13	41	1.88
2842593--2842757	25	6.6	26	70	11	103	18	25	18	37	1.93
2843693--2844046	45	7.9	45	93	0	573	26	20	15	38	1.92
2844160--2844191	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
2848180--2848253	31	2.3	31	80	17	80	29	6	5	58	1.47
2855847--2855903	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
2856149--2856183	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2856283--2856324	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
2856036--2856333	154	1.9	156	95	2	537	44	3	5	47	1.40
2856292--2856426	15	8.9	15	67	24	70	51	3	2	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856075--2856390	154	2.0	155	83	7	401	46	4	3	45	1.39
2856352--2856442	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
2856332--2856549	119	1.8	118	89	6	343	50	5	3	40	1.45
2856510--2856548	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
2856515--2856548	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
2856581--2856775	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
2858175--2858201	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
2860740--2860795	21	2.6	21	91	2	85	41	25	12	21	1.88
2861863--2861998	33	4.3	33	78	12	167	61	13	17	7	1.55
2861929--2861983	18	3.2	17	71	23	53	61	16	14	7	1.54
2863022--2863075	20	2.6	20	79	5	54	59	3	0	37	1.15
2868590--2868644	27	2.0	27	100	0	110	14	40	23	21	1.90
2871347--2871395	18	2.6	19	83	6	64	30	10	14	44	1.78
2872958--2873050	45	2.1	45	100	0	186	10	17	30	41	1.83
2873477--2873520	18	2.4	19	81	14	56	59	2	0	38	1.10
2883988--2884017	7	4.1	7	91	8	51	46	0	13	40	1.43
2892839--2892932	40	2.3	40	94	0	161	24	23	27	24	2.00
2893956--2893982	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
2899701--2899752	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
2900963--2901183	51	4.3	52	78	5	238	30	27	16	25	1.96
2901410--2901471	18	3.2	21	65	25	64	38	11	3	46	1.56
2901408--2901479	36	2.0	36	100	0	144	41	11	2	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904187--2904303	44	2.7	43	81	9	148	22	18	29	29	1.97
2904333--2904383	23	2.2	23	89	6	77	45	19	5	29	1.74
2907542--2907597	27	2.1	27	96	0	103	23	1	25	50	1.59
2911058--2911088	15	2.1	15	93	0	53	22	3	0	74	0.96
2923367--2923396	14	2.1	14	93	0	51	33	3	23	40	1.71
2924755--2924790	3	12.0	3	87	0	54	2	33	0	63	1.08
2928997--2929036	22	1.9	19	85	14	53	57	2	0	40	1.12
2933023--2933058	15	2.4	15	90	0	54	36	38	8	16	1.79
2934555--2934597	3	14.3	3	85	0	50	60	2	6	30	1.35
2944199--2944259	29	2.1	30	96	3	115	24	6	37	31	1.81
2949752--2949781	6	5.0	6	95	0	51	36	0	13	50	1.42
2951869--2951961	18	5.2	18	88	0	123	29	22	16	32	1.95
2959363--2959408	22	2.1	22	84	8	58	30	6	6	56	1.50
2959815--2959846	17	1.9	17	93	6	57	68	0	0	31	0.90
2967205--2967285	40	2.0	40	97	0	153	37	9	18	34	1.84
2967577--2967669	46	2.0	46	100	0	186	35	8	19	36	1.82
2974662--2974693	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
2975161--2975211	4	12.0	4	76	19	50	23	3	1	70	1.14
2975161--2975211	13	4.0	12	78	16	50	23	3	1	70	1.14
2975942--2976063	59	2.1	59	82	3	147	39	20	13	27	1.89
2976574--2976630	22	2.6	22	91	2	89	47	5	3	43	1.43
2980185--2980209	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2982816--2982846	5	6.2	5	96	0	53	74	0	25	0	0.82
2987433--2987511	31	2.6	30	82	6	88	34	8	10	46	1.69
2988994--2989042	19	2.5	20	77	9	57	46	4	0	48	1.20
2992179--2992213	10	3.4	10	84	7	52	40	0	0	60	0.97
3003062--3003122	32	1.9	32	86	0	86	40	4	9	44	1.59
3004386--3004416	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
3011243--3011268	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
3017932--3018008	33	2.3	32	80	6	82	33	18	22	25	1.96
3018799--3018836	11	3.4	11	96	3	67	39	2	0	57	1.12
3018819--3018857	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
3022207--3022231	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
3029415--3029439	6	4.2	6	100	0	50	84	16	0	0	0.63
3034723--3034759	12	3.2	12	92	7	60	0	16	5	78	0.93
3043332--3043383	17	3.1	16	77	20	61	32	3	1	61	1.25
3047221--3047276	22	2.6	21	80	5	67	37	1	0	60	1.07
3067906--3068102	98	2.0	98	91	0	322	38	22	9	29	1.85
3069646--3069683	16	2.4	16	83	12	51	78	5	2	13	1.02
3081026--3081086	29	2.1	29	93	0	104	36	9	9	44	1.71
3082520--3082578	24	2.5	23	78	8	64	38	1	0	59	1.08
3086447--3086521	31	2.4	31	80	4	80	32	12	10	45	1.75
3089078--3089107	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
3094086--3094116	15	2.1	15	93	0	53	22	3	3	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3096945--3096982	19	2.0	20	89	5	60	26	0	0	73	0.83
3101281--3101322	17	2.3	18	92	8	68	33	0	2	64	1.07
3101281--3101337	23	2.5	22	83	13	64	31	1	3	63	1.22
3101281--3101322	6	7.0	6	91	8	68	33	0	2	64	1.07
3102610--3102675	31	2.1	31	83	5	80	43	10	12	33	1.76
3109334--3109426	28	3.2	28	72	21	100	50	16	10	22	1.75
3109334--3109448	60	1.9	59	98	1	221	50	14	11	23	1.75
3109491--3109556	31	2.1	31	91	0	105	34	7	10	46	1.67
3115803--3115836	17	2.1	16	88	5	50	38	8	2	50	1.49
3119853--3119916	27	2.4	27	92	2	103	39	4	4	51	1.44
3119995--3120065	34	2.0	35	89	10	110	47	5	15	30	1.68
3142201--3142242	14	2.8	15	75	10	50	33	0	9	57	1.31
3144094--3144126	8	4.2	8	96	3	59	90	9	0	0	0.44
3148472--3148518	23	2.1	21	84	7	58	27	2	8	61	1.36
3148515--3148560	22	2.0	23	83	4	58	39	8	2	50	1.46
3148526--3148568	22	2.0	22	81	9	52	37	13	0	48	1.43
3148778--3148841	27	2.4	25	78	14	67	35	9	3	51	1.50
3149001--3149030	5	6.2	5	92	7	53	20	0	0	80	0.72
3154861--3154909	21	2.6	18	79	17	62	42	12	18	26	1.85
3154867--3154910	21	2.1	21	100	0	88	43	9	18	29	1.80
3155252--3155276	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
3157142--3157228	31	2.8	31	75	5	86	37	3	14	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3160347--3160409	33	1.9	33	96	0	117	31	11	14	42	1.80
3169475--3169587	31	3.6	30	69	17	95	43	3	11	41	1.58
3178608--3178879	100	2.7	102	87	7	360	54	16	1	27	1.49
3179074--3179188	60	1.9	60	94	0	203	53	11	0	34	1.43
3179515--3179603	26	3.4	26	82	4	90	15	14	58	11	1.63
3179736--3179785	25	2.0	24	84	3	64	60	0	2	38	1.09
3180783--3180948	37	4.5	37	98	0	314	25	19	17	37	1.93
3180912--3181278	52	7.2	52	85	7	470	28	22	14	34	1.93
3180912--3181270	98	3.6	98	90	2	529	28	22	14	34	1.93
3180923--3181284	150	2.4	144	92	5	571	28	22	14	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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