genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8971063--8971126	17	3.6	17	74	15	67	46	12	12	28	1.78
8971081--8971134	17	3.1	17	70	19	56	46	14	12	25	1.81
8971066--8971134	36	1.9	36	96	0	129	46	13	13	27	1.79
8975338--8975362	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
8976895--8977091	41	4.8	41	92	5	317	28	20	22	27	1.99
8977305--8977367	33	1.9	32	90	3	99	25	9	25	39	1.86
8977311--8977384	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
8983012--8983036	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
8984568--8984764	41	4.8	41	92	5	317	28	20	22	27	1.99
8984978--8985040	33	1.9	32	90	3	99	25	9	25	39	1.86
8984984--8985057	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
8986688--8986756	36	1.9	36	90	0	111	46	13	13	27	1.79
8987396--8987430	18	1.9	18	88	0	52	20	14	0	65	1.26
8989812--8989854	22	2.0	22	86	4	61	69	6	13	9	1.35
8990217--8990365	42	3.5	42	78	3	120	22	19	18	39	1.92
8990300--8990412	43	2.6	42	84	2	127	23	21	16	38	1.92
8990967--8991011	22	2.1	21	91	4	72	11	17	28	42	1.84
8991144--8991261	43	2.7	43	82	3	139	23	18	30	27	1.98
8991212--8991398	86	2.2	85	80	2	212	22	27	19	30	1.98
8991253--8991399	43	3.4	43	85	0	195	23	29	15	31	1.95
8991770--8991871	21	4.9	21	87	0	123	7	43	14	34	1.75
8991879--8992023	66	2.2	65	81	6	175	15	24	18	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8995017--8995049	16	2.1	16	100	0	66	30	18	0	51	1.46
8995947--8996008	33	1.9	32	90	3	97	66	14	0	19	1.26
8997423--8997476	23	2.5	22	82	8	58	44	0	7	48	1.31
8997425--8997492	20	3.2	21	74	14	52	48	0	7	44	1.30
8997498--8997543	11	4.3	11	78	13	51	15	6	0	78	0.95
8998202--8998452	89	2.8	89	96	0	466	45	25	1	27	1.63
8998434--8998472	21	1.9	21	89	5	62	38	41	0	20	1.53
8998440--8998474	14	2.5	14	86	13	54	37	45	0	17	1.48
8999092--8999117	13	2.0	13	100	0	52	30	38	15	15	1.88
8999105--8999239	41	3.3	41	87	4	184	33	24	22	20	1.97
8999276--8999410	40	3.4	40	78	8	143	20	22	20	37	1.95
9017198--9017234	14	2.6	14	86	4	56	40	2	10	45	1.53
9018034--9018072	19	2.1	19	85	9	53	61	2	0	35	1.10
9022533--9022572	21	1.9	21	84	0	53	25	7	27	40	1.82
9025979--9026048	25	2.8	25	86	0	95	27	18	8	45	1.78
9028747--9028778	16	2.0	16	93	0	55	46	6	0	46	1.27
9032718--9032774	24	2.3	25	90	3	89	52	7	15	24	1.67
9032718--9032788	25	2.9	24	85	6	88	47	8	16	26	1.75
9036360--9036399	21	1.9	21	89	0	62	45	25	7	22	1.78
9041765--9041798	14	2.4	14	95	0	59	41	11	2	44	1.56
9049065--9049106	21	2.1	20	86	8	59	38	4	19	38	1.73
9055928--9055970	16	2.7	15	82	10	59	20	6	0	72	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9055930--9055971	17	2.5	17	92	3	68	19	7	0	73	1.05
9056096--9056125	14	2.1	15	93	6	53	23	0	10	66	1.21
9056689--9056730	13	3.3	13	80	3	50	45	0	0	54	0.99
9057924--9057957	17	1.9	17	88	5	50	20	5	0	73	1.04
9059232--9059278	17	2.7	17	75	15	51	61	0	0	38	0.96
9082287--9082484	41	4.8	41	91	5	310	28	20	22	27	1.99
9082698--9082760	33	1.9	32	90	3	99	25	9	25	39	1.86
9082704--9082777	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
9085034--9085068	18	1.9	18	88	0	52	20	14	0	65	1.26
9087196--9087235	20	2.0	20	85	0	53	75	7	7	10	1.20
9088275--9088450	43	4.1	43	81	2	192	27	30	17	24	1.97
9088804--9088881	21	3.7	21	84	0	93	3	37	19	39	1.70
9088868--9089028	66	2.4	66	80	6	166	13	26	18	42	1.86
9092090--9092235	9	15.7	9	66	22	54	38	0	10	50	1.41
9092108--9092229	17	7.5	16	68	24	53	38	0	9	50	1.41
9092105--9092168	14	4.1	14	73	23	56	43	0	6	50	1.27
9092153--9092196	22	2.0	22	95	0	79	40	0	11	47	1.39
9092216--9092306	46	2.0	46	89	4	139	36	0	15	48	1.45
9092216--9092278	9	6.9	9	72	22	51	34	0	17	47	1.48
9092370--9092402	16	2.1	16	100	0	66	30	18	0	51	1.46
9092431--9092464	16	2.1	16	94	0	59	29	14	0	55	1.40
9093262--9093323	32	1.9	32	93	0	106	64	14	0	20	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9093707--9093751	24	1.9	23	86	13	65	46	11	20	22	1.81
9093674--9093783	57	1.9	59	90	7	181	49	11	16	22	1.78
9094843--9094896	23	2.5	22	82	8	58	44	0	7	48	1.31
9094845--9094912	20	3.2	21	74	14	52	48	0	7	44	1.30
9094930--9094961	10	3.2	10	95	0	55	18	3	0	78	0.89
9095614--9095854	89	2.7	88	95	3	441	45	24	1	27	1.63
9095836--9095874	21	1.9	21	89	5	62	38	41	0	20	1.53
9095842--9095876	14	2.5	14	86	13	54	37	45	0	17	1.48
9095696--9095935	89	2.9	77	83	10	239	44	24	1	30	1.61
9096495--9096520	13	2.0	13	100	0	52	30	38	15	15	1.88
9096508--9096642	41	3.3	41	87	4	184	33	24	22	20	1.97
9096679--9096813	40	3.4	40	78	8	143	20	22	20	37	1.95
9103546--9103625	40	2.1	38	92	4	133	40	7	10	42	1.67
9109669--9109701	8	4.0	8	96	4	57	75	0	0	24	0.80
9111436--9111610	68	2.6	68	84	5	219	36	21	22	20	1.96
9111462--9111654	68	2.8	68	83	4	203	34	20	23	21	1.96
9112838--9112869	10	3.2	10	95	0	55	43	0	0	56	0.99
9113391--9113488	43	2.3	43	84	5	119	23	31	9	35	1.86
9117505--9117533	14	2.1	14	100	0	58	37	34	6	20	1.80
9119266--9119294	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
9119311--9119350	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
9119361--9119530	59	2.9	59	97	0	313	41	5	8	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9120782--9120833	25	2.1	25	85	0	68	53	5	9	30	1.57
9129319--9129364	20	2.3	20	85	7	58	52	0	13	34	1.40
9129344--9129374	14	2.1	15	94	5	55	51	0	9	38	1.35
9136754--9136797	9	4.7	9	80	8	52	27	0	2	70	0.99
9137576--9137634	9	6.6	9	92	0	91	38	27	10	23	1.87
9137568--9137634	18	3.7	18	87	0	89	40	25	8	25	1.84
9137568--9137634	27	2.5	27	90	0	98	40	25	8	25	1.84
9137642--9137704	17	3.5	17	67	12	54	49	12	3	34	1.57
9138885--9138931	21	2.3	21	82	14	62	38	17	10	34	1.84
9158017--9158056	15	2.6	16	88	8	64	37	2	0	60	1.11
9159276--9159315	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
9159284--9159350	34	1.9	35	84	3	91	34	8	10	46	1.70
9159299--9159338	20	2.0	20	85	0	53	32	10	7	50	1.64
9159421--9159479	18	3.0	20	72	20	61	38	3	0	57	1.15
9160021--9160046	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
9160114--9160481	114	3.2	112	89	2	529	24	22	25	27	2.00
9160420--9160522	41	2.5	41	87	0	134	19	21	31	28	1.97
9160299--9160582	155	1.8	155	87	6	423	21	22	27	28	1.99
9160496--9160654	72	2.2	73	83	5	198	22	23	28	25	1.99
9160819--9160868	24	2.1	24	100	0	100	46	0	8	46	1.32
9160977--9161014	15	2.5	15	95	0	67	18	0	44	36	1.50
9160977--9161023	15	3.1	15	90	0	58	19	0	44	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9161285--9161385	20	5.3	19	75	19	86	15	1	44	37	1.58
9161294--9161385	37	2.4	37	89	3	139	16	1	44	38	1.55
9161343--9161411	31	2.2	30	85	10	86	18	0	43	37	1.51
9161809--9162048	109	2.2	109	95	0	426	32	16	12	38	1.86
9161914--9162319	160	2.6	153	92	4	640	29	16	14	39	1.88
9162776--9162826	26	1.9	27	92	4	86	43	17	25	13	1.86
9165021--9165046	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
9165103--9165301	43	4.6	42	84	3	247	20	18	26	34	1.96
9165103--9165301	86	2.3	86	87	5	278	20	18	26	34	1.96
9166292--9166334	21	2.0	21	90	0	68	41	25	16	16	1.88

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