genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   

This is table  197  of  228  ( 27298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58007656--58007690	12	2.9	12	91	0	61	45	0	11	42	1.40
58007769--58007867	39	2.5	37	83	8	108	48	1	11	39	1.45
58007810--58007901	33	2.9	33	80	4	100	46	1	9	42	1.44
58009203--58009240	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
58015454--58015508	24	2.3	23	84	9	76	41	0	1	56	1.10
58019535--58019593	29	2.0	29	83	0	73	64	5	0	30	1.15
58020188--58020264	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
58020204--58020243	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
58020192--58020258	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
58021156--58021192	20	1.9	18	89	10	56	37	10	10	40	1.75
58025435--58025530	2	48.0	2	100	0	192	50	0	50	0	1.00
58032177--58032261	43	2.0	43	90	0	134	34	14	23	28	1.93
58049029--58049087	22	2.7	22	69	10	57	40	13	1	44	1.54
58049382--58049426	22	2.0	22	100	0	90	40	4	17	37	1.70
58055102--58055126	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
58055758--58055793	16	2.2	17	90	5	56	36	11	0	52	1.37
58055785--58055857	23	3.3	23	66	22	57	39	8	4	47	1.52
58055788--58055933	47	3.2	43	71	18	107	39	8	2	49	1.47
58055847--58055945	53	1.9	50	83	6	126	39	8	1	51	1.38
58056307--58056351	21	2.2	21	88	11	67	28	8	2	60	1.39
58056379--58056664	107	2.7	107	89	1	439	29	15	19	35	1.92
58060160--58060450	66	4.4	66	79	2	289	28	3	44	23	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58060299--58060345	21	2.1	24	84	11	64	31	0	44	23	1.54
58060160--58060445	33	8.7	33	77	1	232	28	3	44	23	1.68
58060189--58060445	99	2.6	99	76	1	264	28	3	44	23	1.70
58065380--58065422	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
58065520--58065806	42	6.8	42	82	6	300	29	20	21	27	1.98
58065803--58065840	18	2.1	18	95	0	67	31	26	5	36	1.79
58066256--58066345	21	4.3	21	81	5	110	4	42	18	34	1.71
58066256--58066345	42	2.1	42	87	4	128	4	42	18	34	1.71
58071811--58072003	9	22.8	9	75	12	149	31	3	18	47	1.64
58071804--58071960	25	6.3	25	78	5	131	31	3	19	46	1.65
58071804--58071969	16	10.4	16	71	17	98	31	3	19	46	1.65
58071809--58071986	50	3.7	50	80	9	160	31	2	19	46	1.65
58071872--58071986	41	2.8	40	88	5	133	31	1	19	47	1.59
58071810--58072003	25	7.7	24	80	6	99	31	3	18	46	1.64
58072107--58072461	87	4.0	86	79	12	393	49	4	4	41	1.43
58072174--58072234	17	3.5	18	69	22	58	52	4	0	42	1.23
58072322--58072354	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
58072369--58072513	52	3.0	46	90	9	154	46	4	5	44	1.46
58072369--58072430	21	3.0	21	70	23	51	48	4	4	41	1.46
58072388--58072513	52	2.4	52	100	0	252	46	3	4	45	1.43
58072430--58072511	24	3.2	24	67	29	71	43	3	6	46	1.46
58072211--58072648	229	1.9	229	98	0	840	48	4	5	41	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58072551--58072583	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
58073962--58073996	17	2.1	17	88	0	52	31	0	51	17	1.45
58074540--58074588	22	2.2	22	96	0	89	34	30	4	30	1.76
58074660--58074782	53	2.3	54	78	13	148	46	31	4	17	1.67
58092814--58092885	21	3.4	21	86	0	90	4	44	16	34	1.67
58093908--58094069	25	6.4	25	78	10	143	38	1	15	44	1.54
58093972--58094339	9	42.2	9	71	19	180	39	0	14	45	1.48
58093941--58094288	34	10.3	35	74	15	136	39	0	14	45	1.50
58094050--58094136	25	3.5	25	71	12	88	45	0	14	39	1.45
58094076--58094158	16	5.1	16	71	16	71	38	0	19	42	1.51
58094043--58094338	50	6.0	50	76	17	269	40	0	14	45	1.45
58094272--58094304	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
58094144--58094353	34	5.9	34	77	16	201	39	0	12	47	1.49
58094330--58094374	22	2.1	21	87	4	63	40	4	13	42	1.64
58097006--58097061	16	3.5	16	80	7	69	23	7	3	66	1.33
58097481--58097556	21	3.7	20	77	7	73	43	36	1	18	1.59
58097487--58097552	34	1.9	34	84	6	89	43	36	1	18	1.59
58097481--58097556	7	11.0	7	72	2	55	43	36	1	18	1.59
58097731--58097771	13	3.1	14	82	6	50	46	24	7	21	1.77
58099941--58099973	15	2.3	15	89	5	50	36	0	6	57	1.23
58099976--58100022	20	2.3	20	85	7	60	65	4	0	29	1.11
58100749--58100813	11	6.4	11	75	21	54	60	0	1	38	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58100799--58100859	30	2.0	30	93	6	106	67	0	1	31	1.01
58100738--58100844	38	2.6	42	88	10	168	63	0	1	34	1.05
58107395--58107444	13	3.8	13	81	0	64	30	4	24	42	1.73
58108894--58108953	24	2.6	23	76	15	61	35	1	11	51	1.48
58110693--58110756	28	2.3	28	81	10	78	45	32	4	17	1.69
58110970--58111000	13	2.3	14	94	5	55	32	6	19	41	1.77
58114950--58114975	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
58115382--58115420	20	2.0	20	94	0	69	7	10	10	71	1.30
58121456--58121495	20	2.0	20	85	0	53	50	10	15	25	1.74
58122710--58122791	43	1.9	42	92	2	137	48	8	3	39	1.51
58122826--58122878	16	3.3	16	94	0	88	37	5	33	22	1.78
58123113--58123310	61	3.3	61	75	12	228	51	3	1	43	1.28
58123171--58123359	59	3.2	59	75	11	222	53	1	1	43	1.17
58123113--58123360	120	2.1	120	98	0	478	52	2	1	43	1.23
58123286--58123355	15	4.9	15	73	18	60	57	0	0	42	0.99
58124250--58124276	12	2.2	12	100	0	54	55	7	0	37	1.28
58125833--58125869	19	1.9	19	89	10	58	43	16	0	40	1.48
58134864--58134913	15	3.3	15	85	0	64	38	18	32	12	1.87
58138325--58138352	5	5.6	5	100	0	56	42	0	17	39	1.50
58140092--58140163	30	2.4	29	84	9	83	54	0	1	44	1.08
58140580--58140628	20	2.5	20	83	6	64	51	6	6	36	1.52
58143246--58143471	43	5.3	43	89	3	341	27	31	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58143246--58143471	85	2.7	86	90	2	350	27	31	16	23	1.96
58143982--58144036	21	2.6	21	100	0	110	34	18	18	29	1.94
58146453--58146566	57	2.0	57	87	3	167	27	22	14	35	1.94
58147927--58148193	110	2.4	111	83	8	310	42	24	2	30	1.67
58148079--58148145	32	2.1	32	91	0	107	31	38	4	25	1.76
58148239--58148272	7	4.9	7	96	0	50	29	50	0	20	1.49
58149182--58149341	41	3.9	41	90	1	250	29	26	23	20	1.99
58149394--58149509	40	2.9	38	78	6	124	24	20	22	32	1.98
58153758--58153842	42	2.0	42	97	0	161	32	5	2	58	1.35
58157172--58157237	32	2.0	34	91	8	109	36	21	22	19	1.95
58166848--58166892	21	2.1	21	100	0	90	8	26	4	60	1.46
58173225--58173258	17	1.9	18	94	5	61	2	29	35	32	1.73
58174082--58174122	18	2.3	18	86	0	55	29	2	46	21	1.64
58174082--58174153	18	3.7	18	71	20	54	27	4	43	25	1.73
58175771--58175857	37	2.5	34	83	10	104	33	28	10	27	1.90
58176041--58176209	41	4.1	41	91	0	275	23	27	20	28	1.99
58176047--58176205	82	1.9	82	100	0	318	23	28	20	27	1.99
58176444--58176490	17	2.9	17	87	6	62	44	17	2	36	1.60
58179073--58179106	17	1.9	18	94	5	61	32	38	29	0	1.58
58182724--58182764	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
58191527--58191618	42	2.2	41	79	11	100	21	28	33	16	1.95
58198570--58198757	61	3.1	60	69	17	181	43	1	6	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58198631--58198677	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
58198558--58198794	120	2.0	121	97	0	449	42	1	5	49	1.37
58198733--58198792	16	3.8	16	76	12	54	45	0	1	53	1.10
58198742--58198783	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
58199006--58199059	16	3.4	15	80	12	63	29	31	1	37	1.68
58200369--58200430	22	2.8	22	85	4	72	64	8	9	17	1.47
58200368--58200427	11	5.5	11	78	7	59	63	8	10	18	1.50
58200391--58200438	22	2.2	22	88	0	69	66	12	10	10	1.44
58202327--58202759	153	2.8	151	83	6	511	29	9	7	53	1.61
58202763--58203409	153	4.2	152	87	4	872	52	7	9	29	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228