genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27710435--27710503	33	2.1	33	86	0	93	42	15	23	18	1.89
27714293--27714339	21	2.3	21	88	3	69	59	0	0	40	0.97
27714612--27714758	10	15.1	10	68	17	69	28	2	2	65	1.20
27714642--27714702	18	3.4	18	88	2	97	22	0	4	72	1.04
27714622--27714689	26	2.5	26	84	13	84	20	2	2	73	1.09
27714612--27714699	9	9.3	9	72	14	63	21	2	3	72	1.10
27714686--27714743	21	2.8	21	74	10	57	34	1	3	60	1.24
27715379--27715435	30	2.0	28	82	6	69	38	3	21	36	1.70
27715423--27715458	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
27715967--27716088	41	3.1	38	72	12	104	28	15	19	36	1.93
27721862--27721922	32	1.9	31	86	3	86	68	6	0	24	1.13
27725943--27725987	20	2.2	20	80	7	56	48	15	8	26	1.74
27728809--27728861	28	1.9	28	81	11	65	49	11	9	30	1.70
27735260--27735444	40	4.6	39	82	7	180	24	22	26	25	2.00
27735260--27735444	79	2.3	81	82	9	220	24	22	26	25	2.00
27735313--27735477	79	2.1	79	81	8	185	26	21	26	25	1.99
27743148--27743332	40	4.6	39	82	7	180	24	22	26	25	2.00
27743148--27743332	79	2.3	81	82	9	220	24	22	26	25	2.00
27743201--27743365	79	2.1	79	81	8	185	26	21	26	25	1.99
27749996--27750043	15	3.3	15	76	5	53	20	0	33	45	1.52
27751349--27751627	86	3.2	86	88	1	380	31	7	17	43	1.78
27751349--27751705	86	4.1	85	83	5	351	31	8	17	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27751702--27751778	40	1.9	40	89	5	120	33	5	11	49	1.62
27755027--27755381	43	8.3	43	87	1	399	26	16	27	29	1.97
27756935--27757024	38	2.3	38	75	1	90	30	6	22	41	1.79
27760535--27760610	26	2.9	26	84	7	84	32	17	10	39	1.83
27762532--27762611	26	3.1	26	90	0	124	32	21	16	30	1.95
27765162--27765201	20	2.0	20	100	0	80	25	15	20	40	1.90
27769683--27769729	24	2.0	24	95	0	85	40	12	23	23	1.89
27769999--27770043	23	2.0	22	82	4	54	37	11	17	33	1.85
27770586--27770661	36	2.1	36	80	11	84	38	9	1	51	1.42
27770728--27770808	27	2.8	30	71	21	82	34	6	1	58	1.31
27770756--27770799	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
27772448--27772478	11	2.8	11	95	0	53	54	3	0	41	1.16
27772459--27772536	41	1.9	40	94	2	138	64	0	1	34	1.02
27773230--27773265	17	2.2	17	90	5	56	27	11	0	61	1.30
27773710--27773739	12	2.5	12	100	0	60	26	30	0	43	1.55
27773708--27773829	51	2.4	51	91	4	192	27	29	0	42	1.56
27773837--27773894	31	1.9	31	96	3	109	41	0	0	58	0.98
27774972--27774996	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
27776086--27776271	25	7.7	25	64	22	85	38	3	14	44	1.62
27776084--27776268	71	2.6	71	95	0	334	37	3	14	44	1.62
27776274--27776481	30	7.3	29	89	8	320	45	25	0	29	1.54
27776295--27776439	23	5.4	23	72	26	110	46	25	0	27	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27776354--27776462	52	2.1	52	98	1	211	47	24	0	27	1.52
27776324--27776481	82	1.9	82	93	2	273	46	24	0	29	1.53
27776530--27776554	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
27779040--27779387	124	2.8	124	91	0	536	33	20	15	29	1.94
27782315--27782353	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
27782602--27782747	50	2.9	50	80	0	166	22	30	21	25	1.99
27783007--27783097	43	2.1	43	97	0	173	19	27	7	45	1.78
27789900--27789938	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
27790200--27790332	50	2.7	49	79	6	151	21	27	22	28	1.99
27792231--27792320	26	3.4	27	71	17	64	34	2	2	61	1.21
27793079--27793117	21	1.9	21	84	5	53	56	7	7	28	1.55
27794798--27794848	22	2.3	22	83	10	68	7	11	15	64	1.48
27796178--27796336	78	2.0	78	98	0	309	22	19	13	44	1.85
27812121--27812152	15	2.1	15	94	0	55	21	9	31	37	1.85
27812128--27812161	15	2.3	15	94	0	59	23	5	32	38	1.79
27813272--27813310	18	2.2	18	85	0	51	76	0	2	20	0.90
27814672--27814716	20	2.2	20	88	0	63	37	0	4	57	1.19
27816963--27817003	3	13.7	3	85	10	57	0	39	0	60	0.96
27818312--27818361	23	2.2	23	82	7	57	54	18	4	24	1.61
27820081--27820131	26	2.0	26	88	7	77	41	27	11	19	1.86
27827521--27827566	20	2.3	20	81	7	58	41	13	0	45	1.43
27827855--27827927	37	2.0	37	84	10	96	34	2	0	63	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27833751--27833931	92	2.0	92	85	4	249	28	22	14	34	1.94
27836101--27836381	71	4.0	71	76	3	253	24	21	20	33	1.97
27836101--27836381	142	2.0	142	82	4	343	24	21	20	33	1.97
27840751--27840809	29	2.0	29	90	0	91	28	38	15	16	1.89
27841334--27841370	13	2.8	13	91	4	56	86	2	10	0	0.67
27856699--27856751	7	7.7	7	89	8	74	86	1	0	11	0.64
27856715--27856753	6	6.2	6	96	3	60	84	0	0	15	0.62
27856698--27856751	15	3.7	14	82	9	65	87	1	0	11	0.63
27858984--27859029	21	2.1	21	84	4	56	26	8	15	50	1.73
27860765--27860794	5	6.0	5	92	0	51	40	16	0	43	1.48
27884424--27884463	19	2.1	19	85	0	53	57	5	5	32	1.42
27885172--27885209	12	3.2	12	78	14	51	34	2	15	47	1.60
27885969--27886200	91	2.6	92	87	3	337	37	21	9	31	1.85
27886297--27886333	17	2.1	19	85	10	51	67	2	2	27	1.17
27886310--27886407	21	4.9	20	70	15	69	61	3	2	33	1.23
27886613--27886726	19	6.2	19	68	17	78	37	0	2	58	1.18
27886666--27886738	19	4.0	18	77	13	69	45	0	0	54	0.99
27886675--27886738	18	3.4	18	79	12	67	40	0	0	59	0.97
27886758--27886927	90	1.9	90	90	1	270	28	9	25	36	1.87
27886758--27886985	90	2.5	91	83	9	261	30	8	24	35	1.86
27891669--27891707	21	1.9	21	89	5	62	66	12	2	17	1.35
27892390--27892414	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27894706--27894736	15	2.1	15	93	0	53	61	0	0	38	0.96
27894721--27894814	48	2.0	48	83	10	122	59	3	4	32	1.33
27911862--27911904	22	2.0	22	100	0	86	55	4	6	32	1.47
27917541--27917591	23	2.4	22	78	12	61	45	3	5	45	1.46
27927365--27927422	8	7.2	8	86	7	55	65	1	20	12	1.34
27927378--27927422	16	2.8	16	93	3	72	66	0	22	11	1.22
27942981--27943009	12	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
27943707--27943754	18	2.8	17	78	6	60	12	25	43	18	1.85
27956386--27956428	22	2.0	21	82	13	52	23	11	16	48	1.78
27957430--27957494	34	1.9	34	90	0	103	40	4	23	32	1.75
27960990--27961094	37	2.8	37	89	2	158	17	13	28	40	1.87
27960991--27961107	37	3.2	35	78	7	108	18	11	27	41	1.86
27962124--27962270	54	2.7	54	84	2	188	25	20	36	17	1.95
27963526--27963832	152	2.0	152	93	0	524	26	13	16	43	1.85
27963796--27963833	15	2.6	15	83	4	51	31	5	5	57	1.43
27974679--27974767	20	4.4	20	76	5	81	44	19	25	10	1.81
27977485--27977559	25	3.2	25	76	18	97	45	14	8	32	1.74
27977485--27977574	45	2.0	45	97	0	171	44	14	6	34	1.71
27977924--27978032	41	2.7	41	88	0	146	29	23	20	26	1.99
27984566--27984602	18	2.1	18	94	0	65	59	32	0	8	1.27
27988896--27988922	14	1.9	14	100	0	54	29	14	25	29	1.95
27988870--27988952	42	2.0	42	85	0	112	30	20	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27988912--27989017	28	3.8	28	87	1	133	28	25	25	20	1.99
27988980--27989031	27	1.9	27	88	7	79	32	26	23	17	1.96
27989367--27989641	27	10.2	26	82	5	246	18	17	18	44	1.87
27989382--27989641	81	3.2	81	84	2	301	18	17	19	44	1.87
28001003--28001061	29	2.0	29	81	15	68	8	16	10	64	1.48
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28002208--28002524	157	2.0	157	95	0	571	44	3	4	47	1.41
28002458--28002499	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28002467--28002508	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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