genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7241891--7242007	43	2.7	43	86	0	153	29	34	16	20	1.94
7242315--7242427	21	5.4	21	80	0	109	6	40	16	36	1.74
7242315--7242416	42	2.4	42	83	0	132	5	41	16	36	1.73
7242418--7242568	66	2.3	65	87	5	214	15	23	19	41	1.90
7242871--7243529	351	1.9	351	99	0	1309	41	15	12	30	1.84
7248314--7248948	9	72.2	9	67	20	174	40	1	14	44	1.54
7248319--7248438	16	7.9	16	67	19	87	34	2	17	45	1.62
7248333--7248472	25	5.7	25	77	6	133	36	2	16	45	1.60
7248359--7248647	34	8.3	34	72	17	102	39	1	14	43	1.56
7248510--7249403	56	15.0	56	70	23	323	40	1	11	46	1.47
7248510--7249453	34	29.1	34	69	25	465	40	0	11	46	1.47
7248738--7248770	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
7248911--7248943	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
7248762--7249504	128	6.1	118	71	20	417	40	1	11	47	1.46
7249268--7249313	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
7248929--7249347	128	3.2	128	88	7	548	40	1	10	47	1.44
7249324--7249374	22	2.4	22	90	3	86	41	0	9	49	1.36
7249316--7249495	51	3.7	49	71	18	160	40	1	10	48	1.44
7249380--7249463	22	4.1	22	73	17	90	41	1	9	47	1.44
7249406--7249504	51	1.9	52	95	2	182	39	1	11	48	1.45
7252874--7252945	37	1.9	38	94	2	128	34	44	0	20	1.52
7252866--7252944	7	10.4	7	71	14	50	32	45	0	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7253652--7253689	15	2.5	16	83	12	53	39	36	0	23	1.55
7254196--7254435	41	5.9	40	75	7	160	33	22	25	18	1.96
7254236--7254434	82	2.4	82	86	0	272	33	23	25	17	1.96
7254491--7254606	40	2.9	39	78	3	117	18	26	22	32	1.97
7255253--7255287	18	1.9	18	88	0	52	45	0	11	42	1.40
7256267--7256404	67	2.0	68	93	4	235	18	18	16	46	1.85
7256782--7256876	26	3.0	35	72	26	118	16	22	31	29	1.96
7257299--7257362	29	2.2	29	83	8	76	26	12	7	53	1.66
7257953--7258011	29	2.0	29	83	0	73	54	8	1	35	1.41
7258279--7258320	21	2.0	22	85	4	59	45	2	0	52	1.13
7258446--7258488	21	2.0	21	86	8	61	53	2	2	41	1.26
7263434--7263471	20	1.9	20	84	10	51	36	0	5	57	1.21
7267723--7267777	15	3.7	15	70	18	51	25	9	3	61	1.42
7272940--7272993	16	3.2	16	81	5	54	7	31	0	61	1.24
7274655--7274734	25	3.2	24	79	13	81	30	23	22	23	1.99
7276970--7277095	46	2.7	47	85	2	175	25	22	17	34	1.95
7277287--7277739	226	2.0	226	90	0	710	28	16	17	37	1.91
7278436--7278472	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7282808--7282950	75	1.9	76	88	4	216	25	19	11	44	1.84
7290628--7290671	21	2.1	21	91	0	70	13	15	25	45	1.83
7290788--7291039	43	5.9	43	82	4	260	27	26	18	26	1.98
7290791--7291039	129	1.9	128	82	4	304	28	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7291143--7291167	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
7293533--7293583	21	2.4	21	100	0	102	45	11	9	33	1.74
7296357--7296431	32	2.3	33	86	8	102	36	42	2	18	1.65
7297244--7297524	41	6.9	41	90	1	422	28	27	24	18	1.98
7297561--7297695	40	3.4	38	76	11	130	21	19	20	39	1.93
7299209--7299251	20	2.2	19	83	4	50	30	2	9	58	1.42
7299256--7299290	16	2.1	17	89	5	54	31	2	0	65	1.07
7299300--7299346	17	2.7	17	83	9	51	23	0	12	63	1.28
7300276--7300765	246	2.0	247	88	1	732	31	16	19	32	1.94
7308501--7308552	26	2.0	25	81	7	59	46	13	1	38	1.54
7311979--7312184	63	3.1	63	66	17	157	33	21	10	33	1.88
7311799--7312295	134	3.7	134	83	1	557	30	20	13	35	1.91
7313195--7313494	134	2.2	134	78	5	313	31	19	11	38	1.86
7313569--7313634	18	3.5	18	75	21	55	63	0	1	34	1.04
7314473--7314506	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
7321461--7321589	49	2.7	46	82	10	138	38	20	25	15	1.92
7321464--7321589	22	5.3	24	81	10	136	38	20	25	15	1.92
7322686--7322750	20	3.2	20	71	20	62	53	6	0	40	1.26
7325838--7326244	42	9.7	42	82	3	444	44	16	21	16	1.86
7325836--7326244	168	2.4	168	94	1	696	44	16	21	16	1.86
7328664--7328707	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
7328774--7328943	59	2.9	59	96	0	313	44	9	5	41	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7328954--7328995	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
7331228--7331282	17	3.3	16	76	5	56	78	0	12	9	0.97
7343868--7343993	60	2.1	61	82	10	152	41	15	15	26	1.88
7345968--7346024	12	4.7	11	76	23	53	19	1	1	77	0.95
7345971--7346024	26	2.1	26	86	6	74	20	1	1	75	0.98
7348538--7348580	18	2.5	17	85	10	61	13	4	6	74	1.19
7348690--7349170	219	2.2	218	92	0	809	32	14	18	34	1.91
7348690--7349203	109	4.7	109	93	0	814	31	14	19	35	1.92
7350901--7350951	24	2.1	24	88	0	75	43	17	19	19	1.89
7351004--7351062	26	2.3	26	84	0	73	47	23	15	13	1.81
7351388--7351412	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7353080--7353116	18	2.1	18	94	0	65	45	40	8	5	1.56
7354127--7354333	42	4.9	42	80	8	215	29	25	16	27	1.97
7361045--7361228	91	2.0	91	95	0	332	40	15	15	27	1.88
7361612--7362199	96	6.4	85	72	14	243	32	17	20	29	1.95
7361694--7361878	95	1.9	96	86	1	264	30	15	23	31	1.95
7361612--7362469	44	18.6	45	71	12	449	32	17	20	29	1.95
7361744--7362380	51	13.5	51	72	15	277	32	17	20	29	1.95
7361922--7362252	181	1.8	182	91	1	549	33	17	19	29	1.95
7361853--7362334	96	5.2	96	79	9	514	32	17	20	28	1.96
7363819--7363843	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
7364009--7364087	39	2.0	39	87	4	115	26	3	2	67	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7364005--7364078	36	2.1	35	85	7	96	25	4	2	67	1.21
7364009--7364064	3	18.7	3	81	7	69	28	1	1	67	1.10
7364200--7364251	17	2.8	18	80	11	61	34	7	0	57	1.27
7367761--7367787	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7367889--7367919	3	10.0	3	93	6	53	35	0	0	64	0.94
7367781--7367998	111	2.0	111	98	0	418	31	8	16	43	1.78
7368013--7368058	18	2.6	16	81	18	56	45	0	8	45	1.34
7375946--7376051	49	2.2	49	83	6	126	29	12	21	36	1.90
7381693--7381752	23	2.8	21	84	5	75	38	3	1	56	1.26
7381693--7381778	44	1.9	45	81	6	104	40	2	1	55	1.20
7381762--7381815	18	3.0	18	76	15	58	40	0	1	57	1.09
7381696--7381813	20	5.6	21	73	21	79	40	1	1	55	1.20
7388348--7388438	23	4.1	23	72	11	100	45	6	27	20	1.76
7388368--7388451	42	2.0	42	95	0	150	44	9	23	22	1.82
7407833--7407874	6	7.5	6	87	12	54	52	0	11	35	1.38
7407833--7407861	11	2.6	11	100	0	58	48	0	17	34	1.47
7408283--7408349	25	2.7	26	79	11	77	22	29	34	13	1.92
7408430--7408463	9	3.6	9	88	11	50	67	0	32	0	0.91
7408515--7408555	21	2.0	21	85	9	57	19	0	14	65	1.26
7413029--7413056	10	2.8	10	100	0	56	0	17	0	82	0.68
7413276--7413418	75	1.9	77	88	4	218	44	11	19	25	1.84
7417312--7417348	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7418043--7418493	224	2.0	225	89	1	699	37	17	16	28	1.91
7418685--7418810	46	2.7	46	85	2	173	34	17	22	25	1.95
7421045--7421124	25	3.2	25	78	7	90	23	22	23	30	1.99
7422785--7422838	16	3.2	17	79	10	58	61	0	31	7	1.24
7428020--7428068	12	4.0	12	78	2	53	65	2	6	26	1.27
7430574--7430598	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7437342--7437384	21	2.0	21	86	8	61	41	2	2	53	1.26
7438122--7438179	29	2.0	30	83	10	75	46	3	12	37	1.58
7438949--7438996	23	2.0	26	88	12	75	27	29	27	16	1.97
7439403--7439537	67	2.0	68	91	5	222	45	17	17	19	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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