genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17288135--17288189	22	2.5	22	88	5	76	21	12	23	41	1.88
17288359--17288388	14	2.1	14	93	0	51	16	6	23	53	1.66
17288368--17288506	52	2.8	52	89	6	200	25	7	20	46	1.76
17288447--17288609	37	4.5	37	67	23	123	26	11	19	42	1.85
17288400--17288688	107	2.6	116	87	9	479	26	9	20	42	1.83
17293317--17293508	92	2.1	93	86	5	268	45	4	4	46	1.41
17293451--17293498	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
17293675--17293716	15	2.7	16	82	14	52	50	0	2	47	1.14
17293861--17293951	45	2.0	44	85	2	119	37	28	4	29	1.77
17293932--17293967	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
17294514--17294553	6	6.7	6	100	0	80	50	35	0	15	1.44
17299016--17299047	4	8.2	4	93	6	57	50	0	0	50	1.00
17311469--17311589	63	1.9	62	91	5	199	33	24	12	28	1.92
17311604--17311713	21	5.0	23	74	8	111	28	23	16	31	1.96
17311601--17311769	44	3.8	44	84	0	203	30	22	15	31	1.95
17311611--17311791	21	8.3	21	70	8	101	29	22	16	31	1.95
17311601--17311715	23	5.2	23	75	8	121	27	23	16	32	1.96
17311638--17311805	89	1.9	88	81	6	205	29	22	16	31	1.95
17311777--17311836	23	2.7	23	84	2	77	35	26	8	30	1.86
17313967--17314005	13	2.9	13	88	3	51	41	0	10	48	1.37
17316035--17316091	30	1.9	30	88	0	87	33	21	15	29	1.94
17318016--17318094	19	3.9	21	85	8	85	37	16	7	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17318041--17318094	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
17318652--17319154	45	11.5	45	71	13	237	26	22	21	30	1.99
17318738--17319502	44	17.7	44	70	12	392	27	22	20	29	1.99
17318829--17319284	173	2.6	172	84	4	535	27	21	20	29	1.98
17318958--17319237	84	3.3	84	74	12	298	27	22	21	28	1.99
17318641--17319154	217	2.4	217	84	4	712	25	22	21	30	1.99
17318738--17319375	89	7.4	88	69	12	259	27	22	20	29	1.99
17318785--17319503	217	3.3	216	82	5	672	27	22	20	30	1.98
17318916--17319320	173	2.3	173	86	2	557	27	22	20	29	1.98
17318693--17319506	390	2.1	390	93	0	1398	26	22	21	29	1.99
17322709--17323036	87	3.8	88	77	6	294	34	10	11	43	1.75
17322709--17323080	174	2.2	171	79	7	378	35	9	11	43	1.74
17324233--17324260	14	2.0	14	100	0	56	50	7	21	21	1.72
17331370--17331465	30	3.2	30	87	1	138	34	42	1	21	1.60
17331902--17331960	13	4.5	13	76	19	68	30	22	22	25	1.99
17333512--17333682	71	2.4	71	81	1	191	31	20	17	30	1.96
17333641--17333789	78	1.9	78	84	0	199	29	20	16	32	1.95
17345053--17345113	31	2.0	29	84	9	77	47	1	0	50	1.10
17349639--17349669	16	1.9	16	100	0	62	32	0	38	29	1.57
17356086--17356126	21	2.0	22	90	9	68	48	9	9	31	1.69
17356281--17356318	20	1.9	20	88	0	58	55	13	2	28	1.51
17357053--17357085	16	2.1	16	100	0	66	30	12	6	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17358975--17359028	23	2.3	23	100	0	108	31	16	12	38	1.87
17361920--17362039	49	2.4	49	92	0	195	16	17	36	29	1.92
17362877--17362918	21	2.0	21	90	0	66	21	7	19	52	1.69
17371111--17371141	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
17381435--17381516	30	2.6	30	92	5	128	64	1	13	20	1.34
17381706--17381740	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
17384776--17384920	27	5.4	27	80	7	161	41	17	22	18	1.90
17384776--17384923	54	2.8	53	84	5	199	40	17	22	19	1.91
17387043--17387096	18	2.9	18	77	2	54	70	5	5	18	1.27
17394537--17394658	28	4.0	33	80	15	129	29	22	25	22	1.99
17394557--17394648	28	3.3	28	93	1	150	31	23	23	20	1.98
17394974--17395222	27	9.3	27	82	4	290	16	18	21	44	1.87
17414080--17414122	14	2.9	15	76	16	54	76	2	18	2	1.00
17415231--17415259	12	2.3	13	94	5	51	13	0	10	75	1.04
17415995--17416035	19	2.2	19	100	0	82	34	26	14	24	1.94
17431834--17431906	29	2.5	29	90	2	110	16	15	27	41	1.88
17432657--17432696	20	2.1	19	86	9	55	60	2	32	5	1.32
17434436--17434473	16	2.4	16	91	4	60	23	2	5	68	1.23
17434450--17434500	22	2.3	22	83	9	68	21	3	3	70	1.20
17434847--17434875	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
17439666--17439691	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
17439666--17439722	18	3.1	18	70	5	51	73	0	14	12	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17440600--17440644	13	3.2	14	81	9	56	64	0	24	11	1.26
17440727--17440797	21	3.4	21	64	21	58	36	14	28	21	1.92
17440726--17440829	42	2.5	42	93	1	172	34	13	27	24	1.93
17441971--17442106	44	3.1	45	63	12	109	28	25	25	21	1.99
17441927--17442904	88	11.1	88	85	3	1225	27	24	25	23	2.00
17442762--17442900	45	3.2	44	65	13	106	31	23	23	21	1.98
17442900--17443171	128	2.1	128	90	0	436	30	21	23	23	1.99
17444541--17444578	16	2.4	16	86	4	51	26	2	5	65	1.27
17444542--17444584	3	14.0	3	80	4	50	27	2	4	65	1.25
17444548--17444605	22	2.7	21	83	5	71	24	5	3	67	1.27
17445144--17445181	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
17455649--17455685	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
17476237--17476698	231	2.0	232	96	0	845	33	12	14	39	1.85
17484637--17484669	17	2.0	17	88	5	50	45	9	12	33	1.73
17487608--17487655	17	2.8	17	83	3	51	33	2	2	62	1.18
17494782--17494926	54	2.7	54	91	0	227	24	17	15	41	1.89
17495321--17495405	24	3.6	24	74	3	82	28	16	11	43	1.83
17495291--17495400	47	2.3	47	84	4	132	29	17	11	41	1.85
17497204--17497579	171	2.1	171	81	9	409	37	13	29	19	1.90
17517296--17517401	28	3.8	28	76	6	106	30	23	23	22	1.99
17529427--17529467	22	1.9	21	85	14	57	7	2	19	70	1.22
17531874--17531906	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17535301--17535339	21	1.9	20	84	5	51	15	7	23	53	1.67
17545857--17545904	24	2.0	25	95	4	89	18	25	2	54	1.55
17553852--17553886	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
17560171--17560203	13	2.7	12	90	9	57	36	15	12	36	1.84
17562697--17562795	49	2.0	49	94	0	171	39	17	9	34	1.81
17579425--17579523	49	2.0	49	94	0	171	34	9	17	39	1.81
17583796--17583894	49	2.0	49	94	0	171	39	17	9	34	1.81
17585728--17585766	18	2.1	19	85	4	53	66	0	2	30	1.05
17585735--17585795	24	2.5	25	81	10	72	68	1	1	27	1.08
17587869--17587932	29	2.3	28	80	15	78	28	3	1	67	1.15
17588055--17588090	18	2.0	18	88	0	54	33	5	13	47	1.67
17589381--17589436	29	2.0	28	82	10	69	28	7	3	60	1.40
17595423--17595453	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
17595508--17595544	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
17597420--17597512	44	2.1	46	85	4	127	36	21	6	35	1.79
17597494--17597548	16	3.4	16	87	0	83	29	23	9	38	1.85
17601162--17601226	26	2.5	26	73	14	71	38	9	15	36	1.79
17625769--17625799	13	2.4	13	94	0	53	25	0	0	74	0.82
17633233--17633263	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
17633318--17633354	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
17633568--17633627	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
17635266--17635358	44	2.1	46	85	4	127	36	21	6	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17635340--17635394	16	3.4	16	87	0	83	29	23	9	38	1.85
17639067--17639158	13	7.1	13	87	0	130	35	8	18	36	1.82
17641385--17641454	27	2.6	26	82	6	77	55	11	0	32	1.36
17641385--17641448	13	4.8	13	76	5	56	56	10	0	32	1.34
17645832--17645969	63	2.2	62	76	11	138	28	7	32	31	1.84
17655239--17655271	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
17662422--17662453	17	1.9	16	93	6	55	68	6	0	25	1.12
17662566--17662600	15	2.4	15	85	4	54	65	0	14	20	1.26
17662686--17662717	14	2.3	15	84	15	50	34	0	34	31	1.58
17662690--17662728	14	2.8	13	85	11	51	38	0	33	28	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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