genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788697--788738	18	2.3	18	83	0	57	47	7	28	16	1.73
789573--789610	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
790333--790375	22	2.0	22	81	9	52	69	2	2	25	1.12
790605--790655	23	2.2	23	80	13	61	45	1	27	25	1.64
795858--795912	25	2.2	26	87	9	78	56	0	10	32	1.34
796993--797143	79	1.9	79	98	0	293	19	16	24	39	1.92
809728--809908	102	1.8	99	81	3	227	23	17	18	40	1.91
810355--810429	36	2.1	36	94	0	132	28	16	16	40	1.89
812509--812558	22	2.2	22	82	10	57	44	8	0	48	1.32
816419--816452	14	2.4	14	100	0	68	44	14	11	29	1.81
816763--816809	14	3.4	14	82	8	53	80	2	12	4	0.94
817144--817219	36	2.1	36	97	0	143	26	7	10	55	1.61
837900--838023	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
837900--838134	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
837985--838161	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
845595--845718	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
845595--845829	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
845680--845856	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
849224--849492	46	5.6	46	83	11	299	35	14	21	28	1.93
849224--849492	98	2.7	98	92	0	448	35	14	21	28	1.93
849456--849601	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
864679--864754	27	2.8	27	97	0	143	31	0	13	55	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864693--864740	8	5.6	8	76	13	51	29	0	12	58	1.35
864706--864918	80	2.5	83	87	9	315	30	0	13	56	1.37
864794--864939	19	7.3	19	71	21	102	30	0	14	54	1.40
864787--864939	61	2.5	60	72	16	143	30	0	14	54	1.40
864930--865051	60	2.0	60	87	3	174	31	0	13	54	1.46
865165--865202	15	2.4	16	82	8	51	31	0	5	63	1.17
865169--865204	15	2.4	15	90	0	54	30	0	5	63	1.17
865178--865206	15	1.9	15	100	0	58	27	0	6	65	1.18
865169--865212	20	2.2	20	83	0	52	27	0	6	65	1.17
865269--865323	27	2.0	27	100	0	110	23	36	21	18	1.95
869480--869769	142	2.0	142	91	0	472	27	11	18	42	1.84
876996--877038	18	2.4	18	88	3	61	32	0	0	67	0.91
881641--881689	25	2.0	25	92	8	82	32	16	20	30	1.94
881759--881886	42	3.0	42	88	6	195	31	15	2	50	1.57
881722--881886	42	3.8	42	84	5	188	30	18	3	48	1.63
883443--883478	16	2.2	16	90	9	56	41	0	8	50	1.33
884233--885078	283	3.0	282	99	0	1662	34	14	14	36	1.86
890526--890571	23	2.0	23	82	0	56	34	4	0	60	1.16
892583--892642	25	2.3	27	80	8	79	55	1	6	36	1.36
903678--903737	28	2.1	28	100	0	120	28	15	11	45	1.81
917122--917180	31	2.0	31	86	6	86	52	10	1	35	1.45
921016--921044	7	4.1	7	100	0	58	31	0	27	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929414--929440	12	2.2	12	100	0	54	29	7	14	48	1.71
933966--934005	21	1.9	21	85	10	55	32	7	0	60	1.25
934228--934302	34	2.2	34	78	0	78	42	20	5	32	1.74
950607--951021	132	3.1	130	78	7	379	38	15	26	19	1.91
951024--951245	96	2.3	96	79	3	259	40	16	24	19	1.91
967567--967605	20	2.0	20	90	10	62	58	7	2	30	1.39
971473--971509	17	2.1	18	90	5	58	27	0	2	70	1.01
973263--973312	18	2.7	20	78	15	61	78	4	14	4	1.05
973734--973759	10	2.6	10	100	0	52	38	0	7	53	1.30
973770--973814	21	2.1	21	83	0	54	40	42	4	13	1.64
981565--981656	9	9.4	9	70	17	51	30	2	0	67	1.03
981536--981597	26	2.5	24	80	12	72	32	3	0	64	1.09
981565--981671	40	2.7	39	85	8	128	36	1	0	61	1.07
981572--981660	30	2.9	31	86	6	128	33	2	0	64	1.06
981603--981656	9	5.7	9	75	12	54	25	1	0	72	0.95
984536--984594	31	1.9	31	92	0	100	47	10	10	32	1.71
985558--985592	18	2.0	17	88	5	52	71	5	0	22	1.07
992554--992601	22	2.2	22	82	14	55	54	4	4	37	1.39
997465--997491	11	2.5	11	100	0	54	51	0	7	40	1.30
1001311--1001422	51	2.2	51	82	3	127	31	15	9	43	1.79
1003640--1003776	73	1.9	73	96	0	256	34	20	17	27	1.95
1004532--1004602	3	24.0	3	84	8	92	64	2	2	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1004585--1004628	23	1.9	23	85	0	61	61	4	6	27	1.41
1007033--1007089	18	2.9	19	84	10	71	31	7	1	59	1.34
1007115--1007181	24	2.9	24	73	13	77	34	5	5	53	1.50
1007144--1007214	29	2.5	28	77	9	72	35	8	8	47	1.64
1007104--1007208	53	2.0	53	89	8	164	34	8	6	50	1.59
1007114--1007207	24	3.7	24	69	23	75	34	5	6	54	1.49
1007233--1007269	6	6.3	6	93	6	67	16	0	0	83	0.64
1007825--1007861	13	2.9	14	88	11	53	37	5	5	51	1.48
1009167--1009202	19	1.9	18	88	5	54	55	30	0	13	1.39
1015521--1015546	6	4.3	6	100	0	52	0	61	0	38	0.96
1018139--1018184	19	2.5	18	82	3	56	36	0	4	58	1.18
1018298--1018349	21	2.5	21	90	0	77	30	34	9	25	1.88
1025259--1025391	38	3.4	38	72	11	101	24	19	25	30	1.98
1032914--1032946	4	8.2	4	100	0	66	27	0	24	48	1.51
1041208--1041292	37	2.3	36	91	2	134	30	12	21	35	1.91
1041194--1041436	44	5.6	44	79	14	254	30	14	22	32	1.94
1041194--1041436	87	2.8	90	83	6	295	30	14	22	32	1.94
1042253--1042313	31	2.0	30	90	3	95	52	21	0	26	1.47
1043442--1043507	30	2.2	31	86	2	89	33	16	12	37	1.86
1048297--1048348	19	2.8	19	82	8	54	63	5	1	28	1.28
1059968--1060062	48	2.0	48	91	0	154	20	35	8	35	1.83
1061865--1061987	58	2.1	58	95	0	219	57	17	4	20	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1081716--1081815	52	1.9	52	81	2	119	44	7	5	44	1.53
1089718--1089742	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
1092632--1092697	31	2.1	31	88	5	98	46	12	9	31	1.72
1096471--1096799	165	2.0	167	88	4	488	37	13	8	41	1.75
1100156--1100342	92	2.0	92	100	0	374	34	18	10	35	1.86
1102516--1102566	27	1.9	26	84	11	68	23	9	11	54	1.66
1104235--1104292	25	2.3	25	96	0	107	32	10	3	53	1.52
1116579--1116768	59	3.2	59	84	3	236	47	12	15	24	1.79
1118100--1118143	22	2.0	22	100	0	88	40	13	9	36	1.76
1119953--1119997	17	2.6	17	82	3	54	53	0	2	44	1.13
1130247--1130275	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1143104--1143176	3	24.3	3	100	0	146	65	0	34	0	0.93
1143285--1143333	22	2.2	21	79	10	53	44	10	8	36	1.68
1144270--1144308	7	5.6	7	100	0	78	58	0	0	41	0.98
1144259--1144308	21	2.4	21	90	6	75	58	4	0	38	1.17
1144253--1144323	14	5.2	13	83	11	63	61	2	0	35	1.10
1145265--1145299	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
1147772--1147819	25	2.0	24	83	4	60	72	10	0	16	1.10
1150397--1151441	75	14.0	75	82	5	996	29	25	18	25	1.98
1158002--1158059	30	1.9	31	85	3	82	50	15	5	29	1.66
1157987--1158140	76	2.0	76	96	0	281	49	15	4	30	1.65
1160169--1160205	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1160257--1160314	30	1.9	31	89	6	93	20	39	0	39	1.53
1163670--1163985	174	1.8	174	81	8	392	28	20	15	35	1.94
1191103--1191137	6	5.8	6	89	0	52	5	17	31	45	1.71
1199368--1199423	27	2.1	27	86	6	78	62	3	0	33	1.12
1199400--1199445	22	2.1	21	92	4	74	69	4	0	26	1.07
1199407--1199448	11	3.8	11	78	9	50	69	2	0	28	1.01
1216321--1216346	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
1216332--1216368	19	1.9	19	88	0	56	37	2	0	59	1.12
1216333--1216375	19	2.2	19	83	4	50	34	2	4	58	1.32
1220357--1220390	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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