genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23191346--23191379	11	3.1	11	95	0	59	0	50	0	50	1.00
23191864--23191897	6	5.5	6	93	6	59	32	0	14	52	1.42
23192312--23192370	20	3.0	18	73	26	57	35	5	1	57	1.31
23192312--23192372	19	3.2	19	72	22	56	36	4	1	57	1.30
23192730--23192824	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
23202156--23202190	18	1.9	18	100	0	70	45	20	11	22	1.82
23208203--23208243	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
23210149--23210182	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
23215700--23215773	21	3.5	21	67	0	67	22	0	28	48	1.51
23215795--23215924	34	3.8	33	79	12	138	39	0	15	44	1.52
23215985--23216248	125	2.1	126	83	4	347	35	18	15	30	1.92
23219310--23219366	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
23220377--23220408	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
23223518--23223669	43	3.6	43	72	15	138	32	25	17	25	1.97
23223499--23223653	43	3.7	41	80	6	134	30	28	17	23	1.97
23223499--23223653	84	1.8	84	82	10	201	30	28	17	23	1.97
23225021--23225205	40	4.7	40	80	6	207	24	27	22	24	2.00
23225021--23225203	79	2.3	81	80	8	205	24	27	22	25	2.00
23228519--23228562	21	2.1	21	91	0	70	43	2	20	34	1.64
23228530--23228588	30	2.0	30	89	0	91	42	0	23	33	1.55
23229432--23229490	20	3.1	19	78	9	66	44	1	10	44	1.48
23230138--23230170	17	1.9	17	100	0	66	60	9	12	18	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23234052--23234098	14	3.5	13	81	16	51	46	4	0	48	1.21
23235112--23235145	5	6.8	5	96	0	50	20	26	20	32	1.97
23235367--23235436	28	2.5	28	92	0	122	38	11	1	48	1.48
23235507--23235582	27	2.8	28	82	9	95	26	27	27	18	1.98
23235713--23235751	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
23235797--23235821	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
23235820--23235860	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
23236100--23236130	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
23236681--23236725	18	2.5	18	81	0	63	28	8	48	13	1.72
23242444--23242578	37	3.6	36	74	21	116	0	32	0	67	0.91
23242444--23242617	44	3.9	44	74	16	128	0	33	0	66	0.92
23242487--23242630	4	34.2	4	73	20	100	0	31	0	67	0.96
23242481--23242627	30	5.2	26	72	23	95	0	32	0	66	0.97
23242501--23242630	30	4.4	30	74	19	121	0	31	0	67	0.96
23242453--23242610	79	2.0	78	84	14	207	0	31	0	68	0.90
23242486--23242610	35	3.6	36	83	10	131	0	32	0	67	0.91
23242486--23242638	26	6.0	25	75	17	111	0	33	0	65	0.98
23242672--23242747	27	2.8	27	85	0	107	15	28	28	26	1.96
23242814--23242888	29	2.7	28	89	8	109	46	0	10	42	1.38
23244793--23244818	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
23250827--23250869	18	2.2	20	88	8	63	25	11	9	53	1.67
23257463--23257502	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23258136--23258174	18	2.2	18	100	0	78	46	10	0	43	1.37
23258809--23258835	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
23259838--23259894	12	5.2	12	72	20	61	52	8	38	0	1.33
23260507--23260623	62	1.9	61	88	8	177	50	3	4	41	1.38
23273314--23273457	17	8.4	17	76	11	123	47	10	11	30	1.72
23273314--23273476	35	4.7	35	81	6	179	47	10	11	30	1.73
23273655--23273701	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
23274063--23274133	10	8.0	9	81	13	69	0	21	0	78	0.74
23274064--23274136	9	8.2	9	79	11	71	0	20	0	79	0.73
23274085--23274120	7	4.9	7	93	6	54	0	16	0	83	0.65
23274066--23274120	14	3.4	15	85	14	58	0	18	0	81	0.68
23274408--23274466	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
23274398--23274466	10	7.3	10	82	11	74	0	30	0	69	0.89
23274408--23274463	13	4.5	13	80	17	64	0	33	0	66	0.92
23274818--23274934	30	3.9	30	83	3	139	43	3	23	29	1.70
23274818--23274934	60	2.0	59	84	5	155	43	3	23	29	1.70
23274930--23274964	14	2.4	15	90	4	54	25	0	2	71	1.00
23277065--23277089	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23278708--23278749	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23278717--23278758	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23278743--23279169	59	7.1	60	65	18	201	48	6	2	42	1.44
23278706--23279242	120	4.5	120	94	0	907	48	5	2	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23278944--23278989	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
23278944--23278998	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
23281606--23281680	38	2.0	38	91	0	123	58	10	26	4	1.49
23285557--23285664	36	3.0	36	94	0	180	34	19	13	32	1.91
23288179--23288208	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
23288487--23288521	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
23304868--23304915	17	2.8	17	78	15	53	31	0	2	66	1.03
23310090--23310139	19	2.5	20	83	12	66	42	2	2	54	1.23
23319261--23319291	16	1.9	16	93	0	53	22	6	16	54	1.64
23322743--23322869	56	2.2	58	80	12	149	42	0	4	51	1.28
23325919--23325949	3	10.0	3	93	6	53	32	0	3	64	1.09
23344284--23344332	20	2.4	21	83	10	66	42	2	2	53	1.24
23345309--23345337	15	1.9	15	100	0	58	0	6	0	93	0.36
23345304--23345345	15	2.7	15	81	3	57	0	16	0	83	0.65
23353409--23353439	16	1.9	16	93	0	53	22	6	16	54	1.64
23356898--23357059	61	2.7	59	79	13	161	40	1	4	53	1.32
23360479--23360509	3	10.0	3	93	6	53	32	0	3	64	1.09
23377457--23377507	20	2.4	21	84	15	70	43	1	1	52	1.23
23386655--23386685	16	1.9	16	93	0	53	22	6	16	54	1.64
23390136--23390297	61	2.7	59	79	13	161	40	1	4	53	1.32
23393718--23393748	3	10.0	3	93	6	53	32	0	3	64	1.09
23399095--23399140	19	2.4	20	79	13	53	60	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23401578--23401627	17	2.9	17	90	0	82	50	2	8	40	1.43
23401933--23402328	90	4.4	90	88	7	595	30	10	10	48	1.71
23401953--23402333	185	2.1	184	92	4	637	31	10	9	48	1.70
23416054--23416178	63	2.0	64	81	7	148	47	6	20	25	1.74
23417493--23417536	21	2.2	20	84	12	54	25	22	27	25	2.00
23418629--23418704	38	2.0	38	100	0	152	31	18	15	34	1.92
23419907--23420005	46	2.2	46	90	0	153	53	8	5	33	1.52
23422624--23422798	45	3.9	45	90	3	273	22	18	10	48	1.79
23426685--23426787	46	2.2	46	92	0	170	49	10	6	33	1.64
23431429--23431491	21	2.9	21	70	11	54	47	15	17	19	1.83
23431422--23431639	46	4.8	46	77	6	194	44	16	18	20	1.87
23431422--23431672	137	1.8	135	81	7	310	44	15	18	20	1.86
23431517--23431682	46	3.6	46	83	2	147	43	16	20	19	1.88
23447596--23447625	12	2.5	12	94	0	51	23	3	33	40	1.71
23452320--23452464	47	3.1	47	71	16	149	45	2	3	48	1.30
23452305--23452520	91	2.4	91	92	0	360	47	2	3	46	1.33
23452441--23452487	16	2.9	17	78	12	55	48	0	0	51	1.00
23452435--23452480	18	2.8	17	84	15	53	50	0	0	50	1.00
23452336--23452479	47	3.1	46	67	23	122	45	2	2	49	1.28
23452538--23452822	61	4.8	58	68	16	188	43	2	4	49	1.36
23452527--23452822	120	2.5	120	95	2	524	43	2	4	49	1.35
23452768--23452802	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23452959--23453055	45	2.2	45	85	5	126	32	28	5	32	1.79
23453035--23453071	16	2.3	16	95	0	65	21	32	5	40	1.76
23459732--23459789	17	3.4	17	72	13	64	22	10	12	55	1.66
23459717--23459789	35	2.1	35	94	0	128	24	8	13	53	1.67
23466198--23466239	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
23466249--23466298	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
23473134--23473266	42	3.1	42	83	4	169	11	22	16	49	1.77
23475754--23475786	17	1.9	17	100	0	66	30	27	0	42	1.56
23489367--23489603	103	2.3	102	85	7	304	30	6	15	47	1.71
23493600--23493661	26	2.4	26	80	0	70	37	16	22	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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