genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12765738--12765775	14	2.8	14	84	4	51	44	10	18	26	1.82
12770762--12770796	14	2.6	13	86	8	52	65	2	0	31	1.07
12771025--12771087	32	2.0	32	81	6	76	52	0	6	41	1.27
12771114--12771151	15	2.5	15	87	8	51	63	0	2	34	1.09
12772948--12772980	16	2.1	16	88	11	50	54	0	6	39	1.25
12775598--12775637	21	1.9	21	100	0	80	32	20	15	32	1.93
12775600--12775646	21	2.2	21	88	0	67	36	23	14	25	1.93
12778482--12778521	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
12787163--12787208	23	2.0	23	86	0	65	17	4	28	50	1.65
12787945--12787969	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
12788290--12788333	20	2.2	20	84	4	63	38	11	0	50	1.39
12788744--12788784	16	2.5	16	88	4	55	60	0	2	36	1.10
12788742--12788782	18	2.3	19	79	12	50	63	0	2	34	1.08
12788777--12788814	6	6.3	6	100	0	76	81	0	0	18	0.69
12788686--12788788	42	2.6	37	73	23	93	56	1	5	35	1.35
12795323--12795446	55	2.3	55	88	0	176	23	20	35	20	1.96
12796411--12796439	12	2.3	13	94	5	51	82	0	0	17	0.66
12798107--12798222	57	2.0	57	96	0	214	30	4	19	45	1.70
12798941--12799010	26	2.7	25	80	6	86	25	22	24	27	2.00
12811303--12811360	29	2.0	29	96	0	107	48	12	3	36	1.57
12815170--12816303	564	2.0	564	92	1	1869	30	17	21	29	1.96
12826104--12826197	46	2.0	46	81	4	109	27	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12827636--12827747	21	5.3	21	68	12	68	14	19	17	48	1.81
12827635--12827873	42	5.7	42	85	1	282	14	21	17	46	1.83
12827711--12827819	21	5.2	21	64	4	76	11	23	18	46	1.81
12833917--12834005	30	3.0	29	78	6	90	26	21	28	23	1.99
12833944--12834018	28	2.6	29	85	6	91	26	21	26	25	1.99
12833944--12834031	28	3.1	29	81	6	81	29	19	25	26	1.98
12834138--12834188	26	2.0	26	88	0	75	37	25	23	13	1.92
12834451--12834852	27	14.8	27	82	3	468	23	15	18	42	1.88
12835504--12835528	13	1.9	13	100	0	50	52	0	40	8	1.31
12840439--12840506	28	2.4	28	82	0	82	30	11	25	32	1.91
12848687--12848720	6	5.3	6	86	13	50	29	2	2	64	1.22
12848761--12848795	17	1.9	19	88	11	56	25	11	5	57	1.56
12849792--12849829	20	1.9	20	84	10	51	52	10	5	31	1.58
12850585--12850621	15	2.5	15	100	0	74	5	21	18	54	1.64
12854313--12854346	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
12859173--12859269	42	2.3	42	92	5	162	51	7	34	7	1.57
12868132--12868160	8	3.6	8	100	0	58	65	0	0	34	0.93
12870010--12870050	18	2.3	18	95	0	73	41	14	19	24	1.89
12892330--12892883	267	2.1	266	87	1	777	27	20	25	26	1.99
12892943--12893051	45	2.4	45	78	1	121	33	21	21	23	1.97
12897809--12898089	134	2.1	134	97	1	539	50	14	12	22	1.76
12909124--12909153	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12917607--12917809	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
12917541--12917809	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
12917773--12917918	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
12919171--12919338	58	3.0	58	85	10	228	22	12	30	33	1.91
12919190--12919280	31	3.2	28	64	22	71	25	14	31	28	1.94
12919231--12919373	49	2.9	49	92	0	223	23	13	30	32	1.93
12922560--12922762	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
12922494--12922762	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
12922726--12922871	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
12924123--12924290	58	3.0	58	85	10	228	22	12	30	33	1.91
12924142--12924232	31	3.2	28	64	22	71	25	14	31	28	1.94
12924183--12924325	49	2.9	49	92	0	223	23	13	30	32	1.93
12927512--12927714	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
12927446--12927714	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
12927678--12927823	37	4.0	37	94	1	251	37	16	21	24	1.93
12938985--12939015	15	2.1	15	94	5	55	22	0	6	70	1.09
12944169--12944239	35	2.0	35	100	0	142	28	15	22	33	1.95
12945641--12945689	21	2.3	21	85	0	80	20	26	34	18	1.95
12951564--12951593	5	6.0	5	100	0	60	20	60	20	0	1.37
12963963--12964048	43	2.0	43	93	0	145	38	4	12	44	1.64
12967029--12967145	54	2.2	54	80	6	121	21	28	30	19	1.98
12991248--12991431	91	2.0	91	100	0	368	47	23	8	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12991653--12991703	5	10.2	5	100	0	102	39	19	0	41	1.52
12993539--12993571	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
12998825--12998857	12	2.8	12	100	0	66	18	24	0	57	1.40
12999681--12999869	47	3.9	48	77	10	170	28	13	24	32	1.94
13007750--13007784	18	2.0	17	88	5	52	34	0	5	60	1.21
13008803--13008864	3	20.3	3	75	15	56	61	4	1	32	1.27
13008804--13008862	19	3.0	20	76	13	68	62	5	1	30	1.26
13008804--13008864	14	4.7	13	77	15	56	62	4	1	31	1.26
13008803--13008863	11	5.9	10	78	16	54	62	4	1	31	1.26
13010479--13011370	132	6.8	132	87	3	1177	28	24	18	29	1.98
13010504--13011370	265	3.3	263	85	3	1142	28	24	18	29	1.98
13011003--13011195	44	4.4	44	68	12	119	25	25	19	29	1.98
13010504--13011393	397	2.2	397	86	3	1267	28	23	18	28	1.98
13013599--13013638	19	2.1	19	90	0	62	67	7	12	12	1.41
13017572--13017633	3	20.3	3	75	15	56	61	4	1	32	1.27
13017573--13017631	19	3.0	20	76	13	68	62	5	1	30	1.26
13017573--13017633	14	4.7	13	77	15	56	62	4	1	31	1.26
13017572--13017632	11	5.9	10	78	16	54	62	4	1	31	1.26
13035075--13035162	42	2.0	44	91	8	144	23	2	13	60	1.45
13037010--13037233	114	2.0	114	100	0	448	28	21	16	33	1.95
13039389--13039427	17	2.3	16	86	8	51	48	0	0	51	1.00
13041519--13041570	26	2.0	26	100	0	104	34	15	34	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13047523--13047610	43	2.0	43	100	0	176	21	21	15	40	1.90
13048220--13048516	50	5.8	50	82	3	301	23	28	20	27	1.99
13054425--13054463	15	2.6	15	95	0	69	58	7	17	15	1.59
13055165--13055211	2	23.5	2	80	8	51	48	0	6	44	1.28
13055163--13055227	28	2.3	29	84	10	82	50	0	7	41	1.31
13055163--13055202	14	2.9	14	88	0	62	52	0	5	42	1.23
13055638--13055767	65	2.2	59	82	16	169	53	6	12	27	1.64
13059484--13059624	43	3.3	43	85	3	176	29	24	19	26	1.98
13059997--13060064	21	3.2	21	87	0	109	7	50	11	30	1.66
13061896--13062469	25	21.7	25	70	20	166	37	1	16	45	1.55
13061949--13062453	16	30.8	16	72	16	283	36	1	17	45	1.56
13061949--13062119	80	2.1	80	96	0	315	34	1	18	45	1.60
13062029--13062324	113	2.8	106	82	12	358	38	1	16	43	1.55
13061896--13062462	9	64.2	9	70	16	341	37	1	16	45	1.55
13062616--13062696	12	7.2	12	68	20	50	40	0	13	45	1.44
13062739--13062799	25	2.4	25	86	5	79	34	1	18	45	1.59
13062738--13062807	9	8.2	9	72	15	51	34	1	17	47	1.56
13062879--13062913	17	2.1	16	94	5	61	40	17	8	34	1.80
13062974--13063015	22	1.9	22	95	0	75	45	2	4	47	1.36
13062970--13063158	83	2.2	86	92	7	312	48	6	5	39	1.53
13063136--13063166	13	2.4	13	100	0	62	58	0	0	41	0.98
13063154--13063231	28	2.7	29	74	7	70	47	7	3	41	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13064681--13064843	83	1.9	86	83	6	217	34	19	15	30	1.92
13064717--13064922	83	2.5	82	83	1	223	33	22	13	30	1.92
13065719--13065752	14	2.3	15	95	5	61	44	32	0	23	1.54
13065704--13065763	21	2.8	20	73	9	57	45	38	0	16	1.48
13065950--13066044	49	1.9	49	81	8	113	51	22	3	23	1.62
13066074--13066343	115	2.4	112	88	3	391	25	22	20	31	1.98
13066257--13066527	93	2.9	92	90	3	420	23	22	20	33	1.97
13066436--13066870	114	3.8	114	83	1	505	27	22	17	32	1.96
13066436--13066853	228	1.8	228	85	2	588	27	22	16	32	1.96
13072964--13072995	13	2.5	13	94	0	55	56	0	3	40	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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