genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39168531--39168584	27	2.0	28	92	3	92	22	22	29	25	1.99
39168429--39168761	102	3.3	102	93	0	558	20	20	28	30	1.98
39171013--39171052	17	2.4	17	86	0	53	20	17	40	22	1.92
39175273--39175456	51	3.6	51	79	5	185	29	25	18	26	1.98
39176992--39177097	41	2.6	41	90	0	167	33	18	29	17	1.95
39177016--39177082	20	3.3	19	68	12	53	35	20	31	11	1.89
39180781--39180894	40	2.9	41	77	3	126	38	20	21	20	1.94
39180956--39181305	41	8.5	40	90	3	475	20	20	28	30	1.98
39180956--39181301	82	4.2	82	92	1	523	19	21	28	30	1.97
39180956--39181305	165	2.1	164	89	2	533	20	20	28	30	1.98
39182512--39182550	15	2.6	15	100	0	78	23	0	38	38	1.55
39182521--39182679	7	22.0	7	70	11	70	22	0	35	42	1.58
39183137--39183178	22	2.0	22	85	4	59	30	40	0	28	1.57
39186720--39186810	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
39186908--39186938	13	2.3	14	94	5	55	45	6	0	48	1.28
39187000--39187052	22	2.3	23	83	9	63	49	7	0	43	1.31
39187123--39187302	43	4.2	43	75	7	152	27	18	27	26	1.98
39187371--39187413	22	2.0	22	90	0	68	39	20	20	18	1.93
39190376--39190578	69	2.9	69	78	0	199	33	23	21	21	1.97
39190649--39191007	59	6.1	59	79	2	362	33	20	11	34	1.89
39192649--39192694	18	2.6	19	80	10	53	54	8	0	36	1.32
39192758--39192786	11	2.7	11	94	5	51	34	10	24	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39194678--39194704	10	2.7	10	100	0	54	18	7	7	66	1.40
39196035--39196112	36	2.0	39	83	11	99	47	8	3	39	1.53
39196121--39196166	18	2.6	19	80	10	53	56	8	0	34	1.30
39196213--39196257	20	2.2	21	84	4	56	37	13	22	26	1.91
39196229--39196257	11	2.7	11	94	5	51	34	10	24	31	1.89
39203026--39203063	19	2.0	20	94	5	69	36	13	34	15	1.87
39205343--39205385	21	2.0	21	95	0	77	37	4	16	41	1.69
39209236--39209314	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
39209433--39210025	47	12.7	47	90	6	915	29	30	8	32	1.87
39209433--39210004	96	6.1	96	90	7	896	29	29	8	32	1.87
39209865--39209922	16	3.4	16	70	25	55	32	31	1	34	1.68
39209859--39209929	36	2.0	36	100	0	142	30	32	2	33	1.72
39209810--39209976	83	2.0	84	96	2	309	30	29	6	32	1.83
39215711--39215945	40	5.9	40	76	5	176	24	28	23	24	2.00
39216282--39216407	43	3.0	43	98	1	245	27	35	14	22	1.93
39222129--39222575	47	9.5	47	92	0	696	32	8	30	28	1.87
39222129--39222575	190	2.4	188	91	0	723	32	8	30	28	1.87
39222694--39222772	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
39224626--39224728	43	2.4	43	98	0	197	22	16	34	26	1.95
39224710--39224783	29	2.6	29	86	4	96	25	17	31	25	1.97
39225094--39225274	40	4.5	40	80	5	181	26	22	27	24	2.00
39225094--39225288	80	2.4	81	81	7	211	26	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39228381--39228558	27	6.6	27	83	3	178	30	27	15	26	1.96
39228402--39228557	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
39233058--39233234	27	6.5	27	82	3	185	26	15	27	30	1.96
39233058--39233213	82	1.9	81	88	3	233	26	15	27	30	1.96
39233054--39233234	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	30	1.96
39243438--39243475	18	2.2	17	86	9	51	42	15	2	39	1.61
39277369--39277404	17	2.1	17	89	0	54	72	2	2	22	1.11
39279215--39279438	40	5.7	40	93	4	366	21	27	20	30	1.98
39279215--39279438	116	1.9	120	91	3	375	21	27	20	30	1.98
39287898--39288122	40	5.7	40	95	1	384	21	27	20	30	1.98
39291157--39291223	20	3.3	20	70	4	62	35	19	32	11	1.88
39291126--39291319	41	4.8	41	81	4	214	37	17	27	18	1.92
39302121--39302250	40	3.2	40	96	0	233	21	26	20	31	1.98
39302162--39302353	103	1.9	103	96	0	357	21	27	20	30	1.98
39302265--39302370	40	2.7	40	98	1	205	18	27	22	31	1.97
39302183--39302397	103	2.1	102	79	3	225	25	26	17	30	1.97
39308573--39308806	51	4.6	51	75	7	226	26	17	25	29	1.97
39310532--39311127	295	2.0	295	98	0	1156	28	13	20	36	1.91
39311385--39311432	22	2.2	22	100	0	96	35	8	18	37	1.81
39319694--39319781	27	3.3	27	80	6	99	39	21	18	20	1.92
39319747--39320060	53	5.9	54	79	9	218	35	18	20	26	1.95
39319743--39320061	27	12.0	27	78	4	317	35	18	20	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39319694--39320071	133	2.8	131	83	2	470	35	18	20	24	1.95
39320121--39320167	24	1.9	25	86	4	69	17	10	25	46	1.79
39320120--39320179	24	2.5	24	81	5	68	23	10	21	45	1.82
39320242--39320305	27	2.4	27	80	14	71	21	25	20	32	1.97
39320352--39320554	32	6.3	32	77	8	171	20	19	21	38	1.93
39320352--39320528	66	2.7	64	81	5	205	19	19	22	38	1.93
39321952--39321982	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
39326246--39326270	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
39330257--39331275	128	7.9	128	89	1	1465	32	20	23	23	1.98
39336196--39336226	16	2.0	16	93	6	55	12	3	6	77	1.08
39336293--39336323	10	3.1	10	100	0	62	19	0	9	70	1.14
39348723--39348752	14	2.1	14	93	0	51	63	30	0	6	1.20
39351126--39351155	12	2.5	12	94	0	51	33	40	20	6	1.78
39353076--39353124	23	2.2	23	85	3	64	38	16	10	34	1.82
39353082--39353125	23	1.9	23	90	0	70	38	15	9	36	1.80
39353083--39353132	23	2.2	23	81	0	55	42	16	10	32	1.81
39356790--39356815	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
39363292--39363340	9	5.4	9	85	0	62	44	18	8	28	1.78
39363291--39363332	18	2.3	18	95	0	75	50	14	7	28	1.69
39363348--39363408	17	3.4	17	65	12	50	50	13	4	31	1.62
39363339--39363410	37	1.9	37	97	0	135	47	13	6	31	1.70
39363339--39363430	37	2.5	37	85	7	116	46	14	6	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39363542--39363619	38	2.0	39	95	2	140	17	2	28	51	1.59
39363604--39363650	17	2.6	17	90	6	67	17	0	42	40	1.49
39368864--39368898	4	8.8	4	93	0	61	22	2	0	74	0.95
39370672--39370701	13	2.2	14	94	5	53	13	0	6	80	0.91
39373198--39373239	18	2.3	18	80	8	50	40	4	9	45	1.58
39375465--39375576	38	3.0	38	84	1	145	11	22	27	38	1.89
39376347--39376449	42	2.5	42	81	0	125	22	26	28	23	1.99
39377253--39377314	28	2.2	29	79	2	72	27	6	11	54	1.60
39377293--39377370	28	2.8	28	80	3	86	34	12	8	43	1.74
39379064--39379454	47	8.1	47	88	6	539	28	30	9	32	1.88
39379152--39379454	152	2.0	152	95	0	543	29	28	9	33	1.88
39382356--39382431	13	5.7	13	78	14	75	75	3	6	14	1.16
39382366--39382483	29	4.1	26	76	19	94	70	5	11	12	1.33
39383394--39383425	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
39383508--39383541	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
39388115--39388166	25	2.1	25	82	7	61	30	28	7	32	1.85
39388342--39388524	40	4.6	40	79	6	185	24	26	22	26	2.00
39388830--39388908	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
39388896--39388963	28	2.4	28	97	0	127	30	32	13	23	1.93
39388924--39389020	43	2.3	43	100	0	194	27	34	14	23	1.94
39391041--39391353	47	6.7	46	94	0	349	28	31	9	30	1.89
39391078--39391356	47	5.9	47	97	0	504	29	29	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39391026--39391356	94	3.5	93	92	0	502	28	30	9	31	1.88
39394538--39394589	25	2.1	25	82	7	61	30	28	7	32	1.85
39394752--39394909	80	2.0	80	82	5	194	25	25	20	27	1.99
39394765--39394947	40	4.6	40	79	6	167	24	26	22	26	2.00
39395253--39395331	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
39395319--39395386	28	2.4	28	97	0	127	30	32	13	23	1.93
39395347--39395443	43	2.3	43	100	0	194	27	34	14	23	1.94
39397466--39397778	47	6.7	46	93	0	340	28	31	9	30	1.89
39397503--39397781	47	5.9	47	96	0	495	29	29	8	32	1.87
39397451--39397781	94	3.5	93	91	0	493	28	30	9	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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