genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20832507--20832561	10	5.5	10	77	16	51	27	1	0	70	0.97
20833547--20833585	14	2.9	14	84	3	53	58	2	0	38	1.12
20840996--20841131	21	6.5	22	71	9	81	19	20	16	44	1.87
20840996--20841131	42	3.3	41	79	6	139	19	20	16	44	1.87
20844612--20844851	51	4.7	51	86	4	315	24	15	29	30	1.96
20844753--20844833	25	3.2	25	66	27	71	23	12	32	32	1.92
20853177--20853218	19	2.3	18	84	8	50	42	33	0	23	1.55
20854778--20854848	37	1.9	37	94	0	124	39	15	2	42	1.62
20856095--20856151	25	2.2	25	81	6	60	36	24	22	15	1.94
20866961--20867000	21	2.0	20	85	5	53	60	20	2	17	1.48
20873610--20874053	221	2.0	219	86	5	610	27	18	14	39	1.90
20874609--20874667	29	2.2	26	77	16	66	15	22	8	54	1.68
20887713--20887740	12	2.3	12	100	0	56	50	0	14	35	1.43
20895589--20895738	61	2.4	61	77	3	167	44	14	4	36	1.66
20898097--20898158	32	1.9	32	90	0	97	29	8	24	38	1.84
20898513--20898555	4	10.8	4	94	0	77	23	23	0	53	1.46
20902582--20902698	53	2.2	53	95	1	209	37	2	8	51	1.46
20914503--20914568	27	2.5	27	87	2	98	34	22	24	18	1.96
20914771--20914822	27	1.9	27	88	0	77	32	23	13	30	1.93
20914809--20914945	27	5.0	27	72	7	107	32	10	18	38	1.85
20923237--20923272	14	2.6	14	100	0	72	61	0	5	33	1.19
20925051--20925149	17	5.7	17	71	13	76	20	25	41	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20925052--20925149	35	2.8	35	79	4	117	20	25	40	13	1.88
20925042--20925149	52	2.1	53	84	5	139	20	25	40	12	1.88
20930939--20931531	296	2.0	296	95	0	1062	35	13	16	34	1.88
20932173--20932204	13	2.5	13	94	0	55	34	37	21	6	1.79
20933340--20933373	17	1.9	17	88	5	50	11	0	14	73	1.10
20937441--20937483	20	2.2	20	86	0	59	16	4	2	76	1.05
20937522--20937569	15	3.3	15	85	2	53	14	4	4	77	1.08
20939220--20939295	6	12.5	6	80	8	91	15	1	3	78	0.96
20941990--20942020	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
20946046--20946116	26	2.7	26	86	4	90	30	18	11	39	1.86
20954291--20954319	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
20956336--20956380	20	2.2	20	96	0	81	28	8	17	44	1.79
20957439--20957487	9	5.4	9	87	0	53	0	51	0	48	1.00
20960370--20960631	133	2.0	134	81	2	312	28	16	17	37	1.92
20971127--20971297	85	2.0	85	82	2	209	27	15	18	39	1.90
20972432--20972483	5	9.8	5	91	4	59	78	0	21	0	0.74
20972431--20972485	6	9.0	6	77	18	60	78	0	21	0	0.76
20976802--20976850	26	1.9	26	87	4	73	65	12	10	12	1.48
20976796--20976855	25	2.4	24	78	8	66	66	11	8	13	1.44
20978915--20979201	75	3.8	75	80	8	307	43	3	9	43	1.54
20984119--20984152	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
20990069--20990110	14	3.2	13	87	12	68	35	0	2	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20996803--20997366	50	11.3	50	69	5	341	33	23	19	22	1.97
20996774--20997462	100	6.9	100	82	4	638	33	23	19	23	1.97
21000140--21000196	6	9.2	6	81	7	60	14	5	5	75	1.15
21000221--21000289	3	23.0	3	90	0	111	31	4	0	63	1.14
21000378--21000437	23	2.6	22	73	17	59	40	3	1	55	1.27
21004716--21004796	6	13.7	6	84	7	76	67	16	3	12	1.35
21005634--21005694	22	2.7	21	80	7	50	75	1	13	9	1.12
21005634--21005694	14	4.1	15	77	8	54	75	1	13	9	1.12
21006987--21007362	44	8.1	44	69	19	210	32	18	21	27	1.96
21007000--21007420	141	3.0	142	95	1	747	33	17	20	28	1.96
21007496--21008148	50	13.2	50	71	7	267	33	23	20	23	1.97
21007479--21008166	100	6.9	100	82	6	774	32	23	20	23	1.98
21007546--21008137	292	2.0	292	85	4	802	32	23	20	23	1.98
21007885--21008168	101	2.8	100	86	3	383	35	21	19	23	1.96
21009540--21009596	6	9.2	6	81	7	60	14	5	5	75	1.15
21009622--21009687	3	22.0	3	90	0	105	31	4	0	63	1.14
21009776--21009835	23	2.6	22	73	17	59	40	3	1	55	1.27
21011073--21011108	15	2.4	15	90	0	54	36	2	5	55	1.38
21011365--21011406	14	3.2	13	87	12	68	35	0	2	61	1.09
21016833--21016868	17	2.1	18	89	5	56	50	2	2	44	1.31
21018394--21018436	19	2.3	19	76	4	52	51	2	0	46	1.13
21025434--21025474	20	2.0	20	100	0	82	41	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21025829--21025942	56	2.0	56	87	0	165	32	14	22	30	1.93
21031002--21031036	7	5.0	7	92	0	61	14	2	42	40	1.60
21034626--21034658	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
21040841--21040893	26	2.0	26	100	0	106	28	22	3	45	1.70
21041684--21042443	44	17.5	43	74	12	470	28	20	23	27	1.99
21041810--21042363	89	6.4	86	70	15	404	27	20	24	27	1.99
21041858--21042183	173	1.9	172	81	7	401	28	20	23	27	1.99
21041672--21042497	217	3.8	217	94	0	1409	28	20	24	27	1.99
21044421--21044453	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
21050609--21050674	19	3.5	18	71	20	55	50	1	1	46	1.20
21050651--21050714	33	1.9	33	84	6	85	39	0	3	57	1.14
21050959--21050983	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
21051284--21051501	110	2.0	110	96	0	400	34	13	21	30	1.92
21057501--21057556	20	2.8	20	81	5	60	35	19	10	33	1.87
21061312--21061346	17	2.1	17	100	0	70	34	0	11	54	1.37
21066298--21066344	22	2.1	22	84	7	60	38	21	23	17	1.93
21071895--21071925	15	2.1	15	100	0	62	19	16	6	58	1.59
21072544--21072585	22	1.9	22	85	9	59	42	7	0	50	1.30
21075117--21075195	36	2.2	36	84	4	97	29	18	18	32	1.96
21075127--21075197	36	2.0	36	88	0	106	26	16	22	33	1.96
21075242--21075297	25	2.2	25	96	0	103	37	21	16	25	1.93
21082859--21082891	14	2.3	15	89	5	50	30	12	30	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21084169--21084570	44	9.1	44	76	6	321	28	14	26	30	1.95
21084169--21084570	132	3.0	131	90	1	615	28	14	26	30	1.95
21084556--21085007	88	5.1	88	88	1	629	27	26	25	21	1.99
21084556--21085007	177	2.6	175	88	2	636	27	26	25	21	1.99
21085019--21085183	44	3.8	44	81	7	201	27	16	27	28	1.97
21085021--21085183	88	1.9	88	89	0	254	27	16	27	28	1.97
21085382--21085573	101	1.9	101	83	2	251	28	23	22	25	1.99
21086284--21086338	21	2.7	21	86	5	78	36	9	16	38	1.80
21088050--21088115	17	3.9	17	76	4	71	25	16	28	28	1.97
21088051--21088139	33	2.7	33	91	0	133	22	16	29	31	1.96
21090340--21090389	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
21090525--21090564	3	13.3	3	84	10	55	62	0	2	35	1.09
21091540--21091594	28	1.9	29	82	10	69	16	9	23	50	1.73
21092490--21092660	88	1.9	88	85	0	234	24	24	19	30	1.98
21092490--21092839	44	7.9	43	70	5	205	26	25	18	29	1.98
21092407--21092839	221	2.0	222	92	0	733	27	24	18	29	1.98
21092578--21092833	133	1.9	133	84	3	336	27	25	18	29	1.98
21098951--21099000	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
21099145--21099196	3	17.3	3	88	7	79	63	0	1	34	1.06
21102409--21102554	37	3.9	37	74	5	139	50	10	19	19	1.77
21108385--21108432	18	2.7	18	78	18	55	33	0	2	64	1.05
21109965--21109995	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21110573--21110655	17	4.8	17	72	20	64	37	3	3	55	1.35
21110993--21111049	5	11.2	5	83	10	71	22	24	15	36	1.94
21112568--21112592	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
21124491--21124675	46	4.0	46	90	4	275	35	9	26	28	1.88
21125850--21125896	17	2.8	17	83	0	58	17	4	4	74	1.14
21133644--21133698	24	2.2	24	90	3	83	36	3	36	23	1.73
21138653--21138712	20	3.0	20	85	0	75	16	31	15	36	1.90
21142734--21142809	33	2.4	33	80	8	86	13	39	26	21	1.89
21147709--21147743	15	2.3	15	90	0	52	51	2	8	37	1.47
21154672--21154696	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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