genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8016988--8017035	7	6.7	7	85	4	69	31	50	0	18	1.48
8016942--8017035	29	3.2	29	84	4	109	29	44	1	24	1.61
8016982--8017053	29	2.5	29	86	0	90	34	44	0	20	1.52
8017005--8017053	22	2.2	22	82	7	55	36	46	0	16	1.47
8017729--8017770	19	2.2	19	86	0	57	14	4	2	78	1.01
8018154--8018194	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
8019094--8019373	41	6.8	41	88	3	359	31	26	22	19	1.97
8019094--8019369	123	2.2	123	88	3	396	32	26	21	19	1.97
8019428--8019546	40	3.0	40	81	2	143	21	18	21	37	1.94
8021238--8021379	75	1.9	75	83	2	187	28	22	19	30	1.98
8022922--8022964	15	2.8	16	75	7	52	41	13	20	23	1.88
8023161--8023186	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
8023352--8023381	16	1.9	16	93	6	53	70	0	6	23	1.11
8024448--8024517	37	1.9	36	82	8	88	48	2	5	42	1.41
8024585--8024610	13	2.0	13	100	0	52	84	7	7	0	0.77
8026907--8027073	90	1.8	90	88	1	253	27	13	21	37	1.91
8028553--8029337	389	2.0	391	98	0	1520	25	17	28	28	1.98
8036762--8036803	22	1.9	22	85	0	57	11	9	9	69	1.38
8045020--8045074	23	2.2	24	81	15	60	74	0	7	18	1.04
8045040--8045075	15	2.2	17	90	9	58	77	0	5	16	0.94
8046414--8046457	11	3.8	11	80	11	52	31	0	4	63	1.14
8048496--8048669	21	8.3	21	68	5	102	17	24	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8048513--8048684	42	4.1	42	93	0	254	17	23	17	41	1.90
8061652--8061683	16	2.0	16	93	0	55	31	34	6	28	1.82
8066400--8066445	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
8066543--8066612	17	3.8	18	68	18	54	40	14	0	45	1.45
8066542--8066619	39	2.0	39	100	0	156	38	15	0	46	1.46
8067542--8067579	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
8067559--8067602	12	3.7	11	80	14	52	45	2	0	52	1.13
8067554--8067616	24	2.7	23	78	9	65	50	1	0	47	1.10
8067571--8067619	20	2.5	20	76	6	55	53	2	0	44	1.12
8068384--8068584	112	1.8	110	82	6	262	24	28	22	23	1.99
8087254--8087352	12	7.9	12	73	15	67	50	9	13	27	1.71
8087277--8087349	12	6.1	12	75	12	69	47	9	15	27	1.76
8087265--8087349	25	3.4	25	80	11	86	49	9	14	27	1.73
8087285--8087351	23	2.8	23	84	11	82	49	10	14	25	1.76
8087375--8087416	14	3.2	13	83	12	50	57	9	14	19	1.64
8088805--8088845	16	2.6	16	88	3	57	75	0	4	19	0.98
8088805--8088845	5	8.0	5	89	5	55	75	0	4	19	0.98
8088805--8088844	21	1.9	21	89	0	62	77	0	5	17	0.94
8095603--8095701	12	7.9	12	73	15	67	50	9	13	27	1.71
8095626--8095698	12	6.1	12	75	12	69	47	9	15	27	1.76
8095614--8095698	25	3.4	25	80	11	86	49	9	14	27	1.73
8095634--8095700	23	2.8	23	84	11	82	49	10	14	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8102006--8102035	11	2.7	11	89	0	51	40	10	3	46	1.54
8102326--8102624	150	2.0	150	97	0	571	23	32	28	14	1.94
8102604--8102634	15	2.1	15	93	0	53	12	58	29	0	1.35
8102639--8102770	11	12.9	11	68	23	60	59	0	2	37	1.15
8102639--8102700	32	1.9	32	90	6	99	61	0	1	37	1.06
8102639--8102821	41	4.5	40	89	6	262	60	0	2	36	1.15
8102639--8102821	79	2.2	82	91	5	300	60	0	2	36	1.15
8102754--8102787	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
8102751--8102822	19	3.6	19	76	10	81	61	0	2	36	1.11
8102639--8102822	39	4.5	41	87	8	252	60	0	2	35	1.15
8104203--8104261	23	2.5	25	78	13	70	35	5	3	55	1.38
8104225--8104349	24	5.3	24	76	13	100	40	8	1	50	1.41
8104226--8104330	23	4.5	23	74	10	81	40	8	1	49	1.44
8104334--8104414	24	3.2	24	71	21	76	40	1	6	51	1.35
8114277--8114375	44	2.2	44	84	7	130	32	22	17	28	1.96
8114263--8114375	44	2.6	44	80	5	113	32	22	16	28	1.96
8118631--8119100	114	4.1	114	82	3	561	31	18	23	26	1.98
8118688--8119118	227	1.9	228	90	1	686	31	18	23	25	1.97
8119047--8119192	74	2.0	73	82	6	179	30	17	23	28	1.97
8118905--8119306	188	2.1	188	88	0	590	31	17	23	28	1.97
8119087--8119436	114	3.1	112	78	5	382	30	18	22	28	1.97
8119453--8119520	17	3.7	18	78	19	70	35	0	7	57	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8119462--8119513	21	2.5	21	79	14	72	32	0	7	59	1.26
8119447--8119552	38	2.7	39	76	16	119	37	0	8	53	1.31
8120200--8120230	8	3.9	8	100	0	62	87	0	0	12	0.55
8135897--8135940	21	2.1	21	100	0	88	25	27	13	34	1.93
8138956--8139008	26	2.0	26	85	0	70	26	7	28	37	1.83
8139625--8139673	20	2.4	21	82	3	64	24	4	10	61	1.45
8149046--8149080	18	1.9	18	94	0	61	31	14	28	25	1.95
8156425--8156531	29	3.6	30	86	6	130	34	15	3	45	1.64
8157148--8157225	6	12.5	6	71	22	54	76	1	20	1	0.92
8157149--8157225	13	5.5	13	72	20	50	77	1	19	1	0.90
8157176--8157220	19	2.3	19	85	11	56	75	2	20	2	1.01
8157152--8157241	25	3.5	25	73	14	76	76	2	18	2	0.99
8157149--8157235	23	4.2	20	70	22	63	77	2	19	1	0.95
8157383--8157422	19	2.0	21	85	9	57	32	40	25	2	1.69
8157454--8157478	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
8157598--8157648	14	3.6	14	77	12	59	80	0	19	0	0.71
8163492--8163525	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
8165300--8165407	54	2.0	54	85	3	146	39	7	10	42	1.67
8174385--8174428	22	1.9	22	86	9	61	29	11	4	54	1.56
8176915--8176996	31	2.5	32	81	16	98	32	0	17	50	1.46
8185999--8186106	54	2.0	54	85	3	146	42	10	7	39	1.67
8187836--8187869	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8193591--8193627	14	2.6	15	87	12	60	0	13	0	86	0.57
8193594--8193626	7	4.9	7	92	7	59	0	12	0	87	0.53
8193747--8193771	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
8193805--8193844	19	2.0	21	85	9	57	2	25	40	32	1.69
8194006--8194079	6	11.7	6	73	17	53	1	18	1	78	0.90
8193993--8194035	19	2.2	20	83	4	52	2	16	2	79	0.95
8194682--8194800	29	4.0	30	79	8	118	45	4	15	34	1.66
8196774--8196810	14	2.6	15	87	12	60	0	13	0	86	0.57
8196777--8196809	7	4.9	7	92	7	59	0	12	0	87	0.53
8196930--8196954	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
8196988--8197027	19	2.0	21	85	9	57	2	25	40	32	1.69
8197189--8197264	6	12.0	6	72	18	57	1	19	1	77	0.91
8197176--8197218	19	2.2	20	83	4	52	2	16	2	79	0.95
8197867--8197985	29	4.0	30	77	8	109	46	4	15	34	1.65
8200419--8200529	29	3.8	29	83	9	127	32	18	3	45	1.66
8201148--8201220	6	11.8	6	70	21	53	76	1	21	0	0.86
8201143--8201231	10	8.0	11	71	23	55	75	1	23	0	0.87
8201148--8201234	28	3.1	28	74	11	90	77	1	21	0	0.84
8201147--8201233	12	7.5	11	73	16	70	77	1	21	0	0.84
8201144--8201232	24	3.6	24	76	18	85	76	1	22	0	0.85
8201144--8201231	46	1.9	46	84	9	117	76	1	22	0	0.86
8201382--8201421	19	2.0	21	85	9	57	32	40	25	2	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8201454--8201478	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
8201594--8201648	15	3.6	16	81	13	62	83	0	16	0	0.64
8201601--8201641	22	1.9	22	95	5	75	80	0	19	0	0.71
8201599--8201647	22	2.3	21	82	3	71	83	0	16	0	0.64
8208037--8208134	45	2.2	45	85	5	128	33	28	5	32	1.79
8239548--8239582	18	1.9	18	94	0	61	25	28	14	31	1.95
8246449--8246515	31	2.2	31	88	0	98	29	32	25	11	1.92
8255855--8255887	15	2.1	16	94	5	59	63	0	0	36	0.95
8258194--8258369	46	3.8	46	77	14	191	21	19	28	30	1.98
8258191--8258362	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	29	1.98

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