genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19292248--19292406	86	1.8	87	83	4	214	34	18	16	29	1.94
19292402--19292817	140	3.0	140	88	3	617	31	24	17	26	1.97
19293260--19293302	22	2.0	22	90	0	68	44	9	4	41	1.57
19293497--19293599	51	2.0	51	94	0	179	26	6	11	55	1.60
19293654--19293692	18	2.2	18	86	9	53	56	5	5	33	1.43
19299454--19299522	26	2.7	26	80	8	79	14	18	24	42	1.88
19301666--19301829	61	2.7	60	80	6	181	39	6	16	37	1.75
19309037--19309077	21	2.0	20	85	4	55	68	0	0	31	0.90
19311956--19312067	20	5.6	20	76	9	93	15	30	18	35	1.92
19311956--19312088	40	3.3	39	78	8	133	14	30	18	37	1.90
19311958--19312087	20	6.4	21	76	6	88	14	30	17	37	1.90
19315783--19315818	4	9.0	4	93	0	63	50	22	0	27	1.50
19316814--19316934	51	2.4	51	87	8	174	39	4	6	49	1.48
19317748--19317787	20	2.1	19	86	9	55	25	0	2	72	0.97
19324013--19324081	31	2.3	31	97	2	131	39	14	2	43	1.60
19334086--19334148	5	12.6	5	71	18	51	77	3	15	3	1.02
19334087--19334148	25	2.5	24	75	15	63	77	3	16	3	1.03
19334551--19334927	133	2.8	134	81	7	462	33	13	21	30	1.92
19337823--19338853	522	2.0	510	91	3	1681	21	11	18	47	1.80
19339244--19339324	39	2.1	39	95	0	144	39	9	8	41	1.69
19339564--19339613	17	3.2	17	78	21	72	36	6	6	52	1.51
19339582--19339609	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19339605--19339643	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
19339575--19339724	62	2.4	61	83	2	210	35	5	8	50	1.56
19339714--19339778	34	1.9	34	83	0	85	46	20	1	32	1.60
19339727--19339778	16	3.1	16	81	10	59	48	19	0	32	1.49
19339765--19339821	21	2.7	21	81	5	71	42	15	3	38	1.65
19339789--19339846	12	5.2	12	76	16	54	53	12	0	34	1.38
19339884--19339908	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
19339757--19339930	95	1.9	92	92	3	294	45	13	3	37	1.60
19340042--19340571	9	60.2	9	79	9	551	48	16	0	33	1.53
19340542--19340578	7	5.0	7	87	12	56	54	16	0	29	1.43
19346386--19346436	21	2.4	21	86	0	66	35	17	43	3	1.68
19346833--19346993	42	3.9	42	89	2	227	37	19	21	22	1.95
19346835--19346992	83	1.9	81	87	7	228	36	19	20	22	1.95
19352554--19352755	42	4.8	42	87	3	309	24	21	22	31	1.98
19352512--19352708	84	2.4	83	84	4	245	27	21	22	27	1.99
19352555--19352755	83	2.4	84	89	5	316	24	20	22	31	1.98
19353057--19353106	21	2.4	21	86	6	66	2	42	18	38	1.61
19358599--19358944	16	21.5	16	72	20	194	32	0	16	51	1.47
19358599--19358899	25	12.9	24	74	18	191	32	0	16	50	1.48
19358599--19358935	7	44.1	7	71	23	156	32	0	16	51	1.47
19358600--19358982	44	8.5	45	75	19	247	32	0	16	50	1.49
19359519--19359609	18	4.9	18	80	18	107	42	1	12	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19359521--19359595	39	1.9	40	89	10	120	44	1	12	42	1.50
19362574--19362902	114	2.9	114	94	0	586	25	27	23	23	2.00
19366634--19366850	40	5.4	41	87	4	300	23	20	23	32	1.98
19377272--19377552	7	38.4	7	67	24	102	30	0	14	54	1.44
19377293--19377319	13	2.1	13	100	0	54	22	0	14	62	1.31
19377420--19377519	27	3.9	25	73	13	80	27	0	14	59	1.36
19378090--19378180	18	4.9	18	80	18	107	42	1	12	43	1.49
19378092--19378166	39	1.9	40	89	10	120	44	1	12	42	1.50
19380825--19380901	7	10.4	7	73	9	55	31	45	2	20	1.65
19380825--19380901	15	5.2	14	72	9	55	31	45	2	20	1.65
19381122--19381449	114	2.9	114	94	0	577	25	27	23	23	2.00
19385202--19385444	41	5.9	41	90	1	369	22	19	22	35	1.96
19385202--19385450	125	2.0	125	91	1	401	22	19	21	35	1.96
19385790--19385839	21	2.4	21	90	6	75	2	44	18	36	1.61
19391348--19391620	9	31.4	9	72	14	216	31	1	21	45	1.59
19391337--19391441	25	4.2	25	81	11	133	33	1	20	44	1.62
19391352--19391619	34	8.0	34	73	17	190	30	1	21	46	1.59
19391413--19391530	62	1.9	61	87	6	175	31	0	21	46	1.57
19391541--19391610	25	2.8	25	93	0	113	27	0	22	50	1.50
19391636--19391684	26	1.9	26	87	4	73	40	0	6	53	1.26
19392619--19392718	31	3.3	30	90	6	157	42	21	18	19	1.90
19392619--19392731	31	3.7	30	90	5	156	43	21	16	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19393554--19393929	185	2.0	185	100	0	752	32	18	12	36	1.89
19395153--19395238	38	2.2	39	87	4	120	37	39	2	20	1.66
19395514--19395574	24	2.7	22	85	10	70	34	44	0	21	1.53
19395906--19396443	113	4.7	114	77	8	508	27	23	22	26	2.00
19396417--19396512	39	2.5	39	83	10	108	26	23	18	31	1.98
19398148--19398277	40	3.3	40	76	7	149	27	15	23	33	1.95
19399189--19399369	43	4.1	44	81	9	149	29	32	15	22	1.95
19399216--19399420	43	4.8	43	81	3	234	29	30	16	23	1.96
19399216--19399400	86	2.2	85	86	1	262	27	30	16	24	1.97
19399441--19399488	20	2.4	19	80	13	53	37	2	4	56	1.30
19402302--19402334	16	2.1	16	100	0	66	30	24	6	39	1.79
19402433--19402474	21	2.0	21	100	0	84	33	33	4	28	1.78
19404170--19404222	21	2.5	22	81	9	65	39	39	0	20	1.53
19405027--19405728	114	6.2	114	89	1	1059	30	19	22	27	1.98
19405027--19405728	343	2.1	341	92	1	1165	30	19	22	27	1.98
19406489--19406519	14	2.1	15	94	5	55	29	0	32	38	1.57
19406582--19406620	17	2.4	16	84	12	53	30	0	33	35	1.58
19406589--19406621	17	1.9	17	93	0	57	27	0	36	36	1.57
19407842--19407899	16	3.6	16	80	0	62	13	43	17	25	1.86
19407828--19407900	32	2.4	30	74	17	76	13	41	19	26	1.88
19408706--19409102	9	40.8	9	67	24	82	46	12	1	39	1.49
19408715--19409189	56	8.2	56	81	10	555	45	11	1	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19408812--19408862	22	2.4	22	86	3	77	47	9	1	41	1.48
19408950--19408982	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
19408919--19409016	50	2.0	50	84	8	128	42	15	0	41	1.46
19408969--19409197	34	7.5	31	74	17	194	44	11	1	41	1.49
19409032--19409078	12	3.6	13	76	18	53	51	12	0	36	1.40
19409004--19409156	22	6.6	22	72	22	77	47	11	0	40	1.45
19409226--19409337	34	3.4	32	73	12	102	43	13	1	41	1.54
19409121--19409419	140	2.1	143	93	6	516	42	13	2	42	1.56
19409226--19409441	9	24.8	9	68	16	80	42	14	1	41	1.57
19409322--19409354	16	2.1	16	94	0	57	42	27	0	30	1.56
19409443--19409498	25	2.2	25	83	0	67	44	14	5	35	1.68
19409479--19409512	16	2.1	16	94	0	59	52	14	0	32	1.42
19414955--19415124	66	2.6	66	83	3	191	40	17	27	14	1.89
19415098--19415207	21	5.2	21	79	0	67	34	16	41	7	1.76
19415558--19415767	43	4.8	43	80	1	231	22	16	32	28	1.96
19415751--19415871	43	2.8	44	84	2	147	32	29	19	18	1.96
19415932--19415976	22	2.1	21	91	4	72	42	28	17	11	1.84
19416175--19416375	41	4.9	41	87	2	278	29	26	21	22	1.99
19420637--19420674	13	2.8	14	80	8	51	28	13	13	44	1.81
19421489--19421551	20	3.2	20	75	4	65	53	1	0	44	1.10
19424361--19424408	21	2.3	21	89	7	71	75	4	2	18	1.07
19427221--19427320	43	2.3	43	83	6	130	12	19	21	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19434413--19434447	14	2.5	14	95	0	61	25	25	31	17	1.97
19441481--19441563	39	2.1	40	86	6	125	33	13	10	42	1.79
19441491--19441568	39	2.0	39	97	0	147	33	8	10	47	1.69
19442135--19442886	378	2.0	378	91	0	1216	40	16	12	30	1.86
19445593--19445627	17	2.0	18	94	5	63	14	22	40	22	1.90
19455246--19455299	27	1.9	27	88	7	81	53	0	9	37	1.33
19459768--19459855	41	2.1	42	85	2	115	36	14	20	28	1.92
19459949--19460038	27	3.3	27	100	0	180	21	57	3	17	1.54
19460889--19460914	12	2.2	12	100	0	52	30	0	34	34	1.58
19464312--19464452	43	3.3	42	89	4	192	32	22	16	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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