genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6667390--6667504	44	2.6	44	80	9	128	26	18	26	29	1.98
6669401--6669461	21	2.8	21	82	5	77	34	27	22	14	1.94
6669388--6669519	23	6.0	22	82	8	119	37	22	21	18	1.95
6670572--6670612	3	13.7	3	85	10	57	60	0	0	39	0.96
6670572--6670612	13	3.2	13	86	6	57	60	0	0	39	0.96
6670775--6670811	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
6675118--6675173	26	2.2	26	81	9	62	16	26	21	35	1.94
6675124--6675189	26	2.6	25	83	7	78	16	25	22	34	1.95
6675235--6675285	24	2.1	24	88	0	75	21	25	15	37	1.93
6675250--6675313	24	2.6	26	85	9	89	20	25	17	37	1.93
6675297--6675355	25	2.4	25	85	0	82	23	25	15	35	1.94
6677163--6677319	37	4.0	37	80	14	190	26	22	15	36	1.93
6677240--6677458	52	4.5	46	88	7	276	27	21	15	35	1.93
6677279--6677452	52	3.3	52	93	1	285	26	22	14	36	1.93
6683665--6683716	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
6687558--6687582	12	2.1	12	100	0	50	24	16	44	16	1.86
6692044--6692094	19	2.6	19	76	14	59	52	0	1	45	1.12
6695399--6695611	106	2.0	106	100	0	426	33	15	12	38	1.85
6696399--6696678	140	2.0	138	84	4	357	32	20	18	28	1.96
6706242--6706281	21	1.9	21	100	0	80	40	10	25	25	1.86
6712854--6712949	23	4.2	23	89	0	147	22	20	27	29	1.99
6712854--6712949	46	2.1	46	94	0	165	22	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6715477--6715560	23	3.8	23	87	4	111	41	22	19	16	1.90
6716243--6716269	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
6716405--6716472	28	2.3	30	85	12	88	54	4	1	39	1.30
6741848--6741898	6	8.0	6	79	12	57	78	0	1	19	0.85
6741848--6741898	25	2.0	25	88	11	77	78	0	1	19	0.85
6741853--6741921	18	4.0	17	75	14	70	72	0	4	23	1.02
6743537--6744565	132	7.8	131	91	2	1621	29	24	18	28	1.98
6743930--6744169	45	5.4	44	67	12	134	28	25	17	29	1.97
6743540--6744610	529	2.0	529	95	0	1939	29	23	18	28	1.98
6745778--6745819	21	2.0	21	90	0	66	14	14	0	71	1.15
6745778--6745819	7	6.0	7	79	20	52	14	14	0	71	1.15
6753855--6753905	19	2.7	18	77	19	59	62	7	1	27	1.33
6753921--6753960	16	2.5	16	88	8	55	60	5	7	27	1.45
6753954--6753995	19	2.2	20	86	4	59	61	7	2	28	1.35
6754029--6754111	20	4.2	20	75	9	71	28	2	3	65	1.22
6754029--6754072	21	2.1	21	87	4	63	20	4	4	70	1.23
6754136--6754181	18	2.5	19	85	3	67	23	0	6	69	1.11
6754665--6754705	19	2.2	18	86	4	55	43	2	4	48	1.37
6761126--6761185	26	2.3	26	86	8	79	36	23	28	11	1.90
6763121--6763312	57	3.5	55	71	16	141	34	12	27	25	1.92
6763084--6763368	108	2.7	108	81	4	337	33	12	28	25	1.92
6765857--6765951	43	2.2	43	96	0	172	20	31	30	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6768413--6768459	21	2.2	21	100	0	94	68	8	4	19	1.33
6768884--6769058	9	18.4	9	69	20	74	63	3	1	32	1.18
6768947--6768999	28	1.9	28	88	3	81	60	1	1	35	1.19
6768914--6769047	19	6.9	19	70	19	55	60	2	1	35	1.21
6769001--6769059	30	1.9	31	86	10	86	62	3	1	32	1.21
6769031--6769068	20	1.9	20	89	10	60	65	5	2	26	1.27
6768967--6769068	50	2.0	50	81	7	118	61	2	2	32	1.26
6769342--6769418	9	8.4	9	69	13	50	27	1	3	67	1.16
6773376--6773407	16	2.0	16	93	0	55	46	0	6	46	1.27
6782107--6782153	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
6782457--6782483	12	2.2	12	100	0	54	22	40	18	18	1.91
6796022--6796073	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
6796126--6796175	26	1.9	26	91	0	82	14	22	32	32	1.93
6795945--6796208	103	2.6	103	88	4	390	20	20	29	30	1.97
6802959--6803224	103	2.6	104	89	3	410	19	20	29	30	1.97
6807950--6807993	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
6814931--6814996	30	2.2	30	97	0	123	22	25	19	31	1.98
6827470--6827530	20	3.0	20	90	0	95	9	45	14	29	1.77
6827669--6827789	60	2.0	61	91	1	199	32	0	10	56	1.40
6828239--6828286	21	2.2	23	81	7	55	37	0	8	54	1.31
6830109--6830173	6	10.8	6	98	0	112	20	33	46	0	1.51
6833864--6833952	27	3.3	27	85	0	115	21	29	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6834013--6834122	52	2.1	51	89	1	166	46	12	14	26	1.80
6834592--6834643	22	2.4	22	81	9	63	40	3	3	51	1.38
6838626--6838713	43	2.0	43	100	0	176	18	11	18	52	1.74
6838940--6838973	16	2.1	17	88	5	52	29	0	50	20	1.49
6851122--6851234	41	2.8	40	75	10	115	35	24	16	23	1.95
6856765--6856844	25	3.2	25	83	5	90	33	20	27	18	1.96
6856778--6856860	25	3.3	25	81	3	78	34	19	26	19	1.95
6857081--6857128	24	2.0	25	91	4	80	35	16	25	22	1.95
6859797--6859841	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
6862183--6862424	35	7.1	35	86	5	307	41	17	21	18	1.90
6862183--6862423	67	3.6	67	89	2	356	41	17	21	18	1.90
6869565--6869699	25	5.4	25	76	7	98	33	18	27	20	1.96
6872267--6872323	9	6.2	9	80	11	62	56	17	0	26	1.41
6872254--6872321	28	2.5	28	92	2	111	52	16	1	29	1.52
6872267--6872314	14	3.4	14	76	21	55	56	18	0	25	1.42
6872254--6872331	28	2.8	28	88	5	97	52	17	1	28	1.53
6872235--6872365	68	1.9	67	87	4	192	51	19	0	29	1.52
6872309--6872365	27	2.2	25	82	17	71	50	19	0	29	1.47
6877940--6877985	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
6880651--6880707	24	2.4	23	85	8	71	21	8	1	68	1.26
6880787--6880860	38	1.9	39	83	8	98	36	1	6	55	1.35
6880794--6880857	18	3.6	17	75	6	65	39	1	7	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6881862--6881935	37	2.0	37	97	0	139	20	18	21	39	1.93
6883501--6883530	15	2.0	15	100	0	60	66	0	6	26	1.16
6883505--6883539	15	2.3	15	90	0	52	71	0	8	20	1.11
6883500--6883539	18	2.2	18	86	8	55	70	0	7	22	1.12
6888263--6888291	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
6893454--6893608	46	3.4	46	87	0	211	32	23	19	24	1.97
6905889--6905940	9	5.8	9	79	0	50	50	21	5	23	1.70
6905890--6905947	18	3.2	18	82	0	71	46	20	6	25	1.75
6910489--6910579	31	3.0	31	81	12	125	27	17	12	42	1.85
6910500--6910579	29	2.7	29	86	11	101	28	18	10	42	1.83
6917217--6917264	17	2.7	18	78	12	55	66	4	2	27	1.21
6917309--6917377	27	2.5	27	81	6	77	62	0	2	34	1.10
6917198--6917387	10	20.3	9	68	21	56	62	4	2	30	1.28
6917366--6917410	23	2.0	24	82	8	58	66	2	8	22	1.30
6918913--6918947	19	1.9	17	88	11	52	68	0	11	20	1.20
6921119--6921160	19	2.2	20	86	4	59	45	4	0	50	1.23
6921361--6921469	44	2.5	44	89	0	164	40	24	0	34	1.56
6936020--6936064	9	5.1	9	82	15	58	44	0	2	53	1.13
6936410--6936441	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
6944291--6944339	26	1.9	25	87	4	71	61	2	0	36	1.08
6944293--6944352	25	2.3	25	81	13	68	61	1	0	36	1.06
6945904--6946033	20	6.6	19	69	20	72	20	15	7	56	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6946114--6946155	22	2.0	22	90	9	70	21	9	14	54	1.68
6946607--6946649	20	2.2	20	87	8	61	58	9	9	23	1.58
6946620--6946731	56	2.0	58	83	3	147	49	11	19	19	1.79
6947759--6947968	66	3.2	66	87	4	298	46	14	22	16	1.83
6947759--6947970	33	6.4	33	78	4	196	46	14	22	16	1.83
6947946--6948031	28	3.1	28	81	0	100	36	13	29	20	1.92
6949629--6949673	22	2.1	21	83	4	54	33	4	17	44	1.69
6951590--6951659	24	2.8	25	82	2	88	34	21	24	20	1.97
6951594--6951808	25	8.7	25	67	18	85	36	21	23	18	1.95
6954557--6954630	31	2.5	30	86	4	105	47	10	6	35	1.65

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