genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26709515--26710002	107	4.4	107	80	10	520	59	15	0	24	1.41
26710042--26710127	20	4.3	19	77	17	77	0	30	0	69	0.88
26710058--26710112	23	2.3	24	90	3	85	0	32	0	67	0.91
26726430--26726482	13	4.1	13	97	0	97	39	20	7	32	1.81
26729168--26729236	19	3.4	19	72	14	66	43	2	0	53	1.15
26729168--26729236	31	2.3	30	82	9	86	43	2	0	53	1.15
26730810--26730842	17	1.9	18	88	11	52	33	15	6	45	1.70
26731830--26731892	28	2.2	28	97	0	117	30	23	23	22	1.99
26732254--26732333	27	3.0	27	84	0	115	21	13	20	45	1.85
26732258--26732343	27	3.2	27	81	6	104	18	13	18	48	1.80
26736139--26736186	24	2.0	25	83	4	62	35	6	16	41	1.74
26736172--26736231	21	2.9	21	80	5	68	25	8	20	46	1.78
26740778--26740853	23	3.3	22	82	8	89	23	28	21	26	1.99
26742751--26742811	25	2.4	25	88	0	86	22	18	26	32	1.97
26742855--26742926	13	5.5	13	82	9	74	41	1	25	31	1.64
26742856--26742935	27	3.0	27	77	12	85	43	1	22	32	1.61
26749822--26749865	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
26749912--26750003	45	2.0	45	89	0	139	32	20	17	29	1.96
26750009--26750195	51	3.7	50	81	4	223	29	28	18	22	1.97
26750006--26750191	101	1.8	99	85	5	248	30	28	18	22	1.97
26755260--26755391	67	2.0	67	95	0	237	27	31	19	21	1.98
26755513--26755622	57	1.9	57	83	7	143	26	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26765637--26765684	21	2.3	21	92	0	87	37	0	33	29	1.58
26765645--26765691	21	2.2	21	88	0	67	34	0	36	29	1.58
26766491--26766541	21	2.6	19	81	9	66	15	3	3	76	1.08
26771272--26771406	28	4.8	29	89	5	188	31	25	21	22	1.98
26771519--26771599	26	3.1	26	75	7	92	34	22	20	22	1.97
26771800--26771868	27	2.6	27	97	0	129	28	15	15	39	1.89
26771820--26771936	27	4.3	27	85	4	130	24	16	21	37	1.93
26771822--26771990	81	2.1	81	82	4	198	23	15	20	40	1.91
26771820--26771992	27	6.4	27	80	9	124	23	15	20	41	1.90
26771833--26772182	54	6.6	54	75	11	253	22	14	19	44	1.87
26771973--26772009	17	2.2	17	95	0	65	18	16	24	40	1.90
26771946--26772036	44	2.1	44	87	0	128	19	14	20	45	1.85
26771919--26772063	71	2.0	71	89	0	218	21	13	20	45	1.84
26771892--26772090	98	2.0	98	86	1	274	20	13	21	45	1.85
26771865--26772100	125	1.9	125	84	3	323	20	14	20	44	1.86
26771990--26772182	27	7.1	27	78	8	176	21	13	19	46	1.84
26772039--26772239	82	2.5	81	86	2	285	23	13	17	45	1.83
26771996--26772214	27	8.1	26	77	9	118	22	12	19	45	1.84
26772469--26772503	17	2.0	18	94	5	63	22	42	22	11	1.85
26772471--26772529	20	3.2	19	81	11	52	22	44	18	15	1.87
26775899--26775974	27	2.9	26	86	9	102	30	14	13	42	1.84
26790438--26790518	24	3.7	22	77	9	76	13	25	11	49	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26794095--26794128	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
26797106--26797268	86	1.9	87	88	2	247	27	31	10	30	1.90
26798798--26798834	9	4.1	9	89	0	56	45	13	8	32	1.73
26799046--26799105	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
26800127--26800212	20	4.2	20	79	8	84	44	12	5	37	1.67
26800252--26800315	19	3.3	19	77	14	67	43	17	9	29	1.80
26803896--26803969	26	2.8	26	87	0	94	31	17	8	43	1.78
26809699--26809748	26	1.9	26	91	4	75	56	0	0	44	0.99
26809816--26809936	64	1.9	64	98	0	233	52	9	7	30	1.62
26813138--26813373	47	5.1	47	68	17	181	45	2	3	48	1.34
26813119--26813409	91	3.2	91	96	0	510	46	3	3	46	1.37
26813432--26813849	120	3.5	120	93	1	712	43	2	5	49	1.37
26813553--26813587	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26813686--26813732	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
26813806--26813847	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
26813797--26813838	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
26813993--26814083	45	2.0	44	87	6	130	37	28	5	28	1.79
26815392--26815512	63	1.9	63	85	6	165	23	14	25	36	1.93
26820935--26821797	120	7.2	120	99	0	1663	44	2	5	47	1.38
26821266--26821300	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26821626--26821660	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26821746--26821780	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26821922--26822030	44	2.6	40	76	17	121	34	28	5	31	1.80
26821945--26822035	45	2.0	45	87	2	130	38	28	5	27	1.79
26822016--26822084	16	4.2	16	92	3	120	37	36	1	24	1.65
26822016--26822084	33	2.1	32	94	2	120	37	36	1	24	1.65
26822261--26822382	50	2.4	49	84	2	145	28	5	11	54	1.59
26822271--26822410	50	3.0	46	70	10	122	29	6	12	52	1.63
26823471--26823530	30	2.0	30	84	12	79	23	23	31	21	1.98
26831801--26831906	52	2.0	52	94	0	185	44	10	16	28	1.81
26837760--26837811	20	2.6	20	75	0	59	44	13	11	30	1.79
26838117--26838151	17	2.1	17	88	0	52	48	2	22	25	1.64
26842907--26843043	58	2.3	56	80	12	150	40	0	3	55	1.23
26842907--26843059	60	2.6	56	82	11	155	41	0	3	54	1.21
26843253--26843298	16	2.9	16	86	0	56	30	23	2	43	1.66
26846609--26846677	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
26846609--26846677	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
26846658--26846748	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
26846913--26846947	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26846920--26847096	51	3.1	51	67	25	138	48	5	1	45	1.32
26846896--26847757	120	7.2	120	98	0	1663	47	5	2	44	1.39
26847410--26847584	38	4.5	37	64	21	97	45	5	2	45	1.41
26851036--26851070	9	4.0	9	92	7	63	65	0	0	34	0.93
26851036--26851070	17	2.0	17	94	5	61	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26856145--26856277	45	3.0	43	80	11	139	24	18	26	30	1.98
26858343--26858413	35	2.0	35	97	0	133	36	12	21	29	1.90
26858350--26858423	35	2.2	32	86	9	96	37	12	21	28	1.89
26859250--26859426	44	4.0	44	93	0	282	28	27	19	25	1.99
26859440--26860097	88	7.5	88	85	2	768	23	25	23	27	2.00
26859440--26859936	44	11.3	45	64	9	173	22	25	23	27	2.00
26862208--26862275	26	2.6	25	81	9	75	57	7	13	22	1.60
26884767--26884828	3	21.0	3	80	3	54	32	6	1	59	1.32
26884767--26884828	15	4.2	15	79	2	72	32	6	1	59	1.32
26887399--26887457	24	2.4	24	80	8	75	27	1	3	67	1.16
26889058--26889120	31	2.0	31	100	0	126	30	9	6	53	1.58
26895872--26895949	24	3.1	24	70	10	66	34	21	16	26	1.95
26902765--26902918	79	1.9	79	81	0	182	41	16	11	30	1.84
26908624--26908655	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
26919024--26920003	488	2.0	490	99	0	1937	35	20	16	28	1.94
26922775--26922826	21	2.5	21	93	0	86	25	32	25	17	1.97
26923611--26923677	20	3.3	20	80	0	71	29	26	2	40	1.71
26931462--26931516	27	2.0	27	86	6	76	50	3	0	45	1.19
26945991--26946293	147	2.1	147	96	0	552	27	23	23	25	2.00
26961674--26961930	94	2.7	93	80	5	268	32	17	25	24	1.96
26963968--26964005	15	2.4	17	79	20	55	36	5	15	42	1.70
26965411--26965664	137	1.8	139	87	3	379	23	12	12	51	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26966039--26966096	16	3.2	16	71	28	53	70	1	1	25	1.06
26966182--26966572	143	2.8	136	78	13	398	52	12	10	24	1.70
26966248--26966591	143	2.4	142	83	7	423	53	11	11	23	1.70
26968333--26968391	29	2.0	31	83	6	77	44	13	5	37	1.66
26972977--26973017	19	2.3	18	84	12	57	41	0	31	26	1.56
26980515--26980555	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
26983332--26983413	36	2.2	36	85	6	103	32	19	8	39	1.82
26983744--26983774	15	2.1	15	100	0	62	54	25	0	19	1.44
26984701--26984728	8	3.5	8	100	0	56	25	0	25	50	1.50
26992855--26992905	13	3.9	13	89	0	84	35	25	7	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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