genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13603971--13604012	9	4.7	9	80	11	50	69	0	2	28	1.01
13607362--13607433	27	2.6	27	84	4	81	23	8	26	41	1.82
13610530--13610556	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
13622187--13622248	26	2.3	27	91	2	99	38	4	24	32	1.76
13637186--13637258	28	2.6	28	80	2	74	21	21	30	26	1.99
13637276--13637643	181	2.0	181	96	0	682	26	20	21	31	1.98
13637605--13637666	23	2.8	22	77	2	70	35	17	17	29	1.93
13637523--13637738	117	1.8	116	80	11	253	28	20	17	33	1.95
13637822--13637869	18	2.5	20	83	10	64	68	0	2	29	1.01
13642035--13642072	19	2.0	19	89	0	58	18	0	10	71	1.14
13642254--13642314	31	2.0	30	81	9	70	54	8	18	19	1.68
13644807--13644842	8	4.5	8	96	0	63	36	0	0	63	0.94
13645852--13645944	18	5.2	18	90	0	150	26	23	17	32	1.96
13645852--13645944	36	2.6	36	96	0	168	26	23	17	32	1.96
13653015--13653099	24	3.9	23	71	22	67	36	0	3	60	1.14
13653051--13653099	24	2.0	25	88	4	73	38	0	4	57	1.18
13660109--13660144	5	7.0	5	93	3	54	77	0	22	0	0.76
13660650--13660692	24	1.9	21	86	13	59	41	0	0	58	0.98
13661016--13661049	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
13661003--13661046	23	1.9	23	81	9	54	56	0	0	43	0.99
13664306--13664364	28	2.1	28	93	0	100	42	20	23	13	1.88
13671196--13671230	18	2.0	18	88	5	54	14	25	45	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13674142--13674289	76	1.9	76	86	2	208	50	6	10	32	1.62
13675642--13675678	3	12.3	3	100	0	74	32	0	35	32	1.58
13676990--13677030	19	2.1	20	86	4	57	53	9	17	19	1.70
13677008--13677065	11	5.3	11	79	6	55	60	5	18	15	1.53
13677008--13677055	23	2.1	23	88	0	69	60	4	18	16	1.51
13679030--13679136	43	2.5	43	78	1	108	28	16	28	26	1.97
13679944--13680103	69	2.3	69	90	0	248	28	17	15	38	1.90
13715878--13715928	18	2.8	18	79	5	59	54	11	0	33	1.37
13717674--13717774	27	3.7	27	79	0	94	31	13	27	26	1.94
13727629--13727663	18	2.1	17	89	10	54	48	0	2	48	1.16
13728761--13728799	19	2.1	19	90	4	62	61	17	0	20	1.34
13730287--13730372	43	2.0	43	83	0	109	26	25	17	30	1.97
13731767--13731935	91	1.9	90	83	9	220	37	17	8	36	1.81
13732047--13732090	18	2.5	17	82	10	52	61	0	0	38	0.96
13732054--13732165	29	3.8	29	70	10	84	60	1	4	33	1.27
13732265--13732473	85	2.5	83	83	4	240	32	12	16	38	1.86
13733201--13733232	5	6.4	5	100	0	64	18	18	0	62	1.33
13737457--13737642	41	4.5	41	93	0	291	29	19	26	24	1.98
13739823--13740148	46	7.6	46	81	14	378	28	22	15	34	1.94
13739958--13740103	36	3.8	36	78	16	166	28	21	13	37	1.90
13739912--13740148	82	2.9	82	92	2	388	29	21	13	35	1.92
13740040--13740112	36	2.0	36	89	5	112	26	21	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13739823--13740148	128	2.5	131	80	14	385	28	22	15	34	1.94
13746516--13746672	63	2.5	64	83	7	178	43	2	13	40	1.57
13746516--13746651	64	2.1	65	84	9	174	43	2	14	39	1.58
13747315--13747500	41	4.5	41	93	0	300	27	18	29	24	1.98
13756783--13756855	26	2.8	25	83	6	83	26	19	12	42	1.86
13761337--13761531	73	2.6	73	89	2	300	43	6	10	40	1.64
13761488--13761597	54	2.0	56	83	3	143	49	3	10	37	1.54
13763328--13763658	163	2.0	163	98	0	646	33	16	13	36	1.87
13768067--13768123	29	1.9	30	85	3	80	38	7	15	38	1.75
13772270--13772380	54	2.1	54	98	0	213	41	22	12	23	1.88
13773841--13773890	24	2.0	25	88	11	77	36	0	2	62	1.07
13773987--13774026	18	2.4	17	87	8	55	50	7	5	37	1.53
13774087--13774128	16	2.6	16	88	0	57	40	4	4	50	1.45
13793108--13793134	11	2.5	11	100	0	54	18	0	0	81	0.69
13793603--13793678	29	2.5	30	82	4	82	50	13	17	19	1.78
13795687--13795736	16	3.2	16	78	16	61	74	2	0	24	0.93
13797056--13797474	44	9.8	42	71	15	198	27	22	19	30	1.98
13810038--13810087	23	2.2	23	86	10	68	64	4	2	30	1.23
13810249--13810296	23	2.0	25	92	8	82	75	2	0	22	0.91
13817471--13817683	102	2.1	101	87	0	300	27	23	14	34	1.93
13824679--13824719	18	2.3	18	86	0	55	68	2	0	29	1.03
13837379--13837484	19	5.6	19	78	8	92	68	0	4	26	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13837379--13837496	29	4.1	29	77	12	111	68	0	4	27	1.08
13837385--13837501	58	2.0	58	86	6	166	66	0	4	29	1.10
13837379--13837495	10	12.0	10	69	14	57	69	0	4	26	1.07
13837699--13837752	10	5.6	10	78	8	67	35	1	0	62	1.06
13837699--13837753	19	2.8	20	89	5	78	34	1	0	63	1.05
13837779--13837948	88	1.9	89	85	4	238	30	8	18	42	1.80
13838637--13838667	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
13838789--13838851	30	2.1	30	93	0	108	57	14	4	23	1.56
13838881--13838923	22	2.0	22	85	0	59	60	6	9	23	1.51
13838889--13838927	11	3.5	11	82	0	51	61	5	10	23	1.48
13844755--13844832	20	3.9	19	70	8	66	57	3	0	38	1.17
13846359--13846397	15	2.6	15	88	8	53	12	0	33	53	1.39
13846461--13846569	34	3.3	33	82	8	132	42	0	11	45	1.41
13846629--13846897	126	2.1	126	88	1	387	37	16	16	29	1.91
13849783--13849823	20	2.0	20	90	0	64	2	17	43	36	1.62
13851863--13851927	30	2.2	30	91	0	103	40	3	29	27	1.71
13852748--13852812	33	2.0	33	96	0	121	43	21	13	21	1.87
13869716--13869777	31	2.0	31	93	0	106	40	4	14	40	1.67
13869853--13869877	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
13871064--13871105	10	4.2	10	79	11	50	35	0	2	61	1.09
13871064--13871140	20	3.9	20	68	13	61	38	1	3	55	1.26
13871072--13871140	29	2.4	29	75	4	68	40	1	4	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13871224--13871270	14	3.5	14	80	11	62	55	2	8	34	1.42
13871224--13871270	13	3.5	13	83	13	60	55	2	8	34	1.42
13871567--13871743	73	2.4	73	80	3	214	19	14	18	48	1.82
13876794--13876837	14	2.8	16	86	10	56	31	0	4	63	1.14
13879215--13879260	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
13879336--13879378	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
13882135--13882179	14	3.4	14	72	27	53	51	6	40	2	1.41
13884526--13884822	104	2.8	104	82	6	314	32	18	18	30	1.95
13884609--13884833	104	2.2	104	86	2	319	32	19	18	29	1.96
13884834--13885203	108	3.5	106	86	4	521	33	17	19	28	1.95
13885217--13885448	110	2.1	109	88	4	340	37	16	14	30	1.89
13894171--13894222	21	2.5	21	90	0	77	28	28	13	28	1.94
13896385--13896429	17	2.3	21	75	21	53	48	2	0	48	1.13
13900909--13900961	15	3.5	15	68	0	52	43	30	3	22	1.71
13901049--13901130	30	2.7	30	100	0	164	53	20	4	20	1.64
13903753--13903808	18	3.0	18	66	19	51	50	19	7	23	1.72
13903756--13903818	20	3.2	20	68	17	60	52	20	6	20	1.68
13903733--13903821	38	2.3	38	94	0	160	49	20	7	22	1.74
13904487--13904539	22	2.5	20	77	22	54	37	0	0	62	0.96
13904493--13904537	24	1.9	23	82	13	56	40	0	0	60	0.97
13905107--13905141	17	2.0	18	88	5	54	62	5	0	31	1.18
13908990--13909279	152	1.9	152	99	0	571	30	18	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13915072--13915115	4	10.5	4	82	7	52	68	4	4	22	1.27
13915133--13915163	16	1.9	16	93	0	53	32	9	22	35	1.87
13917249--13917291	21	2.0	21	95	0	77	32	16	2	48	1.58
13919243--13919277	15	2.4	14	86	9	52	74	2	0	22	0.95
13919355--13919401	19	2.4	19	75	10	51	51	4	2	42	1.33
13929171--13929220	23	2.2	23	82	13	59	36	0	2	62	1.07
13929178--13929215	19	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
13931496--13931545	15	2.9	17	80	17	50	54	0	4	42	1.19
13931584--13931765	43	4.3	43	85	0	222	21	17	33	27	1.96
13933208--13933556	44	8.0	44	64	12	135	26	22	19	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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