genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   

This is table  89  of  228  ( 27298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26223866--26223937	18	4.2	17	77	12	67	16	4	27	51	1.63
26223866--26223937	34	2.1	35	86	2	101	16	4	27	51	1.63
26227432--26227469	14	2.7	15	80	12	53	55	0	5	39	1.23
26227725--26227749	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
26227778--26228068	114	2.6	111	80	8	284	26	21	26	25	2.00
26227778--26228102	112	2.9	113	80	5	320	26	21	26	25	1.99
26228005--26228246	73	3.4	73	80	2	292	26	19	25	28	1.98
26228369--26228393	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
26228583--26228643	22	2.8	22	78	7	63	18	6	34	40	1.76
26228647--26228716	7	9.4	7	77	10	68	28	1	25	44	1.63
26228661--26228728	15	4.6	15	78	8	77	23	1	30	44	1.63
26228661--26228728	30	2.3	30	87	2	93	23	1	30	44	1.63
26228810--26228894	28	3.0	26	77	13	80	18	0	31	49	1.48
26228831--26228894	7	9.1	7	82	0	56	15	0	34	50	1.45
26228810--26228884	14	5.4	14	76	6	62	18	0	29	52	1.46
26228882--26229073	103	1.9	103	94	0	339	28	4	28	38	1.77
26229315--26229613	116	2.6	114	80	6	327	22	15	20	42	1.88
26229732--26229759	14	2.0	14	100	0	56	21	35	0	42	1.53
26231968--26232306	9	36.2	9	76	9	286	49	15	1	34	1.53
26232004--26232314	27	11.1	27	84	8	345	50	14	0	34	1.49
26232281--26232310	9	3.3	9	95	0	51	50	13	0	36	1.42
26237766--26237836	21	3.4	21	76	0	79	32	12	45	9	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26239162--26239206	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
26242005--26242211	67	3.0	67	86	4	249	42	18	21	17	1.90
26242005--26242211	35	6.1	34	85	6	251	42	18	21	17	1.90
26242005--26242211	102	2.0	102	91	0	333	42	18	21	17	1.90
26244048--26244087	21	1.9	21	85	10	55	67	7	12	12	1.41
26248351--26248643	32	8.8	33	81	8	301	18	23	18	40	1.91
26248351--26248655	67	4.6	67	93	0	484	18	22	17	40	1.91
26249766--26250021	42	6.2	42	88	3	385	32	22	22	22	1.98
26249770--26250017	83	3.0	83	90	1	381	33	21	22	22	1.97
26249766--26250021	125	2.1	124	89	3	390	32	22	22	22	1.98
26249993--26250111	42	2.8	42	81	9	152	21	19	23	36	1.95
26250616--26250642	6	4.5	6	100	0	54	14	14	0	70	1.17
26251648--26251694	23	2.0	23	100	0	94	29	17	17	36	1.92
26251896--26251935	10	3.9	10	86	3	53	65	2	0	32	1.06
26260248--26260412	29	5.7	29	82	6	181	31	26	4	37	1.77
26260248--26260412	59	2.8	59	79	8	194	31	26	4	37	1.77
26260843--26260871	15	2.0	15	93	6	51	65	0	34	0	0.93
26260969--26261024	12	4.7	12	81	14	62	75	0	25	0	0.81
26260970--26261038	13	5.4	12	84	8	75	78	0	21	0	0.76
26260970--26261036	25	2.6	25	82	15	84	77	0	22	0	0.77
26261767--26261812	17	2.6	17	87	12	67	32	15	6	45	1.71
26262045--26262280	18	13.0	17	68	16	75	31	16	10	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26262044--26262280	37	6.5	37	77	10	197	31	16	10	42	1.81
26262289--26262346	15	3.4	16	77	17	64	39	5	8	46	1.57
26262289--26262346	17	3.4	16	79	9	62	39	5	8	46	1.57
26268252--26268350	1	99.0	1	67	0	54	83	11	5	0	0.78
26268252--26268334	6	13.8	6	79	15	84	84	13	2	0	0.72
26268263--26268335	7	10.7	7	86	4	89	84	13	1	0	0.68
26268252--26268335	21	4.2	20	82	15	95	84	13	2	0	0.72
26268254--26268339	27	3.1	28	84	15	108	83	12	3	0	0.76
26269164--26270493	81	16.8	81	81	10	1388	27	17	20	34	1.95
26269164--26270493	164	8.4	161	82	9	1467	27	17	20	34	1.95
26270293--26270455	87	1.9	87	90	2	265	31	15	20	32	1.93
26270381--26270530	76	2.0	76	85	6	205	30	16	18	34	1.93
26270882--26271068	29	6.4	29	77	11	170	32	23	3	41	1.70
26270882--26271038	28	5.4	28	80	8	163	32	23	3	40	1.70
26270883--26271068	87	2.1	87	82	6	225	32	23	3	40	1.71
26271477--26271505	15	2.0	15	93	6	51	65	0	34	0	0.93
26271601--26271650	6	8.3	6	78	8	57	76	0	24	0	0.80
26271595--26271646	12	4.3	12	83	9	70	71	0	28	0	0.87
26272377--26272422	17	2.6	17	87	12	67	32	15	6	45	1.71
26272653--26272959	17	16.6	18	68	20	118	32	13	10	43	1.77
26272744--26272997	37	6.7	37	73	15	191	34	12	10	42	1.77
26272644--26272893	73	3.4	72	76	12	217	30	15	10	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26272904--26272942	18	2.2	17	86	4	51	46	2	7	43	1.46
26272917--26272997	19	4.5	17	73	14	65	39	9	11	39	1.74
26272902--26273004	16	5.8	17	73	13	59	36	9	10	42	1.73
26272924--26272997	39	1.9	37	86	5	103	39	9	12	39	1.75
26272917--26272997	17	4.4	18	73	14	69	39	9	11	39	1.74
26275016--26275048	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
26275028--26275136	45	2.6	43	80	10	127	32	4	30	33	1.78
26275265--26275681	120	3.4	120	90	3	642	50	5	2	41	1.39
26275381--26275427	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
26275526--26275560	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26275552--26275581	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
26275618--26275710	26	3.5	26	71	16	91	54	2	2	40	1.24
26275661--26275805	47	3.1	46	68	17	129	50	2	2	44	1.31
26275619--26275735	54	2.2	54	85	3	155	52	2	2	41	1.28
26275273--26275724	244	1.9	240	86	8	647	50	5	2	41	1.37
26275772--26275810	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
26277236--26277262	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
26288207--26288264	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
26288207--26288332	47	2.6	49	70	11	114	43	2	3	50	1.34
26288439--26288480	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
26288430--26288471	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
26288696--26288763	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26290217--26290253	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
26290453--26290511	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
26291845--26291899	24	2.2	24	78	9	58	36	9	1	52	1.44
26299339--26299418	23	3.5	23	82	3	99	15	3	35	46	1.63
26301334--26301396	24	2.6	24	97	0	117	41	20	15	22	1.90
26301976--26302020	16	2.6	18	77	19	51	24	11	22	42	1.86
26302095--26302124	16	1.9	15	93	6	51	40	13	10	36	1.78
26303026--26303080	18	3.3	18	66	23	57	43	3	12	40	1.60
26303023--26303085	31	2.0	31	100	0	126	41	3	12	42	1.59
26303084--26303144	29	2.1	29	100	0	122	40	14	13	31	1.84
26305776--26305827	17	3.0	18	81	13	56	25	5	3	65	1.32
26315976--26316051	29	2.5	30	81	16	95	39	7	6	46	1.59
26318986--26319058	30	2.4	29	82	6	92	43	21	1	32	1.61
26324746--26324822	6	13.2	6	75	14	72	76	0	23	0	0.78
26324743--26324836	27	3.5	25	77	11	80	75	0	24	0	0.80
26324746--26324822	38	2.0	38	87	9	113	76	0	23	0	0.78
26325017--26325058	22	2.0	21	90	4	66	21	42	26	9	1.83
26325167--26325217	22	2.3	22	82	0	66	76	1	21	0	0.88
26325176--26325200	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
26325182--26325215	15	2.2	16	89	5	52	82	0	17	0	0.67
26325719--26325853	44	3.0	43	78	16	123	34	14	7	43	1.73
26325757--26325851	47	2.0	48	86	8	133	37	13	8	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26325830--26325922	34	2.7	34	80	14	102	33	17	9	39	1.82
26325818--26325940	17	7.1	17	74	15	92	30	17	9	43	1.81
26325817--26325988	35	4.9	35	69	16	115	30	16	10	42	1.82
26327566--26327603	16	2.4	16	90	0	58	44	2	31	21	1.66
26327575--26327611	16	2.3	16	95	0	65	37	5	32	24	1.78
26327842--26327876	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26327835--26328067	71	3.1	79	67	27	243	45	3	3	48	1.34
26327914--26328133	70	3.1	64	68	25	176	46	3	2	47	1.32
26327987--26328021	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26328132--26328183	18	2.9	18	88	8	79	59	1	0	38	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228