genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495952--2495991	17	2.4	17	95	0	71	5	27	0	67	1.11
2496955--2496992	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
2505215--2505336	41	3.1	39	74	9	124	27	17	20	35	1.95
2505514--2505558	21	2.1	21	88	8	65	46	4	22	26	1.70
2506068--2506107	21	1.9	22	85	10	57	20	0	20	60	1.37
2514153--2514188	3	12.3	3	88	5	56	0	36	0	63	0.94
2514722--2514799	31	2.6	31	77	4	79	56	8	11	23	1.63
2515241--2515305	34	1.9	34	84	6	87	58	1	4	35	1.28
2529385--2529528	75	1.9	75	100	0	288	38	8	21	31	1.83
2531308--2531353	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
2531659--2531719	24	2.5	24	76	5	61	16	1	6	75	1.09
2531775--2531816	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
2537456--2537522	34	1.9	35	90	3	109	46	10	8	34	1.70
2539398--2539463	18	3.6	18	74	15	64	65	1	1	31	1.11
2541403--2541487	38	2.2	38	82	4	107	54	0	0	45	1.00
2541477--2541510	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
2542704--2542742	20	2.0	19	85	5	51	46	0	7	46	1.31
2557259--2557305	18	2.5	19	77	22	55	23	10	19	46	1.80
2563705--2563761	20	2.8	20	74	10	62	42	1	7	49	1.40
2570216--2570285	11	6.4	11	75	6	52	18	5	8	67	1.38
2570234--2570289	14	3.6	14	74	21	58	23	5	5	66	1.34
2578527--2578559	17	1.9	17	93	0	57	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2578870--2578957	17	5.5	16	69	13	56	46	2	0	51	1.13
2578912--2578958	24	1.9	25	83	12	62	51	0	0	48	1.00
2580131--2580184	21	2.6	20	79	5	54	61	5	5	27	1.41
2601027--2601063	16	2.2	17	90	4	58	51	0	2	45	1.15
2601379--2601421	17	2.6	16	85	10	52	44	0	0	55	0.99
2602609--2602662	21	2.6	20	79	5	54	61	5	5	27	1.41
2610130--2610160	14	2.2	14	100	0	62	6	12	0	80	0.89
2612935--2613020	38	2.3	38	80	11	108	47	10	16	25	1.78
2612956--2613034	38	2.1	38	92	0	131	45	10	16	27	1.79
2613809--2613859	26	2.0	26	84	0	66	33	1	1	62	1.17
2615156--2615189	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
2616777--2616804	13	2.2	13	100	0	56	85	0	14	0	0.59
2619714--2619761	20	2.5	19	80	6	51	29	2	0	68	1.01
2625505--2625647	72	2.0	72	95	0	259	32	18	9	39	1.84
2630697--2630763	33	2.1	32	94	2	116	28	7	11	52	1.65
2631166--2631216	20	2.6	20	96	3	95	39	7	19	33	1.81
2657097--2657147	21	2.5	21	80	3	59	66	1	13	17	1.34
2657341--2657386	23	2.0	23	100	0	92	21	30	4	43	1.72
2658944--2658970	6	4.5	6	100	0	54	48	0	51	0	1.00
2659042--2659185	69	2.1	69	97	0	270	34	19	30	15	1.93
2659729--2659772	23	1.9	23	100	0	88	22	31	4	40	1.74
2660595--2660721	47	2.6	48	90	7	204	17	26	8	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2664461--2664501	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2668104--2668144	14	2.9	15	78	7	50	36	7	14	41	1.74
2668113--2668179	34	1.9	35	84	3	91	34	8	10	46	1.70
2668337--2668387	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
2675876--2675991	43	2.7	43	78	4	137	31	25	18	25	1.97
2692814--2692860	22	2.3	19	80	20	51	57	4	0	38	1.18
2697289--2697354	33	2.0	33	100	0	132	12	27	18	42	1.85
2698867--2698926	18	3.4	18	64	13	52	43	6	10	40	1.64
2699452--2699485	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
2699243--2699724	119	4.1	120	95	2	868	43	2	5	48	1.38
2699688--2699737	18	2.8	18	85	11	59	50	0	0	50	1.00
2699584--2700303	238	3.0	235	90	7	1025	47	4	2	45	1.36
2699698--2700303	119	5.1	119	97	1	1153	48	5	1	44	1.36
2699822--2699855	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
2699941--2699975	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2700631--2700690	18	3.4	18	64	13	52	40	10	6	43	1.64
2702202--2702267	33	2.0	33	100	0	132	42	18	27	12	1.85
2705023--2705053	16	1.9	16	100	0	62	38	6	35	19	1.77
2705268--2705309	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
2705277--2705318	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
2705266--2705512	120	2.0	120	96	0	458	49	5	1	43	1.36
2705383--2705429	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2705329--2705516	61	3.1	61	69	17	183	48	6	2	43	1.40
2705497--2705536	16	2.4	16	84	15	55	55	0	2	42	1.13
2705484--2705536	17	3.2	17	77	20	58	52	1	3	41	1.30
2705266--2705559	120	2.4	119	89	5	380	50	5	1	42	1.34
2705679--2705719	18	2.4	17	88	8	57	43	0	7	48	1.30
2705553--2705849	91	3.3	91	90	3	483	45	3	3	47	1.36
2705761--2705809	17	3.1	16	83	13	57	55	0	0	44	0.99
2705766--2705815	18	3.0	17	85	8	59	56	2	0	42	1.11
2716322--2716387	33	2.0	33	100	0	132	12	27	18	42	1.85
2717899--2717958	18	3.4	18	64	13	52	43	6	10	40	1.64
2718030--2718064	18	1.9	18	100	0	70	22	20	0	57	1.41
2718112--2719094	120	8.2	120	98	0	1876	44	2	5	47	1.39
2718323--2718357	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2718923--2718957	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2719043--2719077	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2719242--2719327	44	1.9	45	85	2	120	36	29	6	27	1.83
2719313--2719381	16	4.2	16	88	3	111	36	36	1	26	1.66
2719313--2719381	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
2720384--2720443	5	12.2	5	81	10	61	33	0	5	61	1.17
2721261--2721310	18	2.8	18	81	0	55	40	0	4	56	1.18
2734840--2735417	212	2.7	211	86	4	800	29	13	19	38	1.89
2740113--2740142	15	2.0	15	93	0	51	3	56	0	40	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744633--2744689	4	14.2	4	100	0	114	50	24	0	24	1.49
2751141--2751170	15	2.0	15	93	0	51	43	6	10	40	1.64
2757114--2757574	104	4.4	104	80	14	477	41	14	15	28	1.86
2757147--2757566	101	4.1	97	82	13	427	39	14	16	30	1.88
2758254--2758308	29	1.9	28	85	10	76	60	7	3	29	1.41
2758251--2758317	29	2.3	29	77	10	75	58	7	2	31	1.41
2758819--2759397	97	5.7	99	75	16	444	28	16	14	40	1.88
2758895--2759076	88	2.1	87	88	3	265	26	18	15	39	1.90
2759018--2759397	117	3.5	107	79	10	376	26	16	14	42	1.86
2758849--2759197	195	1.8	186	84	7	477	25	16	14	42	1.87
2759018--2759399	107	3.5	112	80	11	369	27	15	14	42	1.86
2759018--2759423	110	3.7	112	79	11	313	26	16	13	44	1.84
2765670--2765725	24	2.3	24	100	0	112	39	3	17	39	1.67
2767517--2767561	22	2.0	22	83	8	56	33	6	4	55	1.46
2767542--2767568	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
2769047--2769142	48	2.0	48	97	0	183	27	30	20	21	1.98
2771084--2771125	16	2.6	16	92	0	66	50	0	4	45	1.23
2771121--2771263	75	2.0	71	83	11	179	41	3	9	44	1.54
2771190--2771233	16	2.7	16	89	3	61	36	0	9	54	1.32
2774252--2774582	64	5.2	64	76	7	352	48	22	13	15	1.80
2774252--2774582	127	2.6	127	95	0	581	48	22	13	15	1.80
2774801--2774859	19	3.2	18	75	15	59	57	1	3	37	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2774838--2774950	10	11.8	10	69	19	55	57	0	5	36	1.27
2774844--2774908	19	3.4	19	82	15	73	63	1	6	29	1.28
2777065--2777116	9	5.8	9	95	0	86	23	9	28	38	1.86
2777360--2777499	43	3.3	43	82	0	172	30	17	26	25	1.98
2780355--2780390	14	2.7	13	83	8	54	27	0	27	44	1.55
2780351--2780485	21	6.6	21	66	10	64	29	0	20	48	1.55
2780404--2780448	14	3.3	13	87	6	54	31	0	20	48	1.49
2784293--2784318	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2786742--2786801	31	1.9	31	82	0	75	50	5	5	40	1.46
2790134--2790167	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17

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