genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   

This is table  26  of  228  ( 27298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8260467--8260566	27	3.6	27	77	13	89	72	6	6	16	1.25
8260658--8260699	17	2.7	15	82	13	57	59	4	0	35	1.19
8268761--8268794	17	1.9	18	88	5	52	73	0	2	23	0.97
8271762--8271791	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
8272097--8272192	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
8276121--8276151	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
8280480--8280510	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
8280716--8280747	16	2.0	16	100	0	64	12	0	31	56	1.37
8285174--8285217	18	2.4	18	84	0	61	11	6	45	36	1.67
8286849--8286873	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8289146--8289321	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
8289284--8289407	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
8300532--8300568	18	2.1	18	100	0	74	45	21	5	27	1.73
8301014--8301043	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
8301125--8301171	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
8301128--8301176	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
8301390--8301475	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
8301395--8301475	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
8301806--8301878	23	3.2	23	76	16	71	60	28	1	9	1.37
8301804--8301869	21	3.0	21	82	8	62	57	30	1	10	1.42
8301962--8302061	38	2.6	38	96	0	182	21	10	49	20	1.77
8302708--8302946	127	1.9	126	85	2	327	39	15	17	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8302709--8302977	127	2.1	126	82	3	308	37	15	17	29	1.90
8306065--8306121	25	2.3	24	80	11	71	54	3	0	42	1.17
8306069--8306261	92	2.1	92	97	0	359	55	4	2	37	1.33
8308157--8308208	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
8311373--8311449	21	3.7	21	71	13	68	22	33	9	35	1.85
8316959--8317014	19	2.8	21	79	17	73	55	0	5	39	1.23
8320383--8320421	16	2.4	16	91	0	60	35	7	2	53	1.43
8322691--8322763	27	2.7	27	85	4	85	34	12	24	28	1.92
8327871--8327915	24	1.9	23	86	4	63	31	6	0	62	1.21
8352650--8352696	20	2.3	20	85	0	58	23	23	10	42	1.85
8362293--8362398	21	4.8	23	70	22	59	51	0	1	46	1.11
8362324--8362397	28	2.5	28	81	12	78	56	0	1	41	1.07
8363206--8363260	12	4.6	12	76	14	51	30	0	0	69	0.89
8363205--8363261	25	2.2	26	84	12	73	31	0	0	68	0.90
8369275--8369342	22	3.2	20	76	10	64	63	10	2	23	1.40
8369283--8369347	22	3.0	22	81	4	78	61	12	3	23	1.45
8371486--8371539	14	3.6	14	73	22	56	27	0	5	66	1.13
8371482--8371540	31	1.9	31	100	0	118	27	0	6	66	1.17
8371761--8371805	22	2.0	22	91	0	72	64	13	8	13	1.49
8371742--8371805	33	1.9	33	81	6	76	62	12	9	15	1.54
8377426--8377466	22	1.9	22	85	5	57	70	4	4	19	1.24
8377421--8377472	22	2.5	21	73	11	54	71	3	3	21	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8385410--8385447	15	2.3	17	82	17	53	23	2	5	68	1.23
8388192--8388349	44	3.6	44	84	5	205	17	20	15	46	1.84
8388210--8388328	21	5.4	23	66	8	79	16	22	15	45	1.85
8395118--8395233	43	2.7	43	78	9	121	24	18	28	28	1.98
8401828--8401937	34	3.2	33	83	11	150	40	0	17	41	1.55
8402089--8402150	31	2.0	31	90	0	97	40	19	17	22	1.91
8407257--8407296	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
8407559--8407930	192	1.9	192	82	5	457	29	9	19	42	1.82
8408670--8408724	21	2.6	21	83	13	76	47	30	0	21	1.51
8411965--8412017	2	26.5	2	96	0	97	0	47	0	52	1.00
8413645--8413738	44	2.1	44	98	0	179	38	13	5	42	1.67
8413663--8413733	22	3.2	22	63	21	58	42	12	7	38	1.70
8414350--8414426	13	5.9	13	89	0	118	38	24	10	25	1.87
8415667--8415985	125	2.5	127	88	3	457	29	23	16	29	1.97
8416100--8416136	9	4.3	9	80	13	51	56	29	0	13	1.37
8419994--8420048	27	2.0	27	85	0	74	38	14	5	41	1.69
8427866--8427918	23	2.3	23	77	6	54	24	9	5	60	1.49
8427991--8428030	21	1.9	21	84	0	53	37	7	2	52	1.43
8430942--8430986	19	2.4	19	85	7	56	24	22	11	42	1.86
8446678--8446718	21	2.0	21	85	9	57	26	9	12	51	1.70
8453075--8453111	16	2.1	19	85	14	53	43	0	2	54	1.14
8460865--8460890	12	2.2	12	100	0	52	57	0	15	26	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8463607--8463654	24	2.0	24	83	0	60	37	6	10	45	1.64
8467852--8467905	24	2.2	24	90	0	81	37	3	9	50	1.52
8472072--8472114	22	2.0	22	81	9	52	23	25	20	30	1.99
8475820--8475861	15	2.8	15	81	0	57	4	9	16	69	1.33
8476472--8476797	40	7.8	40	77	14	316	22	20	23	33	1.97
8476463--8476801	86	4.0	86	94	1	583	21	20	23	34	1.97
8476926--8477027	40	2.5	40	91	0	159	30	19	21	28	1.98
8476957--8477448	44	11.3	44	66	14	144	28	23	19	29	1.98
8476997--8477531	132	4.1	132	93	0	917	27	24	19	28	1.99
8477515--8477989	132	3.6	131	89	0	635	31	26	14	28	1.94
8477591--8478177	219	2.7	218	85	3	705	32	25	13	28	1.94
8477563--8478174	44	14.0	44	74	5	416	31	26	13	28	1.94
8484719--8484753	13	2.5	14	90	9	54	20	5	22	51	1.68
8486365--8486397	16	2.1	16	88	11	50	45	0	0	54	0.99
8488489--8488518	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
8504332--8504365	14	2.4	14	90	0	50	82	2	0	14	0.79
8504923--8505005	41	2.0	41	100	0	166	34	12	16	36	1.86
8534128--8534179	21	2.5	21	77	0	59	32	7	28	30	1.85
8536451--8536510	22	2.7	22	97	0	111	46	15	20	18	1.84
8548314--8548352	20	2.0	20	90	5	62	17	20	0	61	1.34
8551630--8551827	44	4.5	44	68	7	132	28	19	24	27	1.99
8550600--8552020	132	10.8	132	89	0	1869	28	19	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8567582--8567646	35	1.9	34	90	6	105	63	1	0	35	1.04
8567581--8567635	16	3.2	18	72	12	62	69	0	0	30	0.89
8567733--8567782	7	7.6	7	78	17	54	40	0	0	60	0.97
8567836--8567868	16	2.0	17	88	5	50	36	6	0	57	1.23
8568176--8568215	2	20.5	2	89	5	64	47	0	0	52	1.00
8569731--8569769	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
8596591--8596666	31	2.6	29	83	8	98	26	5	13	55	1.59
8597544--8597632	9	9.2	9	72	17	54	56	1	3	39	1.23
8600710--8600751	17	2.4	17	88	4	57	28	2	2	66	1.16
8600970--8601015	20	2.2	20	85	11	58	21	26	6	45	1.76
8601688--8601726	12	3.2	13	85	7	55	56	0	0	43	0.99
8601936--8601972	15	2.5	16	83	16	53	70	0	2	27	1.01
8601936--8601977	20	2.1	20	82	8	50	71	2	2	23	1.10
8603111--8603141	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
8606685--8606709	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8612659--8612701	20	2.2	20	86	0	59	53	9	2	34	1.46
8615520--8615556	17	2.1	19	90	10	60	62	5	0	32	1.18
8625254--8625308	20	2.7	20	78	18	60	52	1	0	45	1.11
8633586--8633682	19	5.3	19	75	12	78	64	2	0	32	1.05
8633590--8633681	9	10.1	9	74	10	62	65	2	0	32	1.05
8633590--8633643	27	2.0	27	89	7	83	66	3	0	29	1.09
8633720--8633765	21	2.2	20	84	3	56	65	2	0	32	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8633586--8633854	10	28.3	9	70	16	129	60	3	0	35	1.18
8633666--8633772	37	2.9	35	73	15	83	62	0	0	35	1.08
8633741--8633856	60	1.9	61	84	5	155	58	5	0	35	1.26
8634357--8634422	17	3.7	17	74	20	55	34	0	1	63	1.04
8634368--8634427	29	2.1	30	90	6	97	31	0	3	65	1.09
8634377--8634418	20	2.1	20	91	8	68	30	0	2	66	1.04
8634374--8634451	29	2.7	29	81	13	81	37	1	2	58	1.20
8634436--8634466	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
8634470--8634508	12	3.2	12	85	3	51	17	5	2	74	1.12
8634479--8634517	11	3.5	11	80	19	53	23	2	0	74	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228