genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23782713--23782943	51	4.5	51	85	3	254	24	17	25	32	1.97
23785535--23785608	34	2.2	33	90	2	112	32	4	1	62	1.22
23785547--23785611	15	4.1	15	79	13	76	30	3	1	64	1.18
23786250--23786294	12	3.8	12	87	0	54	42	0	28	28	1.56
23786251--23786290	18	2.2	18	86	8	55	40	0	30	30	1.57
23786986--23787035	24	2.1	24	100	0	100	56	12	4	28	1.54
23794074--23794106	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
23799623--23799687	27	2.5	26	80	9	78	30	7	16	44	1.76
23801193--23801444	27	9.3	27	88	0	351	34	18	23	24	1.96
23801474--23801551	24	3.2	24	78	10	88	29	11	19	39	1.87
23801514--23801574	24	2.5	24	81	0	68	29	9	16	44	1.80
23801746--23801867	32	3.8	32	78	0	127	22	17	20	40	1.92
23805901--23805995	39	2.5	39	80	1	102	32	6	18	42	1.76
23808699--23808807	57	1.9	57	86	1	155	36	5	24	33	1.79
23810067--23810112	17	2.7	17	79	0	65	30	23	4	41	1.74
23814607--23814639	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
23818597--23818650	27	2.0	27	100	0	108	18	18	11	51	1.74
23833521--23833549	12	2.5	12	94	5	51	41	0	17	41	1.49
23847508--23847564	30	1.9	30	100	0	114	56	3	7	33	1.43
23860533--23860605	20	3.2	20	73	26	74	43	26	0	30	1.55
23860536--23860594	28	2.1	28	100	0	118	42	25	0	32	1.55
23867474--23867546	23	3.2	23	92	0	119	30	28	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23882115--23882481	44	7.9	44	69	16	195	32	19	20	27	1.97
23882032--23882543	142	3.6	141	92	2	843	32	18	20	27	1.97
23882399--23882492	44	2.1	44	90	0	143	29	23	23	23	1.99
23882415--23882570	44	3.6	43	76	7	129	28	19	21	29	1.98
23884886--23884919	18	1.9	18	88	5	52	55	11	8	23	1.63
23891850--23891881	17	1.9	16	93	6	55	9	12	3	75	1.16
23893752--23893777	6	4.3	6	100	0	52	34	30	19	15	1.93
23903287--23903333	15	3.2	15	87	3	60	34	2	12	51	1.52
23906769--23906811	22	2.0	22	85	0	59	34	6	9	48	1.62
23909768--23909815	13	3.7	13	77	8	53	18	45	14	20	1.85
23909767--23909817	26	2.0	26	88	7	77	19	45	13	21	1.85
23911652--23911723	33	2.2	33	97	0	135	41	13	16	27	1.87
23916251--23916284	16	2.1	16	94	0	59	29	20	17	32	1.96
23916061--23916480	226	1.9	226	95	0	768	32	12	20	34	1.90
23917016--23917049	17	2.0	17	88	0	50	20	11	35	32	1.89
23921572--23921617	11	4.2	11	86	8	58	23	28	0	47	1.52
23921572--23921614	10	4.0	10	82	11	50	23	30	0	46	1.52
23923791--23923911	49	2.5	49	97	0	224	43	3	8	44	1.50
23925193--23925237	17	2.8	17	83	6	58	57	0	2	40	1.11
23932719--23932816	29	3.2	29	83	8	124	27	18	25	28	1.98
23932720--23932815	33	3.0	32	80	11	126	27	18	25	29	1.98
23932720--23932839	62	1.9	62	84	0	159	30	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23932805--23932931	29	4.4	29	72	7	105	32	23	20	23	1.98
23951104--23951154	22	2.3	22	90	6	77	31	33	0	35	1.58
23951206--23951253	10	4.7	10	76	5	51	33	0	0	66	0.92
23951188--23951253	31	2.2	30	91	2	105	33	3	0	63	1.10
23952332--23952356	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
23952325--23952356	14	2.3	15	84	15	50	28	0	15	56	1.40
23953511--23953568	26	2.2	25	82	8	71	43	3	8	44	1.51
23953572--23954486	29	32.4	29	91	4	1428	44	24	0	30	1.54
23953572--23954464	144	6.3	145	91	3	1394	44	24	0	30	1.54
23954413--23954478	23	3.0	20	93	2	60	46	19	0	33	1.50
23955115--23955172	29	2.0	29	82	0	71	39	20	15	24	1.91
23956794--23956821	7	4.0	7	100	0	56	42	14	28	14	1.84
23961228--23961262	18	1.9	18	88	0	52	48	2	8	40	1.49
23962859--23962904	6	7.3	6	85	4	56	17	19	0	63	1.32
23962843--23962904	18	3.1	19	82	13	72	20	19	0	59	1.38
23964447--23964580	39	3.5	37	74	12	101	27	27	20	23	1.99
23965617--23965672	26	2.1	26	83	9	69	0	30	3	66	1.09
23973456--23973541	10	8.9	9	71	12	55	60	1	1	37	1.12
23973453--23973490	20	1.9	20	94	0	67	68	0	0	31	0.90
23973451--23973517	29	2.4	27	82	7	80	65	1	1	31	1.10
23973454--23973522	18	3.7	18	76	20	52	62	1	1	34	1.13
23976615--23976669	21	2.6	21	88	2	74	38	10	14	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23981034--23981072	20	1.9	20	89	5	60	64	5	2	28	1.28
23990471--23990503	17	1.9	17	93	0	57	18	3	3	75	1.06
23990595--23990639	17	2.5	18	85	7	56	31	0	2	66	1.04
23990430--23990653	9	24.2	9	67	17	75	32	4	1	61	1.25
23990675--23990761	35	2.7	31	77	20	106	58	10	1	29	1.39
23991358--23991383	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
23992608--23992667	3	19.7	3	74	16	52	61	3	3	31	1.28
23994349--23994376	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
23994385--23994433	24	2.0	24	100	0	98	46	20	8	24	1.77
23997466--23999186	217	7.9	217	83	2	1873	30	12	19	37	1.89
23997466--23999190	653	2.6	653	84	2	2237	30	12	20	36	1.89
23997466--23999184	870	2.0	871	85	1	2347	30	12	19	37	1.89
24017170--24017208	20	1.9	21	89	5	62	69	0	2	28	1.02
24019483--24019571	19	4.7	19	74	13	76	41	23	15	19	1.89
24021207--24021263	3	19.0	3	100	0	114	66	0	33	0	0.92
24021394--24021455	4	15.5	4	96	0	115	74	1	0	24	0.91
24022992--24023035	18	2.4	18	84	0	52	68	2	9	20	1.28
24023585--24023624	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
24023608--24023647	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
24023593--24023659	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
24023587--24023663	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
24023746--24023784	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24023815--24023867	17	3.2	15	80	17	52	41	1	1	54	1.22
24026538--24026563	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
24026843--24026886	6	7.2	6	84	5	61	40	0	59	0	0.98
24028057--24028147	37	2.5	38	78	7	107	47	1	6	45	1.36
24028433--24028504	37	1.9	37	85	0	99	20	15	11	52	1.72
24028474--24028620	37	4.0	37	82	0	159	18	20	13	47	1.82
24028501--24028652	37	4.1	37	78	6	157	19	21	14	45	1.85
24028492--24028652	74	2.2	74	81	2	198	19	21	14	44	1.86
24031462--24031542	5	16.2	5	81	0	90	35	17	6	40	1.74
24033014--24033064	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
24033085--24033118	13	2.6	13	86	13	52	82	0	17	0	0.67
24040002--24040054	21	2.5	21	87	0	70	32	35	7	24	1.84
24044131--24044212	41	2.0	41	83	4	103	34	13	13	39	1.84
24044631--24044720	41	2.2	41	90	4	137	36	11	10	42	1.74
24043920--24045513	501	3.2	500	85	2	2047	37	13	12	36	1.82
24045132--24045216	41	2.1	41	82	4	100	36	10	9	43	1.72
24048416--24048517	42	2.4	42	86	0	141	29	21	24	24	1.99
24048986--24049016	13	2.4	13	94	0	53	12	22	38	25	1.90
24051174--24051324	41	3.7	41	81	1	160	23	27	19	29	1.99
24051177--24051343	41	4.1	40	73	10	108	24	26	19	29	1.99
24052525--24052557	16	2.0	17	88	5	50	24	18	6	51	1.68
24056865--24056893	12	2.3	13	94	5	51	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24057399--24057492	49	1.9	49	91	0	152	25	23	8	42	1.82
24058861--24058947	44	2.0	44	88	0	129	22	21	1	54	1.52
24071715--24071798	25	3.5	25	71	12	86	19	16	14	50	1.79
24072291--24072696	202	2.0	201	85	3	548	27	24	12	35	1.91
24074032--24074085	22	2.5	22	100	0	108	31	25	7	35	1.84
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24076133--24076166	16	2.1	16	89	10	52	38	0	2	58	1.13
24076915--24076942	8	3.5	8	100	0	56	53	35	10	0	1.36
24093369--24093427	29	2.0	30	83	3	75	50	11	5	32	1.61
24094686--24094730	23	2.0	23	81	0	54	62	2	4	31	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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