genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21470260--21470311	8	6.0	9	82	13	65	53	1	42	1	1.23
21471664--21471892	104	2.2	104	91	3	363	23	20	31	24	1.98
21471824--21471930	42	2.6	42	89	1	162	22	23	36	17	1.95
21473570--21473611	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
21473623--21473659	16	2.3	17	81	13	51	59	2	0	37	1.12
21474204--21474242	14	2.8	14	84	0	51	35	17	5	41	1.72
21476259--21476896	317	2.0	317	100	0	1276	26	13	14	44	1.83
21483570--21483636	30	2.2	30	83	0	80	35	19	11	32	1.88
21483629--21483770	29	4.9	28	74	13	108	22	23	15	38	1.93
21483624--21483805	87	2.1	87	87	2	267	24	23	14	37	1.93
21483671--21483886	29	7.4	29	76	5	141	27	22	12	37	1.91
21493689--21493735	21	2.2	21	81	7	51	53	2	0	44	1.12
21498637--21498709	36	2.0	36	94	0	128	41	24	16	17	1.90
21499319--21499381	31	2.0	31	100	0	126	38	15	12	33	1.86
21499872--21499900	14	2.0	15	93	6	51	13	27	3	55	1.55
21506280--21506335	27	2.0	28	82	3	69	41	1	3	53	1.29
21506975--21507042	26	2.5	27	83	11	86	26	0	17	55	1.42
21507064--21507435	102	3.5	104	81	9	355	26	0	14	58	1.42
21507408--21507446	20	2.0	20	100	0	78	28	0	10	61	1.28
21507229--21507450	112	2.0	112	85	5	305	25	0	13	60	1.39
21510525--21510576	27	1.9	27	88	0	77	19	25	30	25	1.98
21511890--21511947	31	1.9	31	86	13	86	44	3	1	50	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21513431--21513465	18	1.9	18	88	0	52	42	5	5	45	1.51
21515263--21515313	20	2.5	20	72	15	50	31	5	3	58	1.40
21524833--21524893	3	20.7	3	78	9	63	68	0	4	26	1.09
21524943--21524978	13	2.8	13	91	0	54	72	0	2	25	0.98
21531372--21531847	69	6.9	69	88	2	692	42	21	10	25	1.84
21531372--21531847	206	2.3	206	87	3	710	42	21	10	25	1.84
21532403--21532439	19	2.0	19	94	5	67	35	21	5	37	1.77
21538542--21538636	45	2.1	44	81	11	104	46	7	17	28	1.75
21541619--21541667	24	2.0	24	100	0	98	51	12	12	24	1.73
21543313--21543443	68	1.9	68	85	0	181	34	25	16	23	1.95
21549991--21550191	94	2.1	94	85	3	278	26	21	29	22	1.99
21550730--21550776	19	2.4	19	86	13	69	0	44	2	53	1.12
21551116--21551185	9	7.6	9	71	16	54	18	5	1	74	1.09
21551117--21551166	19	2.8	18	85	8	66	20	6	2	72	1.16
21551119--21551183	18	3.6	18	83	6	69	20	6	1	72	1.14
21558810--21558853	22	2.0	22	90	4	70	29	0	4	65	1.12
21559347--21559371	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
21564906--21565055	45	3.3	45	86	0	201	24	16	24	35	1.95
21564906--21565093	45	4.2	45	84	1	200	21	17	26	34	1.96
21570481--21570697	43	5.0	43	82	2	274	26	30	17	24	1.97
21570481--21570697	86	2.5	86	89	1	310	26	30	17	24	1.97
21570719--21570834	43	2.7	44	82	2	128	33	23	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21570590--21570791	112	1.8	112	86	0	296	26	27	17	27	1.98
21572216--21572250	16	2.2	16	94	0	61	60	14	11	14	1.60
21573989--21574027	19	2.1	19	100	0	78	25	20	10	43	1.83
21575717--21575779	20	3.1	20	73	11	65	46	4	0	49	1.23
21575717--21575776	10	5.8	10	75	11	50	48	5	0	46	1.24
21575710--21575782	30	2.4	30	77	8	78	50	4	1	43	1.29
21577082--21577360	41	6.8	41	85	2	364	31	23	21	23	1.99
21577424--21577550	40	3.2	41	76	14	124	22	22	20	35	1.96
21581352--21581903	272	2.0	272	89	1	847	30	15	16	37	1.89
21582122--21582162	6	6.5	6	89	10	64	21	17	0	60	1.35
21582122--21582162	20	2.2	18	91	8	64	21	17	0	60	1.35
21582252--21582286	16	2.3	15	90	5	52	14	31	0	54	1.40
21584438--21584566	52	2.5	52	88	3	181	26	30	14	28	1.95
21585943--21585993	25	2.0	25	85	7	68	15	5	11	66	1.41
21589904--21590175	44	6.2	43	71	13	126	29	21	17	31	1.96
21589968--21590363	88	4.5	87	69	11	288	27	21	19	30	1.98
21589839--21590363	175	3.0	174	90	1	809	28	22	19	30	1.97
21591674--21591708	9	3.9	9	88	11	54	0	0	11	88	0.51
21591675--21591708	11	3.3	11	84	16	54	0	0	8	91	0.43
21605330--21605389	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
21609552--21609630	39	2.0	39	95	0	140	26	17	7	48	1.74
21610239--21610297	28	2.0	31	83	9	79	44	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21611190--21611307	41	2.8	42	83	7	132	24	17	28	28	1.98
21614727--21614777	15	3.4	15	75	0	57	52	0	0	47	1.00
21616309--21616344	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21620254--21620336	33	2.4	33	78	9	87	40	12	9	37	1.75
21624579--21624675	29	3.3	28	85	7	122	41	19	2	37	1.63
21624965--21625005	17	2.4	17	87	0	55	41	14	39	4	1.67
21625047--21625089	10	4.2	10	82	5	59	67	0	30	2	1.03
21625066--21625136	10	6.8	10	71	15	54	78	0	19	1	0.82
21625092--21625138	15	3.1	15	76	14	51	82	0	12	4	0.80
21625047--21625136	24	3.6	25	75	12	85	75	0	22	2	0.91
21625257--21625294	14	2.7	14	84	11	51	78	0	13	7	0.94
21625329--21625382	28	1.9	28	88	0	81	24	37	27	11	1.89
21633498--21633579	38	2.1	37	82	8	101	53	13	18	14	1.72
21633512--21633589	38	2.1	38	82	4	95	52	14	17	15	1.75
21634410--21635580	78	15.2	76	84	5	1365	28	17	20	34	1.95
21635709--21635867	29	5.4	30	80	3	171	35	20	2	40	1.66
21635713--21635860	59	2.5	59	81	5	167	36	20	2	40	1.65
21636505--21636564	15	4.1	15	81	12	63	26	45	25	3	1.69
21639015--21639112	49	2.0	49	89	0	151	51	9	8	31	1.63
21641081--21641177	41	2.4	41	87	0	140	32	19	18	28	1.96
21641105--21641192	41	2.1	41	81	4	106	35	20	18	26	1.95
21641341--21641496	71	2.3	68	82	10	178	41	14	8	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21641335--21641496	65	2.4	65	81	10	175	40	14	8	35	1.77
21649438--21649708	138	2.0	138	88	4	404	46	12	23	18	1.83
21651475--21651524	3	16.7	3	95	0	91	70	0	30	0	0.88
21653576--21653661	41	2.1	41	100	0	172	46	17	11	24	1.81
21654051--21654093	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
21654074--21654106	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
21654085--21654179	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
21654341--21654375	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21654299--21654371	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
21654260--21654531	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
21654485--21654519	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21654505--21654683	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
21654500--21654687	61	3.1	61	68	14	190	49	6	2	41	1.41
21654468--21654690	120	1.9	120	97	0	419	49	6	2	42	1.40
21654605--21654639	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
21654680--21654726	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
21654699--21654732	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
21654765--21654959	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
21656360--21656386	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
21658631--21658661	15	2.1	15	100	0	62	45	0	19	35	1.51
21674860--21674911	22	2.4	22	76	0	59	25	26	21	26	1.99
21676091--21676150	21	2.9	21	82	0	75	38	5	20	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21676133--21676178	18	2.6	17	83	10	56	30	8	23	36	1.85
21687389--21687535	75	2.0	75	91	0	240	35	18	19	26	1.95
21688838--21688865	14	2.0	14	100	0	56	21	7	0	71	1.09
21690997--21691056	27	2.2	27	100	0	120	18	23	25	33	1.97
21696221--21696280	31	1.9	32	83	6	79	41	0	36	21	1.54
21696759--21696798	12	3.2	12	86	13	62	40	0	0	60	0.97
21701944--21701984	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
21706123--21706155	6	5.5	6	96	0	57	51	18	0	30	1.46
21706675--21706727	25	2.2	24	82	3	61	26	3	15	54	1.57
21708576--21708691	21	5.4	21	80	14	130	41	0	2	56	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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