genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21155866--21155905	19	2.1	19	95	0	71	65	0	0	35	0.93
21155845--21155903	19	2.8	23	80	12	56	61	1	0	37	1.07
21156767--21157487	105	6.7	107	88	5	1046	33	20	15	30	1.93
21156716--21157487	216	3.6	214	87	5	1092	34	19	15	30	1.93
21156767--21157487	106	6.7	106	88	5	983	33	20	15	30	1.93
21158110--21158224	54	2.1	54	93	0	194	25	17	27	29	1.97
21161999--21162041	21	2.0	21	100	0	86	51	4	16	27	1.64
21164923--21164986	20	3.1	20	70	24	51	18	4	3	73	1.14
21165057--21165109	22	2.4	22	76	20	56	20	3	5	69	1.25
21169273--21169339	32	2.1	31	83	8	82	38	7	0	53	1.29
21175816--21175911	26	3.7	26	95	0	156	16	23	22	36	1.94
21176012--21176077	33	2.0	33	82	11	82	27	24	22	25	2.00
21177393--21177417	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
21183252--21183301	22	2.3	23	86	6	68	30	24	18	28	1.97
21197000--21197025	13	2.0	13	100	0	52	7	23	0	69	1.14
21197712--21198034	27	12.0	27	82	4	357	43	17	20	18	1.88
21197712--21198071	81	4.4	81	82	5	302	43	17	19	20	1.88
21198270--21198346	26	3.0	26	86	0	91	18	20	20	40	1.92
21198476--21198549	30	2.5	30	84	4	89	28	25	21	24	1.99
21205516--21205901	27	14.3	27	81	5	390	43	19	18	18	1.88
21205516--21205900	81	4.8	81	84	1	461	43	19	18	18	1.88
21206095--21206147	26	2.0	26	85	0	70	18	16	24	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21206300--21206386	28	3.0	28	88	6	129	22	25	22	28	1.99
21206300--21206383	30	2.9	30	91	3	127	23	26	22	27	2.00
21221950--21221987	19	2.0	19	100	0	76	31	31	21	15	1.94
21222284--21222329	7	6.4	7	82	12	58	30	2	0	67	1.03
21222290--21222329	13	3.0	13	86	13	55	30	0	0	70	0.88
21222290--21222329	21	1.9	21	94	0	71	30	0	0	70	0.88
21222284--21222329	15	3.2	14	85	11	58	30	2	0	67	1.03
21222295--21222342	21	2.3	19	77	19	51	31	0	2	66	1.03
21224096--21224187	30	3.1	29	72	20	84	32	21	23	21	1.98
21233153--21233445	43	6.8	43	80	5	290	25	20	23	30	1.98
21233173--21233445	129	2.1	129	82	2	325	25	20	23	30	1.98
21242399--21242475	3	25.7	3	84	10	104	31	2	1	64	1.15
21244489--21244535	22	2.2	20	82	10	58	44	0	0	55	0.99
21244985--21245037	25	2.1	26	82	10	65	71	3	1	22	1.12
21244985--21245037	26	2.0	26	82	7	63	71	3	1	22	1.12
21248866--21248911	15	3.1	15	83	0	56	13	2	2	82	0.85
21256056--21256276	46	4.9	46	83	5	252	32	23	17	27	1.97
21256059--21256271	92	2.3	92	87	1	295	31	23	17	27	1.97
21266886--21266920	18	1.9	18	94	0	61	25	0	0	74	0.82
21267127--21267198	26	2.8	26	77	8	74	37	0	5	56	1.22
21270366--21270392	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
21283493--21283517	12	2.1	12	100	0	50	24	32	8	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21284111--21284245	44	3.1	44	89	5	193	28	17	23	30	1.97
21284270--21284738	169	2.8	169	91	0	749	30	17	25	26	1.97
21284523--21284645	51	2.4	51	80	2	131	28	20	23	27	1.99
21284728--21284904	50	3.5	50	65	11	119	32	22	21	24	1.98
21284749--21284929	100	1.8	100	92	0	308	31	22	19	26	1.98
21284945--21285101	44	3.7	43	78	5	142	26	19	24	30	1.98
21293035--21293151	58	2.1	55	80	4	126	29	6	14	49	1.69
21293114--21293185	34	2.1	34	86	0	99	31	8	12	47	1.71
21295009--21295039	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
21302639--21302665	4	6.8	4	100	0	54	25	25	0	48	1.52
21313881--21313920	21	1.9	21	100	0	80	37	0	12	50	1.41
21326383--21326466	45	1.9	43	85	9	116	20	7	1	71	1.16
21333997--21334044	22	2.2	22	81	3	62	25	10	29	35	1.89
21339410--21339473	25	2.6	26	83	11	73	37	1	4	56	1.30
21339410--21339453	13	3.8	12	82	11	56	38	0	2	59	1.10
21341837--21341887	26	2.0	26	84	7	68	27	11	15	45	1.81
21353432--21353487	29	2.0	29	85	3	78	53	0	0	46	1.00
21354751--21354786	14	2.5	15	86	9	56	44	11	5	38	1.63
21357679--21357836	54	2.9	54	76	6	131	21	27	26	24	1.99
21358877--21358934	15	3.7	15	71	13	53	12	3	10	74	1.19
21358874--21358936	33	1.9	33	100	0	126	11	3	9	76	1.13
21358874--21358952	33	2.4	33	89	8	108	13	3	7	74	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21363021--21363662	44	13.5	50	64	18	171	29	20	22	27	1.98
21363011--21363197	94	2.0	94	92	0	311	31	21	21	25	1.98
21363064--21363656	143	4.2	143	83	1	658	29	20	22	27	1.98
21363320--21363414	45	2.1	44	84	1	118	27	23	26	23	2.00
21363944--21363986	20	2.3	18	84	8	50	62	18	4	13	1.48
21369486--21369663	94	1.9	94	89	0	275	32	19	21	26	1.97
21369486--21369693	94	2.2	94	82	3	240	31	21	21	26	1.98
21369997--21370039	20	2.2	20	88	8	63	62	20	2	13	1.42
21370187--21370216	16	1.9	16	93	6	53	53	13	26	6	1.64
21372511--21372552	21	2.0	21	100	0	84	28	19	28	23	1.98
21372768--21372808	19	2.1	20	86	4	57	73	0	7	19	1.07
21376811--21376858	21	2.3	21	81	0	51	25	4	8	62	1.41
21377188--21377263	29	2.6	28	83	6	89	31	6	2	59	1.37
21379905--21380136	113	2.1	113	90	3	369	37	9	22	30	1.85
21380872--21380924	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
21381074--21381179	44	2.5	41	75	16	99	35	26	3	33	1.75
21382142--21382212	25	2.8	25	77	10	81	39	11	16	32	1.84
21382684--21382743	30	2.0	30	96	0	111	15	10	28	46	1.77
21384531--21384568	20	1.9	20	84	10	51	47	13	5	34	1.65
21388045--21388610	124	4.5	124	85	2	720	30	17	23	29	1.97
21391777--21392252	22	22.0	22	85	5	562	25	0	29	45	1.54
21391777--21392252	43	11.0	43	82	5	516	25	0	29	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21391777--21392252	65	7.3	63	82	7	553	25	0	29	45	1.54
21391777--21392252	87	5.5	85	83	6	539	25	0	29	45	1.54
21394691--21394772	11	7.3	11	73	23	73	45	1	26	26	1.61
21394691--21394772	33	2.4	33	82	11	103	45	1	26	26	1.61
21403205--21403236	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
21403781--21403811	16	1.9	16	93	0	53	35	6	3	54	1.42
21416088--21416481	43	9.3	43	74	15	220	30	18	22	29	1.97
21418093--21418134	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
21418372--21418403	15	2.1	15	94	0	55	18	3	3	75	1.08
21432458--21432503	6	7.8	6	90	2	58	15	2	4	78	1.01
21433685--21433772	43	2.0	43	100	0	176	38	19	15	26	1.92
21439844--21440235	206	1.9	206	85	1	543	26	29	21	22	1.99
21446817--21446861	22	2.2	20	84	8	54	68	4	2	24	1.19
21447299--21447349	25	2.0	25	84	0	66	54	3	7	33	1.47
21455732--21455757	13	2.0	13	100	0	52	38	7	38	15	1.76
21458615--21458844	120	1.9	120	99	0	451	41	2	6	49	1.42
21458625--21458812	60	3.1	61	70	19	203	42	2	7	48	1.43
21458806--21458847	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21458797--21458838	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21458975--21459075	44	2.4	42	76	11	100	31	29	4	33	1.79
21458973--21459082	45	2.6	43	76	11	111	32	29	5	32	1.80
21459063--21459114	16	3.2	16	94	0	86	36	34	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21461083--21461313	43	5.4	42	81	4	185	29	29	20	20	1.98
21461085--21461313	86	2.7	85	82	2	253	29	29	20	20	1.98
21465285--21465369	7	11.4	7	69	16	55	40	42	0	17	1.50
21465288--21465348	16	3.9	16	91	6	90	34	47	0	18	1.49
21465288--21465350	8	8.1	8	76	13	69	33	49	0	17	1.47
21465583--21466034	113	4.0	114	86	5	616	26	25	21	26	2.00
21465583--21466034	223	2.0	223	85	5	617	26	25	21	26	2.00
21465935--21466078	72	2.0	72	93	0	243	25	22	24	27	2.00
21465826--21466225	186	2.2	182	89	2	613	26	26	21	25	2.00
21466007--21466447	114	3.9	114	90	1	645	25	26	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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