genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   

This is table  67  of  228  ( 27298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20058778--20059957	285	4.1	286	94	1	2077	30	12	6	50	1.64
20060200--20060245	23	2.0	23	87	4	67	39	10	6	43	1.66
20060363--20060432	19	3.5	19	70	25	56	1	28	0	70	0.96
20060369--20060477	44	2.5	44	90	3	166	1	28	0	69	0.98
20060383--20060477	22	4.3	23	71	25	80	2	30	0	67	1.02
20060443--20060477	18	1.9	18	88	0	52	0	31	0	68	0.90
20061189--20061233	10	4.5	10	88	0	72	66	2	31	0	1.04
20061189--20061237	15	3.3	15	82	0	71	67	2	30	0	1.02
20061181--20061232	20	2.8	18	83	13	70	63	1	34	0	1.06
20079462--20079631	48	3.5	49	86	4	227	31	20	23	24	1.98
20079461--20079631	73	2.3	73	79	9	186	32	20	23	23	1.98
20079462--20079631	25	6.9	25	82	9	174	31	20	23	24	1.98
20100411--20100519	40	2.7	40	80	5	121	38	14	28	18	1.90
20102826--20102956	51	2.6	51	86	1	165	29	25	18	27	1.98
20110330--20110508	50	3.6	50	79	8	186	28	26	17	27	1.98
20110334--20110464	47	2.7	47	83	9	138	28	26	18	26	1.98
20121893--20122034	73	1.9	74	88	1	214	20	19	15	44	1.87
20124457--20124570	24	4.6	25	73	14	94	27	22	19	30	1.98
20124443--20124590	49	3.0	49	83	1	188	27	22	19	31	1.98
20124506--20124615	25	4.4	25	77	14	102	23	21	22	31	1.98
20124767--20124828	31	2.1	29	82	17	74	46	8	16	29	1.75
20133173--20133213	7	5.9	7	97	0	73	26	12	29	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20157901--20157937	15	2.5	15	95	0	65	62	24	2	10	1.41
20162494--20162535	21	2.0	22	85	4	59	28	0	19	52	1.46
20162837--20162893	26	2.2	26	83	0	69	22	22	19	35	1.96
20162887--20162934	23	2.1	23	84	0	60	20	27	20	31	1.98
20162835--20163016	25	7.4	25	67	15	76	21	25	19	33	1.97
20162908--20163131	25	8.9	25	70	12	120	21	26	19	32	1.97
20174951--20175127	13	13.4	13	70	18	84	34	16	2	46	1.59
20174951--20175117	79	2.1	80	88	4	257	35	16	2	45	1.61
20174951--20175117	40	4.2	40	84	4	230	35	16	2	45	1.61
20175173--20175236	25	2.5	25	87	2	83	32	25	18	23	1.97
20176308--20176341	17	1.9	18	88	5	52	55	5	0	38	1.24
20183727--20183786	31	1.9	32	82	3	77	45	8	10	36	1.68
20189077--20189109	16	2.0	17	88	5	50	51	12	3	33	1.54
20189163--20189229	20	3.5	19	74	6	64	31	4	1	62	1.24
20189160--20189227	9	7.3	9	69	18	50	33	4	1	60	1.26
20189236--20189286	20	2.5	20	90	6	77	37	0	5	56	1.23
20189372--20189406	18	1.9	18	88	0	52	20	5	20	54	1.64
20190933--20190977	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
20193280--20193333	24	2.2	25	83	6	67	70	5	5	18	1.27
20196028--20196081	27	2.0	27	85	0	72	31	31	22	14	1.94
20196042--20196095	27	2.0	27	85	0	72	31	25	22	20	1.98
20197457--20197639	38	4.8	37	84	4	195	18	18	26	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20197457--20197639	76	2.4	76	85	1	233	18	18	26	36	1.94
20201695--20201775	39	2.1	39	100	0	162	19	14	9	55	1.67
20202088--20202567	29	16.2	29	94	3	827	37	10	0	51	1.40
20202088--20202567	59	8.1	58	94	3	827	37	10	0	51	1.40
20205476--20205510	18	1.9	18	94	0	61	57	5	2	34	1.37
20205701--20205785	21	4.0	21	84	3	98	52	16	29	1	1.51
20209473--20209717	87	2.8	86	88	3	348	28	15	21	34	1.94
20211863--20211895	7	4.7	7	100	0	66	15	30	12	42	1.83
20217525--20217554	4	7.2	4	96	3	51	53	23	0	23	1.46
20218278--20218335	29	2.0	28	86	3	80	44	13	18	22	1.85
20221179--20221230	27	1.9	27	92	0	86	46	7	7	38	1.61
20221491--20221539	25	2.0	25	84	11	66	46	2	6	44	1.39
20221490--20221549	23	2.6	23	80	17	70	46	1	5	46	1.34
20234466--20234508	7	6.1	7	100	0	86	86	0	0	13	0.58
20234461--20234513	14	4.0	12	88	11	61	83	0	1	15	0.74
20235572--20235661	44	2.0	44	87	4	128	28	12	12	46	1.77
20237662--20237698	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
20243045--20243106	16	3.9	16	79	8	72	46	0	20	32	1.51
20248589--20248687	23	4.3	23	88	0	135	32	25	20	22	1.98
20248589--20248687	46	2.2	46	88	0	153	32	25	20	22	1.98
20255088--20255122	17	2.1	17	88	0	52	40	5	20	34	1.76
20257368--20257423	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20257399--20257438	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
20257449--20257588	59	2.4	59	98	0	271	39	4	9	47	1.55
20257570--20257597	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
20258289--20258356	12	6.0	12	68	13	54	30	25	0	44	1.54
20258287--20258378	22	4.2	22	88	2	132	29	27	0	43	1.55
20258328--20258430	52	2.0	51	83	9	129	33	32	0	34	1.58
20258380--20258421	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
20258464--20258515	26	2.0	27	92	3	88	40	0	1	57	1.10
20258456--20258513	26	2.3	25	82	11	73	41	1	1	55	1.20
20258607--20258664	22	2.6	23	81	8	57	32	0	5	62	1.18
20258613--20258664	22	2.2	24	86	6	72	30	0	5	63	1.18
20258613--20258665	23	2.3	24	80	9	65	30	0	5	64	1.17
20260813--20262447	28	59.6	28	78	12	1466	47	22	0	30	1.53
20260956--20260989	17	2.0	17	94	0	59	50	20	0	29	1.49
20261253--20261378	23	4.9	23	75	23	117	46	20	0	32	1.51
20261312--20261384	27	3.0	24	86	8	69	49	16	0	34	1.46
20261732--20261766	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
20261879--20261969	23	4.2	19	83	16	67	48	23	0	28	1.51
20262224--20262455	23	9.2	23	75	19	180	47	21	0	31	1.54
20265622--20265901	124	2.3	124	84	6	370	33	23	13	28	1.94
20266574--20266607	18	1.9	18	94	5	61	14	5	5	73	1.21
20266749--20266816	28	2.4	28	90	0	100	27	4	23	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20266749--20266826	28	2.8	28	84	0	75	29	6	21	42	1.78
20267259--20267293	16	2.2	16	90	5	54	68	0	0	31	0.90
20285599--20285677	40	2.0	40	82	5	97	20	25	20	34	1.96
20285881--20285916	17	2.1	17	90	10	56	36	2	13	47	1.58
20287397--20287427	15	2.1	15	93	0	53	41	0	16	41	1.48
20304420--20304605	42	4.5	41	78	6	160	40	17	22	19	1.91
20304454--20304608	84	1.9	83	84	4	213	40	16	23	19	1.91
20304948--20304982	15	2.3	15	90	0	52	51	14	25	8	1.70
20306878--20306903	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
20313711--20313801	31	2.9	30	76	15	96	61	1	2	35	1.15
20313736--20313812	18	4.7	17	74	18	74	61	0	2	36	1.10
20313729--20313770	9	4.7	9	80	11	50	64	0	0	35	0.94
20315477--20315552	37	2.0	38	97	2	145	30	18	13	38	1.89
20316603--20316634	16	2.0	16	93	0	55	6	18	28	46	1.73
20318283--20318344	28	2.2	29	82	8	92	37	3	1	58	1.24
20318298--20318333	17	2.1	18	89	5	56	41	2	2	52	1.30
20318290--20318381	39	2.4	39	87	3	123	38	3	1	57	1.22
20318311--20318405	39	2.4	40	94	1	165	33	2	0	64	1.06
20321346--20321422	27	2.9	27	77	9	68	28	25	10	35	1.89
20340302--20340334	16	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
20340318--20340407	11	8.5	11	72	17	57	36	2	0	61	1.09
20340301--20340396	40	2.5	40	93	3	169	34	2	0	63	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20340329--20340384	29	1.9	29	82	7	69	33	3	0	62	1.12
20340367--20340406	21	1.9	21	84	0	53	35	2	0	62	1.09
20350998--20351044	13	3.4	14	80	11	51	25	6	2	65	1.27
20351231--20351259	12	2.4	12	100	0	58	41	10	0	48	1.37
20351348--20351386	18	2.1	19	85	4	53	43	15	2	38	1.60
20356011--20356066	22	2.5	21	77	13	58	51	1	0	46	1.11
20356073--20356154	5	16.6	5	79	16	91	37	2	0	59	1.11
20356226--20356264	17	2.3	17	90	0	60	23	0	5	71	1.05
20358403--20358501	43	2.3	43	85	3	137	33	26	17	23	1.96
20364277--20364346	9	8.0	9	78	9	65	32	1	18	47	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228