genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65846622--65846675	27	2.1	25	86	10	74	55	0	9	35	1.32
65846665--65846700	18	1.9	19	88	5	56	27	0	2	69	1.02
65846657--65846702	11	4.5	11	74	20	55	34	0	2	63	1.07
65847736--65847768	13	2.4	14	90	5	50	42	12	12	33	1.79
65855027--65855076	25	2.0	25	100	0	100	28	20	16	36	1.93
65855236--65855307	36	2.0	36	97	0	135	34	11	12	41	1.78
65864091--65864124	16	2.0	18	88	11	54	29	2	5	61	1.34
65876958--65877016	25	2.4	25	82	0	73	32	16	22	28	1.96
65885943--65885972	8	3.8	8	95	0	51	40	0	10	50	1.36
65887142--65887166	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
65901810--65901902	18	5.2	18	84	0	123	32	13	23	30	1.94
65901810--65901902	36	2.6	36	89	0	141	32	13	23	30	1.94
65903373--65903410	18	2.1	18	85	9	51	39	0	15	44	1.47
65913320--65913354	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
65920051--65920097	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
65923408--65923466	25	2.4	25	79	0	73	22	16	22	38	1.93
65927201--65927225	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
65933044--65933080	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
65939678--65939748	36	1.9	37	88	2	108	56	4	4	35	1.38
65940952--65941023	34	2.2	32	85	14	94	55	5	1	37	1.32
65949794--65949887	40	2.3	40	90	0	143	34	20	23	22	1.97
65950039--65950093	28	2.0	28	85	0	74	23	0	38	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65950082--65950123	13	3.1	13	93	6	66	16	0	52	30	1.44
65950081--65950123	20	2.2	20	91	0	68	18	0	51	30	1.47
65950082--65950123	7	6.1	7	88	5	59	16	0	52	30	1.44
65953924--65954140	43	5.1	42	82	4	229	27	14	26	31	1.95
65953924--65954140	85	2.5	86	83	6	255	27	14	26	31	1.95
65954800--65954867	34	2.0	34	88	0	100	26	23	5	44	1.76
65964034--65964173	72	1.9	72	89	0	217	33	17	18	30	1.94
65967988--65968028	17	2.3	18	84	12	50	7	12	9	70	1.33
65967988--65968030	18	2.5	17	85	11	52	6	11	9	72	1.29
65968625--65968670	19	2.4	19	100	0	92	50	28	8	13	1.70
65969654--65969861	46	4.6	46	95	1	350	28	23	14	33	1.94
65972952--65973003	26	2.0	26	85	7	70	34	3	0	61	1.14
65975812--65975836	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
65975994--65976068	9	8.2	9	78	8	62	41	28	8	22	1.82
65975994--65976033	17	2.3	18	86	4	55	40	27	7	25	1.82
65977223--65977296	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
65980161--65980190	13	2.3	13	100	0	60	50	16	0	33	1.46
65980488--65980541	21	2.6	21	81	0	63	35	1	9	53	1.44
65994816--65994883	34	2.0	34	85	0	91	26	22	5	45	1.75
65995524--65995665	41	3.6	39	81	5	142	19	19	28	32	1.96
65995916--65995999	36	2.3	36	83	0	114	20	0	40	39	1.52
65995919--65996000	29	2.9	28	78	5	83	20	0	41	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65995916--65996000	7	11.9	7	77	5	71	20	0	41	38	1.52
66000022--66000077	29	1.9	29	88	0	85	21	21	8	48	1.77
66004816--66004905	42	2.2	41	80	7	94	18	28	30	22	1.97
66009038--66009093	29	1.9	29	88	0	85	21	21	8	48	1.77
66010743--66010777	18	1.9	18	100	0	70	8	11	11	68	1.39
66011611--66011802	81	2.4	81	83	7	221	59	0	2	37	1.11
66011611--66011794	92	2.0	92	84	9	241	59	0	2	38	1.12
66011729--66011794	11	6.4	11	77	10	59	56	0	6	37	1.24
66022639--66022676	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
66036995--66037032	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
66039984--66040039	29	1.9	29	88	0	85	21	21	8	48	1.77
66041689--66041723	18	1.9	18	100	0	70	8	11	11	68	1.39
66042562--66042738	11	16.9	11	71	15	90	58	0	2	38	1.13
66042564--66042734	44	4.0	42	72	20	142	57	0	2	39	1.14
66042599--66042663	30	2.2	30	94	0	112	60	0	0	40	0.97
66042612--66042674	30	2.1	30	87	0	90	68	0	0	31	0.90
66044929--66044980	23	2.2	24	80	19	65	40	3	0	55	1.18
66058199--66058236	11	3.5	11	92	7	60	50	0	2	47	1.15
66058222--66058367	41	3.6	41	94	1	242	59	0	2	37	1.12
66058174--66058334	51	3.2	49	82	11	177	57	0	1	40	1.09
66067265--66067311	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
66068648--66069371	360	2.0	360	98	0	1403	23	26	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66074016--66074049	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
66078658--66078691	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
66080635--66080702	34	2.0	34	88	0	100	26	23	5	44	1.76
66095381--66095421	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
66099981--66100123	72	2.0	72	91	0	232	34	18	19	27	1.95
66101865--66102060	44	4.5	44	69	15	127	28	25	19	27	1.99
66101784--66102104	131	2.4	131	87	1	453	26	24	19	28	1.99
66102156--66102317	50	3.2	50	78	3	173	29	20	17	32	1.95
66102156--66102335	100	1.8	100	87	0	270	28	22	17	31	1.96
66104094--66104402	102	3.0	102	97	0	591	34	18	24	22	1.96
66107165--66107305	73	1.9	73	88	0	210	34	15	18	31	1.92
66111088--66111131	18	2.4	18	85	7	54	6	11	9	72	1.27
66112736--66113073	46	7.6	46	90	6	538	28	22	14	34	1.94
66112839--66113073	84	2.7	85	94	5	391	28	21	14	34	1.93
66112736--66113063	130	2.5	130	91	4	507	28	22	14	34	1.94
66115747--66115789	3	14.0	3	85	4	50	37	4	0	58	1.19
66118556--66118633	9	8.3	9	74	13	50	44	26	6	21	1.76
66118583--66118630	20	2.4	20	89	0	69	43	27	6	22	1.77
66119793--66119866	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
66122732--66122761	13	2.3	13	100	0	60	50	16	0	33	1.46
66123059--66123112	21	2.6	21	81	0	63	35	1	9	53	1.44
66137396--66137463	34	2.0	34	85	0	91	26	22	5	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66138103--66138203	38	2.6	39	85	4	141	19	17	29	32	1.95
66138495--66138578	36	2.3	36	83	0	114	20	0	40	39	1.52
66138498--66138579	29	2.9	28	78	5	83	20	0	41	37	1.53
66138495--66138579	7	11.9	7	77	5	71	20	0	41	38	1.52
66144054--66144109	29	1.9	29	88	0	85	21	21	8	48	1.77
66153306--66153361	29	1.9	29	88	0	85	21	21	8	48	1.77
66164182--66164249	34	2.0	34	85	0	91	23	25	5	45	1.75
66166184--66166244	3	21.0	3	78	6	63	37	4	0	57	1.20
66173049--66173098	25	2.0	25	84	3	66	44	2	2	52	1.24
66175039--66175118	26	3.1	26	81	3	90	16	18	36	28	1.93
66182683--66182730	12	4.1	12	76	12	55	0	29	0	70	0.87
66182684--66182726	15	2.8	15	82	3	50	0	23	0	76	0.78
66185184--66185242	30	2.0	30	83	3	75	47	0	32	20	1.50
66186560--66186615	28	2.0	28	100	0	112	39	10	32	17	1.84
66189929--66189973	17	2.6	16	83	13	54	53	6	0	40	1.27
66192534--66192559	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
66192513--66192602	43	2.2	42	88	7	139	32	2	0	65	1.05
66192545--66192593	17	3.0	17	74	14	50	32	2	0	65	1.04
66192577--66192614	11	3.4	11	96	3	67	39	2	0	57	1.12
66192526--66192621	43	2.3	43	85	3	124	34	3	0	62	1.11
66192532--66192647	54	2.1	52	80	10	126	35	2	0	61	1.16
66196225--66196272	21	2.3	21	80	13	64	45	2	2	50	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66214315--66214365	26	2.0	26	84	0	66	43	1	1	52	1.23
66221157--66221349	96	2.0	97	86	1	271	24	13	25	36	1.92
66227094--66227173	29	2.6	30	82	5	90	45	16	8	30	1.77
66227301--66227341	18	2.3	18	86	0	55	63	0	2	34	1.08
66228555--66228581	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
66231526--66231566	21	1.9	22	90	5	66	29	0	0	70	0.87
66231524--66231580	22	2.6	22	75	8	64	35	0	1	63	1.05
66232144--66232199	24	2.4	24	93	3	96	41	5	3	50	1.43
66232811--66232843	15	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
66241082--66241699	203	3.0	200	86	3	824	23	14	24	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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