genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6358307--6358354	23	2.0	23	84	4	60	45	18	18	16	1.85
6366616--6366663	2	27.0	2	76	23	54	56	0	0	43	0.99
6366625--6366660	5	7.0	5	96	3	63	58	0	0	41	0.98
6366615--6366660	15	3.1	16	87	12	71	58	0	0	41	0.98
6366616--6366663	9	5.4	10	75	25	54	56	0	0	43	0.99
6371288--6371312	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
6381453--6381497	16	2.8	16	82	3	54	2	37	0	60	1.09
6383766--6383834	30	2.2	32	80	17	83	59	2	4	33	1.32
6383850--6383878	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
6386075--6386099	12	2.1	12	100	0	50	36	8	48	8	1.62
6399000--6399095	45	2.1	45	88	0	138	30	25	15	29	1.96
6399111--6399150	21	1.9	21	84	0	53	35	17	12	35	1.88
6401103--6401138	16	2.3	15	90	4	54	2	22	0	75	0.94
6401400--6401498	48	2.0	49	96	3	182	15	26	2	56	1.50
6403543--6403595	24	2.2	24	93	0	88	33	0	9	56	1.32
6407277--6407313	19	1.9	19	89	10	58	21	2	10	64	1.37
6407308--6407502	87	2.2	88	91	3	313	32	3	3	60	1.29
6409250--6409296	19	2.5	19	80	16	53	61	2	2	34	1.20
6414326--6414363	16	2.3	17	90	4	60	15	5	2	76	1.08
6415729--6415778	22	2.2	23	85	3	66	42	16	6	36	1.72
6417556--6417589	6	5.7	6	89	0	50	0	61	0	38	0.96
6417553--6417594	12	3.5	12	83	6	50	2	57	0	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6417552--6417586	18	2.0	17	88	5	52	0	57	0	42	0.99
6420345--6420397	20	2.8	20	85	5	74	50	5	5	37	1.50
6423906--6423945	13	3.1	13	92	0	71	40	25	7	27	1.82
6426212--6426253	16	2.6	16	78	14	50	16	14	16	52	1.75
6427578--6427610	3	11.0	3	93	0	57	3	33	0	63	1.10
6432193--6432244	23	2.3	23	89	0	77	42	23	7	26	1.81
6438215--6438258	23	1.9	23	86	9	63	45	9	0	45	1.35
6447327--6447358	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
6447577--6447772	51	3.9	50	80	7	236	29	27	18	24	1.98
6447584--6447768	101	1.8	102	90	5	304	30	26	18	24	1.98
6449422--6449481	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
6449716--6449764	9	5.4	9	90	0	80	38	22	12	26	1.89
6449716--6449766	18	2.8	18	100	0	102	37	21	11	29	1.89
6451936--6452011	23	3.3	23	74	3	80	34	9	30	26	1.87
6451978--6452103	23	5.4	23	73	3	92	30	18	32	19	1.95
6451936--6452103	46	3.6	46	79	5	151	32	15	30	21	1.94
6454893--6455063	43	4.0	44	78	10	167	32	27	17	22	1.96
6454893--6455005	41	2.7	42	84	5	140	30	28	16	23	1.97
6454893--6455048	84	1.9	84	84	8	210	30	28	17	23	1.97
6458241--6458363	63	1.9	64	83	4	160	47	9	7	34	1.64
6462134--6462172	18	2.2	18	85	0	51	20	5	10	64	1.44
6487176--6487543	44	8.5	44	70	11	183	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6487176--6487555	87	4.4	86	76	9	364	30	20	22	26	1.98
6487176--6487668	261	1.9	257	81	5	598	32	20	21	26	1.98
6488903--6488940	3	12.7	3	94	0	67	31	2	0	65	1.06
6488887--6488971	9	8.7	10	78	8	70	25	5	2	65	1.27
6492335--6492361	14	1.9	14	100	0	54	29	29	7	33	1.85
6493264--6493328	30	2.1	31	91	2	105	35	15	4	44	1.67
6505172--6505223	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
6511725--6511773	22	2.2	22	88	0	71	22	20	20	36	1.95
6514596--6514636	14	2.9	14	85	14	57	43	2	0	53	1.13
6516969--6517008	17	2.4	17	100	0	80	47	0	30	22	1.52
6519788--6520006	51	4.3	50	78	8	192	24	16	28	30	1.96
6519832--6519967	50	2.7	51	85	3	177	22	18	28	30	1.97
6523290--6523324	6	5.8	6	96	0	52	20	0	11	68	1.20
6523713--6523827	43	2.6	42	86	6	106	7	11	21	59	1.57
6523737--6523827	43	2.1	44	97	2	175	6	8	24	60	1.50
6530784--6530826	9	4.8	9	94	0	77	23	9	30	37	1.86
6542011--6542048	20	1.9	20	88	0	58	39	15	7	36	1.77
6544755--6544787	7	4.7	7	96	0	57	42	9	30	18	1.81
6544711--6544831	58	2.1	58	93	0	206	33	13	24	28	1.93
6544769--6544877	44	2.5	44	95	0	191	34	14	22	28	1.93
6549836--6549929	13	7.0	13	77	10	91	34	19	1	45	1.57
6549836--6549930	27	3.5	26	81	11	111	34	18	1	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6549839--6549929	40	2.2	40	86	5	121	35	18	1	45	1.57
6555064--6555092	14	2.0	15	93	6	51	55	3	20	20	1.58
6560140--6560173	16	2.1	16	88	0	50	41	11	2	44	1.56
6561756--6561815	8	6.9	8	72	23	50	63	1	1	33	1.14
6561742--6561912	10	17.8	10	67	15	60	60	3	2	32	1.28
6561744--6561912	9	17.9	9	70	15	101	60	3	2	32	1.28
6561744--6561895	20	8.0	19	69	13	98	58	3	3	34	1.31
6566962--6567141	98	1.8	98	91	0	297	38	25	8	27	1.84
6573058--6573119	30	2.1	31	82	11	76	38	0	9	51	1.35
6575748--6575788	11	4.0	11	84	15	61	34	0	0	65	0.93
6575745--6575815	9	7.7	9	77	17	58	32	1	0	66	1.01
6575762--6575842	25	3.3	25	74	10	76	27	3	1	67	1.14
6577580--6577620	21	2.0	21	85	0	55	63	7	0	29	1.21
6583406--6583445	21	1.9	21	84	0	53	40	0	2	57	1.12
6584531--6584566	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
6584743--6584797	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
6584749--6584797	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
6584650--6585120	156	3.0	156	94	0	807	43	3	6	47	1.45
6584919--6584953	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6589343--6589381	16	2.5	16	95	4	71	28	17	7	46	1.76
6595124--6595189	31	2.2	31	80	2	80	60	0	3	36	1.12
6595172--6595218	10	5.0	10	80	15	64	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6595177--6595216	17	2.3	18	86	4	64	70	0	0	30	0.88
6595138--6595248	41	2.7	42	80	10	131	59	0	2	36	1.18
6597407--6597432	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
6604096--6604161	15	4.5	14	69	10	51	37	3	1	57	1.23
6606780--6606805	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
6611359--6611385	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
6617011--6617162	77	2.0	77	96	0	277	42	8	7	40	1.64
6617511--6617588	26	3.3	24	67	22	58	43	1	0	55	1.08
6617443--6617575	56	2.3	57	82	10	155	43	0	3	53	1.16
6617533--6617565	11	3.0	11	91	8	50	42	0	0	57	0.98
6617764--6617809	16	2.9	15	93	6	74	19	32	4	43	1.71
6623581--6623650	30	2.3	30	87	7	97	60	2	2	34	1.26
6624375--6624430	25	2.2	24	81	9	67	25	3	3	67	1.22
6624376--6624434	26	2.2	26	82	11	75	25	3	3	67	1.21
6630672--6630721	24	2.0	25	84	3	66	50	8	14	28	1.70
6631576--6631602	12	2.2	12	100	0	54	33	40	0	25	1.56
6635978--6636007	15	1.9	15	93	6	51	66	10	16	6	1.41
6635965--6636007	16	2.8	16	82	13	54	69	9	16	4	1.31
6635982--6636048	25	2.5	25	79	16	64	70	4	23	1	1.14
6639599--6639716	58	2.0	58	100	0	236	41	15	10	33	1.80
6644747--6644806	19	3.0	20	79	13	54	53	11	0	35	1.38
6644769--6644806	19	2.1	19	90	5	60	55	7	0	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6644829--6644876	11	4.6	10	76	5	51	70	2	4	22	1.15
6651531--6651573	12	3.6	12	83	0	59	44	6	0	48	1.29
6651540--6651576	18	2.1	18	89	0	56	51	5	0	43	1.24
6655691--6655747	29	2.0	30	86	10	84	66	5	24	3	1.28
6659135--6659179	19	2.4	19	85	3	56	2	26	6	64	1.30
6659355--6659908	274	2.0	277	93	2	943	30	18	8	42	1.80
6660018--6660126	46	2.4	46	92	0	173	44	15	15	23	1.85
6660024--6660100	22	3.4	22	67	13	66	41	19	16	22	1.90
6663184--6663211	8	3.5	8	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6667375--6667467	44	2.1	43	84	5	125	23	18	26	31	1.97

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