genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17949306--17949353	23	2.1	23	96	0	87	37	0	18	43	1.51
17951351--17951524	43	4.0	43	91	0	249	21	16	31	30	1.95
17953453--17953521	27	2.7	25	84	4	75	21	27	23	27	1.99
17955307--17955338	13	2.5	13	94	0	55	0	18	46	34	1.49
17958265--17958294	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
17959405--17959472	31	2.3	30	82	5	75	41	8	11	38	1.73
17961664--17961739	30	2.5	30	91	0	125	28	22	7	40	1.82
17961663--17962005	60	5.7	60	76	10	233	24	25	12	38	1.90
17961724--17962005	30	9.4	30	84	5	279	23	25	13	38	1.91
17961694--17962005	90	3.5	89	75	8	317	23	25	13	38	1.91
17961663--17961923	120	2.2	120	86	5	350	24	24	13	37	1.91
17964622--17964663	21	2.0	21	90	9	68	54	14	2	28	1.52
17968484--17968720	48	4.8	48	85	6	296	30	27	17	24	1.97
17968484--17968720	99	2.4	98	83	5	300	30	27	17	24	1.97
17973990--17974083	41	2.3	41	84	0	125	26	21	21	30	1.98
17979875--17979901	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
17981472--17981600	64	2.0	64	98	0	249	33	20	9	36	1.85
18000390--18000421	16	2.0	16	93	0	55	40	25	6	28	1.79
18001038--18001258	60	3.7	60	76	7	234	22	26	14	37	1.92
18001096--18001258	90	1.8	89	89	1	254	22	26	13	37	1.91
18001007--18001258	30	8.4	30	76	5	181	23	25	13	37	1.92
18001528--18001578	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18001737--18001794	30	1.9	31	85	3	82	50	5	18	25	1.68
18018024--18018087	33	1.9	33	96	0	119	39	3	17	40	1.65
18023969--18024063	33	2.9	33	84	4	113	21	11	46	21	1.82
18025586--18025708	16	7.4	16	64	25	60	64	12	1	21	1.36
18025579--18025708	50	2.6	49	93	2	215	62	13	2	21	1.42
18026060--18026097	20	1.9	20	88	0	58	2	26	0	71	1.00
18037217--18037261	21	2.1	21	100	0	90	20	26	17	35	1.95
18037916--18037964	11	4.5	11	81	0	62	67	10	4	18	1.36
18042944--18043008	33	2.0	33	96	0	121	43	24	10	21	1.84
18047277--18047318	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
18053634--18053823	50	3.7	50	81	8	186	28	19	28	23	1.98
18075103--18075351	41	6.1	41	83	1	275	36	14	28	21	1.92
18075158--18075263	20	5.2	20	64	8	61	42	15	26	16	1.87
18075260--18075325	21	3.2	21	66	12	55	34	10	28	25	1.89
18082392--18082498	36	2.9	37	79	16	107	40	17	0	42	1.50
18082455--18082532	25	3.2	25	72	22	74	39	17	0	42	1.50
18083466--18083520	27	2.0	27	100	0	110	29	14	10	45	1.79
18087426--18087465	20	2.0	20	85	0	53	70	7	7	15	1.33
18090089--18090195	3	36.0	3	96	1	198	0	31	0	68	0.90
18094217--18094289	35	2.1	36	94	2	130	45	16	1	36	1.56
18094384--18094462	6	13.2	6	100	0	158	50	16	0	32	1.45
18095630--18095714	17	4.9	17	80	15	102	2	21	0	76	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18095643--18095714	13	5.8	13	80	12	89	2	19	0	77	0.88
18095631--18095702	35	2.1	35	100	0	144	2	19	0	77	0.88
18095630--18095714	35	2.4	34	92	5	143	2	21	0	76	0.90
18097137--18097246	43	2.6	43	80	8	118	42	22	15	19	1.88
18103505--18103559	22	2.5	22	88	5	76	21	12	23	41	1.88
18103738--18103838	52	1.9	52	95	0	184	25	4	21	47	1.71
18103770--18104067	116	2.6	116	97	0	560	27	9	20	42	1.83
18108704--18108895	92	2.1	93	86	5	268	45	4	4	46	1.41
18108838--18108885	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
18109062--18109103	15	2.7	16	82	14	52	50	0	2	47	1.14
18109249--18109339	45	2.0	44	85	2	119	37	28	4	29	1.77
18109320--18109355	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
18109959--18110016	9	6.4	9	87	0	71	27	12	20	39	1.88
18120019--18120083	24	2.7	24	97	0	121	21	29	13	35	1.92
18146653--18146737	27	3.1	27	84	3	109	40	23	8	28	1.83
18146653--18146737	18	4.7	18	84	8	102	40	23	8	28	1.83
18146653--18146737	9	9.4	9	76	10	84	40	23	8	28	1.83
18147917--18147975	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
18153061--18153119	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
18158204--18158249	22	2.1	22	83	0	56	56	13	10	19	1.66
18158269--18158424	82	1.9	82	90	0	249	42	16	17	23	1.89
18160923--18161023	50	2.0	50	94	0	175	30	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18162305--18162354	21	2.4	21	86	3	66	42	20	10	28	1.84
18168843--18168895	18	2.9	18	81	8	63	3	20	0	75	0.96
18168849--18168905	18	3.2	17	80	11	62	5	21	1	71	1.14
18174826--18174933	57	1.9	57	94	0	189	27	14	12	44	1.82
18175255--18175824	189	3.0	189	96	1	1027	34	10	21	33	1.87
18175958--18176060	42	2.5	42	83	0	125	26	19	18	35	1.95
18185419--18185519	50	2.0	50	86	3	141	23	20	12	42	1.87
18185469--18185612	69	2.1	69	85	2	191	25	22	14	38	1.92
18187521--18187580	23	2.8	22	82	9	70	60	8	3	28	1.42
18187546--18187589	23	1.9	23	81	9	54	54	9	2	34	1.44
18187865--18187909	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
18188118--18188187	21	3.5	20	90	3	97	37	12	11	38	1.80
18188131--18188194	19	3.3	19	91	4	92	39	15	9	35	1.80
18188396--18188466	36	2.0	36	94	0	124	40	28	5	25	1.78
18188824--18188874	24	2.1	24	100	0	102	41	3	29	25	1.73
18191200--18191361	51	3.1	51	85	10	234	30	22	15	32	1.95
18191222--18191354	57	2.3	58	94	1	232	27	24	14	34	1.94
18197346--18197722	203	1.9	203	94	1	666	33	20	13	31	1.92
18221518--18221548	15	2.1	14	94	5	53	64	0	0	35	0.94
18223700--18223735	18	2.0	18	88	0	54	66	8	2	22	1.31
18224257--18224321	23	2.7	25	77	15	66	43	3	1	52	1.26
18225432--18225491	32	2.0	31	83	9	79	43	3	0	53	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18226644--18227079	235	1.9	226	81	7	527	34	17	6	40	1.77
18226939--18227171	95	2.5	94	87	2	326	33	17	9	39	1.82
18242089--18242159	36	2.0	36	91	0	115	26	11	14	47	1.77
18243586--18243615	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
18244165--18244212	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
18251980--18252028	20	2.6	19	80	6	55	34	4	16	44	1.66
18254241--18254290	17	2.9	17	93	0	91	42	6	26	26	1.78
18255804--18256201	200	2.0	200	98	0	778	35	17	22	24	1.95
18257977--18258009	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
18267818--18267876	30	2.0	30	100	0	118	40	10	3	45	1.54
18275495--18275584	24	3.7	24	72	7	67	18	28	18	33	1.95
18275542--18275660	24	4.9	24	69	10	80	16	25	20	37	1.93
18277640--18277682	14	3.1	14	80	6	61	37	9	0	53	1.33
18277617--18277781	13	12.5	13	66	10	84	36	15	3	45	1.61
18277627--18277682	27	2.1	26	93	3	94	37	12	0	50	1.41
18277790--18277814	13	1.9	13	100	0	50	24	24	12	40	1.88
18280786--18280852	26	2.6	26	76	4	82	31	20	23	23	1.98
18285182--18285276	31	3.0	31	77	11	93	46	4	2	47	1.33
18288770--18288807	6	6.3	6	100	0	76	0	15	34	50	1.45
18290104--18290146	20	2.2	20	87	8	61	67	0	30	2	1.03
18290118--18290177	15	4.0	15	81	12	70	68	0	31	0	0.90
18290165--18290209	21	2.1	22	83	4	56	51	2	44	2	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18290261--18290298	20	1.9	20	94	0	67	18	2	5	73	1.14
18290478--18290527	16	3.2	16	70	13	50	66	4	8	22	1.35
18290531--18291402	161	5.6	159	85	8	1189	53	8	9	28	1.62
18290841--18291293	145	3.1	142	81	13	472	53	9	8	28	1.62
18290853--18291402	158	3.6	142	80	14	534	53	8	9	28	1.63
18293717--18293762	8	5.9	8	84	5	67	50	26	0	23	1.50
18296641--18296707	20	3.3	20	69	8	55	52	7	5	34	1.54
18296628--18296713	40	2.1	42	87	8	124	52	11	4	31	1.58
18296655--18296803	76	1.9	77	86	4	212	53	12	4	30	1.56
18297013--18297077	24	2.7	23	71	4	58	3	26	0	70	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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