genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57330996--57331158	26	6.0	30	74	18	142	49	14	0	36	1.43
57331130--57331389	133	1.9	138	88	5	404	45	16	1	37	1.55
57331263--57331404	52	2.7	52	90	3	214	47	17	0	34	1.48
57337027--57337066	21	1.9	21	89	0	62	40	15	42	2	1.60
57337362--57337451	43	2.1	43	85	2	119	30	16	22	31	1.96
57337428--57337666	43	5.6	43	70	8	119	30	19	21	28	1.97
57337489--57337668	86	2.1	86	80	2	200	32	19	21	26	1.97
57346081--57346126	24	1.9	24	90	0	74	47	4	6	41	1.49
57346329--57346375	24	2.0	24	100	0	94	40	0	8	51	1.33
57348726--57348948	111	2.0	111	94	0	392	30	13	11	45	1.78
57350570--57350603	16	2.1	16	88	0	50	41	2	11	44	1.56
57350979--57351019	18	2.2	20	82	8	50	31	2	17	48	1.60
57352116--57352150	16	2.2	16	89	0	52	25	17	11	45	1.81
57352617--57352656	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
57356817--57357695	89	9.9	89	91	0	1276	30	17	24	27	1.97
57356817--57357694	444	2.0	444	89	0	1362	30	17	24	27	1.97
57359306--57359339	16	2.1	16	88	0	50	41	2	11	44	1.56
57359712--57359754	20	2.2	20	82	0	50	30	2	16	51	1.57
57368549--57368700	43	3.5	43	86	3	234	25	28	15	30	1.95
57368549--57368722	86	2.0	86	100	0	348	25	29	13	30	1.94
57369070--57369137	21	3.2	21	89	0	109	2	44	19	33	1.66
57369497--57369538	7	6.1	7	86	5	59	45	19	0	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57369499--57369542	20	2.1	21	91	4	72	50	15	0	34	1.45
57369587--57369628	7	6.1	7	80	5	50	47	19	0	33	1.49
57369589--57369632	20	2.1	21	87	4	63	52	15	0	31	1.44
57369472--57369659	90	2.1	90	91	2	306	47	19	5	27	1.72
57369908--57369949	7	6.1	7	80	5	50	42	19	2	35	1.64
57370767--57371017	84	3.0	83	90	3	369	31	20	16	31	1.95
57371528--57371572	21	2.1	21	87	0	63	37	35	0	26	1.57
57371664--57371702	20	1.9	20	89	5	60	38	51	0	10	1.36
57371672--57371707	13	2.6	14	91	4	56	36	52	0	11	1.37
57371748--57371812	25	2.6	25	92	0	112	49	36	0	13	1.43
57371573--57371784	116	1.8	118	79	8	254	45	28	1	24	1.62
57372346--57372637	41	7.1	41	75	7	213	33	26	17	22	1.96
57372346--57372640	82	3.6	81	78	11	280	33	26	17	22	1.96
57372422--57372650	123	1.9	124	82	4	293	32	27	16	24	1.96
57376985--57377504	115	4.5	111	73	13	389	30	18	21	28	1.97
57376935--57377497	228	2.5	229	79	8	578	32	18	21	27	1.97
57377816--57377869	7	7.7	7	77	6	56	18	0	38	42	1.50
57377820--57377870	22	2.4	21	80	3	57	19	0	41	39	1.52
57377785--57377860	29	2.4	34	80	12	90	19	0	35	44	1.51
57378257--57378302	23	2.0	23	83	12	58	45	0	2	52	1.13
57379040--57379135	44	2.2	44	82	0	120	26	33	5	35	1.79
57380768--57380858	32	2.7	34	84	8	123	34	3	2	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57380865--57380920	16	3.3	17	80	9	78	37	16	3	42	1.65
57380870--57380942	34	2.3	33	84	11	91	39	16	2	41	1.63
57380970--57381007	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
57381102--57381137	10	3.7	10	92	3	56	58	13	0	27	1.36
57381112--57381447	95	3.5	95	90	1	496	51	17	2	27	1.60
57381174--57381336	52	3.3	52	63	18	130	46	20	3	30	1.66
57381367--57381395	12	2.4	12	100	0	58	51	17	0	31	1.45
57381467--57381493	12	2.2	12	100	0	54	51	14	0	33	1.43
57381478--57381544	19	3.7	19	79	18	88	50	17	1	29	1.55
57381478--57381627	9	16.9	9	79	13	134	46	22	2	30	1.63
57387082--57387150	21	3.3	20	83	4	75	36	18	42	2	1.66
57387622--57387659	17	2.2	17	95	0	67	42	28	18	10	1.83
57387642--57387892	42	5.9	42	85	3	301	28	20	19	31	1.97
57387665--57387900	85	2.8	84	84	8	298	27	19	19	32	1.96
57390757--57390794	20	2.0	20	89	5	60	13	18	0	68	1.21
57391206--57391259	21	2.7	19	75	13	54	27	1	1	68	1.10
57398350--57398395	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
57398443--57398491	22	2.3	22	85	3	64	28	4	6	61	1.38
57398464--57398543	26	3.1	25	75	10	72	28	6	7	57	1.51
57400069--57400116	25	1.9	25	86	0	69	33	14	16	35	1.89
57405099--57405153	25	2.2	26	78	21	64	32	3	0	63	1.12
57405108--57405184	24	3.1	23	72	22	66	32	1	2	63	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57405108--57405184	25	3.1	24	75	17	77	32	1	2	63	1.16
57410440--57410470	15	2.1	15	93	0	53	51	19	9	19	1.74
57411212--57411311	19	5.3	19	69	15	64	60	3	5	32	1.34
57411153--57411447	9	31.4	9	66	18	97	61	3	2	32	1.26
57411180--57411318	75	1.9	74	83	5	185	63	2	3	30	1.26
57411312--57411360	22	2.3	21	82	3	62	65	6	0	28	1.16
57411297--57411366	29	2.4	27	77	15	68	64	4	0	31	1.13
57411404--57411447	17	2.5	17	92	3	70	70	2	0	27	0.99
57412755--57412804	17	3.1	16	83	11	66	62	2	0	36	1.07
57412754--57412802	8	5.8	9	79	16	52	65	2	0	32	1.04
57412815--57412885	29	2.6	26	76	12	70	63	4	1	30	1.22
57412810--57412885	37	2.1	37	82	9	93	63	3	1	31	1.21
57420783--57420879	10	10.4	9	69	18	56	60	4	3	31	1.31
57421613--57421749	9	14.2	9	67	22	57	32	2	5	59	1.33
57421706--57421766	19	3.4	19	68	20	51	31	0	3	65	1.09
57422647--57422780	39	3.4	39	78	4	144	38	17	20	23	1.94
57423824--57424020	41	4.8	40	72	8	128	25	17	26	30	1.97
57423819--57424005	82	2.3	82	79	1	187	24	16	27	31	1.96
57424772--57424824	14	3.7	14	80	5	61	7	0	41	50	1.30
57428020--57428070	21	2.4	21	90	0	75	35	17	45	1	1.60
57427981--57428156	87	2.0	87	87	0	253	43	18	27	10	1.83
57428504--57428742	43	5.5	43	83	2	282	28	16	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57428728--57428778	26	2.0	25	92	3	84	41	13	23	21	1.89
57433729--57433762	12	2.7	13	90	4	52	73	14	11	0	1.10
57434592--57434631	20	2.1	19	85	4	53	62	7	7	22	1.47
57434659--57434700	19	2.3	18	84	8	59	66	2	0	30	1.04
57434654--57434700	9	5.2	9	85	7	60	63	2	0	34	1.06
57434732--57435552	77	10.7	78	84	4	929	29	16	19	34	1.94
57434740--57435550	232	3.5	227	83	5	964	29	16	19	34	1.94
57434732--57435552	155	5.3	153	83	4	958	29	16	19	34	1.94
57435719--57435856	30	4.7	29	83	6	152	35	23	2	38	1.67
57436197--57436225	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
57436891--57436945	18	3.1	17	80	12	58	34	7	10	47	1.66
57436891--57436939	17	2.9	18	85	8	59	30	8	12	48	1.69
57445209--57445285	25	3.1	25	71	1	66	37	20	23	18	1.94
57445408--57445457	26	2.0	25	88	4	73	38	22	22	18	1.94
57446458--57446498	17	2.4	18	80	8	50	26	12	0	60	1.31
57447062--57447107	20	2.2	21	88	3	67	34	2	0	63	1.07
57460319--57460359	21	2.0	21	85	9	57	24	19	9	46	1.80
57462398--57462443	24	1.9	24	82	8	58	52	8	0	39	1.33
57462510--57462662	80	1.9	79	90	1	243	41	13	4	40	1.64
57473743--57473793	20	2.6	20	84	3	59	60	1	0	37	1.08
57473738--57473794	9	6.0	10	73	17	50	56	1	0	42	1.10
57482663--57482705	14	3.1	14	86	3	52	83	4	2	9	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57483753--57485107	100	13.6	100	87	2	1019	25	19	21	32	1.97
57483804--57485107	50	26.2	50	76	5	307	25	19	21	32	1.97
57484031--57485120	249	4.4	248	83	4	1261	27	18	20	33	1.96
57484030--57485120	100	10.9	99	90	2	1243	27	18	20	33	1.96
57484381--57485123	198	3.7	198	91	1	801	27	18	20	33	1.96
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57485205--57485877	88	7.6	88	94	0	1114	24	23	24	27	2.00
57485305--57485877	44	13.0	44	64	23	217	24	24	23	28	2.00
57488313--57488346	16	2.1	16	88	5	50	2	2	14	79	0.97
57490461--57490523	31	2.0	31	93	0	108	33	22	25	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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