genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27324699--27324739	14	3.0	14	83	13	50	51	17	2	29	1.58
27338674--27338867	51	3.8	52	78	10	204	25	16	27	29	1.97
27338874--27339083	42	5.0	42	74	11	173	20	15	24	39	1.91
27338874--27339087	84	2.5	84	89	1	322	21	15	24	38	1.92
27343626--27343837	53	4.0	52	77	10	189	41	17	16	23	1.90
27343597--27343748	79	1.9	78	81	4	180	42	17	15	23	1.88
27343610--27343837	105	2.2	105	86	3	316	40	18	17	23	1.91
27343605--27343816	79	2.7	79	75	11	177	41	18	16	23	1.90
27343597--27343837	26	9.2	26	77	10	206	40	17	17	23	1.91
27344525--27344568	21	2.0	22	86	4	63	34	20	4	40	1.73
27351395--27351442	23	2.1	23	84	7	62	10	31	10	47	1.71
27351935--27352115	26	6.9	26	73	9	102	40	17	16	25	1.90
27351965--27352177	80	2.7	80	77	11	247	40	17	16	25	1.90
27351966--27352165	106	1.9	105	85	5	278	41	17	15	26	1.89
27355894--27355937	22	2.0	22	81	0	52	59	4	2	34	1.30
27361849--27361884	15	2.5	15	90	4	56	38	0	50	11	1.38
27361853--27361884	7	4.2	8	88	11	50	37	0	50	12	1.41
27386902--27386938	8	4.6	8	96	0	65	32	2	0	64	1.07
27387265--27387300	18	2.0	18	100	0	72	61	0	5	33	1.19
27387386--27387418	16	2.1	16	100	0	66	36	39	6	18	1.75
27390870--27390903	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
27391963--27392062	51	2.0	50	84	7	130	26	27	1	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27394438--27394563	21	5.7	21	68	25	66	39	36	0	23	1.55
27394445--27394498	15	3.7	15	70	25	53	42	35	0	22	1.54
27394439--27394562	27	4.2	27	78	17	140	39	37	0	23	1.55
27395577--27396143	125	4.5	126	87	2	770	29	21	16	31	1.96
27395577--27396143	250	2.3	250	91	0	909	29	21	16	31	1.96
27398674--27398719	24	1.9	24	95	0	83	54	10	0	34	1.36
27399909--27399958	26	1.9	25	84	15	66	34	4	10	52	1.54
27400598--27400664	34	1.9	35	84	3	91	43	14	10	31	1.80
27401062--27401151	6	15.0	6	91	0	135	51	21	0	27	1.48
27405628--27405693	29	2.2	29	82	12	73	48	7	15	28	1.72
27409851--27409897	16	3.1	16	72	12	53	48	0	0	51	1.00
27410109--27410141	15	2.2	15	100	0	66	30	6	6	57	1.47
27410629--27410676	17	2.5	20	80	16	66	39	0	0	60	0.97
27415470--27415518	24	2.0	24	100	0	98	28	16	20	34	1.94
27419400--27419436	17	2.1	18	90	5	58	13	29	43	13	1.82
27421015--27421119	44	2.5	42	84	6	122	22	20	28	27	1.99
27422958--27423258	150	2.0	150	97	0	566	31	7	20	40	1.80
27429278--27429310	14	2.4	14	100	0	66	33	30	18	18	1.94
27430802--27430826	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
27431091--27431280	98	1.9	98	93	0	326	27	10	24	37	1.88
27442553--27443025	44	10.8	43	69	14	268	30	18	25	25	1.98
27442479--27443063	132	4.4	132	95	0	1053	30	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27443393--27443425	14	2.4	14	100	0	66	33	30	18	18	1.94
27443718--27443768	15	3.1	16	86	10	68	19	5	1	72	1.15
27444927--27444951	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
27445215--27445404	98	1.9	98	91	4	312	27	11	23	37	1.89
27455423--27455861	195	2.3	185	82	7	483	31	8	14	45	1.76
27456597--27456663	30	2.3	31	82	7	77	41	11	4	41	1.62
27463121--27463188	27	2.5	27	90	0	100	27	26	16	29	1.97
27466927--27466976	26	1.9	26	91	0	82	28	12	14	46	1.79
27469312--27469369	20	3.0	20	82	2	64	36	0	17	46	1.48
27476360--27476406	16	3.0	16	87	3	69	17	14	36	31	1.90
27492694--27492914	40	5.6	40	83	3	214	24	20	28	26	1.99
27492772--27492951	79	2.3	80	79	5	188	25	20	28	26	1.99
27497204--27497249	23	2.0	22	83	4	56	41	17	2	39	1.62
27503586--27503726	76	1.9	76	81	3	176	24	19	20	35	1.96
27503596--27503762	36	4.5	36	71	5	109	22	20	22	34	1.97
27508094--27508146	6	9.0	6	97	2	99	15	0	16	67	1.23
27513906--27513946	21	2.0	21	95	0	73	24	19	2	53	1.57
27515384--27515424	20	2.0	20	90	0	64	48	4	14	31	1.65
27518469--27518802	163	2.0	162	96	1	614	42	8	21	27	1.81
27520603--27520786	101	1.8	101	85	4	264	35	17	16	30	1.92
27521974--27522200	85	2.7	83	81	6	249	21	26	30	21	1.98
27526199--27526463	131	2.0	131	93	0	449	44	11	14	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27534060--27534689	75	8.4	75	81	1	645	36	17	23	22	1.94
27534060--27534689	224	2.8	224	82	1	706	36	17	23	22	1.94
27534655--27534778	61	2.0	61	81	6	144	37	18	19	25	1.94
27541282--27541316	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
27541330--27541358	5	5.8	5	100	0	58	62	20	0	17	1.33
27556559--27556620	31	2.0	31	100	0	124	16	32	19	32	1.94
27560682--27560767	37	2.3	37	82	9	113	38	31	16	13	1.88
27563771--27563818	21	2.3	21	85	3	62	27	6	8	58	1.51
27564252--27564276	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27564235--27564307	20	3.6	21	76	12	80	43	0	0	56	0.99
27566070--27566105	16	2.2	16	100	0	72	33	5	0	61	1.19
27567242--27567317	31	2.5	29	77	12	82	53	5	3	36	1.42
27570771--27571819	346	3.0	347	98	0	2001	49	14	16	19	1.79
27575380--27575431	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
27577975--27578047	35	2.1	35	92	0	119	60	10	12	16	1.59
27581402--27581548	43	3.5	43	78	8	167	28	23	15	31	1.95
27587328--27587463	50	2.7	51	86	5	195	22	29	23	25	1.99
27597875--27597990	61	1.9	58	86	5	160	50	4	3	42	1.39
27598036--27598068	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
27598347--27598414	19	3.5	19	78	11	66	19	25	16	39	1.91
27599865--27599960	49	2.0	49	91	0	156	26	26	5	42	1.76
27601164--27601321	73	2.2	73	95	0	280	31	24	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27602620--27602652	15	2.2	15	94	0	57	30	6	0	63	1.18
27608735--27608774	22	1.9	21	85	10	55	45	0	0	55	0.99
27608919--27608951	16	1.9	18	88	11	52	54	6	0	39	1.25
27610895--27610930	12	3.0	12	91	0	54	33	5	2	58	1.36
27611128--27611183	9	6.3	9	76	13	55	25	1	1	71	1.05
27618190--27618244	3	19.0	3	75	20	55	63	3	0	32	1.12
27618191--27618299	11	9.2	11	72	18	69	65	3	2	28	1.24
27618224--27618305	42	2.1	40	80	15	91	65	2	3	28	1.22
27625454--27625496	22	2.0	22	85	0	59	18	25	20	34	1.96
27627823--27627847	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27629008--27629054	20	2.4	19	76	13	51	59	6	6	27	1.46
27630718--27630825	53	2.0	53	87	3	155	52	9	4	33	1.54
27632797--27632917	63	1.9	63	89	0	188	27	24	22	25	2.00
27632808--27632942	63	2.1	63	84	0	171	25	26	22	24	2.00
27635910--27635945	15	2.5	14	86	8	54	38	0	2	58	1.13
27636064--27636105	17	2.5	17	77	14	50	52	0	7	40	1.29
27637401--27637426	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
27637409--27637464	26	2.2	26	86	0	76	30	0	3	66	1.09
27641429--27641476	21	2.3	20	85	3	60	31	2	2	64	1.16
27653343--27653952	105	5.8	105	86	0	781	30	18	16	34	1.93
27653343--27653937	315	1.9	315	88	1	897	30	18	16	34	1.93
27661271--27661334	9	7.2	9	91	1	85	25	10	23	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27664459--27664517	29	2.0	30	93	3	102	55	13	3	27	1.54
27665391--27665487	27	3.6	27	72	10	83	71	6	1	21	1.14
27665454--27665487	15	2.4	14	90	9	59	79	5	0	14	0.91
27665726--27665760	18	1.9	18	94	0	61	34	0	5	60	1.21
27666394--27666480	42	2.1	42	100	0	174	29	18	14	36	1.91
27669778--27669899	64	1.9	64	82	0	154	36	24	19	19	1.95
27680385--27680457	26	2.8	26	83	4	76	42	12	16	28	1.84
27683121--27683308	34	5.5	34	81	0	205	24	11	28	36	1.90
27683121--27683308	68	2.8	67	82	3	232	24	11	28	36	1.90
27691924--27692003	41	2.0	41	82	5	99	45	21	12	21	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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