genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59950004--59950059	28	2.0	28	96	0	103	33	25	12	28	1.92
59956310--59956377	31	2.2	31	82	10	86	32	5	4	57	1.43
59958716--59958759	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
59959898--59960234	138	2.5	136	91	2	516	42	8	5	44	1.56
59961558--59961590	11	2.8	12	86	9	50	48	0	0	51	1.00
59976836--59976876	19	2.2	19	91	8	66	29	4	0	65	1.13
59977287--59977387	40	2.5	40	82	6	116	35	0	5	57	1.30
59978013--59978057	23	1.9	23	90	4	72	51	0	4	44	1.21
59980496--59980554	22	2.6	22	86	7	75	35	6	1	55	1.36
59983151--59983181	15	2.0	16	93	6	55	38	25	16	19	1.92
59984779--59984883	52	2.0	52	86	0	147	32	20	18	28	1.96
59996716--59996770	23	2.4	23	82	11	76	25	25	5	43	1.76
59997283--59997399	22	4.9	23	65	14	67	41	2	1	54	1.24
59997273--59997411	74	1.9	75	93	1	244	43	2	2	52	1.25
59997381--59997414	15	2.2	16	89	5	52	41	0	2	55	1.15
60000110--60000231	54	2.3	54	79	0	145	26	19	24	29	1.99
60001780--60001817	6	6.3	6	100	0	76	18	0	47	34	1.49
60003305--60003333	5	5.8	5	100	0	58	0	41	0	58	0.98
60008751--60008776	7	3.7	7	100	0	52	42	15	0	42	1.47
60012240--60012350	20	5.3	20	68	23	68	44	0	0	54	1.12
60012248--60012314	16	3.9	16	70	16	53	47	0	1	50	1.10
60012276--60012350	19	3.8	18	81	15	78	40	1	1	57	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60013402--60013438	20	1.9	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
60014980--60015012	15	2.1	16	94	5	59	66	0	0	33	0.92
60044145--60044196	22	2.4	22	93	0	86	25	5	26	42	1.77
60048613--60048667	16	3.4	16	73	19	51	14	1	5	78	1.02
60048684--60048712	15	1.9	15	100	0	58	31	6	0	62	1.22
60056683--60056711	8	3.6	8	100	0	58	34	0	0	65	0.93
60062348--60062381	14	2.4	14	90	5	50	41	5	5	47	1.52
60062348--60062381	15	2.3	15	90	10	52	41	5	5	47	1.52
60073314--60073565	121	2.1	124	90	2	402	30	16	22	30	1.96
60076052--60076150	26	3.9	26	82	11	116	32	1	24	42	1.61
60076216--60076268	21	2.8	17	72	22	52	32	1	16	49	1.57
60076388--60076453	18	3.6	18	73	15	64	30	0	15	54	1.41
60076364--60076476	57	2.0	55	83	14	142	29	0	14	56	1.38
60076385--60076495	41	2.9	37	83	15	122	29	0	14	55	1.39
60076183--60076519	20	16.1	19	71	21	143	29	0	18	50	1.51
60076421--60076583	23	7.1	23	74	21	130	30	0	21	48	1.50
60078709--60078742	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
60078841--60078895	28	2.0	28	89	7	85	61	1	0	36	1.06
60078937--60078978	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
60078950--60079008	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
60078928--60079030	52	2.0	51	85	9	138	34	0	33	32	1.58
60078980--60079070	22	4.2	22	82	12	116	40	0	28	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60078980--60079063	44	1.9	44	90	4	134	39	0	29	30	1.57
60080207--60080231	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
60098372--60098988	192	3.2	192	96	0	1117	31	13	20	34	1.92
60098946--60099200	91	2.9	86	82	9	266	27	18	18	36	1.93
60098946--60099203	85	2.9	87	80	11	280	27	17	17	37	1.93
60099321--60099687	52	7.0	51	90	7	510	29	16	17	36	1.92
60099333--60099687	158	2.2	160	94	2	626	30	16	18	35	1.92
60099313--60099687	106	3.5	106	88	8	561	29	16	17	37	1.91
60099959--60100060	30	3.4	30	80	2	116	29	23	2	44	1.68
60100616--60100689	12	6.4	12	75	14	50	81	0	16	2	0.81
60100610--60100682	17	4.1	17	70	18	58	79	0	19	1	0.81
60100670--60100696	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
60101360--60101394	18	1.9	18	88	0	52	25	11	14	48	1.77
60101403--60101464	23	2.6	25	82	12	94	43	4	11	40	1.62
60101373--60101464	23	4.2	22	74	15	84	43	6	10	39	1.66
60101489--60101595	18	5.6	18	71	20	92	30	11	11	46	1.74
60101498--60101588	43	2.1	43	87	4	130	25	12	13	49	1.76
60112333--60112389	26	2.2	26	87	0	78	47	3	5	43	1.43
60115315--60115356	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
60119494--60119531	19	2.0	19	100	0	76	21	31	5	42	1.75
60128827--60128882	24	2.3	23	81	6	67	50	5	14	30	1.65
60129490--60129543	23	2.5	22	84	6	65	57	7	3	31	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60129493--60129563	3	23.3	3	71	8	54	60	5	2	30	1.34
60130025--60130057	11	3.1	11	91	4	50	48	0	51	0	1.00
60130505--60130556	22	2.4	22	90	3	79	11	3	53	30	1.54
60131293--60131535	128	1.9	127	89	5	384	35	17	16	29	1.93
60131419--60131612	71	2.7	72	91	4	295	36	18	17	28	1.93
60131493--60131722	121	1.9	123	93	1	401	34	18	16	30	1.93
60131286--60131797	199	2.6	197	89	6	771	35	18	17	28	1.94
60131616--60132146	139	3.8	139	87	9	780	32	21	17	29	1.96
60131616--60132149	72	7.6	71	89	8	803	32	21	17	29	1.96
60131419--60132153	331	2.1	344	85	9	1024	33	20	17	29	1.95
60131970--60132325	190	1.8	197	85	5	503	33	20	16	29	1.95
60144241--60144297	24	2.3	24	79	8	62	49	5	15	29	1.67
60144899--60144952	23	2.5	22	84	6	65	57	7	3	31	1.44
60144902--60144972	3	23.3	3	71	8	54	60	5	2	30	1.34
60145916--60145966	22	2.4	20	87	12	75	15	3	49	31	1.63
60148224--60148315	22	4.2	22	87	5	141	30	29	0	40	1.57
60148400--60148456	27	2.0	27	86	6	78	40	0	3	56	1.17
60148536--60148565	7	4.4	7	95	4	53	43	0	0	56	0.99
60148561--60148594	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
60152369--60152603	123	1.9	124	90	3	375	31	22	14	30	1.94
60152359--60152623	123	2.1	124	86	2	372	30	22	15	30	1.95
60156428--60156458	16	2.0	16	93	6	55	67	6	6	19	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60158853--60159146	111	2.5	113	86	7	376	19	37	15	27	1.92
60159304--60159398	30	3.2	30	86	0	109	16	51	8	23	1.71
60159328--60159413	30	2.9	30	85	0	82	20	53	6	18	1.67
60159718--60159919	93	2.2	93	90	3	309	19	34	13	32	1.91
60173038--60173074	16	2.2	17	90	9	58	51	0	2	45	1.15
60177854--60177919	31	2.1	31	91	5	107	42	7	12	37	1.71
60177860--60177926	31	2.2	31	86	5	91	46	7	11	34	1.69
60179407--60179455	25	2.0	25	84	8	64	51	4	6	38	1.46
60187931--60187955	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
60192104--60192339	67	3.6	66	87	2	314	25	10	7	55	1.60
60198814--60198865	19	2.9	18	72	13	54	61	3	0	34	1.14
60207552--60207604	21	2.4	22	78	18	56	56	0	24	18	1.42
60210687--60210725	20	2.0	20	85	5	53	56	5	7	30	1.49
60211077--60211167	17	5.4	17	69	23	66	43	3	2	50	1.30
60214839--60214878	20	2.0	20	90	0	62	70	0	2	27	1.01
60216825--60216851	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
60221289--60221491	90	2.2	90	81	6	232	37	17	20	24	1.94
60230924--60230953	7	4.3	7	95	0	51	46	0	0	53	1.00
60231067--60231099	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
60231269--60231310	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
60231278--60231319	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
60231304--60231491	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60231272--60231564	120	2.4	121	95	1	518	50	5	2	42	1.37
60231388--60231439	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
60231580--60231787	91	2.3	90	89	4	317	46	4	3	45	1.41
60231605--60231747	44	3.2	43	67	16	110	47	3	2	46	1.34
60231630--60231768	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
60235043--60235068	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60235153--60235191	17	2.4	17	91	4	62	48	5	12	33	1.63
60235568--60235592	12	2.1	12	100	0	50	40	20	0	40	1.52
60240313--60240377	34	1.9	34	84	6	87	27	16	24	30	1.97
60242341--60242365	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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