genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20570731--20570767	16	2.3	16	95	0	65	18	35	35	10	1.86
20570850--20570878	13	2.3	13	94	5	51	82	13	0	3	0.79
20572007--20572057	19	2.9	17	78	16	59	13	3	5	76	1.11
20572276--20572344	3	23.0	3	86	5	95	28	1	1	68	1.07
20577637--20577859	108	2.1	109	86	0	304	26	17	8	48	1.74
20578332--20578389	24	2.4	24	91	2	89	36	13	22	27	1.92
20578692--20578890	88	2.3	88	81	0	236	31	17	22	29	1.96
20579129--20579172	21	2.1	21	86	0	61	38	6	34	20	1.79
20579153--20579293	52	2.7	52	77	1	149	30	17	25	26	1.97
20579312--20579751	44	9.8	44	72	10	273	30	19	21	29	1.98
20579312--20579697	89	4.3	89	71	11	293	30	20	21	28	1.98
20579312--20579697	139	2.8	134	75	10	390	30	20	21	28	1.98
20581229--20581279	19	2.9	17	78	16	59	13	3	5	76	1.11
20581474--20581520	3	16.0	3	80	12	53	27	2	0	70	0.99
20581478--20581525	12	4.1	11	83	5	51	25	2	0	72	0.95
20582426--20582464	16	2.5	16	87	4	53	64	0	12	23	1.28
20582539--20582627	28	3.2	28	93	3	144	49	0	17	32	1.47
20582567--20582617	17	3.4	17	65	30	51	47	0	17	35	1.48
20582674--20582717	18	2.4	18	88	7	63	63	4	15	15	1.46
20582751--20582811	22	2.8	22	87	2	88	57	0	18	24	1.40
20582539--20582814	5	52.4	5	68	21	72	55	1	15	27	1.49
20590231--20590265	16	2.2	16	89	0	52	20	2	2	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20592277--20592313	17	2.2	17	100	0	74	27	21	5	45	1.73
20593606--20593649	17	2.6	17	81	0	61	40	15	4	38	1.68
20595109--20595161	27	2.0	27	81	7	63	47	24	5	22	1.73
20596563--20596600	19	2.0	20	89	5	60	34	5	7	52	1.53
20609026--20609116	44	2.1	44	83	4	112	34	20	19	25	1.97
20609170--20609683	44	11.0	43	69	17	255	31	18	21	27	1.97
20609028--20609740	142	5.0	142	94	0	1210	33	18	21	27	1.96
20609170--20609685	98	5.5	91	67	19	283	31	18	22	27	1.97
20609869--20609909	20	2.0	20	100	0	82	36	19	29	14	1.92
20610216--20610268	27	2.0	27	81	7	63	47	24	5	22	1.73
20611660--20611697	19	2.0	20	89	5	60	34	5	7	52	1.53
20616764--20617366	236	2.6	233	82	5	660	31	21	15	30	1.95
20619341--20619687	145	2.4	147	81	4	407	38	8	8	43	1.68
20619727--20619790	25	2.6	24	82	4	83	28	3	12	56	1.51
20621019--20621043	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
20622910--20622949	19	2.1	19	100	0	80	52	15	0	32	1.43
20624746--20624810	25	2.6	25	92	0	103	27	26	23	23	2.00
20625811--20625897	41	2.1	41	100	0	174	32	16	9	42	1.79
20631974--20632013	21	1.9	21	89	0	62	80	7	2	10	1.00
20631980--20632040	22	2.9	21	75	9	61	75	8	8	8	1.19
20632979--20633042	7	9.4	7	82	17	82	68	0	15	15	1.21
20632991--20633032	6	6.7	6	89	10	66	71	0	14	14	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20632983--20633033	13	3.8	13	97	2	93	72	0	13	13	1.12
20634297--20634660	80	4.5	80	74	10	360	31	19	23	25	1.98
20634457--20634580	43	2.9	43	97	0	230	31	20	23	24	1.98
20634377--20634703	166	2.0	166	93	1	566	31	20	23	24	1.98
20634253--20634722	123	3.8	123	71	9	436	31	20	23	25	1.98
20640035--20640083	24	2.0	24	100	0	98	24	51	0	24	1.49
20643452--20643558	53	2.0	53	100	0	214	31	16	20	30	1.95
20655223--20655253	16	1.9	16	93	0	53	58	9	6	25	1.54
20656846--20656885	15	2.7	15	84	7	55	77	5	2	15	1.04
20658718--20658767	13	3.8	13	86	5	73	34	4	0	62	1.14
20658712--20658776	27	2.4	28	86	5	96	33	4	0	61	1.16
20661519--20661579	7	8.1	8	78	17	53	63	1	21	13	1.37
20661530--20661579	13	3.6	14	83	8	66	66	0	22	12	1.24
20662821--20663359	88	6.1	88	87	0	702	25	23	25	24	2.00
20662855--20663359	45	11.4	45	68	10	290	25	23	26	24	2.00
20663354--20663484	44	3.0	43	81	8	147	30	20	25	23	1.99
20663626--20663782	44	3.6	43	78	7	129	27	19	23	29	1.98
20663801--20663895	44	2.1	45	84	1	120	27	22	26	24	2.00
20663918--20664026	50	2.2	50	83	3	130	35	22	16	24	1.95
20665913--20665961	12	3.8	13	84	12	66	32	4	0	63	1.13
20665908--20665960	26	2.0	27	89	10	83	33	1	0	64	1.05
20665915--20665970	26	2.2	26	83	6	69	32	5	0	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20667260--20667351	2	46.5	2	74	6	62	52	0	6	41	1.27
20667268--20667358	30	3.2	29	74	15	91	54	0	5	39	1.23
20667260--20667358	26	3.8	25	77	14	85	53	0	6	40	1.26
20670399--20670432	14	2.4	14	86	13	52	85	0	8	5	0.75
20670401--20670441	19	2.2	18	86	4	55	85	0	9	4	0.73
20670934--20670963	15	2.0	15	93	0	51	13	0	36	50	1.42
20679479--20679520	9	4.8	9	91	5	68	14	7	0	78	0.95
20679478--20679520	17	2.4	18	88	3	70	16	6	0	76	0.99
20684264--20684311	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
20690584--20690611	6	4.7	6	100	0	56	0	0	35	64	0.94
20693432--20693478	22	2.2	22	85	7	62	59	8	4	27	1.45
20696639--20696755	46	2.5	46	97	0	216	35	19	17	28	1.94
20696745--20696770	13	2.0	13	100	0	52	23	15	38	23	1.92
20696782--20697098	44	7.0	44	76	7	251	31	19	21	27	1.97
20696978--20697112	44	3.1	45	80	6	134	27	15	23	33	1.95
20707201--20707331	39	3.4	38	72	8	113	31	16	16	35	1.91
20707300--20707405	39	2.7	39	86	5	169	26	16	24	32	1.97
20707403--20707430	12	2.3	12	100	0	56	53	0	0	46	1.00
20711200--20711232	16	1.9	18	88	11	52	54	9	0	36	1.32
20714935--20714994	23	2.5	24	86	5	77	45	6	5	43	1.52
20719757--20719797	8	5.2	8	91	2	57	34	2	9	53	1.47
20719803--20719837	18	1.9	18	88	0	52	25	0	28	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20723439--20723469	16	1.9	16	93	0	53	19	6	35	38	1.77
20724659--20724718	31	2.0	30	83	9	77	50	5	3	41	1.41
20725166--20725192	14	1.9	14	100	0	54	66	22	0	11	1.22
20725663--20725724	24	2.5	24	81	2	70	37	20	8	33	1.83
20731677--20731722	22	2.1	23	84	8	60	2	32	2	63	1.19
20736227--20736251	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
20737748--20737782	15	2.3	15	95	0	61	11	2	25	60	1.45
20747280--20747320	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
20748154--20748180	10	2.7	10	100	0	54	7	18	29	44	1.77
20767779--20767831	24	2.2	24	80	9	65	33	7	5	52	1.53
20771402--20771481	27	3.0	27	83	1	99	37	10	25	27	1.88
20772462--20772499	19	2.0	19	100	0	76	31	0	26	42	1.56
20779987--20780016	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
20781837--20781870	16	2.1	16	88	0	50	23	23	0	52	1.47
20784226--20784360	29	4.7	29	81	0	144	35	22	14	26	1.93
20784226--20784360	58	2.3	58	81	0	162	35	22	14	26	1.93
20787338--20787493	31	5.1	31	74	14	144	33	6	17	41	1.75
20787292--20787513	92	2.4	92	91	0	356	32	6	18	42	1.76
20787522--20787587	31	2.1	31	86	5	89	30	9	13	46	1.74
20789949--20789973	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
20803198--20803243	22	2.1	22	95	0	83	34	2	41	21	1.66
20805173--20805493	27	11.9	27	82	2	349	43	20	18	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20805854--20805943	28	3.2	28	82	1	99	26	20	23	30	1.98
20808262--20808321	31	1.9	32	82	3	77	20	20	5	55	1.62
20822508--20822604	35	2.7	35	90	1	140	17	11	29	41	1.84
20824957--20825153	109	1.8	109	97	0	376	35	8	21	35	1.83
20827386--20827468	25	3.3	25	91	3	123	39	22	21	15	1.91
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20831690--20831731	21	2.0	22	90	4	68	57	4	2	35	1.33
20832485--20832530	19	2.6	18	80	12	60	28	2	0	69	1.00
20832520--20832550	10	3.1	10	100	0	62	19	0	0	80	0.71
20832485--20832553	18	3.8	18	70	20	54	27	1	0	71	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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