genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16953534--16953703	59	2.9	59	98	0	322	40	5	9	44	1.59
16953770--16953813	22	1.9	24	86	9	65	59	2	2	36	1.23
16954288--16954317	5	5.8	5	96	4	51	20	0	0	80	0.72
16955887--16955929	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
16956302--16956422	59	2.1	59	87	3	172	31	3	9	56	1.47
16957556--16957616	30	2.0	30	83	0	77	21	32	31	14	1.93
16963928--16963952	9	2.8	9	100	0	50	84	8	0	8	0.79
16964776--16964833	30	1.9	30	92	0	98	25	29	31	13	1.94
16970865--16970942	41	1.9	41	91	0	129	32	15	6	46	1.71
16974410--16974448	19	2.1	19	95	0	69	28	0	0	71	0.86
16974409--16974457	19	2.7	19	81	6	66	32	0	0	67	0.91
16981836--16981951	57	2.0	59	93	3	200	54	9	12	24	1.66
16984739--16984826	31	2.9	31	81	6	108	39	4	13	42	1.65
16984740--16984871	61	2.1	62	81	1	149	43	6	12	37	1.68
16987223--16987251	9	3.2	9	100	0	58	55	0	0	44	0.99
16987210--16987276	34	2.0	35	85	11	95	52	1	0	46	1.09
16987210--16987276	33	2.0	34	85	11	93	52	1	0	46	1.09
16987242--16987290	25	2.0	25	84	4	64	51	2	2	44	1.24
16988798--16988825	9	3.1	9	100	0	56	67	0	21	10	1.20
16989584--16989628	17	2.6	17	80	10	56	73	8	6	11	1.25
16989670--16989705	18	2.0	18	88	0	54	22	30	5	41	1.76
16990068--16990123	28	2.0	28	89	0	85	44	5	10	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16992434--16992559	38	3.2	38	69	20	114	47	5	9	37	1.60
16992411--16992571	80	2.0	80	96	0	295	45	7	9	37	1.66
16993303--16993351	23	2.1	23	82	14	57	55	6	8	30	1.54
17004518--17004576	29	2.0	29	100	0	118	59	10	3	27	1.46
17004625--17004671	23	2.0	23	87	8	67	57	0	2	40	1.11
17004952--17004998	22	2.1	23	84	11	62	44	4	12	38	1.62
17007646--17007672	9	3.0	9	100	0	54	44	0	33	22	1.53
17008332--17008356	10	2.5	10	100	0	50	72	0	20	8	1.10
17008473--17008748	101	2.7	102	83	4	335	26	14	26	31	1.95
17013481--17013705	109	2.1	109	97	0	423	28	20	18	32	1.96
17017511--17017566	27	2.1	27	96	0	103	37	12	14	35	1.84
17017595--17017641	6	7.8	6	95	0	67	57	0	25	17	1.40
17041822--17041860	21	2.0	21	85	10	55	35	20	17	25	1.95
17048019--17048070	26	2.0	26	96	0	95	38	17	11	32	1.85
17050312--17050349	20	1.9	20	88	0	58	63	23	13	0	1.30
17055200--17055315	54	2.1	55	81	10	132	22	22	33	21	1.97
17063607--17063655	25	2.0	25	87	0	71	32	46	6	14	1.69
17065610--17065753	52	2.8	52	93	0	234	47	9	9	34	1.67
17070172--17070534	40	9.1	40	84	3	437	15	30	17	36	1.92
17070181--17070435	20	12.8	20	64	10	101	15	29	16	38	1.90
17070503--17070559	20	2.8	20	74	10	62	10	33	24	31	1.89
17075148--17075187	21	1.9	21	85	10	55	57	0	12	30	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17089972--17090262	93	3.1	94	81	12	395	51	4	1	42	1.32
17090155--17090376	119	1.9	118	94	1	390	52	4	0	41	1.29
17089946--17090335	59	6.4	60	67	17	218	50	4	1	43	1.30
17091063--17091121	30	2.0	30	96	0	109	45	15	20	18	1.85
17101747--17101827	37	2.2	37	90	0	126	39	27	16	17	1.90
17115655--17115748	42	2.2	42	84	1	125	35	25	10	28	1.89
17115655--17115880	48	5.0	42	80	10	146	30	24	15	28	1.96
17115709--17115893	48	3.9	48	86	2	232	30	24	16	28	1.97
17115710--17115898	95	2.0	95	85	4	256	30	23	16	29	1.96
17122067--17122157	24	3.8	25	72	8	82	16	24	23	36	1.94
17125286--17125319	6	5.7	6	96	0	50	58	0	23	17	1.38
17133449--17133537	19	4.7	19	75	0	79	34	26	16	21	1.95
17133442--17133537	38	2.5	38	81	0	102	34	27	17	20	1.95
17143852--17143903	20	2.6	20	87	0	68	40	5	15	38	1.71
17174754--17174977	40	5.6	40	84	4	211	24	20	28	25	1.99
17174806--17174975	40	4.3	40	90	0	216	24	21	28	25	1.99
17174828--17175010	79	2.3	80	80	1	208	25	20	28	25	1.99
17179638--17179900	45	5.9	45	84	0	276	37	17	20	25	1.93
17179606--17179796	90	2.1	89	82	0	220	38	14	21	25	1.91
17179643--17179900	134	1.9	134	84	1	338	37	17	20	25	1.93
17179665--17179877	89	2.4	90	85	1	284	38	15	19	26	1.92
17190968--17191068	50	2.0	50	90	3	159	27	8	20	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17192665--17192689	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
17215628--17215673	19	2.5	19	82	6	60	45	0	4	50	1.21
17216837--17216879	14	3.1	14	79	0	50	9	9	2	79	1.03
17230761--17230916	25	6.4	24	81	9	174	24	24	17	33	1.97
17230761--17230916	49	3.2	48	83	6	172	24	24	17	33	1.97
17230761--17230916	73	2.1	74	85	3	208	24	24	17	33	1.97
17230781--17230932	49	3.1	49	83	4	155	25	25	17	31	1.97
17230789--17230936	25	6.0	25	77	12	99	26	25	16	31	1.97
17233122--17233160	20	1.9	21	89	5	62	30	15	2	51	1.57
17238106--17238135	15	2.0	15	93	0	51	6	23	20	50	1.71
17239165--17239201	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
17241219--17241253	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17241112--17241395	120	2.4	120	90	2	446	44	1	4	48	1.34
17241339--17241373	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17241339--17241393	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
17241609--17241676	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
17243536--17243782	41	5.8	41	83	9	305	28	28	21	21	1.98
17243674--17243782	42	2.6	41	91	2	173	29	30	21	19	1.97
17243842--17243957	40	2.9	39	78	6	108	21	20	23	34	1.97
17243964--17243989	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
17249385--17249483	11	9.2	11	68	16	55	66	7	3	23	1.30
17260953--17261009	21	2.8	20	80	15	64	70	1	3	24	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17260952--17261009	20	2.9	19	76	16	64	70	1	3	24	1.12
17263839--17263917	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
17264036--17264566	47	10.8	47	84	10	645	29	30	9	31	1.88
17264258--17264296	19	2.1	19	100	0	78	20	33	20	25	1.97
17264211--17264343	66	2.0	66	98	0	257	27	31	12	29	1.92
17264165--17264390	113	2.0	112	98	0	434	28	30	10	30	1.90
17264277--17264566	96	3.0	94	94	3	517	30	28	8	32	1.87
17264495--17264642	74	2.0	74	98	0	287	29	30	8	31	1.86
17264542--17264593	27	1.9	27	100	0	104	28	34	7	28	1.85
17264569--17264667	47	2.1	47	96	0	180	30	28	8	33	1.86
17272645--17272697	14	3.7	14	77	5	61	79	1	0	18	0.83
17272668--17272709	20	2.1	20	91	8	68	71	2	0	26	0.98
17273009--17273057	14	3.6	13	84	15	64	65	4	0	30	1.11
17274983--17275059	37	2.1	37	85	0	100	58	2	5	33	1.34
17276284--17276453	38	4.5	38	89	0	250	31	21	12	33	1.91
17276329--17276389	19	3.2	19	69	17	63	34	21	14	29	1.93
17278024--17278068	24	2.0	24	86	8	67	55	2	0	42	1.12
17280500--17280573	39	1.9	38	83	2	94	63	1	1	33	1.11
17280530--17280588	29	2.1	29	90	3	93	67	1	1	28	1.10
17280921--17280973	16	3.3	16	89	0	88	39	5	32	22	1.78
17280953--17281043	46	2.0	46	91	4	150	26	4	29	39	1.75
17280953--17281059	46	2.5	44	83	11	134	28	3	29	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17281202--17281356	16	10.5	15	66	29	68	54	2	1	41	1.22
17281207--17281240	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
17281296--17281369	26	2.8	26	83	8	78	55	0	1	43	1.08
17281435--17281473	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
17281440--17281473	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
17281187--17281675	117	4.3	117	92	4	786	51	3	1	42	1.31
17281506--17281545	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
17281513--17281592	28	2.8	28	81	11	92	56	1	0	42	1.07
17281291--17281625	42	8.3	41	65	24	144	51	4	1	42	1.31
17283884--17283951	28	2.4	28	80	9	75	60	5	1	32	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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