genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22016787--22016832	21	2.1	21	84	4	56	58	8	10	21	1.58
22022550--22022587	16	2.4	16	86	8	51	44	21	18	15	1.86
22025216--22025438	113	2.0	113	96	0	410	36	18	14	30	1.91
22026393--22026639	120	2.0	121	93	0	424	30	23	19	25	1.98
22028991--22029048	19	3.1	19	100	0	116	22	31	15	31	1.95
22034083--22034126	21	2.1	21	91	0	70	34	36	20	9	1.84
22039302--22039354	16	3.3	16	94	0	88	37	5	33	22	1.78
22039334--22039430	44	2.2	44	85	5	124	30	5	28	35	1.79
22041245--22041624	190	2.0	190	98	0	733	39	15	17	27	1.90
22043611--22043651	17	2.4	17	91	0	64	41	17	19	21	1.90
22048601--22048893	90	3.3	89	82	3	320	34	15	25	24	1.94
22051602--22051635	10	3.4	10	87	0	50	47	5	2	44	1.42
22054171--22054248	29	2.6	29	81	4	75	29	8	17	43	1.80
22059912--22059967	28	2.0	28	100	0	112	50	17	10	21	1.77
22063248--22063320	36	2.0	36	94	0	128	28	30	19	21	1.98
22064863--22065245	176	2.2	176	85	2	502	30	17	22	30	1.97
22064863--22065327	44	10.5	44	82	4	436	29	17	22	29	1.97
22064902--22065327	89	4.8	88	81	6	432	29	17	23	29	1.97
22067220--22067304	3	27.7	3	77	13	66	36	2	2	58	1.24
22068946--22068991	19	2.4	19	85	7	58	23	21	8	45	1.80
22071833--22071881	21	2.3	22	82	6	57	69	0	18	12	1.19
22071840--22071883	14	3.1	14	81	12	54	65	0	22	11	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22073158--22074330	133	8.8	133	81	6	1183	31	13	22	31	1.93
22073192--22074339	177	6.5	175	83	6	1201	31	13	22	31	1.93
22073158--22074330	265	4.4	265	80	8	1167	31	13	22	31	1.93
22073213--22074330	44	25.2	44	78	7	991	31	13	22	31	1.93
22074832--22074872	22	1.9	21	85	5	55	70	17	9	2	1.25
22080113--22080165	22	2.3	24	77	12	65	43	0	0	56	0.99
22084511--22084553	21	2.1	20	86	4	59	46	2	0	51	1.13
22084511--22084556	20	2.3	20	82	13	60	45	2	0	52	1.13
22084511--22084560	22	2.3	20	80	12	55	46	2	0	52	1.12
22086326--22086390	22	2.6	24	77	17	62	64	0	26	9	1.23
22087929--22087994	10	6.8	10	71	25	52	36	3	1	59	1.22
22093239--22093297	7	8.0	7	80	14	57	79	0	20	0	0.73
22093240--22093297	13	4.5	13	80	6	73	79	0	20	0	0.74
22093346--22094281	312	3.0	312	96	0	1739	31	17	21	29	1.96
22095117--22095464	46	7.5	46	90	0	525	24	16	26	32	1.96
22095499--22095929	132	3.3	132	92	0	718	29	17	24	27	1.98
22095675--22096087	220	1.9	219	91	2	641	28	18	24	28	1.98
22095822--22095959	44	3.2	42	67	22	113	30	15	26	26	1.96
22095501--22096087	132	4.5	129	83	7	466	29	18	24	28	1.98
22095864--22096005	44	3.2	45	66	23	111	29	17	25	27	1.97
22095814--22096008	88	2.2	88	94	1	338	30	17	25	26	1.97
22096361--22096404	19	2.2	20	84	12	54	70	22	0	6	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22098152--22098252	25	4.2	24	73	16	100	31	0	10	57	1.33
22098123--22098263	73	1.9	75	89	2	223	31	0	11	56	1.40
22113235--22113271	2	18.5	2	88	0	56	0	43	0	56	0.99
22115939--22115986	16	2.9	17	71	6	53	29	2	0	68	1.01
22127906--22128032	35	3.6	35	84	2	148	31	27	16	24	1.96
22129318--22129404	25	3.5	24	83	9	104	41	17	10	31	1.83
22134155--22134227	25	3.0	24	77	4	83	39	16	8	35	1.78
22142606--22142650	21	2.1	21	88	8	65	84	0	8	6	0.78
22143846--22143886	3	15.0	3	80	19	54	63	0	36	0	0.95
22143846--22143889	8	5.5	8	100	0	88	63	0	36	0	0.95
22143972--22144023	17	3.1	17	83	2	61	61	0	34	3	1.14
22143956--22144019	22	3.0	22	77	6	60	60	0	34	4	1.17
22146861--22146969	48	2.3	48	88	3	157	44	9	11	34	1.72
22149992--22150057	3	22.0	3	93	0	114	31	1	1	65	1.11
22153180--22153219	21	1.9	21	89	0	62	50	0	27	22	1.50
22155303--22155409	18	6.0	17	75	20	62	79	4	3	12	1.02
22155311--22155417	27	4.2	26	77	16	82	79	3	4	12	1.02
22155333--22155432	12	8.2	12	75	15	80	81	2	8	9	0.96
22155311--22155417	26	4.2	26	77	11	80	79	3	4	12	1.02
22155336--22155381	13	3.5	13	83	13	58	84	0	4	10	0.75
22155311--22155403	27	3.5	26	81	13	86	80	3	4	11	0.97
22155348--22155397	8	5.9	8	83	6	55	86	0	8	6	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22155336--22155433	14	7.3	12	74	19	63	81	2	8	8	0.94
22155303--22155433	20	7.0	17	72	20	59	79	3	6	10	1.04
22156304--22156476	83	2.1	84	96	1	321	55	13	19	10	1.68
22157840--22158138	44	6.8	44	88	1	404	30	17	25	26	1.98
22158143--22158784	49	13.2	49	70	7	407	33	20	19	26	1.97
22158143--22158801	97	6.8	97	86	5	818	33	20	19	26	1.97
22158518--22158801	90	3.1	90	84	8	388	34	21	17	26	1.95
22158651--22158807	50	3.2	50	73	1	172	35	20	17	26	1.94
22163745--22163951	113	1.8	114	87	3	310	55	15	2	25	1.54
22164077--22164124	4	11.2	4	80	10	51	0	33	0	66	0.92
22164060--22164124	30	2.2	29	86	10	87	1	32	0	66	1.01
22164061--22164126	12	5.5	12	75	13	57	1	33	0	65	1.02
22172669--22172714	20	2.3	20	88	0	65	30	4	13	52	1.59
22177909--22177948	19	2.2	18	86	13	55	22	2	15	60	1.47
22180765--22180789	6	4.2	6	100	0	50	64	0	36	0	0.94
22186605--22186650	24	1.9	24	90	0	74	76	6	13	4	1.14
22190729--22190803	27	2.9	26	80	7	91	41	5	17	36	1.72
22193940--22194019	25	3.2	25	87	0	79	21	25	17	36	1.95
22201268--22201337	25	2.8	25	93	0	122	17	28	18	35	1.93
22203513--22203561	17	2.9	17	76	14	57	53	8	0	38	1.31
22206671--22206737	33	2.0	34	97	2	127	64	8	11	14	1.50
22207375--22207420	22	2.1	22	87	0	65	10	0	30	58	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22207689--22207846	85	1.9	85	81	5	194	26	18	21	32	1.97
22207644--22208105	44	10.8	44	69	12	169	24	19	22	33	1.97
22207862--22208059	40	4.8	41	73	11	161	23	21	23	31	1.98
22207674--22208105	127	3.4	127	88	0	567	23	18	23	34	1.96
22208107--22210154	50	41.3	49	68	7	927	25	22	21	30	1.99
22208110--22208464	98	3.6	98	89	1	496	25	22	21	30	1.99
22208441--22209501	100	10.7	100	84	5	1267	25	22	21	30	1.99
22208441--22209501	199	5.3	198	84	5	1175	25	22	21	30	1.99
22208441--22209501	299	3.6	298	84	4	1334	25	22	21	30	1.99
22209485--22210155	299	2.3	298	83	6	842	26	21	20	30	1.98
22210230--22210534	44	7.0	43	77	4	261	29	26	15	27	1.96
22210220--22210509	132	2.2	132	85	3	388	28	26	15	29	1.96
22211962--22212010	11	4.6	11	76	16	50	2	12	6	79	0.99
22215449--22215497	19	2.5	19	77	16	55	51	0	12	36	1.40
22215823--22215871	25	2.0	24	84	4	62	53	0	6	40	1.26
22228361--22228471	46	2.4	47	86	6	154	33	1	5	59	1.31
22230206--22230327	58	2.1	59	90	3	194	43	7	20	28	1.79
22233811--22233845	16	2.2	16	89	0	52	37	5	0	57	1.23
22233832--22233946	57	1.9	59	89	6	180	43	3	4	48	1.39
22234707--22234741	15	2.3	15	90	0	52	40	8	42	8	1.66
22240671--22240737	30	2.3	29	87	5	91	34	14	2	47	1.60
22241602--22241642	20	2.0	20	85	0	55	46	2	9	41	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22242015--22242372	180	2.0	180	96	0	653	25	15	16	42	1.88
22250052--22250129	17	4.4	18	71	10	63	58	3	35	1	1.24
22250057--22250125	36	2.0	34	83	11	86	59	4	34	1	1.26
22252036--22252070	14	2.5	14	85	0	52	34	17	5	42	1.73
22255945--22256136	49	3.8	49	86	5	244	44	11	10	32	1.76
22263335--22263360	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
22276823--22276866	22	2.0	23	86	4	63	65	2	0	31	1.05
22276822--22276871	22	2.4	21	77	9	57	66	2	0	32	1.03
22277466--22277508	22	2.0	22	85	0	59	53	0	0	46	1.00
22277529--22277570	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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